Fix a table generation bug for pme-shift

The shift correction was not applied correctly to PME and PME-user
tables, but a value of 0 was used instead. This will not have
influenced any normal runs since the shift correction is applied
directly (analytically) in the current kernels. In theory it
might have resulted in 10^-5 relative errors at the cutoff that
are only likely to be visible in double precision if you were
(1) using PME-user electrostatics with custom tables, and
(2) applying shift modifiers (switch is fine). This is not a
setup we are testing anyway, and the PME-user options are likely
to go soon.

Change-Id: Ibd4d2388713879a6613938929edc2cba142b7c9b

Update naming standards to avoid hungarian notation in C++

Our coding standards still contained lines specifying hungarian
notation for boolean and enumerated types, which is mostly a remnant
from our (really) old C practice. While apps hungarian might provide
some safety (i.e., using one prefix for rows and another for columns),
there is little or no value in systems hungarian where the prefix
is just based on type - in particular when we frequently assign
variables between those types. This recommends us to use long
descriptive names instead, including a verb for boolean variables.
When we eventually get C++11 support we should switch to class enums
to have the compiler to more checking, but that is not yet possible.

Change-Id: I5da9d528a8ef4f23ef67eae3fb72655ea92a9c6a

Moved second half of gmxana tools to C++

Code that the static analyzer found to be
unused or irrelevant have been removed.

Change-Id: I9acb45f953d6fd8fde04c9bed29272772f93ad58

Moved first batch of analysis tool source to C++

Mostly trivial C to C++ changes. Some code paths that
were unused or simply not implemented have been
removed for now.

Change-Id: I1204777dc90db95e0d4a7b92191c299fe0982f0b

Converted 2xnn kernel to C++

Change-Id: I91ee2fbc73cba487a9c5ba6d6f7a96ce35958e30

Convert support files in gmxana to C++

Renamed symbols using reserved C++ names, and removed geminate
and ballistic code paths that just resulted in GROMACS errors
messages about missing code when they were called. Unused parts
of gmx_hbond have been cleaned up according to comments from
Erik Marklund.

Change-Id: I925b1b5ca4a8420e0c8a38ca99f56361359d713b

Moved timing source to C++

Change-Id: I175cf79b68330767b90e0780829f67aa9ca50af5

Moved additional gmxlib sources to C++

Moved functions into std:: namespace and changed try->attempt
to avoid using reserved names. gmx_cpuid.c has been left
as C for now, both because __cpuid() and __cpuidex() does
not appear to be present in C++ source, and because it will
anyway be replaced with a proper C++ module that can also
interface to hwloc.

Change-Id: I6f10b19a499209b375ee154540a3386f882457bd

Convert some mdrun utility code to C++

Eliminated unused variables, used std::min/max, renamed "try" variable
to "attempt" to avoid reserved word, moved declaration of MPI-specific
variables, added space between string literals intended for
concatenation, moved some variable declarations inside matching
preprocessor regions.

Change-Id: Id16fea81d90f15de9a8e8e6eadeb364df954fff7

Merge branch release-5-1

No conflicts.

Change-Id: Ia0b6529e06e5f2a9c3c1bb49dd31870df7d4cea0

Merge branch release-5-0 into release-5-1

Conflicts:
CMakeLists.txt
Version numbering management code has moved to new home, nothing
needs to change here from the bumps to numbering in release-5-0
branch.

Change-Id: I8e45709c83d5c181900cca50b2ccba489630bbe7

Stop mdrun printing potentially undefined value

Variable pv is only defined with conditions that need not be identical
with the presence of pressure coupling. Definitely compilers aren't
sure about it.

Change-Id: I80670e12b799c7f476caa565ef7ce9c3e38b0686

Version bumps after new release

Change-Id: Icfa27c2f62f4eb83cc57102e8b9239e1d8891e38

Remove Options::isSet()

Replace uses with alternative means.  Add storeIsSet() to all options to
make it convenient to just check whether an option is set.
Remove Options parameters from methods where its only purpose was to
provide access to isSet(), reducing exposure of the concrete class and
making the interface cleaner.

Change-Id: If1207c8cf3af86e306c52748f8878480e35e2fc0

Add basic grouping to Options

- Add simple Options::addGroup() to create groups within an option,
  allowing out-of-order creation of options.  In the future, this can
  also be used for improved help output.
- Replace multiple Options objects in trajectory analysis runner with a
  single Options and groups within that container.  This is a
  significant step to make also this code use ICommandLineOptionsModule
  instead of a custom implementation.
- Remove complicated code with some dubious corner-case behavior from
  the command-line parsing code, now that all command-line options are
  in a single Options object.

addSubSection() in Options is now unused, and its general design does
not match that of the other Options code.  Will refactor and/or remove
it separately.

Change-Id: Ifaa28a210b46edc0a2b25e7e5c335f0708f532f8

Extract IOptionsContainer from Options

- Create a separate interface that declares addOption(), and make
  Options implement it.
- Change methods that took an Options just to call addOption() to take
  an instance of the new interface instead of a full Options object.
- Adjust documentation.

This isolates callers that only provide options from other details of
the options implementation, and allows further refactoring (that will
provide more implementations for this same interface).

Change-Id: I26d3f03602a8edd130d05231b3b0ee14b598ec8e

Merge branch release-5-1

Conflicts:
src/gromacs/commandline/shellcompletions.cpp
Removed line no longer appropriate, now that zsh completion
is supported. Master had changed the previous line, which
git flags as a merge conflict.

Change-Id: Id9d37615b2bd121b1206ca0e6e8eac62fcf38f01

Converted correlationfuntcions to C++.

Change-Id: If5a478eb05fc295670cfa982525838c5e1e255b7

Version 5.0.6

Removed -dev tags from versions. Bumped regressiontest hash.

Change-Id: Ie86dd0d7a375c3fc86d59f59494c03bf350fde38

Rename trnio routines

- Rename all routines from trnio.h to gmx_trr_*, and replace trn with
  trr also in the implementation.  Use more comprehensible names than
  read_htrn().
- Fix one missing gmx_trr_close() in eigio.c.
- Get rid of contrib/anaf.c, which was some cut-down version of gmx dump.

Change-Id: Id4ea14e83ce14089bbdf0e672f15531cf0f22e61

Rename trnio.* to trrio.*

These routines write .trr files, and the old name was really confusing,
as there is also an efTRN, which means something different...
The routines will be renamed in a separate commit.

Removed unnecessary includes of trnio.h.

Change-Id: If02f561ad51c73eb2080195587795d0c8ae1b082

Split espresso I/O routines from confio.cpp

Move routines to read/write Espresso files to a separate espio.* files
from confio.cpp.  Now confio.cpp provides the wrappers that allow
writing different formats with a unified API, and each individual format
is handled by a separate file (which is named after the format
extension), making the code easier to find and understand.  Further
refactoring to follow beyond just code motion.

Change-Id: I8e1df41f59d65e8a69d6d4a9d30b2f36bc489584

Split gro I/O routines from confio.cpp

Move routines to do gro-format I/O to a separate file.  As with g96io.h,
this would ideally be internal to the fileio module, but unfortunately a
few tools peek into the details of some specific format.

The naming of the routines will be changed separately.

Change-Id: Ia0b190a95f4fb2cd223a6581531aaf45e99d3440

Split g96 I/O routines from confio.cpp

Move routines to read/write g96 files to g96io.*.
Ideally, these would be internal to the fileio/ module, but trjconv
has some ugliness.

Silence a pedantic clang warning that makes it impossible to minimize
header dependencies for mixed C/C++ code, and where problems would
anyways trigger as compilation failures in C code.

Change-Id: I20a88234bec8527f8fd41a614fb37e3144eb7532

Move read_tps_conf() to confio.h

This function is nearly identical to read_stx_conf(), and they even
share some helper functions, so they are better in the same file.  Now
tpxio.h is all about reading/writing tpr files, and code to handle
multiple formats is elsewhere.

Change-Id: I348a5bae5fe8aae2ad68ec29fe54068fccd97501

Add basic tests for reading/writing structure files

For each of the supported format (except for tpr), make a simple
roundtrip test, starting from a dummy topology, and doing a
write-read-write cycle, checking that the output files remain the same.
Additional tests for preservation of various properties of the topology
could also be added later.

Test both read_tps_conf() and read_stx_conf() separately for now.

Added to support refactoring of the code.

Change-Id: Idbdfb4fc39b124d9236a54896ef4613ebfe80ceb

Merge release-5-0 into release-5-1

Conflicts:
    src/gromacs/gmxpreprocess/grompp.c (adjacent changes, took both)

Additionally, added a declaration for a variable in sasa.cpp that had
been removed from enclosing scopes.

Change-Id: I15c10ef00416aa1f791a58b97d79669efab9a1c5

Update advice about grompp -t

grompp -t state.cpt does not copy coupling-algorithm state from a .cpt
into the new .tpr, even though it can still do so from grompp -e.

Refs #1775

Change-Id: I8c4d68fc8d3750b79f30c0f77115c80e1f3cf9b3

Move Options::setDescription() elsewhere

Pass the help text for programs using other means, clarifying
responsibilities in the code.  Now Options is closer to being just a
container of options.  Further refactoring to follow.

Change-Id: I398ebef7884d88111ab1bddcd9397882835b39b4

Change naming convention for C++ interfaces

- Describe the new convention in naming.rst, together with some
  rationale.  The new I prefix is a very common convention, and makes
  the code generally more readable than a long Interface suffix that
  does not add much information.
- Do a bulk rename from \w*Interface to I\1, skipping
  ::testing::WithParamInterface.
- Rename helptopicinterface.h to ihelptopic.h to keep the naming
  consistent.
- Run uncrustify on the result.

Change-Id: I4b27ae0164ad89e45693d35055730caab0832bed

Fixed gmx sasa output residue numbering

gmx sasa with -or was writing the wrong residue numbers

Change-Id: I52b13f1eeec2ee028e5ec580139c0290df7b69c9

Moved statistics source to C++

The unused statistics_test.c was removed; it was not so much
any tests as routines to print data - we will have to add
proper tests later.

Change-Id: I08ffd8c774bd2600d743a6504d72776b92ff6fe6

Fixed static analyzer warnings

Removed code that had no effect since ct_estimate was reassigned
in expfit.cpp. Initialize variables that are set/used in different
semi-complex switch statements in angle.cpp, and clarify a
switch statement.

Change-Id: I15bb2942e268eb053644d1f457f136d60bc63cfb

Fix incorrect warning about only using single core

check_resource_division_efficiency() warned that only
a single core could be used, even when one of
thread-MPI or OpenMP support was present, but not both.

Fixes #1776.

Change-Id: I6ac98954c2ef74ed860750627f7a1b9f0710561e

Fix build failure in view/filter.cpp

This only happen if you have GMX_X11=ON

Change-Id: I6d8d82985c88d2fb03bfaafc0afa32f0c3483803
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Removed information about obsolete .edo file format

Essential dynamics output is written to edsam.xvg file since version 4.6

Change-Id: I0daca58fab1ebc953e8799de7e1667c4956b460e

Implement zsh shell completions.

zsh completions when gmx prefix was used were not implemented. Use zsh builtin
bashcompinit to use the bash completions. Remove 'shopt -s extglob'
from gmx-completion.bash and place it in GMXRC.bash, since it is incompatible
with zsh. gmx-completion.bash and gmx-completion-gmx.bash can now be used for
completions in both bash and zsh.

Change-Id: Ib8f3cf0535d39e91a6b31933f41aa7548755b351

Update example old mdp file in user guide.

Update mdp file in user guide. Remove obsolete parameters, and choose parameters
that will not give error and warning by default. Also remove the contents of
mdout.mdp, since the user can easily retrieve that with the given command, and
the file is now much larger. Add note on parameters being dependent on force
fields. Fixes #1774.

Change-Id: I2d5f1cfcf933275f95352c25891ee0792944212c

Move fileio sources to C++

String functions have been moved into std namespace,
unused variables removed. The internal XDR implementation has
been modified to work in C++, and while doing so it has been
renamed to gmx_internal_xdr.cpp to avoid confusion with the
external system implementations.

Change-Id: Iadaf812da88ba24530b637b8e3259fd3cac417e0

Converted gmxpreprocess to compile as C++

Used std:: math function and header, eliminated unused code, vars and
params, used some size_t variables when handling strings.

Added assertions for sqrt operations intended to work on integers that
are perfect squares.

Converted existing assert calls to GMX_ASSERT

Removed include guards from headers

Refactored some ter_db code to be clearer about how generic vs
specific termini are handled.

Made string parameter to _mod into const char *.

Noted TODOs for clean up required for pdb2gmx -merge

Change-Id: Ibe8b8c4b208a39325e6fe450a41d8521daa5d8f0

Move remaining C files in utility to C++

Added spaces between strings and literals. The string handling
code should eventually be replaced with proper C++ versions using
std::string, so for this reason I have not bothered improving them.

Change-Id: I78b871113f4a3891139a412c7831a1e5209bfaec

Fix spelling errors in user guide.

Fix spelling errors in user guide. Also update spelling to American
English, only because that is what is used in the manual and in other
documentation (e.g.,  neighbour -> neighbor).

Change-Id: Ib11d5be727bef88750a8aa45f2592d10aabb929e

Update kernel templates to match kernels

Change-Id: I20f41dc9b3e9da670e0c940697fa35d2473ab33b

Use cmakedefine01 for more trivial defines

This patch does the move for GMX_CXX11, HAVE_EXTRAE,
GMX_NO_RENAME, all the QMMM defines, GMX_X11, HAVE_POSIX_REGEX,
HAVE_CXX11_REGEX, HAVE_SIGUSR1, GMX_COOL_QUOTES, HAVE_PIPES,
HAVE_FEENABLEEXCEPT and HAVE_ZLIB.

Change-Id: I2c915c608d9fd16d584b605373c1151dcf3cc010

Moved tools files to C++

Added extern-c declarations to gmxcpp.h for calling
from the new C++ source.

Change-Id: I7b21398808a1d58849bff44690ece4d1f4e9db04

More gmxfio simplification

- Remove gmx_fio_setdebug() and all implementation related to it;
  getting the source code location printed to stderr is not really
  useful for errors that typically originate from the file system.
- Move gmx_fio_setprecision() to gmxfio-xdr, since it logically belongs
  there.
- Remove bOpen, as the only case where any code could observe
  bOpen==FALSE requires a use-after-free, and possibly also an ugly
  race condition on top of that.
- Reduce use of iFTP member within gmxfio, where the purpose is to check
  whether the fio->xdr member is not NULL.
- Remove checks from gmx_fio_open() that overlapped with those in
  gmx_ffopen().  There are some corner cases that now work differently:
  gmxfio no longer bypasses the check for .Z/.gz files for xdr files,
  but lets things through to gmx_ffopen(), and with GMX_FAHCORE there is
  no longer any kind of existence check for xdr files (it is
  questionable whether the previous behavior was intentionally different
  for xdr and non-xdr files, anyways).
- Remove dead code: fio->fp is always non-NULL if fio->xdr is.

Change-Id: Icd1588bfbb510543a55f57fb86e0e1e2a1fce236

Fix -deffnm -multi[dir]

Make -deffnm work even when all other functionality in
FileNameOptionManager is disabled (which happens with -multi and
-multidir).  Add a test for the broken case.

Fixes #1769.

Change-Id: I0f729eaa1ab6e9a4a25d1d121cbfe5b5b2673e4b

Merge "Merge release-5-1 into master"

New quotes

Change-Id: I57deba0f9f4b4cc5a2f5dc58e3d2c4fe4284691b

Merge release-5-1 into master

Conflicts:
cmake/gmxVersionInfo.cmake

Change-Id: Iab02dc56743ef0c79e0a0c3f9e7cee7dc18442aa

Merge release-5-0 into release-5-1

Conflicts:
src/gromacs/gmxana/gmx_dos.c

Change-Id: I06208bcafb880b9bac3f45050d709fae5eab9a9d

Move generalized born to C++

Change-Id: Ie4498eed9923b7c4df8589cc1abc75d92155abdb

Move FFT defines to use cmakedefine01

Change-Id: Ie9fface5ea2ec365aa740cfe60243d195e1039ba

Give bTypePerturbed a valid initial value

Commit a6ae71b202 didn't do this correctly, so FEP with LJPME has had
broken PME load estimates (only).

Change-Id: I88235c34b499e6dfca650138d66cdc17bd40afb4

Separated bonded and Ewald correction threading

The bonded and Ewald correction threading code used the same data
structures. These have now been separated and the bonded threading
data is opaque and defined in listed-internal.h.
This change is only code refactoring, except for the removal of
the thread local ewald correction force array and reduction, which
were never needed.

Change-Id: I162255107aa9e153a4c8ff41d786867d6fbed444

Move endian, float format and XDR settings to cmakedefine01

Also modify gmxtree.py to understand the new protocol

Change-Id: I68f1bfff9528d71d4a683082aaa4d637f8b10a64

Fix grompp .edr IO estimate for free-energy calcs

This has been wrong since it was introduced in c7a82654f. It doesn't
really matter, except that the variable is unused and converting to
C++ complains about it.

Change-Id: I8e13a07e2680cfe5b69fac170d500b235a5ba113

Cleanup and remove unused SSE2 generalized born code

This code has been disabled for quite a while due to
a bug. Since we should anyway move to verlet-style
kernels there is no point in keeping these files around.

Change-Id: Idfd65ac2d0d9f304d548c97e4dbabbaf72df7a7b

Merge release-4-6 into release-5-0

Change-Id: I25fea1226adfaa332c5c7b0630e99031266178f4

Move old neighborsearch code to C++

This will eventually be removed in favor of the new
verlet code, but for now it will make life simpler to
have everything moved to C++.

Change-Id: I3242e5f345769a42ffb99d1953bc1bef39324ff5

Move QMMM source to C++

Tested by enabling the four different QM/MM interfaces,
but not linking to the actual programs since those calls
are still unaltered.

Change-Id: I86163a0db56003687e6226a78169141af98940b7

Wrap uses of thread_mpi/mutex.h

Introduce gmx::Mutex and gmx::lock_guard to hide the actual C++ mutex
implementation used, and make all code that was using tMPI::Mutex use
these.

For now, the implementation is just directly imported from thread-MPI,
but this allows changing the implementation (e.g., to C++11 std::mutex
or to a TBB mutex) when thread-MPI is no longer appropriate, with mainly
changing this single header.  Also, this makes it clearer to introduce
new C++ wrappers for things like tMPI_Lock_t, as they can now be written
in this wrapper layer, instead of in thread-MPI where they will
introduce additional such dependencies.

Change-Id: Ie4c91d4e74c5dbc5e4d2b5d7fb5a76b73ef5616b

First 5.1 release candidate

Change-Id: I89776d6dd4d170d4f259fa8ee761cf4f6878cbe0

Fix too small GPU pair count estimates

For triclinic unit-cells with DD the non-local cluster pair count
estimate was too high, especially for thin local domains, due to an
incorrect estimate of the cluster size. Since the pair count estimate
for the local pair-list was determined as a total minus a non-local
estimate, the local estimate could get negative and cause exceptions.
Fixed the cluster size estimate and added a lower limit for the local
size estimate.

Fixes #1762.

Change-Id: I3489550968f66bc03ba4e6056017a58eba37f7cc

Fix bug in GPU list balancing

The function split_sci_entry could produce empty lists. This seems
not to have caused incorrect results, only slight extra processing
of empty workunits in the CUDA kernel. Incorrect Coulomb energies
could appear for empty lists with shift=CENTRAL, but that does not
seem to happen.

Refs #1767.

Change-Id: I0b0ff0a450734d4863f1e9636ff5741d4f1a68da

Improve gmx help -export Sphinx rebuild behavior

Make 'gmx help -export rst' only touch those files whose contents have
actually changed.  This means that rerunning Sphinx is much faster when,
e.g., checking the help text for a single tool after fixes.

Use the file output redirection mechanism to capture all output into
intermediate buffers, and only write it to a file if that file is
missing or has incorrect contents.

Update the reference data to avoid future confusion, as the files are
now written out in a different order (but the tests pass irrespective of
the order of the stuff in the reference data).

Change-Id: I41d764e16aa68a5aaa7da879f4b600e268ca70f2

Fix DD DLB state issue

The introduction of DLB locking for PME load balancing added another
DLB state, which was stored in a third variable. These variables
were not always all properly checked. Simplified the code by merging
these three state variables into one. In added there was a fourth
variable (bGridJump) is gmx_domdec_t, this is replaced by calls to
a functions returning is DLB is on.

Refs #1760.

Change-Id: I80d499149e4e5bfd689e76208384a8ba61e2842a

Fix bug in GPU list balancing

The function split_sci_entry could produce empty lists, which can
cause illegal memory access or incorrect energies. Before commit
6106367b this bug was never triggered, since nsp_max was never smaller
than a full cj4 entry. But 6106367b introduced a but that could
produce negative nsp_max.

Fixes #1767.

Change-Id: I2007cf6851f94f4f2ca62f609a0628725014dbe7

Fix error wrapping in interactive selection input

Resolve a TODO that was introduced when making the selection prompting
use text streams about wrapping error messages like they used to be
wrapped.

The use of console width within the generic error formatting code is a
bit ugly, but that needs to be resolved separately (and the old code
also had the console width hardcoded in a similar level).

Change-Id: Ia832a4884eef9bded50431fb5008d8191f52c246

Tests for interactive selection input

Add InteractiveTestHelper to test interactive sessions that use streams
from textstream.h.  Use this to test the behavior of interactive
selection input.  Errors in the input or the help is not tested (yet),
and some corner cases may be missing, but most of the code is now
covered.  Separate set of tests is needed for SelectionOptionManager
prompts (will be added separately).

Remove obsolete special case handling from the interactive parser
(verified to not change any of the now tested behavior).

Change-Id: I448d470bcc240659a380ffa2d3b492949420c64b

Fix copy-paste bug in gmx distance

The -oxyz option did not behave properly (the computed values should be
fine, but the behavior of where the output goes can be unpredictable).

Change-Id: Idcd389c3809189f85a630094b9aaea6d61a5f954

Refactor for testing interactive selection input

Introduce a parseInteractive() method that works otherwise as
parseFromStdin(), except that the caller can provide alternative
streams for input and status output.  Make all input and output use
these streams instead of stdin or stderr directly.  Unit tests using
this will be added separately.

There is slight regression in the formatting of errors during
interactive selection input (noted in TODO in exceptions.cpp), but that
will be resolved separately to keep the commits smaller.

Change-Id: I0b6b885621c81a5e526b5f93b40d32b9248626f1

Remove gmx::File (except for File::exists())

Move remaining static methods to either path.h, or to the file stream
classes.

Change-Id: I53e910051b9ef57e501adad4cec1a4b5295d24a7

Replace direct uses of gmx::File with streams

Replace all cases that used gmx::File with a stream-based
implementation.  Only static methods in gmx::File are called from
outside file.cpp (will be removed separately).

This is only direct replacement to remove uses of gmx::File; some
additional refactoring is necessary to support alternative streams for
unit testing.

Change-Id: I5e5905f9f8956909f3396359b18e9660f100bcaa

Bump various version numbers

It is unclear what will the next version be numbered, but bumped the
version numbers nonetheless to make the distinction between master and
release-5-1 clear.

Change-Id: I1cfe9f2a2523056f20cc825025425fc9429c89b6

Make some unit tests use mock file output

Introduce TextOutputStream interface that can be used instead of direct
file output.  Make unit tests for help output use an in-memory stream
instead of a real file using this mechanism.

TextWriter wraps the raw stream and provides more convenient
line-oriented writing capabilities (and provides a natural place to
implement more of the same, making them immediately available
independent of the stream used).

Most of the touched files only contain mechanical
  File -> TextWriter/TextOutputStream
and related documentation replacements.  The main non-trivial changes
are introduction of the streams and TextWriter in utility/, and
reorganization of the way the tests use TestOutputRedirector.

Further work follows to allow full removal of the old File class and to
extend the use of the streams.

Change-Id: I7700d0d8af5f44b304b940797a4834993e4738fb

Obey OpenMP thread count limit with tMPI

With thread-MPI mdrun would choose the number of OpenMP threads so
that the maximal number of hardware threads was used. When the number
of ranks was limited by the system size, this led to too high OpenMP
thread counts which lowered the efficiency. Now a limit is imposed.
Also updated some comments and renamed constants and bNTOptSet.

Change-Id: I830b5a3f2fd28f87acfbcf982103b62fc3e45758

Fix two PME DLB trigger issues

Dynamic load balancing got triggered while locked by PME load
balancing, because a check was placed incorrectly.
PME load balancing would never trigger with separate PME ranks
because a comparison was inverted.

Fixes #1760.
Fixes #1763.

Change-Id: I75eeb32423b864f84bfd45ecb61d169b473ed74a

Fix ThreadMPI GPU assumptions

The OpenCL implementation introduces the constraint of one GPU per
node, but thread-MPI still assumed any compatible GPU was available
for use and thus should have a rank.

Consolidated the configure-time constants behind some API functions so
that we can use the same behaviour in the various setup code.

Added a warning message that the OpenCL implementation has to waste a
GPU, stopped showing another warning message related to wasting
GPUs when the OpenCL implemenation forces this, and improved
another message to clarify why gmx mdrun -ntmpi 2 won't work
with OpenCL.

Also fixed a few references to thread-MPI threads that are better
called thread-MPI ranks.

Change-Id: I4664c49786ebd26a53cbf5e1c26df79649ba4f5f

Correct grompp pull warning message

A warning full pull-coord?-groups referred to pull-coord?-geometry
instead. This is fixed by changing the order of proceses the pull
options, which better reflects the dependencies. Also reordered
the options in the mdp manual.

Change-Id: I6309d021282156cd3409af35bcfa38dc2cab1c67

Convert gmxfio to C++

- Remove unused variables.
- Add missing extern "C" in thread-MPI.

Change-Id: I595f60ee27ab851e8c7c304b1f02a8f4aa15932f

Fix OpenCL compilation errors.

Fixes a typo in a structure. Also fixes an incorrect
variable name only visible on OS X.

Fixes #1765

Change-Id: I0ee0f61da1f036163aa85f719ef9ceb0dab06868

Remove status messages about Sphinx detection

Make FindSphinx.cmake and FindPythonModule.cmake respect the QUIET
option, and pass that to find_package() to not print out information on
every CMake run.  Most people will not care whether these are found or
not, and being silent in all cases is the same approach as is used for
Doxygen.

In master, it could be useful to change at least some of the documentation
build rules such that they require GMX_DEVELOPER_BUILD to be set, and
that could also enable messages about not finding the components needed
for the documentation build, but that is outside the scope of this
change.

Fixes part of #1761 and #1764.

Change-Id: I196f5e66c94fe4247ae28bd230a469acbaad939a

Clean up gmxfio includes

- Move xdr writing routines to gmxfio-xdr.h, to make it match the source
  file that implements them.  Include the new header where necessary.
- Remove gmx_fio_checktype() and replace with asserts in the xdr
  routines.
- Remove unnecessary gmxfio.h includes.  In particular, remove it from
  headers to not get it transitively to unrelated source files.
- Fix compilation that was broken by relying on transitively included
  headers (mostly cstringutil.h and futil.h) that no longer come through
  the transitive gmxfio.h.
- Some minor cleanup elsewhere, in particular hiding functions from
  headers and fixing a few uses of mismatching file open/close
  functions.

Change-Id: Ic5366a23a421cfec82a518caee772e2bb53e8303

Reorder code within gmxfio

Move all XDR writing code, including helper functions only used by it,
into gmxfio_xdr.c and rename it into gmxfio-xdr.c.  Remove these from
gmxfio-impl.h and make them static.  No changes to the actual code,
except for some handling of the itmp variables in gmx_bool functions to
satisfy gcc maybe-uninitialized warnings.

Change-Id: If2190f9429585ac0e2ee86b24dd41969f4ae8d49

Further gmxfio cleanup related to xdr handling

- Remove unnecessary iotype redirection, since only XDR is used for
  this.  This removes a lot of repetitive code.
- Do not duplicate the list of XDR file types from filenm.c.
- Do not use string comparison for figuring out whether a file should be
  opened as text or binary.

Change-Id: I4522ce36b828283f02c56bb7920292019ae154fa

Minor include sorting changes

Make the include sorter sort files based on the basename of the file,
i.e., not including the extension into the string sort.  This fixes an
unintuitive behavior that causes changes in the include order if a
'-' <-> '_' replacement is done for a file name (because '-' and '_' are
on different sides of '.' in ASCII).

Change-Id: Icd4bf58b0d60178e33f6840f24adb1e4108fb92a

Clean up unused code from gmxfio

- gmx_fio_do_*() are only used for writing xdr-based formats, so remove
  other implementations (has been unused since support for .tpa and .tpb
  formats was removed).  Further decoupling should be possible, but
  left for later to keep this change smaller.
- gmx_fio_read/write_*() were not used with the exception of
  gmx_fio_write_string(), so removed.  gmx_fio_do_*() should be
  sufficient.
- Remove USE_XDR, as it is not feasible to turn off xdr support from
  these few files alone.  There are several file formats (most notably,
  run input files and checkpoints) that can only be written in xdr, and
  functionality is severely limited without those.
- Remove unused (and mistyped) HAVE_XML #ifdefs.  It's not feasible to
  inject XML support at this level...
- Move confusingly placed check for not opening .tng files with gmxfio.
- Removed unnecessary checks for debug files (debug files are no longer
  opened with gmx_fio_fopen()).
- Remove a few other fields, enum members, and methods that had no effect.
- Rename gmxfio_int.h to gmxfio-impl.h to make its role clearer and to
  make it follow the current naming conventions.
- Remove unnecessary #includes.

Change-Id: Ida39a076969da116c9a5f68d7bfd0355c2d2363b

Fix inconsistent OpenMP automation

The thread MPI single rank max thread count for non-Intel was 6,
this was smaller than the max allowed MPI+OpenMP thread count of 8,
which caused setups to be generated that did not pass the check.
Increased 6 to 8 and added an assertion.

Change-Id: I13787616d7c667cba3245da4f5b5c3a1a6a1206d

Document how to add and use NVML support

Change-Id: I8ca7c5d1b163a78559a048ca6cc5b099f34c6cd6

Avoid GPU data race also with OpenCL

Implements the same change to non-local stream synchronization as now
used for CUDA.

Fixes #1756

Change-Id: I720edc0951f97dcff0bd477084fff45a149f01d9

enabled 1 PP + 1 PME node

Change-Id: I18a4c2bac71f1b5b81d9d374b212bfb9edc7a1e8

Add checks for inefficient resource usage

Checks have been added for using too many OpenMP threads and when
using GPUs for using single OpenMP thread. A fatal error is generated
in case where we are quite sure performance is very sub-optimal. This
is nasty, but a fatal error is the only way to ensure that users don't
ignore this warning. The fatal error can be circumvented by explicitly
setting -ntomp, in that case a note is printed to log and stderr.

Now also avoids ranks counts with thread-MPI that don't fit with the
total number of threads requested.

With a GPU without DD thread count limit is now doubled.

Disabled GPU sharing with OpenCL.

Change-Id: Ib2d892dbac3d5716246fbfdb2e8f246cdc169787

Add support for flushing WDDM queue

Relevant only with CUDA on Windows (and profiling?)

On Windows the WDDM driver (default for non-Tesla) can prevent
immediate submission of CUDA tasks to the GPU in an attempt
to try to amortize driver overheads. However, as we need
tasks to start immediately for optimal concurrent execution,
this "feature" will result in large overheads. A well-
documented workaround is implemented by this change.

Change-Id: I69a6bb59dc8cae18fba539de49c977c0ee814d07

Merge "Merge branch release-5-0"

Fix OS X openCL builds

OS X does not like the quotes previously used to handle
OpenCL include paths with spaces - escape them instead.
With this change, OpenCL works at least on Yosemite
(OS X 10.10) using a GeForce  GT 750M card, and passes
all Gromacs regression tests.

Change-Id: I2acd30256e2ff11ca1fde10361cc0cc55ee7fc05

Fix bugs in gmx dos

- Velocity autocorrelations were not normalized
  by default, so they did not agree with gmx velacc.
- The normalize option had no effect on the VACs.
- The index group option was available, but no
  index groups were processed.
- Since the DoS is calculated from the mass-weighted
  VAC and by default only from the real part, it was
  not clear why these results would differ from data
  obtained with gmx velacc. There is at least a note
  about this now, and more docs will be added in the
  future.
- The hidden option to dump some plots has been
  removed since it was not documented what these
  contained (beyond a paper reference), and the
  contents was not based on any data from the
  trajectory, but rather plotting a custom function.

Fixes #1608.

Change-Id: Icfca060f94efb34bd7871bd90245ab0ddbbe91c1

Replace functions deprecated in OpenCL 1.2

Check for CL_VERSION_1_2 in the source, and
use newer versions in that case to avoid
warnings about deprecated functions.

Change-Id: I6f70e0178fa06c59be57168d94aae0fd7df148f5

Only accept exact matches for selection keywords

The selection parser tried to be nice to the user and also accept
unambiguous prefixes of keywords, but this also has a lot of side
effects that can be confusing (e.g., it was impossible to create
variables that had names that were prefixes to keywords or to other
variable names).  Additionally, this was the only case where user input
could cause an exception during tokenization of the input string, and
that wasn't handled very well during interactive input, either (it
caused the whole program to stop, instead of just reporting the error
like is done for other parsing errors).

Remove the logic, and only make the parser accept exact matches.
Add a few synonyms for keywords where there is a natural abbreviation.

Change-Id: I6041baa2f5a3b7dab87c3d5991e883d2d74ace66

Merge branch release-5-0

Conflicts:

src/gromacs/gmxpreprocess/hackblock.c
  Used new name for header file for gmx_warning.

src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda.cu
  Moved code to the other side of the sync point as
  in release-5-0. Renamed cu_nb to nb.

src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_data_mgmt.cu
  Changed name of event to destroy. Renamed cu_nb to nb.

Change-Id: Iee9e2ea372ee704057a4a51ad9e4ab9a22ab7fe6