Fix build of binary package

Commit a00437 accidentally changed that the source-package error is also
printed for binary packages. Because it defined
CPACK_SOURCE_PACKAGE_FILE_NAME which we used to detect source-package.
This now uses CPACK_INSTALL_CMAKE_PROJECTS which is hopefully future-proof.
It also adds a proper warning for binary packages.

Change-Id: I842655755bed1c448f30db435a85ad1ca5844a60

Add unit test for random/Threefry

Change-Id: I5f9d60c594c0d7a6925b829658119d2fdea5d113

Remove Random123/features

Remove all auto-detection and replace with hard-coded
values and gmx_inline.

The purpose is that it now should compile on any hardware /
compiler. Correctness is guaranteed (as is custom in all
of Gromacs) by unit tests (separate commit).

Change-Id: I7e75ff38f7288e87817d42582ae844c1d38ef369

Fix selection of xtc groups not starting at index 0

The code to select atoms to write to the xtc file
only looped over the number of atoms selected for
output rather than all atoms. This meant that xtc
group selections that were not located at the start
of the atom indices would not be written correctly.

Fixes #1561.

Change-Id: I48886a75c682e38122dadcb2f752507b14b308fe

Workaround for ICC 14 bug

ICC name-mangling is incorrect for static variable in static
member in anonymous namespace.

Fixes #1558

Change-Id: Ie861224bcc61df2f26025d1dd106bcab827308bb

Fix Cygwin+Shared-Libs+FFTW

Cygwin doesn't have or require fPIC

Change-Id: If1af6f070e2cd0457f429a155e92014af51c0c33

Add support for int64 in refdata

Change-Id: Ia5fedbe7593d9630a095eaf1cb6d69f0c1223ee0

Fix GMX_BUILD_OWN_FFTW for Cygwin

CMAKE_BINARY_PREFIX doesn't exist and thus the previous version added just
an extra slash which doesn't work under Cygwin.

Change-Id: I285f93020d0818515fff3f2cfbf41662f03190d0

Fix GMX_NONBONDED_NUM_THREADS!=GMX_PAIRSEARCH_NUM_THREADS

Change-Id: I7d5416fa299e244244d7bf48e785090da2e0b6d0

Fix HTML help and man pages for commands with dashes

Replace one case of "gmx-something" to "gmx something" conversion with
explicit construction of the latter from its component parts.
The other instance does not (easily) have the component parts available,
so only the first dash is removed when converting between
"gmx-something" and "gmx something". Add an assert for the condition
that this requires to remain functional.

Change-Id: I5bfbd1acae440af93b3b7b50a25d8782a7e60c8a

Avoid clang/32 optimization affecting IEEE endian detection

This turns the detection code into a c++ file, moves the
structure to a global one and adds volatile specifiers.
This should hopefully prevent any standard-adhering
compiler from touching the data.

Change-Id: I6f4b86ddf6b0567655466e0877bb1ba39a45ce4e

Make AVX2 check more robust

Apparently the GNU assembler version 2.20 supported some
parts of AVX2 (in particular the FMA floating-point ops),
which caused our cmake test to pass. This patch changes
it to test the integer addition instead, which isn't
supported in as-2.20 in my tests.

Change-Id: I79e516639fc78d1590d306f486eb027962388543

Fix HTML links that contain file extensions

- Consider '-' and '_' as part of a word when replacing links, so that
  convert-tpr and make_ndx are considered single words, and the
  extensions there are not converted into links.
- Do links.dat replacement before program links, so that the URL in the
  above program name links is not processed.

Change-Id: I0ce204d3adedc56e57c1e1cd150a63d21c442eab

Fix xml2 link check rerun

gmx_check_if_changed logic had a typo and thus check wasn't rerun
if LIBXML2_INCLUDE_DIR or LIBXML2_LIBRARIES changed.

Change-Id: I838f32fd6e9b62480acc4eafc4bf3d657477d09d

Name the tarball how we like it

This names the tarball and the top-level directory how
GROMACS usually does it. Previously, I'd been renaming
stuff manually.

Change-Id: I485c4a4c711064a3a0ca2343ec696375cbc3de96

Quieten repeated cmake runs

We should not hassle the user about optional libraries that were not
found the first time. If the user wants to detect ones found in a
different place, then they can unset the relevant cache variables to
re-trigger detection and/or related output.

Change-Id: I266268dccc46da5b098d3d5640798cbee7ee6fd0

Fix Cygwin build

Doesn't work with AVX but I suspect this to be Cygwin's/GCC's fault.

GCC Bug 61730

Change-Id: I171e8414a8d65800804226034604a9973770bfdd

Make IEEE754 check more robust

This change should prevent compilers from
optimizing away the structure used for checking
strings in the binary by also using it to produce
a return values. There are now also clearer
warnings, and if IEEE754 cannot be detected we
fall by to using the OS versions of erf/erfc()
in double precision. Fixes compiles on Power7.

Change-Id: I8ed834d5b87baf33e03725d2ab93a60a76c34a12

Make selections ignore \r in input

Now the selection engine treats \r (as well as various other space
characters) the same as a space.  Added a unit test for this.
There is an extra trailing space in some cases that may be more common
with \r\n than otherwise, but that is a separate, mostly cosmetic
issue.

Fixes #1555

Change-Id: I78dfe8e477133b98a98fecf1fad243262f9b30c8

Fix tarball and install, particularly for INSTALL

Getting the INSTALL file generated from the markdown, into the tarball
via CPack and not otherwise installed is a bit tricky. I did this
manually for 5.0, but this automates things. CPack source archives use
a mechanism that acts on whole directories. So we put INSTALL into its
own output directory (as we do for generated HTML), and the
directory-globbing mechanism takes care of it fine. Added some
documentation for why we need to do this.

Added more CPack-time checks that the tarball will be complete.

Prevented installation of .gitattributes.

Change-Id: I77c645faf7b292a085165bdd1598741dae6972a5

Fix bug causing reading next frame not to stop.

Corresponds to commit e6e85d562829bca in the TNG repo.

Change-Id: I89ee3e7649c4cf832798d9e2ce61b397a1757579

Fix tng_num_frame_sets_get() with no frame sets.

When there are no frame sets the function returned an error.
This corresponds to commit 6f7862c7406b in the TNG repository.

Fixes #1540

Change-Id: I3df04d84ebd8fcdc6be76a446efa3209df363d23

Reinstantiate unsorted index group check

In most contexts, providing an index group with duplicate atoms or atom
indices not in ascending order results in the selection getting silently
evaluated incorrectly.  The selection engine now detects this case and
gives a fatal error, hopefully reducing confusion if such a case arises.

The case where an unsorted index group is provided as a sole value of a
selection is still supported.

Change-Id: I0b647a26d9a1b47da10c84bdd3d073412d166a75

Add running tests to install-guide

At least on architectures we don't test, it is necessary that the user
runs the tests. Because we don't have a way to query whether it is a
tested architecture every user should run the tests.

Also add a warning if unit tests cannot be build because libmxl2 wasn't
found.

Partial fix for #1548

Change-Id: I8b87cc77f909d5cf2a4ee70151096312e3191af2

Update some installation-related docs

- Add comments for installation-related variables in CMake, in
  particular the RPATH section that has caused some confusion.
- Document those few variables that can be used to alter the
  installation tree structure in the install guide.
- Reword some parts in the install guide about CMake iteration.
- Remove GMX_INSTALL_PREFIX, as there are other approaches to get the
  desired result with CPack that are less confusing.  This variable
  wasn't documented or probably used anywhere outside some dormant
  Jenkins jobs.

Change-Id: I199b06d905b45961313ed9fa44ae82e5987be0fe

Adjust include directory order for some corner cases

Always add headers found from the source/build tree to the beginning of
the list of include paths, such that they are preferred over those
potentially found in other non-system directories.

Fixes #1539

Change-Id: Id79634073fea5b10f250128db8ab08019a7f9e21

Fix GMock to work on MSVC

This duplicates the logic of GMock's (pre-release) commit r675 in
order that GROMACS can build and test without problems on all MSVC
versions.

Change-Id: I8a7188d2d34fdfa2753a71291d8528e5c9753c6d

Version bump for 5.0

Change-Id: I7ef67766e28e7ac65f9e027e61bfb9f13809d543

Add forgotten licenses to COPYING

Change-Id: I3c9beffae164d0c0260d121af29db051b60ca159

Refer to "mixed" precision in user-facing documentation

GROMACS has used mixed precision for many years, so we may as well be
accurate about it. In the code, we should continue to refer to single
precision for aspects of the implementation, but mdrun should not
be referred to as running in "single precision."

Also removed useless install-guide section from manual.

Change-Id: I3c26acedcdb391de50bdcb6a5e913ea0cfc32845

Take LJ-PME into account for table spacing

The table spacing for the grid correction for Ewald interactions
only took Coulomb and not LJ into account. Note that with default
settings LJ tables can use a coarser spacing than Coulomb.

Change-Id: Ib0f831a2177bcf10ad9e03c6764cc155e89abdbb

Fixed free energy with LJ-PME

First, Only the normal LJ part of the potential was
shifted for LJ-PME with potential-shift
modifier in the free energy kernel,
and not the Ewald component. This had an effect
of roughly 0.05% on the total energy. Second,
Berk found that the verlet nbnxn SIMD LJ-PME kernel
had an issue that caused the potential and force
to be slightly off. With this patch, both
potential and force match the non-free-energy
kernel perfectly with at lambda=0.

Change-Id: I4bc53ce1bdb96ba06656b86470dbf8dbd1e81972

Convert install guide to markdown

Adds `make install-guide` to make both a plain-text INSTALL for the
tarball, and a monolithic HTML install guide for uploading to the
website. Intended for processing with pandoc, but I don't think
there's any pandoc-specific extensions used. Naturally, if the build
system doesn't have pandoc, then this make target is not available,
just like the other documentation features.

Added more description about various SIMD instruction sets,
portability, and how to use compilers and the GMX_SIMD setting.

Added summary of important CMake options for typical GROMACS
installations.

This now does some variable interpolation to keep accuracy up without
active maintenance, so setting some such variables gets changed a bit.

Mentioned more optional build components

Minor textual changes to the install guide.

Fixes #1440. Refs #1242

Change-Id: Iff8e165759fbf8cc5199c8447e912403b8a79a17

Merge "Merge release-4-6 into release-5-0" into release-5-0

Updated LJ-PME documentation

Added a description of the more accurate treatment of the LJ
combination rule treatment for LJ-PME.

Also updated the Verlet support table.

Removed old figure describing the quality of an old approximation no
longer available in the code.

Added some usage suggestions.

Change-Id: If671536bced4a404caab10b7aa386f8f88f95c46

Use cosistent style when referring to force fields.

Refs #677.

Change-Id: I386c6d9782c88d5af929a3230cd3beb06f2cfbd2

Remove some hardcoded selection string buffers

This removes some arbitrary limitations on the length of the input
string.  The error handling would still be in the need of a bigger
overhaul (all of these were in the error handling parts).

Fixes #1538, related to #655.

Change-Id: I1112b5ccae526cf3b8fd079bbabf8d7f61e52635

Merge release-4-6 into release-5-0

Change-Id: I89230f8a117d9636570e573b7b2657c79aea51c0

Fix detection of i386 in tmpi

The i386 without underscore is not recommended for new code and is not
defined if -std=... (other than gnu...) is passed on the command line.
__i386__ is already present for GCC 3.2 so there is no need for the old
name. Also we use __i386__ in other places in the code already.
We dont pass such a flag by default for 4.6, but the user could.
In 5.0 this fixes tmpi if the compiler supports c++11 and we pass
std=c++11.

Fixes #1533

Change-Id: I615cb91d3e3196a90fa4ba03fa183bf47af5d444

Enable rtp angle/dihedral entries not connected by bonds

pdb2gmx has previously silently ignored any angles or
torsions not connected by bonds. This patch adds code
to mark with RTP/hackblock entries that have been
assigned in this search, and afterwards we add those
that have not yet been matched. In particular, this makes
it possible to have angles or torsions in RTP entries
even if those atoms are not connected by bonds.

Fixes #1276.

Change-Id: I61c3c3954ef8c4cd59956d88b73c6a69c1a66c65

Allow printing potential energies to dhdl.xvg file

Previously, only total energies were printed out to the dhdl.xvg
file.  In many cases, it is more useful to print out just
the potential energies.  For example, when doing mdrun -rerun,
and comparing to output run without rerun, the velocities may not
be identical, which makes it difficult to compare the total
energies between runs when computing free energies and other
observables. dhdl-print-energy can now be 'no', 'total',
or 'potential'. The alternative 'kinetic' should generally not
be needed, since that can be done analytically in all cases.

Backwards compatible in the .tpr since gmx_bool is an int. The
old false value will be interpreted as 'no', and the 'yes' value
as 'total' energy, which will reproduce the old behavior.

Fixes #1329

Change-Id: I16828ef07c46bcfc61fe03744cbf251c00160636

Fixes #1532, SEGV in g_current.

Unfortunately the tool does not do anything useful at this point
in time it seems, it just produces one graph that is non-zero

Change-Id: Ie991b8200628253ab308d36cb5afc80138b1acff

Merge "Merge branch 'release-4-6' into release-5-0" into release-5-0

Merge branch 'release-4-6' into release-5-0

Conflicts:
CMakeLists.txt
Left CMake version condition in favour of new fix from release-4-6;
actual settings logic from release-5-0.

Change-Id: I493571b2aca74647a7547d5c2d9463679bdd858a

Fix error for no 64bit file support

Because the cache was set the error wasn't shown after
rerunning cmake.

Change-Id: I9def74eaecd02d2f2bfc6c40b7954404e2890717

Fixed CMAP generation for alanine dipeptide special residue

Fix CMAP to work for residues not detected as proteins, and
make sure we correctly process single-residue entries that
have residue-internal CMAP definitions. In particular, this
is important for the default alanine dipeptide special
residues (ALAD) in Charmm27.

Fixes #824.

Change-Id: I5538b26175f12dcac983491323b5b6ee303c8434

Update TNG build system

GROMACS can now find and use a copy of TNG installed on the system.
The default is still to compile the version shipped with GROMACS.
That compilation is now handled using the BuildTNG.cmake script, so
there is no duplication between the GROMACS and TNG CMake code that
builds TNG, and the result is fully portable with all supported
environments and CMake versions.

Moved TNG handling into src/gromacs/CMakeLists.txt where it is
actually used.

Bumped the version of the TNG library to 1.6. Corresponds to commit
ba9aea42b01 in the TNG repository.

Renamed md5 things with GROMACS prefixes, so that there is no internal
name clash with the md5 things in TNG, and no client of libgromacs can
get unexpected behaviour.

Updated GMX_USE_TNG=off to work, and silenced unused-parameter
warnings associated with that setting.

Refs #1453 (partial fix)
Fixes #1520

Change-Id: I7ac9b578e45b8e75c67c9df9440eed968a3a9371

Use parallel terminology more consistently

In user-facing docs, log and debug output, we should be consistent.
(Later, in master, we can fix the code and comments). Definitions:

* core: hardware that actually executes instructions
* socket: a group of cores sharing (e.g.) L3 cache
* node: a group of sockets not needing a network connection
  to run in parallel
* thread: vague - an instruction stream (but should not be used
  if one of the foregoing is more appropriate)
* rank: an MPI rank (of either flavour), thus containing at least
  one thread
* process: in mdrun, regarding parallelism, only used when
  needing to distinguish real MPI from tMPI
(These, or similar, will end up in some user docs shortly.)

The goal is to express ourselves in the most relevant abstraction, not
all of them. For example, we should talk about the number of OpenMP
threads per MPI rank without observing that there are two kinds of
implementations of MPI, unless we need to draw a relevant distinction
between those two kinds of implementations.

Where debug output seems more like dumping a data structure than
describing logical state, I've left the names in strings referring to
the members of the data structure (e.g. cr->nodeid, which refers to
the MPI rank).

Changed variable name in gmx_check_thread_affinity_set() from ncpus to
nthreads_hw_avail to make clear that the associated change to the
debug string is correct.

Doubtless there are still uses of "process" that should refer to
"rank," but we use "process" to mean very many different things, so it
is hard to use sed-like tools effectively. Ideally, clang libTooling
would make it easy to find only uses that are present in strings, but
I don't have time to learn how to do that now.

Change-Id: I4dc39dff8be81a30ce803d7833dc305d29d8d188

Default SD integrator is now sd1 by Nicu Goga

The default SD integrator is now sd1, sd2 is deprecated. grompp
and mdrun both warn about sd2, and recommend sd.

The new sd1 integrator was developed by Herman Berendsen and
implemented by Nicu Goga.
Without constraints the sd1 integrator is nearly unchanged.
With constraints the new sd1 integrator is now as accurate as normal
MD with a leap-frog integrator, whereas the sd2 integrator will give
a slightly too high temperature.

Fixes #1496

Change-Id: I02b4537b05742ed499a84b625c4d4bf8994c0304

Remove overeager selection index group check

The check for sorted groups in selections was a bit too eager, and
prevented use of many index groups that would previously have been
perfectly valid for, e.g., g_bond, with gmx distance.  Remove the
check.  Instead, fix the case where unsorted group is passed as the
value of a selection, and add tests for that.

Will reinstantiate the check later in another form, as currently
unsorted index groups get silently accepted and treated in a more or
less random manner in all other cases.  However, this change provides
a usability improvement that could be nice to have, even if I don't
immediately have time to implement the check.

Change-Id: I86e935d8bd08e63a9e3d01fb5a4084d96c5b7006

Another MacOSX rpath fix

Version comparison was wrong. 2.8.11.x is greater 2.8.11 and thus
was using the 2.8.12 method.

Change-Id: I3eda8c6239ad13194a04fa1da59e99adf2e68519

Merge release-4-6 into release-5-0

Conflicts:
CMakeLists.txt
share/top/oplsaa.ff/watermodels.dat
src/gromacs/fileio/trxio.c
src/gromacs/gmxana/anadih.c
src/gromacs/gmxana/gmx_chi.c
src/gromacs/gmxana/gmx_tcaf.c
src/gromacs/gmxlib/checkpoint.c
src/gromacs/legacyheaders/tables.h
src/gromacs/mdlib/shellfc.c
src/gromacs/mdlib/tables.c
src/gromacs/pulling/pull.c
src/kernel/readpull.c -> applied to
             src/gromacs/gmxpreprocess/readpull.c
src/programs/mdrun/repl_ex.c

Change ignored because was already merged:
       src/gromacs/mdlib/sim_util.c

Deleted. No merge:
src/gmxlib/gpu_utils/dummy.cpp

Removal of INSTALL_NAME_DIR not necessary because
was already not there anymore:
src/gmxlib/CMakeLists.txt
src/tools/CMakeLists.txt
src/kernel/CMakeLists.txt
src/mdlib/CMakeLists.txt

Tools deleted - no merge:
src/tools/gmx_bond.c
src/tools/gmx_kinetics.c

Change-Id: Ibeb5a23cce94fb1765ebee271c9c92e001b83630

Always set b-state posres, even if identical to a-state

Previously we did not read the b-state position restraint
file (option -rb) if the name was identical to the a-state,
which caused the position restraints to be zero. Rather
than trying to be smart, we now always read it.

Fixes #1399.

Change-Id: I13d93ab667734f022e48143e4cd0672b7f303e1c

Update g_density to handle bilayers better

As suggested by Chris Neale, we now properly
perform the binning relative to the center rather than
merely shifting the center of the output. While at it,
I have also added a selection for the group to center on
(useful when the membrane is not in the center of
the system, say with a membrane protein), and an option
that allows us to perform the binning in relative
coordinates and output the average dimensions. The last
is useful when there are large box fluctuations. The
tool now also has an expanded help section with a few
recommendations for bilayers.

Fixes #1168.

Change-Id: Id132311f1d6cd4858f99e8f44a0266667100a406

Fix LJPME Lorentz-Berthelot combination rules

Christian found a bug in the way we evaluate
arithmetic combination rules for LJ-PME reciprocal
space. With this change, both group and verlet kernels
produce virtually identical total energies for both
types of reciprocal-space combination rules. It does
not affect the (default) geometric LJPME case.

Change-Id: I4bb0de1df9588dce3ca94e39a370a0b994b25b53

Changed linking order to make Extrae work.

In addition removed redundant GMX_EXTRA_LIBRARIES linkage.
The list is already linked in libgromacs and there's no need
to include it again for mdrun and the tools.

Change-Id: I12e8d32f1f0fb2abceea2a5bd929fad563c1b609

Improve PDB I/O (keep occupancy, b-factor, element)

Retain the extra PDB info such as occupancy, b-factors,
and element name columns with trjconv when providing a
PDB structure file. If you use a TPR file, we still
write the (given atomnumbers being present).
However, we deliberately don't store the pdbinfo in the
TPR file since that is a specification for a particular
experiment, rather than something that's valid in the
simulation.

Fixes #917, #1307.

Change-Id: I80cb8f5a250ba094fe81f32c58b4eb0298164053

Remove obsolete pull-geometry option 'position' from documentation.

Change-Id: Ie7e3e962e1b814c92ebba5de499167b3310d713f

Fix Phi Platform file for MPI

The Platform file was only working without MPI. One could still
compile with MPI without using the toolchain. But now this method
described in the installguide works for MPI too.

Change-Id: I188e3e970a2d4e777ba98cb9e0ea83f6c1276c62

Avoid warnings about coupling when free_energy=no

At least during free energy testing it is irritating to
get a new warning about the molecule listed in couple-mol not
being decoupled when we disable free energy - that is why we
are disabling it. Changing the warning to a note, since it is
really a note to to help, not something that will result in a
bad simulation.

Change-Id: If56061be0ff784aeedfc31b92532927ab562392c

Added information about dihedral restraints.

Fixes #1149.

Change-Id: Ifc6ab09d91116f3059addded11f8b0ed4f200545

Remove install_manifest.txt during make clean.

install_manifest.txt is generated in the build tree during install.
If installation is done as root, subsequent 'make install' as
normal user will fail due to permissions issue to overwrite the file.

Change-Id: Ie29b05db3a6b4f7e07ecd88f02e61c92a99ff003

Fix Visual Studio Project build

Fix two issues with project builds (the default cmake Generator on
Windows, jenkins uses jom):
- build configuration linker flags have to be defined
- only c++ flags are used

Change-Id: I773f45d0937f6bad9a2008ef1cfcbfc6c58a13a0

Merge "Merge release-4-6 into release-5-0" into release-5-0

Merge release-4-6 into release-5-0

This merges commit dced970, which changes many free-energy,
modifier and table-generation code paths, and its fix 349d8056.
That patch 349d8056 contains fixes to potential-shift and
potential-switch, as well as the shift/switch interactions
in combination with free energy. Since 5.0 has undergone
changes in the same areas (both nbnxn free energy, LJ-PME
and force-switch), this commit is a likely place for
bugs to have been introduced, so we keep it as a separate
commit.

Uncrustified the result of the merge.

Conflicts:
src/gmxlib/nonbonded/nb_free_energy.c
Resolved in favour of whichever branch seemed most right; changes from
dced970, 99aa704d and 5f59569a8 were all relevant here. We have
introduced some new LJ-PME-related variables so that code path is
reasonably similar to the coulomb path. We have also fixed a small
bug where the LJPME self-energy (i==j for verlet kernels) was not
multiplied by 0.5.

src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nonbonded.c
Resolved as for dced970

src/gromacs/gmxpreprocess/readir.c
Resolved as for dced970

src/gromacs/mdlib/forcerec.c
Resolved from both branches

src/gromacs/mdlib/sim_util.c
Resolved from both branches, and from 349d8056

src/gromacs/mdlib/tables.c
Resolved from both branches, and added a few lines of code
to make LJ-PME work with shift modifiers.

As noted above, to avoid breaking the 5.0 branch, we have
manually added the changes corresponding to 349d8056 to make
sure force-switch (same as vdwtype=shift) results in correct
dispersion correction, and we have added a fix for the sign
of the LJPME grid c6 term in the generic nonbonded kernels.
This means 349d8056 should not be merged in again to 5.0 later.

Change-Id: Ida29b143a1bcb727ff38f9c63bf133bf749477b1

Fix MacOSX rpath

d9d2b0aa74 added rpath for MacOSX but the install rpath
was wrong for MacOSX.

Change-Id: I33984696a0800baf0c58bc13ffbdddc514008750

Updated Amber GBSA parameters

Updated parameters according to Per Larsson's post on
gmx-users in November 2012 (076230.html) that found energies
to agree to at least within 0.2kJ/mol (OK, not great).

Fixes #1161.

Change-Id: I1666238c332fb9d8cc82ab6faea672e016d78757

Make source compile under Linux X32 ABI

The X32 ABI uses 32-bit pointers in combination with all
other features of x86-64 to save memory. This requires two
minor changes to x86 inline assembly macro checks, where we
need check for __LP64__ (64-bit pointers) rather than
__x86_64__ (which is set for X32). The resulting binaries
run approximately 2% faster, but since it requires all
dependent libraries to be available in X32 format it is
not something we will enable with a simple setting for now.
To use it manually, set CFLAGS and CXXFLAGS to "-O3 -mx32".

Fixes #1263.

Change-Id: I2555b2c68d4bba24f4e581268c472a47fe7d1531

Make it harder for compiler to optimize away SIMD CMake tests

On at least one old version of Linux, a new compiler in
combination with an old assembler led to the compiler
understanding the SIMD code but optimizing it away, which made
the test pass even though the assembler could not handle it.
This changes the return value of the CMake tests to be based on
the SIMD operations, which should make them a lot more
difficult to optimize away.

Fixes #1493.

Change-Id: I3e021c3c718cf54afaadf131c5fa911b3933f61e

Added check for domain decomposition and shells.

Fixes #1376 in as much as that it prevents incorrect calculations.
Can be left out when merging to 5.0 that does not support
particle decomposition. In 5.0 we can write a message about OpenMP
if that works with shells.
Change-Id: Ic07ae70cd3cd5298b6b2d579719da4d267b2d8fb

Manual fixes

* updates for cut-off schemes
* used more Roman fonts for abbreviations that are not algebraic
* fixed layout and bounding boxes of figures
* removed references to removed GROMACS-87 force fields
* changed formatting of column of [moleculetype] parameter-listing
  table because we now have some interactions with really long names
  (and some consequent changes to how footnotes and labels
  have to work)
* removed out-of-date appendix B section on Modifying GROMACS
* fixed aspects of CHARMM description, including adding the second
  reference for nucleic acids, and adding a link to the CHARMM36 port

Change-Id: Icb8c0a6087af282a653bb528d71f77e1bb04fae1

Improved check to decide if to add chain/residue.

Together with the latest TNG library updates this
fixes #1507

Change-Id: Iea7160cc1194fc398f9c4db0cc66f4bd43ce724a

Added check in grompp for shells and inputrec issues.

Some combinations of inputrec settings do not work with shells,
in particular nstcalcenergy > 1 or use of a twin range cutoff.
This is now checked for in grompp. Fixes #1376.

Change-Id: I4382bcf5231920b22c725a7cf8e7b4e17c2526d9

Fixed the sign of mass perturbed contribution

Corrected the sign of the kinetic energy contribution to dHdl and dH.

Fixes #1527.

Change-Id: Ia1a2f708cdbba9a5a120a2ba8510cc2498f4d054

Fixed GROMOS assignment of PRO-NH terminus torsions

This patch also adjusts the parameters for torsions
over N-CA bonds in the termini, according to
suggestions by Justin Lemkul & Drazen Petrov.

Fixes #1022.

Change-Id: Ib00d69eeddf924b1e7e2de33475d774d7da54899

Make sure duplicates bondeds are set from hackblocks

Previously the rtp file could end up containing two
entries when the N/C termini databases added interactions.
These were then quicksorted, which could make the
assignment random. We now check for duplicates and
discard the rtp entry in favor of the hackblock.

Fixes #1395.

Change-Id: I505cfbb7e6c8e8050e6e2935cc417e49a515d8d8

Clean up CMAP placement in parameter list

Some of the CMAP variables were always placed into and
read from the first entry of the parameter list. While this
did not result in any errors, this patch now places them
correctly in the F_CMAP position.

Fixes #1345.

Change-Id: Ic6e09e46c352976cfc1f57ff903c082b4ec43df8

Added multisimulation info to log/output

mdrun now reports that it is part of a multisimulation
setup, how many simulations there are, and that the
detailed MPI/OpenMP data applies to the individual
simulation.

Fixes #1204.

Change-Id: I04f1edf9a7fd1eda202b83713bdd877807242dca

Fixed recent bug with disp.corr. and vdwtype=shift

The very recent commit dced970a introduced a small error
in the dispersion correction with vdwtype=shift.

Change-Id: I23c082ed190a5eda096504a23b277fb879c5feb4

Extend version checking/warnings for checkpoint continuation

Detect if the major/minor versions differ, and write a more
explicit warning that both explains this type of continuation
is unsupported, and recommend to use the -noappend option.
In contrast, for cases where only the patch level differs,
we now only issue a note that the binary has changed, since
this is fully supported.

Fixes #1230.

Change-Id: Ifec509de0e5a05d170ada89fd000c961e311c9ca

Enable terminus-specific atom translation

By adding protein-nterm and protein-cterm classes for atom
name translation in xlateat.dat we now avoid replacing
names such as O2 in non-standard amino acids. This patch
also corrects a cosmetic issue in the number of residues
claimed to be found in each chain by pdb2gmx.

Fixes #567.

Change-Id: I5956991e3ff3e5e1202330a857fd773f9e9b6945

Added tip5p to the list of watermodels in some FF.

Added support for flexible tip5p to OPLSAA and parameters
were taken from the Amber/Charmm tip5p.itp files.

There are, however, various problems with that water model.
This commit doesn't resolve them so the bug report below
will need to be followed up at later stage.

watermodels.dat now includes a note about these issues
and refers users to the redmine report.

Refs #1348.

Change-Id: I3adaae21f35efbb4240716e91f1bb5d256c8853e

Enable 4-letter resname in PDB output, keeps more pdbinfo.

This still fully adheres to the PDB standard since column 21
is not used by the standard. All common programs (PyMol, VMD, etc)
understand the 4-letter format, and programs that only read three
letters will still read the same filename as they used to. In
particular, this conserves most residue names during pdb<->gro
format conversions. We have also killed the non-standard
wide pdb format to avoid writing broken PDB files.

Fixes #725. Refs #917.

Change-Id: I9b6b8f2e191acdfb65ca2b5d96f39249cd71ea98

Detect non-fatal warnings when trying CFlags for source

We now first check the flag itself (and catch warnings),
after which we check if our SIMD source compiles with it.

Fixes #1461.

Change-Id: Ic6ae99f62c5657195a59dc83ab08399d3491249a

Enable xvgr output and labels for g_principal

g_principal now writes proper xgr files instead of raw
data files, and the output has more explanatory axis
labels as well as legends for the data sets.

Fixes #609.

Change-Id: I1eb7914a25661734e6a95e70413194ef723f9635

Disallow extracting V/F from XTC files in g_traj

We now issue a fatal error if the user asks for velocities or
forces to be written to as output from g_traj when the input
XTC file does not contain these quantities.

Fixes #1298.

Change-Id: I45a12fb1e5db5b2b2e1b072444e5430373fbaaa3

Warn if using nsteps=0 without continuation=yes

To achieve true single-point energy evaluations for a structure
we should not constrain the initial conformation. This is
typically done by settings nsteps=0, so grompp now warns if this
is used while keeping continuation = no (the default).

Fixes #1231.

Change-Id: I4e65b66f6535da4206e7dbd5f7769a33c94ec12d

Implemented fatal error for nstcalcenergy!=1 with shells.

The combination of using shell particles with a value for
nstcalcenergy that is different from 1 leads to energies
not being communicated around on a parallel machine and hence
a meaningless shell relaxation procedure. This patch will just
bail out with a fatal error if the combination is detected.
Fixes #1376.

Change-Id: Ia54f1480b2358355438acb5de31dfa56b7f8d603

More clear message for undefined pullgroups.

When a pull group was not defined in the index file,
grompp didn't report in a clear way where the problem was.

Fixes #1446.

Change-Id: If571b46b91f6ad28213808b6e18d96e1da0be79d

Make log file option listing similar to mdp names

Modify names to be consistent with the mdp file spelling
and abbreviations, to the extent possible. This patch also
removes the unused ndelta option.

Fixes #1514.

Change-Id: I3e56ee3dc773d027b2c0c5ca060fa34e4930a4d6

Use ${CMAKE_INSTALL_LIBDIR} as lib directory for tng_io library

Directory lib was used as library directory for tng_io library. This
causes problems on Debian wheezy (and future versions), which expect
libraries to be installed under lib/<arch>. GROMACS already uses
${CMAKE_INSTALL_LIBDIR} for libgromacs.so, and this patch makes
libtng_io and libtng_compress install in the same location.

This was also addressed in the TNG repository and this commit
corresponds to commit e8fa7bf3abfc74acf60a048cdfe1f65fdbc0dc2d in
the TNG repository.

This patch also bumps minimum CMake version required for building
tng_io from 2.8 to 2.8.8 due to inclusion of GNUInstallDirs module.

Change-Id: I68b2196ab77e3e18c3a50717327e59b3482f2a29

Make sure masses are copied from termini databases

Masses should always be copied from termini databases,
where they are mandatory since they are specified before
the charge, rather than picking them from atomtypes.atp.
This patch also adjusts a few of the default CHARMM27
charges in atomtypes.atp that deviated in the 3rd decimal.

Fixes #1207.

Change-Id: I6f0c87989ae285ff435cd56c64432988c6634824

Fix g_mindist with pbc=XY

Fixes #1189.

Change-Id: I7c8242df6f2644bebc49c13c86412f8bc1d37428

Fixed typo in oplsaa ASPH charges.

Part of #1395.

Change-Id: I03c88c8377affadc629c7b9a04d5e8ddd1cb946a

Fix that seeking was wrong if frame time was modified

The trjconv -t0 option causes fr->time to be modified and
this then causes the skipping to be incorrect. Alternative
we could document that fr->time shouldn't be modified
and change that trjconv makes a copy of fr before changing
time. This change has the advantage it is less likely
to reintroduce the problem.

Fixes #1405, #1406

Change-Id: Ibd692dfecdf175450fc43f7f35b774bf4446b316

Removed unused parameters and cleanup of inputrec.

Removed optimize_fft, dihre_fc, nstcheckpoint.

Fixes #820, related to #552.

Change-Id: I8d1c3700834e5575972165410b3b29cbb56cba53

Fixed shells with particle decomposition

In the spirit of version 5.0, the recent Verlet scheme fix for shells,
commit debd482d, removed the support for PD. Now it's back.

Refs #1429.

Change-Id: I686d4287ec8946e418aa98e739a1a81a0b7f7055

Fix ref error in constraint pull code

With multiple pull constraints, the convergence check would use
the reference distance of the last constraint for all constraints.

Change-Id: Ic15d5dd618acc6d3aa5ca0f1e009c6f8096ed0d1

Small typos in surface tension description.

Fixes #816.

Change-Id: I9273f186ad17b5c373d4a3e87fcf0a981dba40e3

Bumped the TNG library to the latest version.

This is commit f7083045c6f7d23bac47b8302e413becd53fc030
in the TNG repository.

Change-Id: I1f5a9edbaf1588b6d1cee6cf86a7ea254aad23a1