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summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: 8ebd438)
Fixed GROMOS assignment of PRO-NH terminus torsions
authorErik Lindahl <erik@kth.se>
Mon, 23 Jun 2014 00:34:37 +0000 (02:34 +0200)
committerGerrit Code Review <gerrit@gerrit.gromacs.org>
Tue, 24 Jun 2014 12:24:56 +0000 (14:24 +0200)
This patch also adjusts the parameters for torsions
over N-CA bonds in the termini, according to
suggestions by Justin Lemkul & Drazen Petrov.

Fixes #1022.

Change-Id: Ib00d69eeddf924b1e7e2de33475d774d7da54899

share/top/gromos43a1.ff/aminoacids.n.tdb patch | blob | history
share/top/gromos43a2.ff/aminoacids.n.tdb patch | blob | history
share/top/gromos53a5.ff/aminoacids.n.tdb patch | blob | history
share/top/gromos53a6.ff/aminoacids.n.tdb patch | blob | history
share/top/gromos54a7.ff/aminoacids.n.tdb patch | blob | history

diff --git a/share/top/gromos43a1.ff/aminoacids.n.tdb b/share/top/gromos43a1.ff/aminoacids.n.tdb
index 7b513a1fab5a03dc73d4c937e33173297d1da742..d14447ec3316d805e7ac65fd8c589d947530e267 100644 (file)
--- a/share/top/gromos43a1.ff/aminoacids.n.tdb
+++ b/share/top/gromos43a1.ff/aminoacids.n.tdb
@@ -21,7 +21,7 @@ CA    N       H1      ga_10
 CA     N       H2      ga_10
 CA     N       H3      ga_10
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_14
+H1     N       CA      C       gd_19
 
 [ NH2 ]
 [ replace ]
@@ -39,7 +39,7 @@ H1    N       H2      ga_9
 CA     N       H1      ga_10
 CA     N       H2      ga_10
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_14
+H1     N       CA      C       gd_19
 
 [ PRO-NH2+ ]
 [ replace ]
@@ -57,7 +57,7 @@ CA    N       H2      ga_10
 CD     N       H1      ga_10
 CD     N       H2      ga_10
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_14
+CD     N       CA      C       gd_19
 
 [ PRO-NH ]
 [ replace ]
@@ -70,6 +70,8 @@ N     H       gb_2
 [ angles ]
 CA     N       H       ga_10
 CD     N       H       ga_10
+[ dihedrals ]
+CD      N       CA      C       gd_19
 
 [ GLY-NH3+ ]
 [ replace ]
@@ -92,5 +94,5 @@ CA    N       H1      ga_10
 CA     N       H2      ga_10
 CA     N       H3      ga_10
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_14
+H1     N       CA      C       gd_19
 
diff --git a/share/top/gromos43a2.ff/aminoacids.n.tdb b/share/top/gromos43a2.ff/aminoacids.n.tdb
index 7b513a1fab5a03dc73d4c937e33173297d1da742..d14447ec3316d805e7ac65fd8c589d947530e267 100644 (file)
--- a/share/top/gromos43a2.ff/aminoacids.n.tdb
+++ b/share/top/gromos43a2.ff/aminoacids.n.tdb
@@ -21,7 +21,7 @@ CA    N       H1      ga_10
 CA     N       H2      ga_10
 CA     N       H3      ga_10
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_14
+H1     N       CA      C       gd_19
 
 [ NH2 ]
 [ replace ]
@@ -39,7 +39,7 @@ H1    N       H2      ga_9
 CA     N       H1      ga_10
 CA     N       H2      ga_10
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_14
+H1     N       CA      C       gd_19
 
 [ PRO-NH2+ ]
 [ replace ]
@@ -57,7 +57,7 @@ CA    N       H2      ga_10
 CD     N       H1      ga_10
 CD     N       H2      ga_10
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_14
+CD     N       CA      C       gd_19
 
 [ PRO-NH ]
 [ replace ]
@@ -70,6 +70,8 @@ N     H       gb_2
 [ angles ]
 CA     N       H       ga_10
 CD     N       H       ga_10
+[ dihedrals ]
+CD      N       CA      C       gd_19
 
 [ GLY-NH3+ ]
 [ replace ]
@@ -92,5 +94,5 @@ CA    N       H1      ga_10
 CA     N       H2      ga_10
 CA     N       H3      ga_10
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_14
+H1     N       CA      C       gd_19
 
diff --git a/share/top/gromos53a5.ff/aminoacids.n.tdb b/share/top/gromos53a5.ff/aminoacids.n.tdb
index 08f0beb2315e9e8892bc80d22a32557b519b71bf..af24c6060942599e029bd5d89800c7036f0ac764 100644 (file)
--- a/share/top/gromos53a5.ff/aminoacids.n.tdb
+++ b/share/top/gromos53a5.ff/aminoacids.n.tdb
@@ -21,7 +21,7 @@ CA    N       H1      ga_11
 CA     N       H2      ga_11
 CA     N       H3      ga_11
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_29
+H1     N       CA      C       gd_39
 
 [ NH2 ]
 [ replace ]
@@ -39,7 +39,7 @@ H1    N       H2      ga_10
 CA     N       H1      ga_11
 CA     N       H2      ga_11
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_29
+H1     N       CA      C       gd_39
 
 [ PRO-NH2+ ]
 [ replace ]
@@ -59,7 +59,7 @@ CA    N       H2      ga_11
 CD     N       H1      ga_11
 CD     N       H2      ga_11
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_29
+CD     N       CA      C       gd_39
 
 [ PRO-NH ]
 [ replace ]
@@ -72,6 +72,8 @@ N     H       gb_2
 [ angles ]
 CA     N       H       ga_11
 CD     N       H       ga_11
+[ dihedrals ]
+CD      N       CA      C       gd_39
 
 [ GLY-NH3+ ]
 [ replace ]
@@ -94,5 +96,5 @@ CA    N       H1      ga_11
 CA     N       H2      ga_11
 CA     N       H3      ga_11
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_29
+H1     N       CA      C       gd_39
 
diff --git a/share/top/gromos53a6.ff/aminoacids.n.tdb b/share/top/gromos53a6.ff/aminoacids.n.tdb
index 3d58ae40b3bada8cf0f539e303cbe82d062506ac..6a116ec222c02ecc9801985bf8b3a1f8634f152c 100644 (file)
--- a/share/top/gromos53a6.ff/aminoacids.n.tdb
+++ b/share/top/gromos53a6.ff/aminoacids.n.tdb
@@ -21,7 +21,7 @@ CA    N       H1      ga_11
 CA     N       H2      ga_11
 CA     N       H3      ga_11
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_29
+H1     N       CA      C       gd_39
 
 [ NH2 ]
 [ replace ]
@@ -40,7 +40,7 @@ H1    N       H2      ga_10
 CA     N       H1      ga_11
 CA     N       H2      ga_11
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_29
+H1     N       CA      C       gd_39
 
 [ PRO-NH2+ ]
 [ replace ]
@@ -60,7 +60,7 @@ CA    N       H2      ga_11
 CD     N       H1      ga_11
 CD     N       H2      ga_11
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_29
+CD     N       CA      C       gd_39
 
 [ PRO-NH ]
 [ replace ]
@@ -73,6 +73,8 @@ N     H       gb_2
 [ angles ]
 CA     N       H       ga_11
 CD     N       H       ga_11
+[ dihedrals ]
+CD      N       CA      C       gd_39
 
 [ GLY-NH3+ ]
 [ replace ]
@@ -95,5 +97,5 @@ CA    N       H1      ga_11
 CA     N       H2      ga_11
 CA     N       H3      ga_11
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_29
+H1     N       CA      C       gd_39
 
diff --git a/share/top/gromos54a7.ff/aminoacids.n.tdb b/share/top/gromos54a7.ff/aminoacids.n.tdb
index 119d105b8d750a611d2af96f25d0cbd9f373eadb..97d9eea4f7edfe8c2401e53de3623c1471c32dce 100644 (file)
--- a/share/top/gromos54a7.ff/aminoacids.n.tdb
+++ b/share/top/gromos54a7.ff/aminoacids.n.tdb
@@ -21,7 +21,7 @@ CA    N       H1      ga_11
 CA     N       H2      ga_11
 CA     N       H3      ga_11
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_29
+H1     N       CA      C       gd_39
 
 [ NH2 ]
 [ replace ]
@@ -40,7 +40,7 @@ H1    N       H2      ga_10
 CA     N       H1      ga_11
 CA     N       H2      ga_11
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_29
+H1     N       CA      C       gd_39
 
 [ PRO-NH2+ ]
 [ replace ]
@@ -60,7 +60,7 @@ CA    N       H2      ga_11
 CD     N       H1      ga_11
 CD     N       H2      ga_11
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_29
+CD     N       CA      C       gd_39
 
 [ PRO-NH ]
 [ replace ]
@@ -73,6 +73,8 @@ N     H       gb_2
 [ angles ]
 CA     N       H       ga_11
 CD     N       H       ga_11
+[ dihedrals ]
+CD      N       CA      C       gd_39
 
 [ GLY-NH3+ ]
 [ replace ]
@@ -95,5 +97,5 @@ CA    N       H1      ga_11
 CA     N       H2      ga_11
 CA     N       H3      ga_11
 [ dihedrals ]
-H1     N       CA      C       gd_29
+H1     N       CA      C       gd_39
 
Local GROMACS mirror with custom stuff