Enable 4-letter resname in PDB output, keeps more pdbinfo.
authorErik Lindahl <erik@kth.se>
Sat, 21 Jun 2014 21:30:50 +0000 (23:30 +0200)
committerGerrit Code Review <gerrit@gerrit.gromacs.org>
Mon, 23 Jun 2014 15:49:12 +0000 (17:49 +0200)
commit43a02a476131046c3f1544796c66052e61d6bb72
tree4e0bfcc0299b87e586a91482835d0b8d4a7afeca
parent964b797d2c3a4cfe4b36be8c4627af04843b886c
Enable 4-letter resname in PDB output, keeps more pdbinfo.

This still fully adheres to the PDB standard since column 21
is not used by the standard. All common programs (PyMol, VMD, etc)
understand the 4-letter format, and programs that only read three
letters will still read the same filename as they used to. In
particular, this conserves most residue names during pdb<->gro
format conversions. We have also killed the non-standard
wide pdb format to avoid writing broken PDB files.

Fixes #725. Refs #917.

Change-Id: I9b6b8f2e191acdfb65ca2b5d96f39249cd71ea98
src/gromacs/fileio/pdbio.c
src/gromacs/fileio/pdbio.h
src/gromacs/gmxana/gmx_anaeig.c
src/gromacs/gmxana/gmx_chi.c
src/gromacs/gmxana/gmx_editconf.c
src/gromacs/mdlib/constr.c
src/gromacs/mdlib/domdec.c
src/gromacs/mdlib/pme.c
src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/refdata/SelectModuleTest_HandlesMaxPDBOutput.xml
src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/refdata/SelectModuleTest_HandlesPDBOutputWithPDBInput.xml
src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/refdata/SelectModuleTest_HandlesSelectedPDBOutput.xml