Updated Amber GBSA parameters

Updated parameters according to Per Larsson's post on
gmx-users in November 2012 (076230.html) that found energies
to agree to at least within 0.2kJ/mol (OK, not great).

Fixes #1161.

Change-Id: I1666238c332fb9d8cc82ab6faea672e016d78757

diff --git a/share/top/amber03.ff/gbsa.itp b/share/top/amber03.ff/gbsa.itp
index 363f1c6a32d0da3bc3f3920be6760e603f52f352..ad74dcde140bc88f978adf5241f30271f32baf7b 100644 (file)
--- a/share/top/amber03.ff/gbsa.itp
+++ b/share/top/amber03.ff/gbsa.itp
@@ -1,38 +1,35 @@
 [ implicit_genborn_params ]
-
 ; atype      sar      st     pi       gbr       hct
-C            0.172    1      1.554    0.1875    0.72 ; C
-CA           0.18     1      1.037    0.1875    0.72 ; C
-CB           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-CC           0.172    1      1.554    0.1875    0.72 ; C
-CN           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-CR           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C
-CT           0.18     1      1.276    0.190     0.72 ; C
-CV           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C 
-CW           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C
-C*           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-H            0.1      1      1        0.115     0.85 ; H
-HC           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-H0           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-H1           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HA           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-H4           0.1      1      1        0.115     0.85 ; H
-H5           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HO           0.1      1      1        0.105     0.85 ; H
-HS           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HP           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-N            0.155    1      1.028    0.17063   0.79 ; N
-NA           0.155    1      1.028    0.17063   0.79 ; N
-NB           0.155    1      1.215    0.17063   0.79 ; N
-N2           0.16     1      1.215    0.17063   0.79 ; N
-N3           0.16     1      1.215    0.1625    0.79 ; N
-O            0.15     1      0.926    0.148     0.85 ; O
-OH           0.152    1      1.080    0.1535    0.85 ; O
-O2           0.17     1      0.922    0.148     0.85 ; O
-S            0.18     1      1.121    0.1775    0.96 ; S
-SH           0.18     1      1.121    0.1775    0.96 ; S
-
+;Br           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
+C            0.172    1      1.554    0.17    0.72 ; C
+CA           0.18     1      1.037    0.17    0.72 ; C
+CB           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+CC           0.172    1      1.554    0.17    0.72 ; C
+CN           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+CR           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+CT           0.18     1      1.276    0.17     0.72 ; C
+CV           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+CW           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+C*           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+H            0.1      1      1        0.13     0.85 ; H
+HC           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H1           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HA           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H4           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H5           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HO           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HS           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HP           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+N            0.155    1      1.028    0.155   0.79 ; N
+NA           0.155    1      1.028    0.155   0.79 ; N
+NB           0.155    1      1.215    0.155   0.79 ; N
+N2           0.16     1      1.215    0.155   0.79 ; N
+N3           0.16     1      1.215    0.155    0.79 ; N
+O            0.15     1      0.926    0.15     0.85 ; O
+OH           0.152    1      1.080    0.15    0.85 ; O
+O2           0.17     1      0.922    0.15     0.85 ; O
+S            0.18     1      1.121    0.18    0.96 ; S
+SH           0.18     1      1.121    0.18    0.96 ; S
 ; masscenters for vsites do not have gbsa parameters
-
 MNH3         0        0      0        0         0
 MCH3         0        0      0        0         0

diff --git a/share/top/amber94.ff/gbsa.itp b/share/top/amber94.ff/gbsa.itp
index e4197c9ab445342b9f41e6528939939ff5bf6651..ad74dcde140bc88f978adf5241f30271f32baf7b 100644 (file)
--- a/share/top/amber94.ff/gbsa.itp
+++ b/share/top/amber94.ff/gbsa.itp
@@ -1,38 +1,35 @@
 [ implicit_genborn_params ]
-
 ; atype      sar      st     pi       gbr       hct
-;H0           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-C            0.172    1      1.554    0.1875    0.72 ; C
-CA           0.18     1      1.037    0.1875    0.72 ; C
-CB           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-CC           0.172    1      1.554    0.1875    0.72 ; C
-CN           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-CR           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C
-CT           0.18     1      1.276    0.190     0.72 ; C
-CV           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C 
-CW           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C
-C*           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-H            0.1      1      1        0.115     0.85 ; H
-HC           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-H1           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HA           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-H4           0.1      1      1        0.115     0.85 ; H
-H5           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HO           0.1      1      1        0.105     0.85 ; H
-HS           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HP           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-N            0.155    1      1.028    0.17063   0.79 ; N
-NA           0.155    1      1.028    0.17063   0.79 ; N
-NB           0.155    1      1.215    0.17063   0.79 ; N
-N2           0.16     1      1.215    0.17063   0.79 ; N
-N3           0.16     1      1.215    0.1625    0.79 ; N
-O            0.15     1      0.926    0.148     0.85 ; O
-OH           0.152    1      1.080    0.1535    0.85 ; O
-O2           0.17     1      0.922    0.148     0.85 ; O
-S            0.18     1      1.121    0.1775    0.96 ; S
-SH           0.18     1      1.121    0.1775    0.96 ; S
-
+;Br           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
+C            0.172    1      1.554    0.17    0.72 ; C
+CA           0.18     1      1.037    0.17    0.72 ; C
+CB           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+CC           0.172    1      1.554    0.17    0.72 ; C
+CN           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+CR           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+CT           0.18     1      1.276    0.17     0.72 ; C
+CV           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+CW           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+C*           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+H            0.1      1      1        0.13     0.85 ; H
+HC           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H1           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HA           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H4           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H5           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HO           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HS           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HP           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+N            0.155    1      1.028    0.155   0.79 ; N
+NA           0.155    1      1.028    0.155   0.79 ; N
+NB           0.155    1      1.215    0.155   0.79 ; N
+N2           0.16     1      1.215    0.155   0.79 ; N
+N3           0.16     1      1.215    0.155    0.79 ; N
+O            0.15     1      0.926    0.15     0.85 ; O
+OH           0.152    1      1.080    0.15    0.85 ; O
+O2           0.17     1      0.922    0.15     0.85 ; O
+S            0.18     1      1.121    0.18    0.96 ; S
+SH           0.18     1      1.121    0.18    0.96 ; S
 ; masscenters for vsites do not have gbsa parameters
-
 MNH3         0        0      0        0         0
 MCH3         0        0      0        0         0

diff --git a/share/top/amber96.ff/gbsa.itp b/share/top/amber96.ff/gbsa.itp
index e4197c9ab445342b9f41e6528939939ff5bf6651..ad74dcde140bc88f978adf5241f30271f32baf7b 100644 (file)
--- a/share/top/amber96.ff/gbsa.itp
+++ b/share/top/amber96.ff/gbsa.itp
@@ -1,38 +1,35 @@
 [ implicit_genborn_params ]
-
 ; atype      sar      st     pi       gbr       hct
-;H0           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-C            0.172    1      1.554    0.1875    0.72 ; C
-CA           0.18     1      1.037    0.1875    0.72 ; C
-CB           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-CC           0.172    1      1.554    0.1875    0.72 ; C
-CN           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-CR           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C
-CT           0.18     1      1.276    0.190     0.72 ; C
-CV           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C 
-CW           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C
-C*           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-H            0.1      1      1        0.115     0.85 ; H
-HC           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-H1           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HA           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-H4           0.1      1      1        0.115     0.85 ; H
-H5           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HO           0.1      1      1        0.105     0.85 ; H
-HS           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HP           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-N            0.155    1      1.028    0.17063   0.79 ; N
-NA           0.155    1      1.028    0.17063   0.79 ; N
-NB           0.155    1      1.215    0.17063   0.79 ; N
-N2           0.16     1      1.215    0.17063   0.79 ; N
-N3           0.16     1      1.215    0.1625    0.79 ; N
-O            0.15     1      0.926    0.148     0.85 ; O
-OH           0.152    1      1.080    0.1535    0.85 ; O
-O2           0.17     1      0.922    0.148     0.85 ; O
-S            0.18     1      1.121    0.1775    0.96 ; S
-SH           0.18     1      1.121    0.1775    0.96 ; S
-
+;Br           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
+C            0.172    1      1.554    0.17    0.72 ; C
+CA           0.18     1      1.037    0.17    0.72 ; C
+CB           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+CC           0.172    1      1.554    0.17    0.72 ; C
+CN           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+CR           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+CT           0.18     1      1.276    0.17     0.72 ; C
+CV           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+CW           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+C*           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+H            0.1      1      1        0.13     0.85 ; H
+HC           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H1           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HA           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H4           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H5           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HO           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HS           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HP           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+N            0.155    1      1.028    0.155   0.79 ; N
+NA           0.155    1      1.028    0.155   0.79 ; N
+NB           0.155    1      1.215    0.155   0.79 ; N
+N2           0.16     1      1.215    0.155   0.79 ; N
+N3           0.16     1      1.215    0.155    0.79 ; N
+O            0.15     1      0.926    0.15     0.85 ; O
+OH           0.152    1      1.080    0.15    0.85 ; O
+O2           0.17     1      0.922    0.15     0.85 ; O
+S            0.18     1      1.121    0.18    0.96 ; S
+SH           0.18     1      1.121    0.18    0.96 ; S
 ; masscenters for vsites do not have gbsa parameters
-
 MNH3         0        0      0        0         0
 MCH3         0        0      0        0         0

diff --git a/share/top/amber99.ff/gbsa.itp b/share/top/amber99.ff/gbsa.itp
index 632e8cbe13a3d8d188e388681901e7843c940982..ad74dcde140bc88f978adf5241f30271f32baf7b 100644 (file)
--- a/share/top/amber99.ff/gbsa.itp
+++ b/share/top/amber99.ff/gbsa.itp
@@ -1,38 +1,35 @@
 [ implicit_genborn_params ]
-
 ; atype      sar      st     pi       gbr       hct
 ;Br           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-C            0.172    1      1.554    0.1875    0.72 ; C
-CA           0.18     1      1.037    0.1875    0.72 ; C
-CB           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-CC           0.172    1      1.554    0.1875    0.72 ; C
-CN           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-CR           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C
-CT           0.18     1      1.276    0.190     0.72 ; C
-CV           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C 
-CW           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C
-C*           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-H            0.1      1      1        0.115     0.85 ; H
-HC           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-H1           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HA           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-H4           0.1      1      1        0.115     0.85 ; H
-H5           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HO           0.1      1      1        0.105     0.85 ; H
-HS           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HP           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-N            0.155    1      1.028    0.17063   0.79 ; N
-NA           0.155    1      1.028    0.17063   0.79 ; N
-NB           0.155    1      1.215    0.17063   0.79 ; N
-N2           0.16     1      1.215    0.17063   0.79 ; N
-N3           0.16     1      1.215    0.1625    0.79 ; N
-O            0.15     1      0.926    0.148     0.85 ; O
-OH           0.152    1      1.080    0.1535    0.85 ; O
-O2           0.17     1      0.922    0.148     0.85 ; O
-S            0.18     1      1.121    0.1775    0.96 ; S
-SH           0.18     1      1.121    0.1775    0.96 ; S
-
+C            0.172    1      1.554    0.17    0.72 ; C
+CA           0.18     1      1.037    0.17    0.72 ; C
+CB           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+CC           0.172    1      1.554    0.17    0.72 ; C
+CN           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+CR           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+CT           0.18     1      1.276    0.17     0.72 ; C
+CV           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+CW           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+C*           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+H            0.1      1      1        0.13     0.85 ; H
+HC           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H1           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HA           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H4           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H5           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HO           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HS           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HP           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+N            0.155    1      1.028    0.155   0.79 ; N
+NA           0.155    1      1.028    0.155   0.79 ; N
+NB           0.155    1      1.215    0.155   0.79 ; N
+N2           0.16     1      1.215    0.155   0.79 ; N
+N3           0.16     1      1.215    0.155    0.79 ; N
+O            0.15     1      0.926    0.15     0.85 ; O
+OH           0.152    1      1.080    0.15    0.85 ; O
+O2           0.17     1      0.922    0.15     0.85 ; O
+S            0.18     1      1.121    0.18    0.96 ; S
+SH           0.18     1      1.121    0.18    0.96 ; S
 ; masscenters for vsites do not have gbsa parameters
-
 MNH3         0        0      0        0         0
 MCH3         0        0      0        0         0

diff --git a/share/top/amber99sb-ildn.ff/gbsa.itp b/share/top/amber99sb-ildn.ff/gbsa.itp
index 632e8cbe13a3d8d188e388681901e7843c940982..ad74dcde140bc88f978adf5241f30271f32baf7b 100644 (file)
--- a/share/top/amber99sb-ildn.ff/gbsa.itp
+++ b/share/top/amber99sb-ildn.ff/gbsa.itp
@@ -1,38 +1,35 @@
 [ implicit_genborn_params ]
-
 ; atype      sar      st     pi       gbr       hct
 ;Br           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-C            0.172    1      1.554    0.1875    0.72 ; C
-CA           0.18     1      1.037    0.1875    0.72 ; C
-CB           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-CC           0.172    1      1.554    0.1875    0.72 ; C
-CN           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-CR           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C
-CT           0.18     1      1.276    0.190     0.72 ; C
-CV           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C 
-CW           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C
-C*           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-H            0.1      1      1        0.115     0.85 ; H
-HC           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-H1           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HA           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-H4           0.1      1      1        0.115     0.85 ; H
-H5           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HO           0.1      1      1        0.105     0.85 ; H
-HS           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HP           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-N            0.155    1      1.028    0.17063   0.79 ; N
-NA           0.155    1      1.028    0.17063   0.79 ; N
-NB           0.155    1      1.215    0.17063   0.79 ; N
-N2           0.16     1      1.215    0.17063   0.79 ; N
-N3           0.16     1      1.215    0.1625    0.79 ; N
-O            0.15     1      0.926    0.148     0.85 ; O
-OH           0.152    1      1.080    0.1535    0.85 ; O
-O2           0.17     1      0.922    0.148     0.85 ; O
-S            0.18     1      1.121    0.1775    0.96 ; S
-SH           0.18     1      1.121    0.1775    0.96 ; S
-
+C            0.172    1      1.554    0.17    0.72 ; C
+CA           0.18     1      1.037    0.17    0.72 ; C
+CB           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+CC           0.172    1      1.554    0.17    0.72 ; C
+CN           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+CR           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+CT           0.18     1      1.276    0.17     0.72 ; C
+CV           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+CW           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+C*           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+H            0.1      1      1        0.13     0.85 ; H
+HC           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H1           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HA           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H4           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H5           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HO           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HS           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HP           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+N            0.155    1      1.028    0.155   0.79 ; N
+NA           0.155    1      1.028    0.155   0.79 ; N
+NB           0.155    1      1.215    0.155   0.79 ; N
+N2           0.16     1      1.215    0.155   0.79 ; N
+N3           0.16     1      1.215    0.155    0.79 ; N
+O            0.15     1      0.926    0.15     0.85 ; O
+OH           0.152    1      1.080    0.15    0.85 ; O
+O2           0.17     1      0.922    0.15     0.85 ; O
+S            0.18     1      1.121    0.18    0.96 ; S
+SH           0.18     1      1.121    0.18    0.96 ; S
 ; masscenters for vsites do not have gbsa parameters
-
 MNH3         0        0      0        0         0
 MCH3         0        0      0        0         0

diff --git a/share/top/amber99sb.ff/gbsa.itp b/share/top/amber99sb.ff/gbsa.itp
index 632e8cbe13a3d8d188e388681901e7843c940982..ad74dcde140bc88f978adf5241f30271f32baf7b 100644 (file)
--- a/share/top/amber99sb.ff/gbsa.itp
+++ b/share/top/amber99sb.ff/gbsa.itp
@@ -1,38 +1,35 @@
 [ implicit_genborn_params ]
-
 ; atype      sar      st     pi       gbr       hct
 ;Br           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-C            0.172    1      1.554    0.1875    0.72 ; C
-CA           0.18     1      1.037    0.1875    0.72 ; C
-CB           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-CC           0.172    1      1.554    0.1875    0.72 ; C
-CN           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-CR           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C
-CT           0.18     1      1.276    0.190     0.72 ; C
-CV           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C 
-CW           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C
-C*           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-H            0.1      1      1        0.115     0.85 ; H
-HC           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-H1           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HA           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-H4           0.1      1      1        0.115     0.85 ; H
-H5           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HO           0.1      1      1        0.105     0.85 ; H
-HS           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HP           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-N            0.155    1      1.028    0.17063   0.79 ; N
-NA           0.155    1      1.028    0.17063   0.79 ; N
-NB           0.155    1      1.215    0.17063   0.79 ; N
-N2           0.16     1      1.215    0.17063   0.79 ; N
-N3           0.16     1      1.215    0.1625    0.79 ; N
-O            0.15     1      0.926    0.148     0.85 ; O
-OH           0.152    1      1.080    0.1535    0.85 ; O
-O2           0.17     1      0.922    0.148     0.85 ; O
-S            0.18     1      1.121    0.1775    0.96 ; S
-SH           0.18     1      1.121    0.1775    0.96 ; S
-
+C            0.172    1      1.554    0.17    0.72 ; C
+CA           0.18     1      1.037    0.17    0.72 ; C
+CB           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+CC           0.172    1      1.554    0.17    0.72 ; C
+CN           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+CR           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+CT           0.18     1      1.276    0.17     0.72 ; C
+CV           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+CW           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+C*           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+H            0.1      1      1        0.13     0.85 ; H
+HC           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H1           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HA           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H4           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H5           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HO           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HS           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HP           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+N            0.155    1      1.028    0.155   0.79 ; N
+NA           0.155    1      1.028    0.155   0.79 ; N
+NB           0.155    1      1.215    0.155   0.79 ; N
+N2           0.16     1      1.215    0.155   0.79 ; N
+N3           0.16     1      1.215    0.155    0.79 ; N
+O            0.15     1      0.926    0.15     0.85 ; O
+OH           0.152    1      1.080    0.15    0.85 ; O
+O2           0.17     1      0.922    0.15     0.85 ; O
+S            0.18     1      1.121    0.18    0.96 ; S
+SH           0.18     1      1.121    0.18    0.96 ; S
 ; masscenters for vsites do not have gbsa parameters
-
 MNH3         0        0      0        0         0
 MCH3         0        0      0        0         0

diff --git a/share/top/amberGS.ff/gbsa.itp b/share/top/amberGS.ff/gbsa.itp
index e4197c9ab445342b9f41e6528939939ff5bf6651..ad74dcde140bc88f978adf5241f30271f32baf7b 100644 (file)
--- a/share/top/amberGS.ff/gbsa.itp
+++ b/share/top/amberGS.ff/gbsa.itp
@@ -1,38 +1,35 @@
 [ implicit_genborn_params ]
-
 ; atype      sar      st     pi       gbr       hct
-;H0           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-C            0.172    1      1.554    0.1875    0.72 ; C
-CA           0.18     1      1.037    0.1875    0.72 ; C
-CB           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-CC           0.172    1      1.554    0.1875    0.72 ; C
-CN           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-CR           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C
-CT           0.18     1      1.276    0.190     0.72 ; C
-CV           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C 
-CW           0.18     1      1.073    0.1875    0.72 ; C
-C*           0.172    0.012  1.554    0.1875    0.72 ; C
-H            0.1      1      1        0.115     0.85 ; H
-HC           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-H1           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HA           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-H4           0.1      1      1        0.115     0.85 ; H
-H5           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HO           0.1      1      1        0.105     0.85 ; H
-HS           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-HP           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
-N            0.155    1      1.028    0.17063   0.79 ; N
-NA           0.155    1      1.028    0.17063   0.79 ; N
-NB           0.155    1      1.215    0.17063   0.79 ; N
-N2           0.16     1      1.215    0.17063   0.79 ; N
-N3           0.16     1      1.215    0.1625    0.79 ; N
-O            0.15     1      0.926    0.148     0.85 ; O
-OH           0.152    1      1.080    0.1535    0.85 ; O
-O2           0.17     1      0.922    0.148     0.85 ; O
-S            0.18     1      1.121    0.1775    0.96 ; S
-SH           0.18     1      1.121    0.1775    0.96 ; S
-
+;Br           0.1      1      1        0.125     0.85 ; H
+C            0.172    1      1.554    0.17    0.72 ; C
+CA           0.18     1      1.037    0.17    0.72 ; C
+CB           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+CC           0.172    1      1.554    0.17    0.72 ; C
+CN           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+CR           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+CT           0.18     1      1.276    0.17     0.72 ; C
+CV           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+CW           0.18     1      1.073    0.17    0.72 ; C
+C*           0.172    0.012  1.554    0.17    0.72 ; C
+H            0.1      1      1        0.13     0.85 ; H
+HC           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H1           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HA           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H4           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+H5           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HO           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HS           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+HP           0.1      1      1        0.12     0.85 ; H
+N            0.155    1      1.028    0.155   0.79 ; N
+NA           0.155    1      1.028    0.155   0.79 ; N
+NB           0.155    1      1.215    0.155   0.79 ; N
+N2           0.16     1      1.215    0.155   0.79 ; N
+N3           0.16     1      1.215    0.155    0.79 ; N
+O            0.15     1      0.926    0.15     0.85 ; O
+OH           0.152    1      1.080    0.15    0.85 ; O
+O2           0.17     1      0.922    0.15     0.85 ; O
+S            0.18     1      1.121    0.18    0.96 ; S
+SH           0.18     1      1.121    0.18    0.96 ; S
 ; masscenters for vsites do not have gbsa parameters
-
 MNH3         0        0      0        0         0
 MCH3         0        0      0        0         0