src/gromacs/topology/symtab.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "symtab.h"
  40
  41 #include <stdio.h>
  42 #include <string.h>
  43
  44 #include <algorithm>
  45
  46 #include "gromacs/legacyheaders/txtdump.h"
  47 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  48 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  49 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  50
  51 #define BUFSIZE         1024
  52 #define TABLESIZE       5
  53
  54 static char *trim_string(const char *s, char *out, int maxlen)
  55 /*
  56  * Returns a pointer to a static area which contains a copy
  57  * of s without leading or trailing spaces. Strings are
  58  * truncated to BUFSIZE positions.
  59  */
  60 {
  61     int len, i;
  62
  63     if (strlen(s) > (size_t)(maxlen-1))
  64     {
  65         gmx_fatal(FARGS, "String '%s' (%d) is longer than buffer (%d).\n",
  66                   s, strlen(s), maxlen-1);
  67     }
  68
  69     for (; (*s) && ((*s) == ' '); s++)
  70     {
  71         ;
  72     }
  73     for (len = strlen(s); (len > 0); len--)
  74     {
  75         if (s[len-1] != ' ')
  76         {
  77             break;
  78         }
  79     }
  80     if (len >= BUFSIZE)
  81     {
  82         len = BUFSIZE-1;
  83     }
  84     for (i = 0; i < len; i++)
  85     {
  86         out[i] = *(s++);
  87     }
  88     out[i] = 0;
  89     return out;
  90 }
  91
  92 int lookup_symtab(t_symtab *symtab, char **name)
  93 {
  94     int       base;
  95     t_symbuf *symbuf;
  96
  97     base   = 0;
  98     symbuf = symtab->symbuf;
  99     while (symbuf != NULL)
 100     {
 101         const int index = name-symbuf->buf;
 102         if ( ( index >= 0 ) && ( index < symbuf->bufsize ) )
 103         {
 104             return index+base;
 105         }
 106         else
 107         {
 108             base  += symbuf->bufsize;
 109             symbuf = symbuf->next;
 110         }
 111     }
 112     gmx_fatal(FARGS, "symtab lookup \"%s\" not found", *name);
 113     return -1;
 114 }
 115
 116 char **get_symtab_handle(t_symtab *symtab, int name)
 117 {
 118     t_symbuf *symbuf;
 119
 120     symbuf = symtab->symbuf;
 121     while (symbuf != NULL)
 122     {
 123         if (name < symbuf->bufsize)
 124         {
 125             return &(symbuf->buf[name]);
 126         }
 127         else
 128         {
 129             name  -= symbuf->bufsize;
 130             symbuf = symbuf->next;
 131         }
 132     }
 133     gmx_fatal(FARGS, "symtab get_symtab_handle %d not found", name);
 134     return NULL;
 135 }
 136
 137 static t_symbuf *new_symbuf(void)
 138 {
 139     t_symbuf *symbuf;
 140
 141     snew(symbuf, 1);
 142     symbuf->bufsize = TABLESIZE;
 143     snew(symbuf->buf, symbuf->bufsize);
 144     symbuf->next = NULL;
 145
 146     return symbuf;
 147 }
 148
 149 static char **enter_buf(t_symtab *symtab, char *name)
 150 {
 151     int          i;
 152     t_symbuf    *symbuf;
 153     gmx_bool     bCont;
 154
 155     if (symtab->symbuf == NULL)
 156     {
 157         symtab->symbuf = new_symbuf();
 158     }
 159
 160     symbuf = symtab->symbuf;
 161     do
 162     {
 163         for (i = 0; (i < symbuf->bufsize); i++)
 164         {
 165             if (symbuf->buf[i] == NULL)
 166             {
 167                 symtab->nr++;
 168                 symbuf->buf[i] = gmx_strdup(name);
 169                 return &(symbuf->buf[i]);
 170             }
 171             else if (strcmp(symbuf->buf[i], name) == 0)
 172             {
 173                 return &(symbuf->buf[i]);
 174             }
 175         }
 176         if (symbuf->next != NULL)
 177         {
 178             symbuf = symbuf->next;
 179             bCont  = TRUE;
 180         }
 181         else
 182         {
 183             bCont = FALSE;
 184         }
 185     }
 186     while (bCont);
 187
 188     symbuf->next = new_symbuf();
 189     symbuf       = symbuf->next;
 190
 191     symtab->nr++;
 192     symbuf->buf[0] = gmx_strdup(name);
 193     return &(symbuf->buf[0]);
 194 }
 195
 196 char **put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name)
 197 {
 198     char buf[1024];
 199
 200     return enter_buf(symtab, trim_string(name, buf, 1023));
 201 }
 202
 203 void open_symtab(t_symtab *symtab)
 204 {
 205     symtab->nr     = 0;
 206     symtab->symbuf = NULL;
 207 }
 208
 209 void close_symtab(t_symtab gmx_unused *symtab)
 210 {
 211 }
 212
 213 void done_symtab(t_symtab *symtab)
 214 {
 215     int       i;
 216     t_symbuf *symbuf, *freeptr;
 217
 218     close_symtab(symtab);
 219     symbuf = symtab->symbuf;
 220     while (symbuf != NULL)
 221     {
 222         for (i = 0; (i < symbuf->bufsize) && (i < symtab->nr); i++)
 223         {
 224             sfree(symbuf->buf[i]);
 225         }
 226         symtab->nr -= i;
 227         sfree(symbuf->buf);
 228         freeptr = symbuf;
 229         symbuf  = symbuf->next;
 230         sfree(freeptr);
 231     }
 232     symtab->symbuf = NULL;
 233     if (symtab->nr != 0)
 234     {
 235         gmx_incons("Freeing symbol table (symtab) structure");
 236     }
 237 }
 238
 239 void free_symtab(t_symtab *symtab)
 240 {
 241     t_symbuf *symbuf, *freeptr;
 242
 243     close_symtab(symtab);
 244     symbuf = symtab->symbuf;
 245     while (symbuf != NULL)
 246     {
 247         symtab->nr -= std::min(symbuf->bufsize, symtab->nr);
 248         freeptr     = symbuf;
 249         symbuf      = symbuf->next;
 250         sfree(freeptr);
 251     }
 252     symtab->symbuf = NULL;
 253     if (symtab->nr != 0)
 254     {
 255         gmx_incons("Freeing symbol table (symtab) structure");
 256     }
 257 }
 258
 259 void pr_symtab(FILE *fp, int indent, const char *title, t_symtab *symtab)
 260 {
 261     int       i, j, nr;
 262     t_symbuf *symbuf;
 263
 264     if (available(fp, symtab, indent, title))
 265     {
 266         indent = pr_title_n(fp, indent, title, symtab->nr);
 267         i      = 0;
 268         nr     = symtab->nr;
 269         symbuf = symtab->symbuf;
 270         while (symbuf != NULL)
 271         {
 272             for (j = 0; (j < symbuf->bufsize) && (j < nr); j++)
 273             {
 274                 pr_indent(fp, indent);
 275                 (void) fprintf(fp, "%s[%d]=\"%s\"\n", title, i++, symbuf->buf[j]);
 276             }
 277             nr    -= j;
 278             symbuf = symbuf->next;
 279         }
 280         if (nr != 0)
 281         {
 282             gmx_incons("Printing symbol table (symtab) structure");
 283         }
 284     }
 285 }