src/gromacs/topology/atoms.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "atoms.h"
  40
  41 #include <cstring>
  42
  43 #include "gromacs/topology/symtab.h"
  44 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  45
  46 void init_atom(t_atoms *at)
  47 {
  48     at->nr        = 0;
  49     at->nres      = 0;
  50     at->atom      = NULL;
  51     at->resinfo   = NULL;
  52     at->atomname  = NULL;
  53     at->atomtype  = NULL;
  54     at->atomtypeB = NULL;
  55     at->pdbinfo   = NULL;
  56 }
  57
  58 void init_atomtypes(t_atomtypes *at)
  59 {
  60     at->nr         = 0;
  61     at->radius     = NULL;
  62     at->vol        = NULL;
  63     at->atomnumber = NULL;
  64     at->gb_radius  = NULL;
  65     at->S_hct      = NULL;
  66 }
  67
  68 void done_atom(t_atoms *at)
  69 {
  70     at->nr       = 0;
  71     at->nres     = 0;
  72     sfree(at->atom);
  73     sfree(at->resinfo);
  74     sfree(at->atomname);
  75     sfree(at->atomtype);
  76     sfree(at->atomtypeB);
  77     if (at->pdbinfo)
  78     {
  79         sfree(at->pdbinfo);
  80     }
  81 }
  82
  83 void done_atomtypes(t_atomtypes *atype)
  84 {
  85     atype->nr = 0;
  86     sfree(atype->radius);
  87     sfree(atype->vol);
  88     sfree(atype->surftens);
  89     sfree(atype->atomnumber);
  90     sfree(atype->gb_radius);
  91     sfree(atype->S_hct);
  92 }
  93
  94 void add_t_atoms(t_atoms *atoms, int natom_extra, int nres_extra)
  95 {
  96     int i;
  97
  98     if (natom_extra > 0)
  99     {
 100         srenew(atoms->atomname, atoms->nr+natom_extra);
 101         srenew(atoms->atom, atoms->nr+natom_extra);
 102         if (NULL != atoms->pdbinfo)
 103         {
 104             srenew(atoms->pdbinfo, atoms->nr+natom_extra);
 105         }
 106         if (NULL != atoms->atomtype)
 107         {
 108             srenew(atoms->atomtype, atoms->nr+natom_extra);
 109         }
 110         if (NULL != atoms->atomtypeB)
 111         {
 112             srenew(atoms->atomtypeB, atoms->nr+natom_extra);
 113         }
 114         for (i = atoms->nr; (i < atoms->nr+natom_extra); i++)
 115         {
 116             atoms->atomname[i] = NULL;
 117             memset(&atoms->atom[i], 0, sizeof(atoms->atom[i]));
 118             if (NULL != atoms->pdbinfo)
 119             {
 120                 std::memset(&atoms->pdbinfo[i], 0, sizeof(atoms->pdbinfo[i]));
 121             }
 122             if (NULL != atoms->atomtype)
 123             {
 124                 atoms->atomtype[i] = NULL;
 125             }
 126             if (NULL != atoms->atomtypeB)
 127             {
 128                 atoms->atomtypeB[i] = NULL;
 129             }
 130         }
 131         atoms->nr += natom_extra;
 132     }
 133     if (nres_extra > 0)
 134     {
 135         srenew(atoms->resinfo, atoms->nres+nres_extra);
 136         for (i = atoms->nres; (i < atoms->nres+nres_extra); i++)
 137         {
 138             std::memset(&atoms->resinfo[i], 0, sizeof(atoms->resinfo[i]));
 139         }
 140         atoms->nres += nres_extra;
 141     }
 142 }
 143
 144 void init_t_atoms(t_atoms *atoms, int natoms, gmx_bool bPdbinfo)
 145 {
 146     atoms->nr   = natoms;
 147     atoms->nres = 0;
 148     snew(atoms->atomname, natoms);
 149     atoms->atomtype  = NULL;
 150     atoms->atomtypeB = NULL;
 151     snew(atoms->resinfo, natoms);
 152     snew(atoms->atom, natoms);
 153     if (bPdbinfo)
 154     {
 155         snew(atoms->pdbinfo, natoms);
 156     }
 157     else
 158     {
 159         atoms->pdbinfo = NULL;
 160     }
 161 }
 162
 163 t_atoms *copy_t_atoms(t_atoms *src)
 164 {
 165     t_atoms *dst;
 166     int      i;
 167
 168     snew(dst, 1);
 169     init_t_atoms(dst, src->nr, (NULL != src->pdbinfo));
 170     dst->nr = src->nr;
 171     if (NULL != src->atomname)
 172     {
 173         snew(dst->atomname, src->nr);
 174     }
 175     if (NULL != src->atomtype)
 176     {
 177         snew(dst->atomtype, src->nr);
 178     }
 179     if (NULL != src->atomtypeB)
 180     {
 181         snew(dst->atomtypeB, src->nr);
 182     }
 183     for (i = 0; (i < src->nr); i++)
 184     {
 185         dst->atom[i] = src->atom[i];
 186         if (NULL != src->pdbinfo)
 187         {
 188             dst->pdbinfo[i] = src->pdbinfo[i];
 189         }
 190         if (NULL != src->atomname)
 191         {
 192             dst->atomname[i]  = src->atomname[i];
 193         }
 194         if (NULL != src->atomtype)
 195         {
 196             dst->atomtype[i] = src->atomtype[i];
 197         }
 198         if (NULL != src->atomtypeB)
 199         {
 200             dst->atomtypeB[i] = src->atomtypeB[i];
 201         }
 202     }
 203     dst->nres = src->nres;
 204     for (i = 0; (i < src->nres); i++)
 205     {
 206         dst->resinfo[i] = src->resinfo[i];
 207     }
 208     return dst;
 209 }
 210
 211 void t_atoms_set_resinfo(t_atoms *atoms, int atom_ind, t_symtab *symtab,
 212                          const char *resname, int resnr, unsigned char ic,
 213                          int chainnum, char chainid)
 214 {
 215     t_resinfo *ri;
 216
 217     ri           = &atoms->resinfo[atoms->atom[atom_ind].resind];
 218     ri->name     = put_symtab(symtab, resname);
 219     ri->rtp      = NULL;
 220     ri->nr       = resnr;
 221     ri->ic       = ic;
 222     ri->chainnum = chainnum;
 223     ri->chainid  = chainid;
 224 }
 225
 226 void free_t_atoms(t_atoms *atoms, gmx_bool bFreeNames)
 227 {
 228     int i;
 229
 230     if (bFreeNames && atoms->atomname != NULL)
 231     {
 232         for (i = 0; i < atoms->nr; i++)
 233         {
 234             if (atoms->atomname[i] != NULL)
 235             {
 236                 sfree(*atoms->atomname[i]);
 237                 *atoms->atomname[i] = NULL;
 238             }
 239         }
 240     }
 241     if (bFreeNames && atoms->resinfo != NULL)
 242     {
 243         for (i = 0; i < atoms->nres; i++)
 244         {
 245             if (atoms->resinfo[i].name != NULL)
 246             {
 247                 sfree(*atoms->resinfo[i].name);
 248                 *atoms->resinfo[i].name = NULL;
 249             }
 250         }
 251     }
 252     if (bFreeNames && atoms->atomtype != NULL)
 253     {
 254         for (i = 0; i < atoms->nr; i++)
 255         {
 256             if (atoms->atomtype[i] != NULL)
 257             {
 258                 sfree(*atoms->atomtype[i]);
 259                 *atoms->atomtype[i] = NULL;
 260             }
 261         }
 262     }
 263     if (bFreeNames && atoms->atomtypeB != NULL)
 264     {
 265         for (i = 0; i < atoms->nr; i++)
 266         {
 267             if (atoms->atomtypeB[i] != NULL)
 268             {
 269                 sfree(*atoms->atomtypeB[i]);
 270                 *atoms->atomtypeB[i] = NULL;
 271             }
 272         }
 273     }
 274     sfree(atoms->atomname);
 275     sfree(atoms->atomtype);
 276     sfree(atoms->atomtypeB);
 277     sfree(atoms->resinfo);
 278     sfree(atoms->atom);
 279     sfree(atoms->pdbinfo);
 280     atoms->nr        = 0;
 281     atoms->nres      = 0;
 282     atoms->atomname  = NULL;
 283     atoms->atomtype  = NULL;
 284     atoms->atomtypeB = NULL;
 285     atoms->resinfo   = NULL;
 286     atoms->atom      = NULL;
 287     atoms->pdbinfo   = NULL;
 288 }