src/gromacs/tools/convert_tpr.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include <math.h>
  40
  41 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  42 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  43 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  44 #include "gromacs/fileio/trnio.h"
  45 #include "gromacs/gmxpreprocess/readir.h"
  46 #include "gromacs/legacyheaders/checkpoint.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  48 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  49 #include "gromacs/legacyheaders/types/inputrec.h"
  50 #include "gromacs/legacyheaders/types/simple.h"
  51 #include "gromacs/legacyheaders/types/state.h"
  52 #include "gromacs/math/vec.h"
  53 #include "gromacs/random/random.h"
  54 #include "gromacs/topology/index.h"
  55 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  56 #include "gromacs/topology/topology.h"
  57 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  58 #include "gromacs/utility/futil.h"
  59 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  60
  61 #define RANGECHK(i, n) if ((i) >= (n)) gmx_fatal(FARGS, "Your index file contains atomnumbers (e.g. %d)\nthat are larger than the number of atoms in the tpr file (%d)", (i), (n))
  62
  63 static gmx_bool *bKeepIt(int gnx, int natoms, atom_id index[])
  64 {
  65     gmx_bool *b;
  66     int       i;
  67
  68     snew(b, natoms);
  69     for (i = 0; (i < gnx); i++)
  70     {
  71         RANGECHK(index[i], natoms);
  72         b[index[i]] = TRUE;
  73     }
  74
  75     return b;
  76 }
  77
  78 static atom_id *invind(int gnx, int natoms, atom_id index[])
  79 {
  80     atom_id *inv;
  81     int      i;
  82
  83     snew(inv, natoms);
  84     for (i = 0; (i < gnx); i++)
  85     {
  86         RANGECHK(index[i], natoms);
  87         inv[index[i]] = i;
  88     }
  89
  90     return inv;
  91 }
  92
  93 static void reduce_block(gmx_bool bKeep[], t_block *block,
  94                          const char *name)
  95 {
  96     atom_id *index;
  97     int      i, j, newi, newj;
  98
  99     snew(index, block->nr);
 100
 101     newi = newj = 0;
 102     for (i = 0; (i < block->nr); i++)
 103     {
 104         for (j = block->index[i]; (j < block->index[i+1]); j++)
 105         {
 106             if (bKeep[j])
 107             {
 108                 newj++;
 109             }
 110         }
 111         if (newj > index[newi])
 112         {
 113             newi++;
 114             index[newi] = newj;
 115         }
 116     }
 117
 118     fprintf(stderr, "Reduced block %8s from %6d to %6d index-, %6d to %6d a-entries\n",
 119             name, block->nr, newi, block->index[block->nr], newj);
 120     block->index = index;
 121     block->nr    = newi;
 122 }
 123
 124 static void reduce_blocka(atom_id invindex[], gmx_bool bKeep[], t_blocka *block,
 125                           const char *name)
 126 {
 127     atom_id *index, *a;
 128     int      i, j, k, newi, newj;
 129
 130     snew(index, block->nr);
 131     snew(a, block->nra);
 132
 133     newi = newj = 0;
 134     for (i = 0; (i < block->nr); i++)
 135     {
 136         for (j = block->index[i]; (j < block->index[i+1]); j++)
 137         {
 138             k = block->a[j];
 139             if (bKeep[k])
 140             {
 141                 a[newj] = invindex[k];
 142                 newj++;
 143             }
 144         }
 145         if (newj > index[newi])
 146         {
 147             newi++;
 148             index[newi] = newj;
 149         }
 150     }
 151
 152     fprintf(stderr, "Reduced block %8s from %6d to %6d index-, %6d to %6d a-entries\n",
 153             name, block->nr, newi, block->nra, newj);
 154     block->index = index;
 155     block->a     = a;
 156     block->nr    = newi;
 157     block->nra   = newj;
 158 }
 159
 160 static void reduce_rvec(int gnx, atom_id index[], rvec vv[])
 161 {
 162     rvec *ptr;
 163     int   i;
 164
 165     snew(ptr, gnx);
 166     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 167     {
 168         copy_rvec(vv[index[i]], ptr[i]);
 169     }
 170     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 171     {
 172         copy_rvec(ptr[i], vv[i]);
 173     }
 174     sfree(ptr);
 175 }
 176
 177 static void reduce_atom(int gnx, atom_id index[], t_atom atom[], char ***atomname,
 178                         int *nres, t_resinfo *resinfo)
 179 {
 180     t_atom    *ptr;
 181     char    ***aname;
 182     t_resinfo *rinfo;
 183     int        i, nr;
 184
 185     snew(ptr, gnx);
 186     snew(aname, gnx);
 187     snew(rinfo, atom[index[gnx-1]].resind+1);
 188     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 189     {
 190         ptr[i]   = atom[index[i]];
 191         aname[i] = atomname[index[i]];
 192     }
 193     nr = -1;
 194     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 195     {
 196         atom[i]     = ptr[i];
 197         atomname[i] = aname[i];
 198         if ((i == 0) || (atom[i].resind != atom[i-1].resind))
 199         {
 200             nr++;
 201             rinfo[nr] = resinfo[atom[i].resind];
 202         }
 203         atom[i].resind = nr;
 204     }
 205     nr++;
 206     for (i = 0; (i < nr); i++)
 207     {
 208         resinfo[i] = rinfo[i];
 209     }
 210     *nres = nr;
 211
 212     sfree(aname);
 213     sfree(ptr);
 214     sfree(rinfo);
 215 }
 216
 217 static void reduce_ilist(atom_id invindex[], gmx_bool bKeep[],
 218                          t_ilist *il, int nratoms, const char *name)
 219 {
 220     t_iatom *ia;
 221     int      i, j, newnr;
 222     gmx_bool bB;
 223
 224     if (il->nr)
 225     {
 226         snew(ia, il->nr);
 227         newnr = 0;
 228         for (i = 0; (i < il->nr); i += nratoms+1)
 229         {
 230             bB = TRUE;
 231             for (j = 1; (j <= nratoms); j++)
 232             {
 233                 bB = bB && bKeep[il->iatoms[i+j]];
 234             }
 235             if (bB)
 236             {
 237                 ia[newnr++] = il->iatoms[i];
 238                 for (j = 1; (j <= nratoms); j++)
 239                 {
 240                     ia[newnr++] = invindex[il->iatoms[i+j]];
 241                 }
 242             }
 243         }
 244         fprintf(stderr, "Reduced ilist %8s from %6d to %6d entries\n",
 245                 name, il->nr/(nratoms+1),
 246                 newnr/(nratoms+1));
 247
 248         il->nr = newnr;
 249         for (i = 0; (i < newnr); i++)
 250         {
 251             il->iatoms[i] = ia[i];
 252         }
 253
 254         sfree(ia);
 255     }
 256 }
 257
 258 static void reduce_topology_x(int gnx, atom_id index[],
 259                               gmx_mtop_t *mtop, rvec x[], rvec v[])
 260 {
 261     t_topology   top;
 262     gmx_bool    *bKeep;
 263     atom_id     *invindex;
 264     int          i;
 265
 266     top      = gmx_mtop_t_to_t_topology(mtop);
 267     bKeep    = bKeepIt(gnx, top.atoms.nr, index);
 268     invindex = invind(gnx, top.atoms.nr, index);
 269
 270     reduce_block(bKeep, &(top.cgs), "cgs");
 271     reduce_block(bKeep, &(top.mols), "mols");
 272     reduce_blocka(invindex, bKeep, &(top.excls), "excls");
 273     reduce_rvec(gnx, index, x);
 274     reduce_rvec(gnx, index, v);
 275     reduce_atom(gnx, index, top.atoms.atom, top.atoms.atomname,
 276                 &(top.atoms.nres), top.atoms.resinfo);
 277
 278     for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 279     {
 280         reduce_ilist(invindex, bKeep, &(top.idef.il[i]),
 281                      interaction_function[i].nratoms,
 282                      interaction_function[i].name);
 283     }
 284
 285     top.atoms.nr = gnx;
 286
 287     mtop->nmoltype = 1;
 288     snew(mtop->moltype, mtop->nmoltype);
 289     mtop->moltype[0].name  = mtop->name;
 290     mtop->moltype[0].atoms = top.atoms;
 291     for (i = 0; i < F_NRE; i++)
 292     {
 293         mtop->moltype[0].ilist[i] = top.idef.il[i];
 294     }
 295     mtop->moltype[0].atoms = top.atoms;
 296     mtop->moltype[0].cgs   = top.cgs;
 297     mtop->moltype[0].excls = top.excls;
 298
 299     mtop->nmolblock = 1;
 300     snew(mtop->molblock, mtop->nmolblock);
 301     mtop->molblock[0].type       = 0;
 302     mtop->molblock[0].nmol       = 1;
 303     mtop->molblock[0].natoms_mol = top.atoms.nr;
 304     mtop->molblock[0].nposres_xA = 0;
 305     mtop->molblock[0].nposres_xB = 0;
 306
 307     mtop->natoms                 = top.atoms.nr;
 308 }
 309
 310 static void zeroq(atom_id index[], gmx_mtop_t *mtop)
 311 {
 312     int mt, i;
 313
 314     for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
 315     {
 316         for (i = 0; (i < mtop->moltype[mt].atoms.nr); i++)
 317         {
 318             mtop->moltype[mt].atoms.atom[index[i]].q  = 0;
 319             mtop->moltype[mt].atoms.atom[index[i]].qB = 0;
 320         }
 321     }
 322 }
 323
 324 int gmx_convert_tpr(int argc, char *argv[])
 325 {
 326     const char       *desc[] = {
 327         "[THISMODULE] can edit run input files in four ways.[PAR]",
 328         "[BB]1.[bb] by modifying the number of steps in a run input file",
 329         "with options [TT]-extend[tt], [TT]-until[tt] or [TT]-nsteps[tt]",
 330         "(nsteps=-1 means unlimited number of steps)[PAR]",
 331         "[BB]2.[bb] (OBSOLETE) by creating a run input file",
 332         "for a continuation run when your simulation has crashed due to e.g.",
 333         "a full disk, or by making a continuation run input file.",
 334         "This option is obsolete, since mdrun now writes and reads",
 335         "checkpoint files.",
 336         "[BB]Note[bb] that a frame with coordinates and velocities is needed.",
 337         "When pressure and/or Nose-Hoover temperature coupling is used",
 338         "an energy file can be supplied to get an exact continuation",
 339         "of the original run.[PAR]",
 340         "[BB]3.[bb] by creating a [TT].tpx[tt] file for a subset of your original",
 341         "tpx file, which is useful when you want to remove the solvent from",
 342         "your [TT].tpx[tt] file, or when you want to make e.g. a pure C[GRK]alpha[grk] [TT].tpx[tt] file.",
 343         "Note that you may need to use [TT]-nsteps -1[tt] (or similar) to get",
 344         "this to work.",
 345         "[BB]WARNING: this [TT].tpx[tt] file is not fully functional[bb].[PAR]",
 346         "[BB]4.[bb] by setting the charges of a specified group",
 347         "to zero. This is useful when doing free energy estimates",
 348         "using the LIE (Linear Interaction Energy) method."
 349     };
 350
 351     const char       *top_fn, *frame_fn;
 352     t_fileio         *fp;
 353     ener_file_t       fp_ener = NULL;
 354     t_trnheader       head;
 355     int               i;
 356     gmx_int64_t       nsteps_req, run_step, frame;
 357     double            run_t, state_t;
 358     gmx_bool          bOK, bNsteps, bExtend, bUntil, bTime, bTraj;
 359     gmx_bool          bFrame, bUse, bSel, bNeedEner, bReadEner, bScanEner, bFepState;
 360     gmx_mtop_t        mtop;
 361     t_atoms           atoms;
 362     t_inputrec       *ir, *irnew = NULL;
 363     t_gromppopts     *gopts;
 364     t_state           state;
 365     rvec             *newx = NULL, *newv = NULL, *tmpx, *tmpv;
 366     matrix            newbox;
 367     int               gnx;
 368     char             *grpname;
 369     atom_id          *index = NULL;
 370     int               nre;
 371     gmx_enxnm_t      *enm     = NULL;
 372     t_enxframe       *fr_ener = NULL;
 373     char              buf[200], buf2[200];
 374     output_env_t      oenv;
 375     t_filenm          fnm[] = {
 376         { efTPR, NULL,  NULL,    ffREAD  },
 377         { efTRN, "-f",  NULL,    ffOPTRD },
 378         { efEDR, "-e",  NULL,    ffOPTRD },
 379         { efNDX, NULL,  NULL,    ffOPTRD },
 380         { efTPR, "-o",  "tprout", ffWRITE }
 381     };
 382 #define NFILE asize(fnm)
 383
 384     /* Command line options */
 385     static int      nsteps_req_int = 0;
 386     static real     start_t        = -1.0, extend_t = 0.0, until_t = 0.0;
 387     static int      init_fep_state = 0;
 388     static gmx_bool bContinuation  = TRUE, bZeroQ = FALSE, bVel = TRUE;
 389     static t_pargs  pa[]           = {
 390         { "-extend",        FALSE, etREAL, {&extend_t},
 391           "Extend runtime by this amount (ps)" },
 392         { "-until",         FALSE, etREAL, {&until_t},
 393           "Extend runtime until this ending time (ps)" },
 394         { "-nsteps",        FALSE, etINT,  {&nsteps_req_int},
 395           "Change the number of steps" },
 396         { "-time",          FALSE, etREAL, {&start_t},
 397           "Continue from frame at this time (ps) instead of the last frame" },
 398         { "-zeroq",         FALSE, etBOOL, {&bZeroQ},
 399           "Set the charges of a group (from the index) to zero" },
 400         { "-vel",           FALSE, etBOOL, {&bVel},
 401           "Require velocities from trajectory" },
 402         { "-cont",          FALSE, etBOOL, {&bContinuation},
 403           "For exact continuation, the constraints should not be applied before the first step" },
 404         { "-init_fep_state", FALSE, etINT, {&init_fep_state},
 405           "fep state to initialize from" },
 406     };
 407     int             nerror = 0;
 408
 409     /* Parse the command line */
 410     if (!parse_common_args(&argc, argv, 0, NFILE, fnm, asize(pa), pa,
 411                            asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv))
 412     {
 413         return 0;
 414     }
 415
 416     /* Convert int to gmx_int64_t */
 417     nsteps_req = nsteps_req_int;
 418     bNsteps    = opt2parg_bSet("-nsteps", asize(pa), pa);
 419     bExtend    = opt2parg_bSet("-extend", asize(pa), pa);
 420     bUntil     = opt2parg_bSet("-until", asize(pa), pa);
 421     bFepState  = opt2parg_bSet("-init_fep_state", asize(pa), pa);
 422     bTime      = opt2parg_bSet("-time", asize(pa), pa);
 423     bTraj      = (opt2bSet("-f", NFILE, fnm) || bTime);
 424
 425     top_fn = ftp2fn(efTPR, NFILE, fnm);
 426     fprintf(stderr, "Reading toplogy and stuff from %s\n", top_fn);
 427
 428     snew(ir, 1);
 429     read_tpx_state(top_fn, ir, &state, NULL, &mtop);
 430     run_step = ir->init_step;
 431     run_t    = ir->init_step*ir->delta_t + ir->init_t;
 432
 433     if (!EI_STATE_VELOCITY(ir->eI))
 434     {
 435         bVel = FALSE;
 436     }
 437
 438     if (bTraj)
 439     {
 440         fprintf(stderr, "\n"
 441                 "NOTE: Reading the state from trajectory is an obsolete feature of gmx convert-tpr.\n"
 442                 "      Continuation should be done by loading a checkpoint file with mdrun -cpi\n"
 443                 "      This guarantees that all state variables are transferred.\n"
 444                 "      gmx convert-tpr is now only useful for increasing nsteps,\n"
 445                 "      but even that can often be avoided by using mdrun -maxh\n"
 446                 "\n");
 447
 448         if (ir->bContinuation != bContinuation)
 449         {
 450             fprintf(stderr, "Modifying ir->bContinuation to %s\n",
 451                     bool_names[bContinuation]);
 452         }
 453         ir->bContinuation = bContinuation;
 454
 455
 456         bNeedEner = (ir->epc == epcPARRINELLORAHMAN || ir->etc == etcNOSEHOOVER);
 457         bReadEner = (bNeedEner && ftp2bSet(efEDR, NFILE, fnm));
 458         bScanEner = (bReadEner && !bTime);
 459
 460         if (ir->epc != epcNO || EI_SD(ir->eI) || ir->eI == eiBD)
 461         {
 462             fprintf(stderr, "NOTE: The simulation uses pressure coupling and/or stochastic dynamics.\n"
 463                     "gmx convert-tpr can not provide binary identical continuation.\n"
 464                     "If you want that, supply a checkpoint file to mdrun\n\n");
 465         }
 466
 467         if (EI_SD(ir->eI) || ir->eI == eiBD)
 468         {
 469             fprintf(stderr, "\nChanging ld-seed from %"GMX_PRId64 " ", ir->ld_seed);
 470             ir->ld_seed = (gmx_int64_t)gmx_rng_make_seed();
 471             fprintf(stderr, "to %"GMX_PRId64 "\n\n", ir->ld_seed);
 472         }
 473
 474         frame_fn = ftp2fn(efTRN, NFILE, fnm);
 475
 476         if (fn2ftp(frame_fn) == efCPT)
 477         {
 478             int sim_part;
 479
 480             fprintf(stderr,
 481                     "\nREADING STATE FROM CHECKPOINT %s...\n\n",
 482                     frame_fn);
 483
 484             read_checkpoint_state(frame_fn, &sim_part,
 485                                   &run_step, &run_t, &state);
 486         }
 487         else
 488         {
 489             fprintf(stderr,
 490                     "\nREADING COORDS, VELS AND BOX FROM TRAJECTORY %s...\n\n",
 491                     frame_fn);
 492
 493             fp = open_trn(frame_fn, "r");
 494             if (bScanEner)
 495             {
 496                 fp_ener = open_enx(ftp2fn(efEDR, NFILE, fnm), "r");
 497                 do_enxnms(fp_ener, &nre, &enm);
 498                 snew(fr_ener, 1);
 499                 fr_ener->t = -1e-12;
 500             }
 501
 502             /* Now scan until the last set of x and v (step == 0)
 503              * or the ones at step step.
 504              */
 505             bFrame = TRUE;
 506             frame  = 0;
 507             while (bFrame)
 508             {
 509                 bFrame = fread_trnheader(fp, &head, &bOK);
 510                 if (bOK && frame == 0)
 511                 {
 512                     if (mtop.natoms != head.natoms)
 513                     {
 514                         gmx_fatal(FARGS, "Number of atoms in Topology (%d) "
 515                                   "is not the same as in Trajectory (%d)\n",
 516                                   mtop.natoms, head.natoms);
 517                     }
 518                     snew(newx, head.natoms);
 519                     snew(newv, head.natoms);
 520                 }
 521                 bFrame = bFrame && bOK;
 522                 if (bFrame)
 523                 {
 524                     bOK = fread_htrn(fp, &head, newbox, newx, newv, NULL);
 525                 }
 526                 bFrame = bFrame && bOK;
 527                 bUse   = FALSE;
 528                 if (bFrame &&
 529                     (head.x_size) && (head.v_size || !bVel))
 530                 {
 531                     bUse = TRUE;
 532                     if (bScanEner)
 533                     {
 534                         /* Read until the energy time is >= the trajectory time */
 535                         while (fr_ener->t < head.t && do_enx(fp_ener, fr_ener))
 536                         {
 537                             ;
 538                         }
 539                         bUse = (fr_ener->t == head.t);
 540                     }
 541                     if (bUse)
 542                     {
 543                         tmpx                  = newx;
 544                         newx                  = state.x;
 545                         state.x               = tmpx;
 546                         tmpv                  = newv;
 547                         newv                  = state.v;
 548                         state.v               = tmpv;
 549                         run_t                 = head.t;
 550                         run_step              = head.step;
 551                         state.fep_state       = head.fep_state;
 552                         state.lambda[efptFEP] = head.lambda;
 553                         copy_mat(newbox, state.box);
 554                     }
 555                 }
 556                 if (bFrame || !bOK)
 557                 {
 558                     sprintf(buf, "\r%s %s frame %s%s: step %s%s time %s",
 559                             "%s", "%s", "%6", GMX_PRId64, "%6", GMX_PRId64, " %8.3f");
 560                     fprintf(stderr, buf,
 561                             bUse ? "Read   " : "Skipped", ftp2ext(fn2ftp(frame_fn)),
 562                             frame, head.step, head.t);
 563                     frame++;
 564                     if (bTime && (head.t >= start_t))
 565                     {
 566                         bFrame = FALSE;
 567                     }
 568                 }
 569             }
 570             if (bScanEner)
 571             {
 572                 close_enx(fp_ener);
 573                 free_enxframe(fr_ener);
 574                 free_enxnms(nre, enm);
 575             }
 576             close_trn(fp);
 577             fprintf(stderr, "\n");
 578
 579             if (!bOK)
 580             {
 581                 fprintf(stderr, "%s frame %s (step %s, time %g) is incomplete\n",
 582                         ftp2ext(fn2ftp(frame_fn)), gmx_step_str(frame-1, buf2),
 583                         gmx_step_str(head.step, buf), head.t);
 584             }
 585             fprintf(stderr, "\nUsing frame of step %s time %g\n",
 586                     gmx_step_str(run_step, buf), run_t);
 587
 588             if (bNeedEner)
 589             {
 590                 if (bReadEner)
 591                 {
 592                     get_enx_state(ftp2fn(efEDR, NFILE, fnm), run_t, &mtop.groups, ir, &state);
 593                 }
 594                 else
 595                 {
 596                     fprintf(stderr, "\nWARNING: The simulation uses %s temperature and/or %s pressure coupling,\n"
 597                             "         the continuation will only be exact when an energy file is supplied\n\n",
 598                             ETCOUPLTYPE(etcNOSEHOOVER),
 599                             EPCOUPLTYPE(epcPARRINELLORAHMAN));
 600                 }
 601             }
 602             if (bFepState)
 603             {
 604                 ir->fepvals->init_fep_state = init_fep_state;
 605             }
 606         }
 607     }
 608
 609     if (bNsteps)
 610     {
 611         fprintf(stderr, "Setting nsteps to %s\n", gmx_step_str(nsteps_req, buf));
 612         ir->nsteps = nsteps_req;
 613     }
 614     else
 615     {
 616         /* Determine total number of steps remaining */
 617         if (bExtend)
 618         {
 619             ir->nsteps = ir->nsteps - (run_step - ir->init_step) + (gmx_int64_t)(extend_t/ir->delta_t + 0.5);
 620             printf("Extending remaining runtime of by %g ps (now %s steps)\n",
 621                    extend_t, gmx_step_str(ir->nsteps, buf));
 622         }
 623         else if (bUntil)
 624         {
 625             printf("nsteps = %s, run_step = %s, current_t = %g, until = %g\n",
 626                    gmx_step_str(ir->nsteps, buf),
 627                    gmx_step_str(run_step, buf2),
 628                    run_t, until_t);
 629             ir->nsteps = (gmx_int64_t)((until_t - run_t)/ir->delta_t + 0.5);
 630             printf("Extending remaining runtime until %g ps (now %s steps)\n",
 631                    until_t, gmx_step_str(ir->nsteps, buf));
 632         }
 633         else
 634         {
 635             ir->nsteps -= run_step - ir->init_step;
 636             /* Print message */
 637             printf("%s steps (%g ps) remaining from first run.\n",
 638                    gmx_step_str(ir->nsteps, buf), ir->nsteps*ir->delta_t);
 639         }
 640     }
 641
 642     if (bNsteps || bZeroQ || (ir->nsteps > 0))
 643     {
 644         ir->init_step = run_step;
 645
 646         if (ftp2bSet(efNDX, NFILE, fnm) ||
 647             !(bNsteps || bExtend || bUntil || bTraj))
 648         {
 649             atoms = gmx_mtop_global_atoms(&mtop);
 650             get_index(&atoms, ftp2fn_null(efNDX, NFILE, fnm), 1,
 651                       &gnx, &index, &grpname);
 652             if (!bZeroQ)
 653             {
 654                 bSel = (gnx != state.natoms);
 655                 for (i = 0; ((i < gnx) && (!bSel)); i++)
 656                 {
 657                     bSel = (i != index[i]);
 658                 }
 659             }
 660             else
 661             {
 662                 bSel = FALSE;
 663             }
 664             if (bSel)
 665             {
 666                 fprintf(stderr, "Will write subset %s of original tpx containing %d "
 667                         "atoms\n", grpname, gnx);
 668                 reduce_topology_x(gnx, index, &mtop, state.x, state.v);
 669                 state.natoms = gnx;
 670             }
 671             else if (bZeroQ)
 672             {
 673                 zeroq(index, &mtop);
 674                 fprintf(stderr, "Zero-ing charges for group %s\n", grpname);
 675             }
 676             else
 677             {
 678                 fprintf(stderr, "Will write full tpx file (no selection)\n");
 679             }
 680         }
 681
 682         state_t = ir->init_t + ir->init_step*ir->delta_t;
 683         sprintf(buf,   "Writing statusfile with starting step %s%s and length %s%s steps...\n", "%10", GMX_PRId64, "%10", GMX_PRId64);
 684         fprintf(stderr, buf, ir->init_step, ir->nsteps);
 685         fprintf(stderr, "                                 time %10.3f and length %10.3f ps\n",
 686                 state_t, ir->nsteps*ir->delta_t);
 687         write_tpx_state(opt2fn("-o", NFILE, fnm), ir, &state, &mtop);
 688     }
 689     else
 690     {
 691         printf("You've simulated long enough. Not writing tpr file\n");
 692     }
 693
 694     return 0;
 695 }