src/gromacs/tools/convert_tpr.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include <math.h>
  40
  41 #include "gromacs/legacyheaders/types/inputrec.h"
  42 #include "gromacs/legacyheaders/types/simple.h"
  43 #include "gromacs/legacyheaders/types/state.h"
  44 #include "gromacs/topology/index.h"
  45 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  46 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  47 #include "gromacs/gmxpreprocess/readir.h"
  48 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  49 #include "gromacs/legacyheaders/checkpoint.h"
  50 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  51 #include "gromacs/fileio/trnio.h"
  52 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  53 #include "gromacs/utility/futil.h"
  54
  55 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  56 #include "gromacs/math/vec.h"
  57 #include "gromacs/random/random.h"
  58 #include "gromacs/topology/topology.h"
  59 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  60 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  61
  62 #define RANGECHK(i, n) if ((i) >= (n)) gmx_fatal(FARGS, "Your index file contains atomnumbers (e.g. %d)\nthat are larger than the number of atoms in the tpr file (%d)", (i), (n))
  63
  64 static gmx_bool *bKeepIt(int gnx, int natoms, atom_id index[])
  65 {
  66     gmx_bool *b;
  67     int       i;
  68
  69     snew(b, natoms);
  70     for (i = 0; (i < gnx); i++)
  71     {
  72         RANGECHK(index[i], natoms);
  73         b[index[i]] = TRUE;
  74     }
  75
  76     return b;
  77 }
  78
  79 static atom_id *invind(int gnx, int natoms, atom_id index[])
  80 {
  81     atom_id *inv;
  82     int      i;
  83
  84     snew(inv, natoms);
  85     for (i = 0; (i < gnx); i++)
  86     {
  87         RANGECHK(index[i], natoms);
  88         inv[index[i]] = i;
  89     }
  90
  91     return inv;
  92 }
  93
  94 static void reduce_block(gmx_bool bKeep[], t_block *block,
  95                          const char *name)
  96 {
  97     atom_id *index;
  98     int      i, j, newi, newj;
  99
 100     snew(index, block->nr);
 101
 102     newi = newj = 0;
 103     for (i = 0; (i < block->nr); i++)
 104     {
 105         for (j = block->index[i]; (j < block->index[i+1]); j++)
 106         {
 107             if (bKeep[j])
 108             {
 109                 newj++;
 110             }
 111         }
 112         if (newj > index[newi])
 113         {
 114             newi++;
 115             index[newi] = newj;
 116         }
 117     }
 118
 119     fprintf(stderr, "Reduced block %8s from %6d to %6d index-, %6d to %6d a-entries\n",
 120             name, block->nr, newi, block->index[block->nr], newj);
 121     block->index = index;
 122     block->nr    = newi;
 123 }
 124
 125 static void reduce_blocka(atom_id invindex[], gmx_bool bKeep[], t_blocka *block,
 126                           const char *name)
 127 {
 128     atom_id *index, *a;
 129     int      i, j, k, newi, newj;
 130
 131     snew(index, block->nr);
 132     snew(a, block->nra);
 133
 134     newi = newj = 0;
 135     for (i = 0; (i < block->nr); i++)
 136     {
 137         for (j = block->index[i]; (j < block->index[i+1]); j++)
 138         {
 139             k = block->a[j];
 140             if (bKeep[k])
 141             {
 142                 a[newj] = invindex[k];
 143                 newj++;
 144             }
 145         }
 146         if (newj > index[newi])
 147         {
 148             newi++;
 149             index[newi] = newj;
 150         }
 151     }
 152
 153     fprintf(stderr, "Reduced block %8s from %6d to %6d index-, %6d to %6d a-entries\n",
 154             name, block->nr, newi, block->nra, newj);
 155     block->index = index;
 156     block->a     = a;
 157     block->nr    = newi;
 158     block->nra   = newj;
 159 }
 160
 161 static void reduce_rvec(int gnx, atom_id index[], rvec vv[])
 162 {
 163     rvec *ptr;
 164     int   i;
 165
 166     snew(ptr, gnx);
 167     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 168     {
 169         copy_rvec(vv[index[i]], ptr[i]);
 170     }
 171     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 172     {
 173         copy_rvec(ptr[i], vv[i]);
 174     }
 175     sfree(ptr);
 176 }
 177
 178 static void reduce_atom(int gnx, atom_id index[], t_atom atom[], char ***atomname,
 179                         int *nres, t_resinfo *resinfo)
 180 {
 181     t_atom    *ptr;
 182     char    ***aname;
 183     t_resinfo *rinfo;
 184     int        i, nr;
 185
 186     snew(ptr, gnx);
 187     snew(aname, gnx);
 188     snew(rinfo, atom[index[gnx-1]].resind+1);
 189     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 190     {
 191         ptr[i]   = atom[index[i]];
 192         aname[i] = atomname[index[i]];
 193     }
 194     nr = -1;
 195     for (i = 0; (i < gnx); i++)
 196     {
 197         atom[i]     = ptr[i];
 198         atomname[i] = aname[i];
 199         if ((i == 0) || (atom[i].resind != atom[i-1].resind))
 200         {
 201             nr++;
 202             rinfo[nr] = resinfo[atom[i].resind];
 203         }
 204         atom[i].resind = nr;
 205     }
 206     nr++;
 207     for (i = 0; (i < nr); i++)
 208     {
 209         resinfo[i] = rinfo[i];
 210     }
 211     *nres = nr;
 212
 213     sfree(aname);
 214     sfree(ptr);
 215     sfree(rinfo);
 216 }
 217
 218 static void reduce_ilist(atom_id invindex[], gmx_bool bKeep[],
 219                          t_ilist *il, int nratoms, const char *name)
 220 {
 221     t_iatom *ia;
 222     int      i, j, newnr;
 223     gmx_bool bB;
 224
 225     if (il->nr)
 226     {
 227         snew(ia, il->nr);
 228         newnr = 0;
 229         for (i = 0; (i < il->nr); i += nratoms+1)
 230         {
 231             bB = TRUE;
 232             for (j = 1; (j <= nratoms); j++)
 233             {
 234                 bB = bB && bKeep[il->iatoms[i+j]];
 235             }
 236             if (bB)
 237             {
 238                 ia[newnr++] = il->iatoms[i];
 239                 for (j = 1; (j <= nratoms); j++)
 240                 {
 241                     ia[newnr++] = invindex[il->iatoms[i+j]];
 242                 }
 243             }
 244         }
 245         fprintf(stderr, "Reduced ilist %8s from %6d to %6d entries\n",
 246                 name, il->nr/(nratoms+1),
 247                 newnr/(nratoms+1));
 248
 249         il->nr = newnr;
 250         for (i = 0; (i < newnr); i++)
 251         {
 252             il->iatoms[i] = ia[i];
 253         }
 254
 255         sfree(ia);
 256     }
 257 }
 258
 259 static void reduce_topology_x(int gnx, atom_id index[],
 260                               gmx_mtop_t *mtop, rvec x[], rvec v[])
 261 {
 262     t_topology   top;
 263     gmx_bool    *bKeep;
 264     atom_id     *invindex;
 265     int          i;
 266
 267     top      = gmx_mtop_t_to_t_topology(mtop);
 268     bKeep    = bKeepIt(gnx, top.atoms.nr, index);
 269     invindex = invind(gnx, top.atoms.nr, index);
 270
 271     reduce_block(bKeep, &(top.cgs), "cgs");
 272     reduce_block(bKeep, &(top.mols), "mols");
 273     reduce_blocka(invindex, bKeep, &(top.excls), "excls");
 274     reduce_rvec(gnx, index, x);
 275     reduce_rvec(gnx, index, v);
 276     reduce_atom(gnx, index, top.atoms.atom, top.atoms.atomname,
 277                 &(top.atoms.nres), top.atoms.resinfo);
 278
 279     for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 280     {
 281         reduce_ilist(invindex, bKeep, &(top.idef.il[i]),
 282                      interaction_function[i].nratoms,
 283                      interaction_function[i].name);
 284     }
 285
 286     top.atoms.nr = gnx;
 287
 288     mtop->nmoltype = 1;
 289     snew(mtop->moltype, mtop->nmoltype);
 290     mtop->moltype[0].name  = mtop->name;
 291     mtop->moltype[0].atoms = top.atoms;
 292     for (i = 0; i < F_NRE; i++)
 293     {
 294         mtop->moltype[0].ilist[i] = top.idef.il[i];
 295     }
 296     mtop->moltype[0].atoms = top.atoms;
 297     mtop->moltype[0].cgs   = top.cgs;
 298     mtop->moltype[0].excls = top.excls;
 299
 300     mtop->nmolblock = 1;
 301     snew(mtop->molblock, mtop->nmolblock);
 302     mtop->molblock[0].type       = 0;
 303     mtop->molblock[0].nmol       = 1;
 304     mtop->molblock[0].natoms_mol = top.atoms.nr;
 305     mtop->molblock[0].nposres_xA = 0;
 306     mtop->molblock[0].nposres_xB = 0;
 307
 308     mtop->natoms                 = top.atoms.nr;
 309 }
 310
 311 static void zeroq(atom_id index[], gmx_mtop_t *mtop)
 312 {
 313     int mt, i;
 314
 315     for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
 316     {
 317         for (i = 0; (i < mtop->moltype[mt].atoms.nr); i++)
 318         {
 319             mtop->moltype[mt].atoms.atom[index[i]].q  = 0;
 320             mtop->moltype[mt].atoms.atom[index[i]].qB = 0;
 321         }
 322     }
 323 }
 324
 325 int gmx_convert_tpr(int argc, char *argv[])
 326 {
 327     const char       *desc[] = {
 328         "[THISMODULE] can edit run input files in four ways.[PAR]",
 329         "[BB]1.[bb] by modifying the number of steps in a run input file",
 330         "with options [TT]-extend[tt], [TT]-until[tt] or [TT]-nsteps[tt]",
 331         "(nsteps=-1 means unlimited number of steps)[PAR]",
 332         "[BB]2.[bb] (OBSOLETE) by creating a run input file",
 333         "for a continuation run when your simulation has crashed due to e.g.",
 334         "a full disk, or by making a continuation run input file.",
 335         "This option is obsolete, since mdrun now writes and reads",
 336         "checkpoint files.",
 337         "[BB]Note[bb] that a frame with coordinates and velocities is needed.",
 338         "When pressure and/or Nose-Hoover temperature coupling is used",
 339         "an energy file can be supplied to get an exact continuation",
 340         "of the original run.[PAR]",
 341         "[BB]3.[bb] by creating a [TT].tpx[tt] file for a subset of your original",
 342         "tpx file, which is useful when you want to remove the solvent from",
 343         "your [TT].tpx[tt] file, or when you want to make e.g. a pure C[GRK]alpha[grk] [TT].tpx[tt] file.",
 344         "Note that you may need to use [TT]-nsteps -1[tt] (or similar) to get",
 345         "this to work.",
 346         "[BB]WARNING: this [TT].tpx[tt] file is not fully functional[bb].[PAR]",
 347         "[BB]4.[bb] by setting the charges of a specified group",
 348         "to zero. This is useful when doing free energy estimates",
 349         "using the LIE (Linear Interaction Energy) method."
 350     };
 351
 352     const char       *top_fn, *frame_fn;
 353     t_fileio         *fp;
 354     ener_file_t       fp_ener = NULL;
 355     t_trnheader       head;
 356     int               i;
 357     gmx_int64_t       nsteps_req, run_step, frame;
 358     double            run_t, state_t;
 359     gmx_bool          bOK, bNsteps, bExtend, bUntil, bTime, bTraj;
 360     gmx_bool          bFrame, bUse, bSel, bNeedEner, bReadEner, bScanEner, bFepState;
 361     gmx_mtop_t        mtop;
 362     t_atoms           atoms;
 363     t_inputrec       *ir, *irnew = NULL;
 364     t_gromppopts     *gopts;
 365     t_state           state;
 366     rvec             *newx = NULL, *newv = NULL, *tmpx, *tmpv;
 367     matrix            newbox;
 368     int               gnx;
 369     char             *grpname;
 370     atom_id          *index = NULL;
 371     int               nre;
 372     gmx_enxnm_t      *enm     = NULL;
 373     t_enxframe       *fr_ener = NULL;
 374     char              buf[200], buf2[200];
 375     output_env_t      oenv;
 376     t_filenm          fnm[] = {
 377         { efTPX, NULL,  NULL,    ffREAD  },
 378         { efTRN, "-f",  NULL,    ffOPTRD },
 379         { efEDR, "-e",  NULL,    ffOPTRD },
 380         { efNDX, NULL,  NULL,    ffOPTRD },
 381         { efTPX, "-o",  "tpxout", ffWRITE }
 382     };
 383 #define NFILE asize(fnm)
 384
 385     /* Command line options */
 386     static int      nsteps_req_int = 0;
 387     static real     start_t        = -1.0, extend_t = 0.0, until_t = 0.0;
 388     static int      init_fep_state = 0;
 389     static gmx_bool bContinuation  = TRUE, bZeroQ = FALSE, bVel = TRUE;
 390     static t_pargs  pa[]           = {
 391         { "-extend",        FALSE, etREAL, {&extend_t},
 392           "Extend runtime by this amount (ps)" },
 393         { "-until",         FALSE, etREAL, {&until_t},
 394           "Extend runtime until this ending time (ps)" },
 395         { "-nsteps",        FALSE, etINT,  {&nsteps_req_int},
 396           "Change the number of steps" },
 397         { "-time",          FALSE, etREAL, {&start_t},
 398           "Continue from frame at this time (ps) instead of the last frame" },
 399         { "-zeroq",         FALSE, etBOOL, {&bZeroQ},
 400           "Set the charges of a group (from the index) to zero" },
 401         { "-vel",           FALSE, etBOOL, {&bVel},
 402           "Require velocities from trajectory" },
 403         { "-cont",          FALSE, etBOOL, {&bContinuation},
 404           "For exact continuation, the constraints should not be applied before the first step" },
 405         { "-init_fep_state", FALSE, etINT, {&init_fep_state},
 406           "fep state to initialize from" },
 407     };
 408     int             nerror = 0;
 409
 410     /* Parse the command line */
 411     if (!parse_common_args(&argc, argv, 0, NFILE, fnm, asize(pa), pa,
 412                            asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv))
 413     {
 414         return 0;
 415     }
 416
 417     /* Convert int to gmx_int64_t */
 418     nsteps_req = nsteps_req_int;
 419     bNsteps    = opt2parg_bSet("-nsteps", asize(pa), pa);
 420     bExtend    = opt2parg_bSet("-extend", asize(pa), pa);
 421     bUntil     = opt2parg_bSet("-until", asize(pa), pa);
 422     bFepState  = opt2parg_bSet("-init_fep_state", asize(pa), pa);
 423     bTime      = opt2parg_bSet("-time", asize(pa), pa);
 424     bTraj      = (opt2bSet("-f", NFILE, fnm) || bTime);
 425
 426     top_fn = ftp2fn(efTPX, NFILE, fnm);
 427     fprintf(stderr, "Reading toplogy and stuff from %s\n", top_fn);
 428
 429     snew(ir, 1);
 430     read_tpx_state(top_fn, ir, &state, NULL, &mtop);
 431     run_step = ir->init_step;
 432     run_t    = ir->init_step*ir->delta_t + ir->init_t;
 433
 434     if (!EI_STATE_VELOCITY(ir->eI))
 435     {
 436         bVel = FALSE;
 437     }
 438
 439     if (bTraj)
 440     {
 441         fprintf(stderr, "\n"
 442                 "NOTE: Reading the state from trajectory is an obsolete feature of gmx convert-tpr.\n"
 443                 "      Continuation should be done by loading a checkpoint file with mdrun -cpi\n"
 444                 "      This guarantees that all state variables are transferred.\n"
 445                 "      gmx convert-tpr is now only useful for increasing nsteps,\n"
 446                 "      but even that can often be avoided by using mdrun -maxh\n"
 447                 "\n");
 448
 449         if (ir->bContinuation != bContinuation)
 450         {
 451             fprintf(stderr, "Modifying ir->bContinuation to %s\n",
 452                     bool_names[bContinuation]);
 453         }
 454         ir->bContinuation = bContinuation;
 455
 456
 457         bNeedEner = (ir->epc == epcPARRINELLORAHMAN || ir->etc == etcNOSEHOOVER);
 458         bReadEner = (bNeedEner && ftp2bSet(efEDR, NFILE, fnm));
 459         bScanEner = (bReadEner && !bTime);
 460
 461         if (ir->epc != epcNO || EI_SD(ir->eI) || ir->eI == eiBD)
 462         {
 463             fprintf(stderr, "NOTE: The simulation uses pressure coupling and/or stochastic dynamics.\n"
 464                     "gmx convert-tpr can not provide binary identical continuation.\n"
 465                     "If you want that, supply a checkpoint file to mdrun\n\n");
 466         }
 467
 468         if (EI_SD(ir->eI) || ir->eI == eiBD)
 469         {
 470             fprintf(stderr, "\nChanging ld-seed from %"GMX_PRId64 " ", ir->ld_seed);
 471             ir->ld_seed = (gmx_int64_t)gmx_rng_make_seed();
 472             fprintf(stderr, "to %"GMX_PRId64 "\n\n", ir->ld_seed);
 473         }
 474
 475         frame_fn = ftp2fn(efTRN, NFILE, fnm);
 476
 477         if (fn2ftp(frame_fn) == efCPT)
 478         {
 479             int sim_part;
 480
 481             fprintf(stderr,
 482                     "\nREADING STATE FROM CHECKPOINT %s...\n\n",
 483                     frame_fn);
 484
 485             read_checkpoint_state(frame_fn, &sim_part,
 486                                   &run_step, &run_t, &state);
 487         }
 488         else
 489         {
 490             fprintf(stderr,
 491                     "\nREADING COORDS, VELS AND BOX FROM TRAJECTORY %s...\n\n",
 492                     frame_fn);
 493
 494             fp = open_trn(frame_fn, "r");
 495             if (bScanEner)
 496             {
 497                 fp_ener = open_enx(ftp2fn(efEDR, NFILE, fnm), "r");
 498                 do_enxnms(fp_ener, &nre, &enm);
 499                 snew(fr_ener, 1);
 500                 fr_ener->t = -1e-12;
 501             }
 502
 503             /* Now scan until the last set of x and v (step == 0)
 504              * or the ones at step step.
 505              */
 506             bFrame = TRUE;
 507             frame  = 0;
 508             while (bFrame)
 509             {
 510                 bFrame = fread_trnheader(fp, &head, &bOK);
 511                 if (bOK && frame == 0)
 512                 {
 513                     if (mtop.natoms != head.natoms)
 514                     {
 515                         gmx_fatal(FARGS, "Number of atoms in Topology (%d) "
 516                                   "is not the same as in Trajectory (%d)\n",
 517                                   mtop.natoms, head.natoms);
 518                     }
 519                     snew(newx, head.natoms);
 520                     snew(newv, head.natoms);
 521                 }
 522                 bFrame = bFrame && bOK;
 523                 if (bFrame)
 524                 {
 525                     bOK = fread_htrn(fp, &head, newbox, newx, newv, NULL);
 526                 }
 527                 bFrame = bFrame && bOK;
 528                 bUse   = FALSE;
 529                 if (bFrame &&
 530                     (head.x_size) && (head.v_size || !bVel))
 531                 {
 532                     bUse = TRUE;
 533                     if (bScanEner)
 534                     {
 535                         /* Read until the energy time is >= the trajectory time */
 536                         while (fr_ener->t < head.t && do_enx(fp_ener, fr_ener))
 537                         {
 538                             ;
 539                         }
 540                         bUse = (fr_ener->t == head.t);
 541                     }
 542                     if (bUse)
 543                     {
 544                         tmpx                  = newx;
 545                         newx                  = state.x;
 546                         state.x               = tmpx;
 547                         tmpv                  = newv;
 548                         newv                  = state.v;
 549                         state.v               = tmpv;
 550                         run_t                 = head.t;
 551                         run_step              = head.step;
 552                         state.fep_state       = head.fep_state;
 553                         state.lambda[efptFEP] = head.lambda;
 554                         copy_mat(newbox, state.box);
 555                     }
 556                 }
 557                 if (bFrame || !bOK)
 558                 {
 559                     sprintf(buf, "\r%s %s frame %s%s: step %s%s time %s",
 560                             "%s", "%s", "%6", GMX_PRId64, "%6", GMX_PRId64, " %8.3f");
 561                     fprintf(stderr, buf,
 562                             bUse ? "Read   " : "Skipped", ftp2ext(fn2ftp(frame_fn)),
 563                             frame, head.step, head.t);
 564                     frame++;
 565                     if (bTime && (head.t >= start_t))
 566                     {
 567                         bFrame = FALSE;
 568                     }
 569                 }
 570             }
 571             if (bScanEner)
 572             {
 573                 close_enx(fp_ener);
 574                 free_enxframe(fr_ener);
 575                 free_enxnms(nre, enm);
 576             }
 577             close_trn(fp);
 578             fprintf(stderr, "\n");
 579
 580             if (!bOK)
 581             {
 582                 fprintf(stderr, "%s frame %s (step %s, time %g) is incomplete\n",
 583                         ftp2ext(fn2ftp(frame_fn)), gmx_step_str(frame-1, buf2),
 584                         gmx_step_str(head.step, buf), head.t);
 585             }
 586             fprintf(stderr, "\nUsing frame of step %s time %g\n",
 587                     gmx_step_str(run_step, buf), run_t);
 588
 589             if (bNeedEner)
 590             {
 591                 if (bReadEner)
 592                 {
 593                     get_enx_state(ftp2fn(efEDR, NFILE, fnm), run_t, &mtop.groups, ir, &state);
 594                 }
 595                 else
 596                 {
 597                     fprintf(stderr, "\nWARNING: The simulation uses %s temperature and/or %s pressure coupling,\n"
 598                             "         the continuation will only be exact when an energy file is supplied\n\n",
 599                             ETCOUPLTYPE(etcNOSEHOOVER),
 600                             EPCOUPLTYPE(epcPARRINELLORAHMAN));
 601                 }
 602             }
 603             if (bFepState)
 604             {
 605                 ir->fepvals->init_fep_state = init_fep_state;
 606             }
 607         }
 608     }
 609
 610     if (bNsteps)
 611     {
 612         fprintf(stderr, "Setting nsteps to %s\n", gmx_step_str(nsteps_req, buf));
 613         ir->nsteps = nsteps_req;
 614     }
 615     else
 616     {
 617         /* Determine total number of steps remaining */
 618         if (bExtend)
 619         {
 620             ir->nsteps = ir->nsteps - (run_step - ir->init_step) + (gmx_int64_t)(extend_t/ir->delta_t + 0.5);
 621             printf("Extending remaining runtime of by %g ps (now %s steps)\n",
 622                    extend_t, gmx_step_str(ir->nsteps, buf));
 623         }
 624         else if (bUntil)
 625         {
 626             printf("nsteps = %s, run_step = %s, current_t = %g, until = %g\n",
 627                    gmx_step_str(ir->nsteps, buf),
 628                    gmx_step_str(run_step, buf2),
 629                    run_t, until_t);
 630             ir->nsteps = (gmx_int64_t)((until_t - run_t)/ir->delta_t + 0.5);
 631             printf("Extending remaining runtime until %g ps (now %s steps)\n",
 632                    until_t, gmx_step_str(ir->nsteps, buf));
 633         }
 634         else
 635         {
 636             ir->nsteps -= run_step - ir->init_step;
 637             /* Print message */
 638             printf("%s steps (%g ps) remaining from first run.\n",
 639                    gmx_step_str(ir->nsteps, buf), ir->nsteps*ir->delta_t);
 640         }
 641     }
 642
 643     if (bNsteps || bZeroQ || (ir->nsteps > 0))
 644     {
 645         ir->init_step = run_step;
 646
 647         if (ftp2bSet(efNDX, NFILE, fnm) ||
 648             !(bNsteps || bExtend || bUntil || bTraj))
 649         {
 650             atoms = gmx_mtop_global_atoms(&mtop);
 651             get_index(&atoms, ftp2fn_null(efNDX, NFILE, fnm), 1,
 652                       &gnx, &index, &grpname);
 653             if (!bZeroQ)
 654             {
 655                 bSel = (gnx != state.natoms);
 656                 for (i = 0; ((i < gnx) && (!bSel)); i++)
 657                 {
 658                     bSel = (i != index[i]);
 659                 }
 660             }
 661             else
 662             {
 663                 bSel = FALSE;
 664             }
 665             if (bSel)
 666             {
 667                 fprintf(stderr, "Will write subset %s of original tpx containing %d "
 668                         "atoms\n", grpname, gnx);
 669                 reduce_topology_x(gnx, index, &mtop, state.x, state.v);
 670                 state.natoms = gnx;
 671             }
 672             else if (bZeroQ)
 673             {
 674                 zeroq(index, &mtop);
 675                 fprintf(stderr, "Zero-ing charges for group %s\n", grpname);
 676             }
 677             else
 678             {
 679                 fprintf(stderr, "Will write full tpx file (no selection)\n");
 680             }
 681         }
 682
 683         state_t = ir->init_t + ir->init_step*ir->delta_t;
 684         sprintf(buf,   "Writing statusfile with starting step %s%s and length %s%s steps...\n", "%10", GMX_PRId64, "%10", GMX_PRId64);
 685         fprintf(stderr, buf, ir->init_step, ir->nsteps);
 686         fprintf(stderr, "                                 time %10.3f and length %10.3f ps\n",
 687                 state_t, ir->nsteps*ir->delta_t);
 688         write_tpx_state(opt2fn("-o", NFILE, fnm), ir, &state, &mtop);
 689     }
 690     else
 691     {
 692         printf("You've simulated long enough. Not writing tpr file\n");
 693     }
 694
 695     return 0;
 696 }