src/gromacs/selection/tests/toputils.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements test helper routines from toputils.h.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_selection
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "toputils.h"
  45
  46 #include <cstring>
  47
  48 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  49 #include "gromacs/fileio/trx.h"
  50 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  51 #include "gromacs/math/vec.h"
  52 #include "gromacs/topology/atoms.h"
  53 #include "gromacs/topology/topology.h"
  54 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  55 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  56
  57 #include "testutils/testfilemanager.h"
  58
  59 namespace gmx
  60 {
  61 namespace test
  62 {
  63
  64 TopologyManager::TopologyManager()
  65     : top_(NULL), frame_(NULL)
  66 {
  67 }
  68
  69 TopologyManager::~TopologyManager()
  70 {
  71     if (top_ != NULL)
  72     {
  73         free_t_atoms(&top_->atoms, TRUE);
  74         done_top(top_);
  75         sfree(top_);
  76     }
  77
  78     if (frame_ != NULL)
  79     {
  80         sfree(frame_->x);
  81         sfree(frame_->v);
  82         sfree(frame_->f);
  83         sfree(frame_);
  84     }
  85 }
  86
  87 void TopologyManager::requestFrame()
  88 {
  89     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL,
  90                        "Frame must be requested before initializing topology");
  91     if (frame_ == NULL)
  92     {
  93         snew(frame_, 1);
  94     }
  95 }
  96
  97 void TopologyManager::requestVelocities()
  98 {
  99     GMX_RELEASE_ASSERT(frame_ != NULL,
 100                        "Velocities requested before requesting a frame");
 101     frame_->bV = TRUE;
 102     if (frame_->natoms > 0)
 103     {
 104         snew(frame_->v, frame_->natoms);
 105     }
 106 }
 107
 108 void TopologyManager::requestForces()
 109 {
 110     GMX_RELEASE_ASSERT(frame_ != NULL,
 111                        "Forces requested before requesting a frame");
 112     frame_->bF = TRUE;
 113     if (frame_->natoms > 0)
 114     {
 115         snew(frame_->f, frame_->natoms);
 116     }
 117 }
 118
 119 void TopologyManager::loadTopology(const char *filename)
 120 {
 121     char    title[STRLEN];
 122     int     ePBC;
 123     rvec   *xtop = NULL;
 124     matrix  box;
 125
 126     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL, "Topology initialized more than once");
 127     snew(top_, 1);
 128     read_tps_conf(gmx::test::TestFileManager::getInputFilePath(filename).c_str(),
 129                   title, top_, &ePBC, frame_ != NULL ? &xtop : NULL,
 130                   NULL, box, FALSE);
 131
 132     if (frame_ != NULL)
 133     {
 134         frame_->flags  = TRX_NEED_X;
 135         frame_->natoms = top_->atoms.nr;
 136         frame_->bX     = TRUE;
 137         snew(frame_->x, frame_->natoms);
 138         std::memcpy(frame_->x, xtop, sizeof(*frame_->x) * frame_->natoms);
 139         frame_->bBox   = TRUE;
 140         copy_mat(box, frame_->box);
 141     }
 142
 143     sfree(xtop);
 144 }
 145
 146 void TopologyManager::initAtoms(int count)
 147 {
 148     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL, "Topology initialized more than once");
 149     snew(top_, 1);
 150     init_t_atoms(&top_->atoms, count, FALSE);
 151     for (int i = 0; i < count; ++i)
 152     {
 153         top_->atoms.atom[i].m = (i % 3 == 0 ? 2.0 : 1.0);
 154     }
 155     if (frame_ != NULL)
 156     {
 157         frame_->flags  = TRX_NEED_X;
 158         frame_->natoms = count;
 159         frame_->bX     = TRUE;
 160         snew(frame_->x, count);
 161         if (frame_->bV)
 162         {
 163             snew(frame_->v, count);
 164         }
 165         if (frame_->bF)
 166         {
 167             snew(frame_->f, count);
 168         }
 169     }
 170 }
 171
 172 void TopologyManager::initAtomTypes(int count, const char *const types[])
 173 {
 174     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ != NULL, "Topology not initialized");
 175     atomtypes_.reserve(count);
 176     for (int i = 0; i < count; ++i)
 177     {
 178         atomtypes_.push_back(gmx_strdup(types[i]));
 179     }
 180     snew(top_->atoms.atomtype, top_->atoms.nr);
 181     for (int i = 0, j = 0; i < top_->atoms.nr; ++i, ++j)
 182     {
 183         if (j == count)
 184         {
 185             j = 0;
 186         }
 187         top_->atoms.atomtype[i] = &atomtypes_[j];
 188     }
 189 }
 190
 191 void TopologyManager::initUniformResidues(int residueSize)
 192 {
 193     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ != NULL, "Topology not initialized");
 194     int residueIndex = -1;
 195     for (int i = 0; i < top_->atoms.nr; ++i)
 196     {
 197         if (i % residueSize == 0)
 198         {
 199             ++residueIndex;
 200         }
 201         top_->atoms.atom[i].resind = residueIndex;
 202     }
 203 }
 204
 205 void TopologyManager::initUniformMolecules(int moleculeSize)
 206 {
 207     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ != NULL, "Topology not initialized");
 208     int index = 0;
 209     top_->mols.nalloc_index = (top_->atoms.nr + moleculeSize - 1) / moleculeSize + 1;
 210     snew(top_->mols.index, top_->mols.nalloc_index);
 211     top_->mols.nr = 0;
 212     while (index < top_->atoms.nr)
 213     {
 214         top_->mols.index[top_->mols.nr] = index;
 215         ++top_->mols.nr;
 216         index += moleculeSize;
 217     }
 218     top_->mols.index[top_->mols.nr] = top_->atoms.nr;
 219 }
 220
 221 } // namespace test
 222 } // namespace gmx