src/gromacs/selection/position.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2009,2010,2011,2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \file
  36  * \brief API for handling positions.
  37  *
  38  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  39  * \ingroup module_selection
  40  */
  41 #ifndef GMX_SELECTION_POSITION_H
  42 #define GMX_SELECTION_POSITION_H
  43
  44 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  45 #include "gromacs/selection/indexutil.h"
  46
  47 /*! \brief
  48  * Stores a set of positions together with their origins.
  49  */
  50 struct gmx_ana_pos_t
  51 {
  52     //! Initializes an empty position structure.
  53     gmx_ana_pos_t();
  54     ~gmx_ana_pos_t();
  55
  56     //! Returns the number of positions.
  57     int count() const { return m.mapb.nr; }
  58
  59     /*! \brief
  60      * Array of positions.
  61      */
  62     rvec               *x;
  63     /*! \brief
  64      * Velocities (can be NULL).
  65      */
  66     rvec               *v;
  67     /*! \brief
  68      * Forces (can be NULL).
  69      */
  70     rvec               *f;
  71     /*! \brief
  72      * Mapping of the current positions to the original group.
  73      *
  74      * \see gmx_ana_indexmap_t
  75      */
  76     gmx_ana_indexmap_t  m;
  77     /*! \brief
  78      * Number of elements allocated for \c x.
  79      */
  80     int                 nalloc_x;
  81 };
  82
  83 /** Ensures that enough memory has been allocated to store positions. */
  84 void
  85 gmx_ana_pos_reserve(gmx_ana_pos_t *pos, int n, int isize);
  86 /** Request memory allocation for velocities. */
  87 void
  88 gmx_ana_pos_reserve_velocities(gmx_ana_pos_t *pos);
  89 /** Request memory allocation for forces. */
  90 void
  91 gmx_ana_pos_reserve_forces(gmx_ana_pos_t *pos);
  92 /** Reserves memory for use with gmx_ana_pos_append_init(). */
  93 void
  94 gmx_ana_pos_reserve_for_append(gmx_ana_pos_t *pos, int n, int isize,
  95                                bool bVelocities, bool bForces);
  96 /** Initializes a \c gmx_ana_pos_t to represent a constant position. */
  97 void
  98 gmx_ana_pos_init_const(gmx_ana_pos_t *pos, const rvec x);
  99 /** Copies the evaluated positions to a preallocated data structure. */
 100 void
 101 gmx_ana_pos_copy(gmx_ana_pos_t *dest, gmx_ana_pos_t *src, bool bFirst);
 102
 103 /** Sets the number of positions in a position structure. */
 104 void
 105 gmx_ana_pos_set_nr(gmx_ana_pos_t *pos, int n);
 106 /** Empties a position data structure with full initialization. */
 107 void
 108 gmx_ana_pos_empty_init(gmx_ana_pos_t *pos);
 109 /** Empties a position data structure. */
 110 void
 111 gmx_ana_pos_empty(gmx_ana_pos_t *pos);
 112 /** Appends a position to a preallocated data structure with full
 113  * initialization. */
 114 void
 115 gmx_ana_pos_append_init(gmx_ana_pos_t *dest, gmx_ana_pos_t *src, int i);
 116 /** Appends a position to a preallocated data structure. */
 117 void
 118 gmx_ana_pos_append(gmx_ana_pos_t *dest, gmx_ana_pos_t *src, int i, int refid);
 119 /** Updates position data structure state after appends. */
 120 void
 121 gmx_ana_pos_append_finish(gmx_ana_pos_t *pos);
 122 void
 123 /** Appends atoms from a position into a preallocated index group. */
 124 gmx_ana_pos_add_to_group(gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_pos_t *src, int i);
 125
 126 #endif