src/gromacs/options.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2010,2011,2012,2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \defgroup module_options Extensible Handling of Options (options)
  36  * \ingroup group_utilitymodules
  37  * \brief
  38  * Provides functionality for handling options.
  39  *
  40  * <H3>Basic Use</H3>
  41  *
  42  * Code that provides options does so using methods in gmx::IOptionsContainer
  43  * and classes defined in basicoptions.h.
  44  * Only these are needed if a class wants to provide a set of standard options
  45  * (other modules can provide additional option types, such as
  46  * gmx::SelectionOption).
  47  * For each option, the caller provides an output variable that will receive
  48  * the final value of the option once user input has been parsed.
  49  * When adding options, it is possible to also provide descriptions for the
  50  * options for use in generated help text.
  51  *
  52  * Generic code that handles the user input does so by creating a gmx::Options
  53  * instance and passing it (as gmx::IOptionsContainer) to the classes that add
  54  * the actual options.  It can then use a parser to set values to the options.
  55  * Final values for the options can be inspected in the code that added the
  56  * individual options, from the provided output variables.
  57  *
  58  * The sequence charts below provides an overview of how the options work from
  59  * usage perspective.  They include two fictional modules, A and B, that provide
  60  * options, and a main routine that manages these.  The first chart shows a
  61  * typical initialization sequence, where the main routine creates an options
  62  * object, and calls an initOptions() method in each module that can provide
  63  * options (the modules may also request their submodules to add their own
  64  * options).  Each module uses gmx::IOptionsContainer::addOption() to add the
  65  * options they require, and specify output variables into which the options
  66  * values are stored.
  67  * \msc
  68  *     main,
  69  *     options [ label="Options", URL="\ref gmx::Options" ],
  70  *     A [ label="module A" ],
  71  *     B [ label="module B" ];
  72  *
  73  *     main box B [ label="main owns all objects" ];
  74  *     main => options [ label="create", URL="\ref gmx::Options::Options()" ];
  75  *     main => A [ label="initOptions()" ];
  76  *     A => options [ label="addOption()", URL="\ref gmx::IOptionsContainer::addOption()" ];
  77  *     ...;
  78  *     main << A;
  79  *     main => B [ label="initOptions()" ];
  80  *     B => options [ label="addOption()", URL="\ref gmx::IOptionsContainer::addOption()" ];
  81  *     ...;
  82  *     main << B;
  83  * \endmsc
  84  *
  85  * After all options have been specified, they can be parsed.  A parser splits
  86  * the input into option-value pairs (one option may have multiple values), and
  87  * passes these into the gmx::Options object, which is responsible for
  88  * converting them into the appropriate types and storing the values into the
  89  * variables provided in the calls to gmx::IOptionsContainer::addOption().
  90  * \msc
  91  *     main,
  92  *     parser [ label="parser" ],
  93  *     options [ label="Options", URL="\ref gmx::Options" ],
  94  *     A [ label="module A" ],
  95  *     B [ label="module B" ];
  96  *
  97  *     main => parser [ label="parse()" ];
  98  *     parser => options [ label="assign(string)" ];
  99  *     options -> A [ label="set variable" ];
 100  *     parser => options [ label="assign(string)" ];
 101  *     options -> B [ label="set variable" ];
 102  *     ...;
 103  * \endmsc
 104  *
 105  * After all options have been parsed (possibly using multiple different
 106  * parsers), gmx::Options::finish() is called.  This performs final
 107  * validation of the options and may further adjust the values stored in the
 108  * output variables (see documentation on individual option types on when this
 109  * may happen).
 110  * \msc
 111  *     main,
 112  *     options [ label="Options", URL="\ref gmx::Options" ],
 113  *     A [ label="module A" ],
 114  *     B [ label="module B" ];
 115  *
 116  *     main => options [ label="finish()", URL="\ref gmx::Options::finish()" ];
 117  *     options -> A [ label="set variable" ];
 118  *     options -> B [ label="set variable" ];
 119  *     ...;
 120  * \endmsc
 121  *
 122  * Module \ref module_commandline implements classes that assign option values
 123  * from command line and produce help for programs that use the command line
 124  * parser.
 125  *
 126  * \if libapi
 127  * <H3>Advanced Use (in library API)</H3>
 128  *
 129  * It is possible to extend the module with new option types and/or parsers for
 130  * option values.
 131  *
 132  * To implement new option types, it is necessary to subclass the templates
 133  * OptionTemplate and OptionStorageTemplate with the type of the values that
 134  * the option should provide as the template argument.  After this is done, it
 135  * is possible to add options of this new type using IOptionsContainer::addOption().
 136  *
 137  * To implement new parsers, one can use OptionsAssigner, which provides an
 138  * interface to set values in an Options object.
 139  *
 140  * There is also an interface to iterate over all options in an Options object.
 141  * One should implement the OptionsVisitor interface, and then use
 142  * OptionsIterator to apply this visitor to the Options object.
 143  * \endif
 144  *
 145  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
 146  */
 147 /*! \file
 148  * \brief
 149  * Public API convenience header for handling of options.
 150  *
 151  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
 152  * \inpublicapi
 153  * \ingroup module_options
 154  */
 155 #ifndef GMX_OPTIONS_H
 156 #define GMX_OPTIONS_H
 157
 158 #include "gromacs/fileio/filenm.h"
 159 #include "gromacs/options/basicoptions.h"
 160 #include "gromacs/options/filenameoption.h"
 161 #include "gromacs/options/filenameoptionmanager.h"
 162 #include "gromacs/options/options.h"
 163
 164 #endif