src/gromacs/mdlib/wnblist.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include <stdio.h>
  41 #include <string.h>
  42
  43 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  44 #include "gromacs/legacyheaders/domdec.h"
  45 #include "gromacs/legacyheaders/force.h"
  46 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  48 #include "gromacs/legacyheaders/nrnb.h"
  49 #include "gromacs/legacyheaders/ns.h"
  50 #include "gromacs/legacyheaders/types/commrec.h"
  51 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  52 #include "gromacs/utility/futil.h"
  53 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  54
  55 #define header "Neighborlist:"
  56
  57 static void write_nblist(FILE *out, gmx_domdec_t *dd, t_nblist *nblist, int nDNL)
  58 {
  59     int                 i, nii, ii, j, zi, zj0, zj1, aj, zj, nj;
  60     int                 ca1[DD_MAXZONE], np[DD_MAXZONE];
  61     gmx_domdec_zones_t *dd_zones;
  62
  63     if (nblist->nri > 0)
  64     {
  65         fprintf(out, "ielec: %d, ivdw: %d, type: %d, Solvent opt: %s\n",
  66                 nblist->ielec, nblist->ivdw, nblist->type,
  67                 gmx_nblist_geometry_names[nblist->igeometry]);
  68         fprintf(out, "nri: %d  npair: %d\n", nblist->nri, nblist->nrj);
  69         if (dd)
  70         {
  71             dd_zones = domdec_zones(dd);
  72
  73             for (zi = 0; zi < dd_zones->n; zi++)
  74             {
  75                 ca1[zi] = dd->cgindex[dd_zones->cg_range[zi+1]];
  76             }
  77             i = 0;
  78             for (zi = 0; zi < dd_zones->nizone; zi++)
  79             {
  80                 zj0 = dd_zones->izone[zi].j0;
  81                 zj1 = dd_zones->izone[zi].j1;
  82                 for (zj = zj0; zj < zj1; zj++)
  83                 {
  84                     np[zj] = 0;
  85                 }
  86                 while (i < nblist->nri && nblist->iinr[i] < ca1[zi])
  87                 {
  88                     for (j = nblist->jindex[i]; (j < nblist->jindex[i+1]); j++)
  89                     {
  90                         aj = nblist->jjnr[j];
  91                         zj = zj0;
  92                         while (aj >= ca1[zj])
  93                         {
  94                             zj++;
  95                         }
  96                         np[zj]++;
  97                     }
  98                     i++;
  99                 }
 100                 fprintf(out, "DD zone %d:", zi);
 101                 for (zj = zj0; zj < zj1; zj++)
 102                 {
 103                     fprintf(out, " %d %d", zj, np[zj]);
 104                 }
 105                 fprintf(out, "\n");
 106             }
 107         }
 108         if (nDNL >= 2)
 109         {
 110             for (i = 0; i < nblist->nri; i++)
 111             {
 112                 nii = 1;
 113                 if (nDNL >= 3 && nblist->igeometry != GMX_NBLIST_GEOMETRY_PARTICLE_PARTICLE)
 114                 {
 115                     nii = 3;
 116                 }
 117                 nj = nblist->jindex[i+1] - nblist->jindex[i];
 118                 fprintf(out, "i: %d shift: %d gid: %d nj: %d\n",
 119                         ddglatnr(dd, nblist->iinr[i]),
 120                         nblist->shift[i], nblist->gid[i], nj);
 121                 for (ii = 0; ii < nii; ii++)
 122                 {
 123                     for (j = nblist->jindex[i]; (j < nblist->jindex[i+1]); j++)
 124                     {
 125                         fprintf(out, "  i: %5d  j: %5d\n",
 126                                 ddglatnr(dd, nblist->iinr[i]+ii),
 127                                 ddglatnr(dd, nblist->jjnr[j]));
 128                     }
 129                 }
 130             }
 131         }
 132         fflush(out);
 133     }
 134 }
 135
 136 static void set_mat(FILE *fp, int **mat, int i0, int ni, int j0, int nj,
 137                     gmx_bool bSymm, int shift)
 138 {
 139     int i, j;
 140
 141     for (i = i0; (i < i0+ni); i++)
 142     {
 143         for (j = j0; (j < j0+nj); j++)
 144         {
 145             if (mat[i][j] != 0)
 146             {
 147                 fprintf(fp, "mat[%d][%d] changing from %d to %d\n",
 148                         i, j, mat[i][j], shift+1);
 149             }
 150             mat[i][j] = shift+1;
 151             if (bSymm)
 152             {
 153                 mat[j][i] = 27-shift;
 154             }
 155         }
 156     }
 157 }
 158
 159
 160
 161 void dump_nblist(FILE *out, t_commrec *cr, t_forcerec *fr, int nDNL)
 162 {
 163 #if 0
 164     static FILE *fp = NULL;
 165     char         buf[STRLEN];
 166     int          n, i;
 167
 168     if (fp == NULL)
 169     {
 170         if (PAR(cr))
 171         {
 172             sprintf(buf, "nlist_n%d.txt", cr->nodeid);
 173         }
 174         else
 175         {
 176             sprintf(buf, "nlist.txt");
 177         }
 178         fp = gmx_fio_fopen(buf, "w");
 179     }
 180     fprintf(fp, "%s\n", header);
 181
 182     for (n = 0; (n < fr->nnblists); n++)
 183     {
 184         for (i = 0; (i < eNL_NR); i++)
 185         {
 186             write_nblist(fp, cr->dd, &fr->nblists[n].nlist_sr[i], nDNL);
 187         }
 188     }
 189 #endif
 190     char buf[STRLEN];
 191     int  n, i;
 192
 193     fprintf(out, "%s\n", header);
 194
 195     for (n = 0; (n < fr->nnblists); n++)
 196     {
 197         for (i = 0; (i < eNL_NR); i++)
 198         {
 199             write_nblist(out, cr->dd, &fr->nblists[n].nlist_sr[i], nDNL);
 200         }
 201     }
 202
 203 }