src/gromacs/mdlib/init.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include <stdio.h>
  40
  41 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  42 #include "gromacs/legacyheaders/mdatoms.h"
  43 #include "gromacs/legacyheaders/mdebin.h"
  44 #include "gromacs/legacyheaders/mdrun.h"
  45 #include "gromacs/legacyheaders/mvdata.h"
  46 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/txtdump.h"
  48 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  49 #include "gromacs/legacyheaders/update.h"
  50 #include "gromacs/math/vec.h"
  51 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  52 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  53
  54 #define BUFSIZE 256
  55
  56 #define NOT_FINISHED(l1, l2) \
  57     printf("not finished yet: lines %d .. %d in %s\n", l1, l2, __FILE__)
  58
  59 void set_state_entries(t_state *state, const t_inputrec *ir)
  60 {
  61     int nnhpres;
  62
  63     /* The entries in the state in the tpx file might not correspond
  64      * with what is needed, so we correct this here.
  65      */
  66     state->flags = 0;
  67     if (ir->efep != efepNO || ir->bExpanded)
  68     {
  69         state->flags |= (1<<estLAMBDA);
  70         state->flags |= (1<<estFEPSTATE);
  71     }
  72     state->flags |= (1<<estX);
  73     if (state->lambda == NULL)
  74     {
  75         snew(state->lambda, efptNR);
  76     }
  77     if (state->x == NULL)
  78     {
  79         snew(state->x, state->nalloc);
  80     }
  81     if (EI_DYNAMICS(ir->eI))
  82     {
  83         state->flags |= (1<<estV);
  84         if (state->v == NULL)
  85         {
  86             snew(state->v, state->nalloc);
  87         }
  88     }
  89     if (ir->eI == eiSD2)
  90     {
  91         state->flags |= (1<<estSDX);
  92         if (state->sd_X == NULL)
  93         {
  94             /* sd_X is not stored in the tpx file, so we need to allocate it */
  95             snew(state->sd_X, state->nalloc);
  96         }
  97     }
  98     if (ir->eI == eiCG)
  99     {
 100         state->flags |= (1<<estCGP);
 101         if (state->cg_p == NULL)
 102         {
 103             /* cg_p is not stored in the tpx file, so we need to allocate it */
 104             snew(state->cg_p, state->nalloc);
 105         }
 106     }
 107
 108     state->nnhpres = 0;
 109     if (ir->ePBC != epbcNONE)
 110     {
 111         state->flags |= (1<<estBOX);
 112         if (PRESERVE_SHAPE(*ir))
 113         {
 114             state->flags |= (1<<estBOX_REL);
 115         }
 116         if ((ir->epc == epcPARRINELLORAHMAN) || (ir->epc == epcMTTK))
 117         {
 118             state->flags |= (1<<estBOXV);
 119         }
 120         if (ir->epc != epcNO)
 121         {
 122             if (IR_NPT_TROTTER(ir) || (IR_NPH_TROTTER(ir)))
 123             {
 124                 state->nnhpres = 1;
 125                 state->flags  |= (1<<estNHPRES_XI);
 126                 state->flags  |= (1<<estNHPRES_VXI);
 127                 state->flags  |= (1<<estSVIR_PREV);
 128                 state->flags  |= (1<<estFVIR_PREV);
 129                 state->flags  |= (1<<estVETA);
 130                 state->flags  |= (1<<estVOL0);
 131             }
 132             else
 133             {
 134                 state->flags |= (1<<estPRES_PREV);
 135             }
 136         }
 137     }
 138
 139     if (ir->etc == etcNOSEHOOVER)
 140     {
 141         state->flags |= (1<<estNH_XI);
 142         state->flags |= (1<<estNH_VXI);
 143     }
 144
 145     if (ir->etc == etcVRESCALE)
 146     {
 147         state->flags |= (1<<estTC_INT);
 148     }
 149
 150     init_gtc_state(state, state->ngtc, state->nnhpres, ir->opts.nhchainlength); /* allocate the space for nose-hoover chains */
 151     init_ekinstate(&state->ekinstate, ir);
 152
 153     init_energyhistory(&state->enerhist);
 154     init_df_history(&state->dfhist, ir->fepvals->n_lambda);
 155     state->swapstate.eSwapCoords = ir->eSwapCoords;
 156 }
 157
 158
 159 void init_parallel(t_commrec *cr, t_inputrec *inputrec,
 160                    gmx_mtop_t *mtop)
 161 {
 162     bcast_ir_mtop(cr, inputrec, mtop);
 163 }