src/gromacs/mdlib/calcmu.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "gromacs/legacyheaders/calcmu.h"
  41
  42 #include <stdio.h>
  43 #include <stdlib.h>
  44
  45 #include "gromacs/legacyheaders/gmx_omp_nthreads.h"
  46 #include "gromacs/legacyheaders/network.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  48 #include "gromacs/math/units.h"
  49 #include "gromacs/math/vec.h"
  50
  51 void calc_mu(int start, int homenr, rvec x[], real q[], real qB[],
  52              int nChargePerturbed,
  53              dvec mu, dvec mu_B)
  54 {
  55     int    i, end, m;
  56     double mu_x, mu_y, mu_z;
  57
  58     end   = start + homenr;
  59
  60     mu_x = mu_y = mu_z = 0.0;
  61 #pragma omp parallel for reduction(+: mu_x, mu_y, mu_z) schedule(static) \
  62     num_threads(gmx_omp_nthreads_get(emntDefault))
  63     for (i = start; i < end; i++)
  64     {
  65         mu_x += q[i]*x[i][XX];
  66         mu_y += q[i]*x[i][YY];
  67         mu_z += q[i]*x[i][ZZ];
  68     }
  69     mu[XX] = mu_x;
  70     mu[YY] = mu_y;
  71     mu[ZZ] = mu_z;
  72
  73     for (m = 0; (m < DIM); m++)
  74     {
  75         mu[m] *= ENM2DEBYE;
  76     }
  77
  78     if (nChargePerturbed)
  79     {
  80         mu_x = mu_y = mu_z = 0.0;
  81 #pragma omp parallel for reduction(+: mu_x, mu_y, mu_z) schedule(static) \
  82         num_threads(gmx_omp_nthreads_get(emntDefault))
  83         for (i = start; i < end; i++)
  84         {
  85             mu_x += qB[i]*x[i][XX];
  86             mu_y += qB[i]*x[i][YY];
  87             mu_z += qB[i]*x[i][ZZ];
  88         }
  89         mu_B[XX] = mu_x * ENM2DEBYE;
  90         mu_B[YY] = mu_y * ENM2DEBYE;
  91         mu_B[ZZ] = mu_z * ENM2DEBYE;
  92     }
  93     else
  94     {
  95         copy_dvec(mu, mu_B);
  96     }
  97 }
  98
  99 gmx_bool read_mu(FILE *fp, rvec mu, real *vol)
 100 {
 101     /* For backward compatibility */
 102     real mmm[4];
 103
 104     if (fread(mmm, (size_t)(4*sizeof(real)), 1, fp) != 1)
 105     {
 106         return FALSE;
 107     }
 108
 109     copy_rvec(mmm, mu);
 110     *vol = mmm[3];
 111
 112     return TRUE;
 113 }