src/gromacs/mdlib/calcmu.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include <stdio.h>
  41 #include <stdlib.h>
  42
  43 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  44 #include "gromacs/legacyheaders/network.h"
  45 #include "gromacs/math/vec.h"
  46 #include "gromacs/math/units.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/calcmu.h"
  48 #include "gromacs/legacyheaders/gmx_omp_nthreads.h"
  49
  50 void calc_mu(int start, int homenr, rvec x[], real q[], real qB[],
  51              int nChargePerturbed,
  52              dvec mu, dvec mu_B)
  53 {
  54     int    i, end, m;
  55     double mu_x, mu_y, mu_z;
  56
  57     end   = start + homenr;
  58
  59     mu_x = mu_y = mu_z = 0.0;
  60 #pragma omp parallel for reduction(+: mu_x, mu_y, mu_z) schedule(static) \
  61     num_threads(gmx_omp_nthreads_get(emntDefault))
  62     for (i = start; i < end; i++)
  63     {
  64         mu_x += q[i]*x[i][XX];
  65         mu_y += q[i]*x[i][YY];
  66         mu_z += q[i]*x[i][ZZ];
  67     }
  68     mu[XX] = mu_x;
  69     mu[YY] = mu_y;
  70     mu[ZZ] = mu_z;
  71
  72     for (m = 0; (m < DIM); m++)
  73     {
  74         mu[m] *= ENM2DEBYE;
  75     }
  76
  77     if (nChargePerturbed)
  78     {
  79         mu_x = mu_y = mu_z = 0.0;
  80 #pragma omp parallel for reduction(+: mu_x, mu_y, mu_z) schedule(static) \
  81         num_threads(gmx_omp_nthreads_get(emntDefault))
  82         for (i = start; i < end; i++)
  83         {
  84             mu_x += qB[i]*x[i][XX];
  85             mu_y += qB[i]*x[i][YY];
  86             mu_z += qB[i]*x[i][ZZ];
  87         }
  88         mu_B[XX] = mu_x * ENM2DEBYE;
  89         mu_B[YY] = mu_y * ENM2DEBYE;
  90         mu_B[ZZ] = mu_z * ENM2DEBYE;
  91     }
  92     else
  93     {
  94         copy_dvec(mu, mu_B);
  95     }
  96 }
  97
  98 gmx_bool read_mu(FILE *fp, rvec mu, real *vol)
  99 {
 100     /* For backward compatibility */
 101     real mmm[4];
 102
 103     if (fread(mmm, (size_t)(4*sizeof(real)), 1, fp) != 1)
 104     {
 105         return FALSE;
 106     }
 107
 108     copy_rvec(mmm, mu);
 109     *vol = mmm[3];
 110
 111     return TRUE;
 112 }