src/gromacs/legacyheaders/vcm.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef _vcm_h
  39 #define _vcm_h
  40
  41 #include <stdio.h>
  42
  43 #include "gromacs/legacyheaders/types/inputrec.h"
  44 #include "gromacs/legacyheaders/types/mdatom.h"
  45 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  46 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  47 #include "gromacs/utility/real.h"
  48
  49 #ifdef __cplusplus
  50 extern "C" {
  51 #endif
  52
  53 struct gmx_groups_t;
  54
  55 typedef struct {
  56     int        nr;             /* Number of groups                    */
  57     int        mode;           /* One of the enums above              */
  58     gmx_bool   ndim;           /* The number of dimensions for corr.  */
  59     real      *group_ndf;      /* Number of degrees of freedom        */
  60     rvec      *group_p;        /* Linear momentum per group           */
  61     rvec      *group_v;        /* Linear velocity per group           */
  62     rvec      *group_x;        /* Center of mass per group            */
  63     rvec      *group_j;        /* Angular momentum per group          */
  64     rvec      *group_w;        /* Angular velocity (omega)            */
  65     tensor    *group_i;        /* Moment of inertia per group         */
  66     real      *group_mass;     /* Mass per group                      */
  67     char     **group_name;     /* These two are copies to pointers in */
  68 } t_vcm;
  69
  70 t_vcm *init_vcm(FILE *fp, struct gmx_groups_t *groups, t_inputrec *ir);
  71
  72 /* Do a per group center of mass things */
  73 void calc_vcm_grp(int start, int homenr, t_mdatoms *md,
  74                   rvec x[], rvec v[], t_vcm *vcm);
  75
  76 void do_stopcm_grp(int start, int homenr,
  77                    unsigned short *group_id,
  78                    rvec x[], rvec v[], t_vcm *vcm);
  79
  80 void check_cm_grp(FILE *fp, t_vcm *vcm, t_inputrec *ir, real Temp_Max);
  81
  82
  83 #ifdef __cplusplus
  84 }
  85 #endif
  86
  87
  88 #endif /* _vcm_h */