src/gromacs/legacyheaders/tgroup.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef _tgroup_h
  39 #define _tgroup_h
  40
  41 #include "gromacs/legacyheaders/network.h"
  42 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 extern "C" {
  46 #endif
  47
  48 void init_ekindata(FILE *log, gmx_mtop_t *mtop, t_grpopts *opts,
  49                    gmx_ekindata_t *ekind);
  50 /* Allocate memory and set the grpnr array. */
  51
  52 void done_ekindata(gmx_ekindata_t *ekind);
  53 /* Free the memory */
  54
  55 void accumulate_u(t_commrec *cr, t_grpopts *opts,
  56                   gmx_ekindata_t *ekind);
  57
  58 /*extern void accumulate_ekin(t_commrec *cr,t_grpopts *opts,t_groups *grps);*/
  59 /* Communicate subsystem - group velocities and subsystem ekin respectively
  60  * and sum them up. Return them in grps.
  61  */
  62
  63 real sum_ekin(t_grpopts *opts, gmx_ekindata_t *ekind, real *dekindlambda,
  64               gmx_bool bEkinFullStep, gmx_bool bScaleEkin);
  65 /* Sum the group ekins into total ekin and calc temp per group,
  66  * return total temperature.
  67  */
  68
  69 void update_ekindata(int start, int homenr, gmx_ekindata_t *ekind,
  70                      t_grpopts *opts, rvec v[], t_mdatoms *md, real lambda);
  71 /* Do the update of group velocities (if bNEMD) and
  72  * (partial) group ekin.
  73  */
  74
  75 #ifdef __cplusplus
  76 }
  77 #endif
  78
  79 #endif  /* _tgroup_h */