src/gromacs/legacyheaders/mdatoms.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2010,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef _mdatoms_h
  39 #define _mdatoms_h
  40
  41 #include <stdio.h>
  42
  43 #include "gromacs/legacyheaders/types/inputrec.h"
  44 #include "gromacs/legacyheaders/types/mdatom.h"
  45 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  46 #include "gromacs/utility/real.h"
  47
  48 #ifdef __cplusplus
  49 extern "C" {
  50 #endif
  51
  52 struct gmx_mtop_t;
  53
  54 t_mdatoms *init_mdatoms(FILE *fp, struct gmx_mtop_t *mtop, gmx_bool bFreeEnergy);
  55
  56 void atoms2md(struct gmx_mtop_t *mtop, t_inputrec *ir,
  57               int nindex, int *index,
  58               int homenr,
  59               t_mdatoms *md);
  60 /* This routine copies the atoms->atom struct into md.
  61  * If index!=NULL only the indexed atoms are copied.
  62  */
  63
  64 void update_mdatoms(t_mdatoms *md, real lambda);
  65 /* (Re)set all the mass parameters */
  66
  67 #ifdef __cplusplus
  68 }
  69 #endif
  70
  71 #endif