src/gromacs/gmxpreprocess/pgutil.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38
  39 #include "gmxpre.h"
  40
  41 #include "pgutil.h"
  42
  43 #include <string.h>
  44
  45 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  46 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  47
  48 #define BUFSIZE 1024
  49 static void atom_not_found(int fatal_errno, const char *file, int line,
  50                            const char *atomname, int resind,
  51                            const char *resname,
  52                            const char *bondtype, gmx_bool bAllowMissing)
  53 {
  54     char message_buffer[BUFSIZE];
  55     if (strcmp(bondtype, "check") != 0)
  56     {
  57         if (0 != strcmp(bondtype, "atom"))
  58         {
  59             snprintf(message_buffer, 1024,
  60                      "Residue %d named %s of a molecule in the input file was mapped\n"
  61                      "to an entry in the topology database, but the atom %s used in\n"
  62                      "an interaction of type %s in that entry is not found in the\n"
  63                      "input file. Perhaps your atom and/or residue naming needs to be\n"
  64                      "fixed.\n",
  65                      resind+1, resname, atomname, bondtype);
  66         }
  67         else
  68         {
  69             snprintf(message_buffer, 1024,
  70                      "Residue %d named %s of a molecule in the input file was mapped\n"
  71                      "to an entry in the topology database, but the atom %s used in\n"
  72                      "that entry is not found in the input file. Perhaps your atom\n"
  73                      "and/or residue naming needs to be fixed.\n",
  74                      resind+1, resname, atomname);
  75         }
  76         if (bAllowMissing)
  77         {
  78             gmx_warning("WARNING: %s", message_buffer);
  79         }
  80         else
  81         {
  82             gmx_fatal(fatal_errno, file, line, message_buffer);
  83         }
  84     }
  85 }
  86
  87 atom_id search_atom(const char *type, int start,
  88                     t_atoms *atoms,
  89                     const char *bondtype, gmx_bool bAllowMissing)
  90 {
  91     int             i, resind = -1;
  92     gmx_bool        bPrevious, bNext;
  93     int             natoms = atoms->nr;
  94     t_atom         *at     = atoms->atom;
  95     char ** const * anm    = atoms->atomname;
  96
  97     bPrevious = (strchr(type, '-') != NULL);
  98     bNext     = (strchr(type, '+') != NULL);
  99
 100     if (!bPrevious)
 101     {
 102         resind = at[start].resind;
 103         if (bNext)
 104         {
 105             /* The next residue */
 106             type++;
 107             while ((start < natoms) && (at[start].resind == resind))
 108             {
 109                 start++;
 110             }
 111             if (start < natoms)
 112             {
 113                 resind = at[start].resind;
 114             }
 115         }
 116
 117         for (i = start; (i < natoms) && (bNext || (at[i].resind == resind)); i++)
 118         {
 119             if (anm[i] && gmx_strcasecmp(type, *(anm[i])) == 0)
 120             {
 121                 return (atom_id) i;
 122             }
 123         }
 124         if (!(bNext && at[start].resind == at[natoms-1].resind))
 125         {
 126             atom_not_found(FARGS, type, at[start].resind, *atoms->resinfo[resind].name, bondtype, bAllowMissing);
 127         }
 128     }
 129     else
 130     {
 131         /* The previous residue */
 132         type++;
 133         if (start > 0)
 134         {
 135             resind = at[start-1].resind;
 136         }
 137         for (i = start-1; (i >= 0) /*&& (at[i].resind == resind)*/; i--)
 138         {
 139             if (gmx_strcasecmp(type, *(anm[i])) == 0)
 140             {
 141                 return (atom_id) i;
 142             }
 143         }
 144         if (start > 0)
 145         {
 146             atom_not_found(FARGS, type, at[start].resind, *atoms->resinfo[resind].name, bondtype, bAllowMissing);
 147         }
 148     }
 149     return NO_ATID;
 150 }
 151
 152 atom_id
 153 search_res_atom(const char *type, int resind,
 154                 t_atoms *atoms,
 155                 const char *bondtype, gmx_bool bAllowMissing)
 156 {
 157     int i;
 158
 159     for (i = 0; (i < atoms->nr); i++)
 160     {
 161         if (atoms->atom[i].resind == resind)
 162         {
 163             return search_atom(type, i, atoms, bondtype, bAllowMissing);
 164         }
 165     }
 166
 167     return NO_ATID;
 168 }
 169
 170
 171 void set_at(t_atom *at, real m, real q, int type, int resind)
 172 {
 173     at->m      = m;
 174     at->q      = q;
 175     at->type   = type;
 176     at->resind = resind;
 177 }