src/gromacs/gmxpreprocess/pgutil.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38
  39 #include "gmxpre.h"
  40
  41 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  42 #include "pgutil.h"
  43 #include <string.h>
  44 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  45
  46 #define BUFSIZE 1024
  47 static void atom_not_found(int fatal_errno, const char *file, int line,
  48                            const char *atomname, int resind,
  49                            const char *resname,
  50                            const char *bondtype, gmx_bool bAllowMissing)
  51 {
  52     char message_buffer[BUFSIZE];
  53     if (strcmp(bondtype, "check") != 0)
  54     {
  55         if (0 != strcmp(bondtype, "atom"))
  56         {
  57             snprintf(message_buffer, 1024,
  58                      "Residue %d named %s of a molecule in the input file was mapped\n"
  59                      "to an entry in the topology database, but the atom %s used in\n"
  60                      "an interaction of type %s in that entry is not found in the\n"
  61                      "input file. Perhaps your atom and/or residue naming needs to be\n"
  62                      "fixed.\n",
  63                      resind+1, resname, atomname, bondtype);
  64         }
  65         else
  66         {
  67             snprintf(message_buffer, 1024,
  68                      "Residue %d named %s of a molecule in the input file was mapped\n"
  69                      "to an entry in the topology database, but the atom %s used in\n"
  70                      "that entry is not found in the input file. Perhaps your atom\n"
  71                      "and/or residue naming needs to be fixed.\n",
  72                      resind+1, resname, atomname);
  73         }
  74         if (bAllowMissing)
  75         {
  76             gmx_warning("WARNING: %s", message_buffer);
  77         }
  78         else
  79         {
  80             gmx_fatal(fatal_errno, file, line, message_buffer);
  81         }
  82     }
  83 }
  84
  85 atom_id search_atom(const char *type, int start,
  86                     t_atoms *atoms,
  87                     const char *bondtype, gmx_bool bAllowMissing)
  88 {
  89     int             i, resind = -1;
  90     gmx_bool        bPrevious, bNext;
  91     int             natoms = atoms->nr;
  92     t_atom         *at     = atoms->atom;
  93     char ** const * anm    = atoms->atomname;
  94
  95     bPrevious = (strchr(type, '-') != NULL);
  96     bNext     = (strchr(type, '+') != NULL);
  97
  98     if (!bPrevious)
  99     {
 100         resind = at[start].resind;
 101         if (bNext)
 102         {
 103             /* The next residue */
 104             type++;
 105             while ((start < natoms) && (at[start].resind == resind))
 106             {
 107                 start++;
 108             }
 109             if (start < natoms)
 110             {
 111                 resind = at[start].resind;
 112             }
 113         }
 114
 115         for (i = start; (i < natoms) && (bNext || (at[i].resind == resind)); i++)
 116         {
 117             if (anm[i] && gmx_strcasecmp(type, *(anm[i])) == 0)
 118             {
 119                 return (atom_id) i;
 120             }
 121         }
 122         if (!(bNext && at[start].resind == at[natoms-1].resind))
 123         {
 124             atom_not_found(FARGS, type, at[start].resind, *atoms->resinfo[resind].name, bondtype, bAllowMissing);
 125         }
 126     }
 127     else
 128     {
 129         /* The previous residue */
 130         type++;
 131         if (start > 0)
 132         {
 133             resind = at[start-1].resind;
 134         }
 135         for (i = start-1; (i >= 0) /*&& (at[i].resind == resind)*/; i--)
 136         {
 137             if (gmx_strcasecmp(type, *(anm[i])) == 0)
 138             {
 139                 return (atom_id) i;
 140             }
 141         }
 142         if (start > 0)
 143         {
 144             atom_not_found(FARGS, type, at[start].resind, *atoms->resinfo[resind].name, bondtype, bAllowMissing);
 145         }
 146     }
 147     return NO_ATID;
 148 }
 149
 150 atom_id
 151 search_res_atom(const char *type, int resind,
 152                 t_atoms *atoms,
 153                 const char *bondtype, gmx_bool bAllowMissing)
 154 {
 155     int i;
 156
 157     for (i = 0; (i < atoms->nr); i++)
 158     {
 159         if (atoms->atom[i].resind == resind)
 160         {
 161             return search_atom(type, i, atoms, bondtype, bAllowMissing);
 162         }
 163     }
 164
 165     return NO_ATID;
 166 }
 167
 168
 169 void set_at(t_atom *at, real m, real q, int type, int resind)
 170 {
 171     at->m      = m;
 172     at->q      = q;
 173     at->type   = type;
 174     at->resind = resind;
 175 }