src/gromacs/gmxpreprocess/convparm.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "convparm.h"
  41
  42 #include <math.h>
  43 #include <string.h>
  44
  45 #include "gromacs/gmxpreprocess/gpp_atomtype.h"
  46 #include "gromacs/gmxpreprocess/topio.h"
  47 #include "gromacs/gmxpreprocess/toputil.h"
  48 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  49 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  50 #include "gromacs/math/units.h"
  51 #include "gromacs/math/utilities.h"
  52 #include "gromacs/math/vec.h"
  53 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  54 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  55
  56 static int round_check(real r, int limit, int ftype, const char *name)
  57 {
  58     int i;
  59
  60     if (r >= 0)
  61     {
  62         i = (int)(r + 0.5);
  63     }
  64     else
  65     {
  66         i = (int)(r - 0.5);
  67     }
  68
  69     if (r-i > 0.01 || r-i < -0.01)
  70     {
  71         gmx_fatal(FARGS, "A non-integer value (%f) was supplied for '%s' in %s",
  72                   r, name, interaction_function[ftype].longname);
  73     }
  74
  75     if (i < limit)
  76     {
  77         gmx_fatal(FARGS, "Value of '%s' in %s is %d, which is smaller than the minimum of %d",
  78                   name, interaction_function[ftype].longname, i, limit);
  79     }
  80
  81     return i;
  82 }
  83
  84 static void set_ljparams(int comb, double reppow, real v, real w,
  85                          real *c6, real *c12)
  86 {
  87     if (comb == eCOMB_ARITHMETIC || comb == eCOMB_GEOM_SIG_EPS)
  88     {
  89         if (v >= 0)
  90         {
  91             *c6  = 4*w*pow(v, 6.0);
  92             *c12 = 4*w*pow(v, reppow);
  93         }
  94         else
  95         {
  96             /* Interpret negative sigma as c6=0 and c12 with -sigma */
  97             *c6  = 0;
  98             *c12 = 4*w*pow(-v, reppow);
  99         }
 100     }
 101     else
 102     {
 103         *c6  = v;
 104         *c12 = w;
 105     }
 106 }
 107
 108 /* A return value of 0 means parameters were assigned successfully,
 109  * returning -1 means this is an all-zero interaction that should not be added.
 110  */
 111 static int
 112 assign_param(t_functype ftype, t_iparams *newparam,
 113              real old[MAXFORCEPARAM], int comb, double reppow)
 114 {
 115     int      i, j;
 116     real     tmp;
 117     gmx_bool all_param_zero = TRUE;
 118
 119     /* Set to zero */
 120     for (j = 0; (j < MAXFORCEPARAM); j++)
 121     {
 122         newparam->generic.buf[j] = 0.0;
 123         /* If all parameters are zero we might not add some interaction types (selected below).
 124          * We cannot apply this to ALL interactions, since many have valid reasons for having
 125          * zero parameters (e.g. an index to a Cmap interaction, or LJ parameters), but
 126          * we use it for angles and torsions that are typically generated automatically.
 127          */
 128         all_param_zero = (all_param_zero == TRUE) && fabs(old[j]) < GMX_REAL_MIN;
 129     }
 130
 131     if (all_param_zero == TRUE)
 132     {
 133         if (IS_ANGLE(ftype) || IS_RESTRAINT_TYPE(ftype) || ftype == F_IDIHS ||
 134             ftype == F_PDIHS || ftype == F_PIDIHS || ftype == F_RBDIHS || ftype == F_FOURDIHS)
 135         {
 136             return -1;
 137         }
 138     }
 139
 140     switch (ftype)
 141     {
 142         case F_G96ANGLES:
 143             /* Post processing of input data: store cosine iso angle itself */
 144             newparam->harmonic.rA  = cos(old[0]*DEG2RAD);
 145             newparam->harmonic.krA = old[1];
 146             newparam->harmonic.rB  = cos(old[2]*DEG2RAD);
 147             newparam->harmonic.krB = old[3];
 148             break;
 149         case F_G96BONDS:
 150             /* Post processing of input data: store square of length itself */
 151             newparam->harmonic.rA  = sqr(old[0]);
 152             newparam->harmonic.krA = old[1];
 153             newparam->harmonic.rB  = sqr(old[2]);
 154             newparam->harmonic.krB = old[3];
 155             break;
 156         case F_FENEBONDS:
 157             newparam->fene.bm = old[0];
 158             newparam->fene.kb = old[1];
 159             break;
 160         case F_RESTRBONDS:
 161             newparam->restraint.lowA = old[0];
 162             newparam->restraint.up1A = old[1];
 163             newparam->restraint.up2A = old[2];
 164             newparam->restraint.kA   = old[3];
 165             newparam->restraint.lowB = old[4];
 166             newparam->restraint.up1B = old[5];
 167             newparam->restraint.up2B = old[6];
 168             newparam->restraint.kB   = old[7];
 169             break;
 170         case F_TABBONDS:
 171         case F_TABBONDSNC:
 172         case F_TABANGLES:
 173         case F_TABDIHS:
 174             newparam->tab.table = round_check(old[0], 0, ftype, "table index");
 175             newparam->tab.kA    = old[1];
 176             newparam->tab.kB    = old[3];
 177             break;
 178         case F_CROSS_BOND_BONDS:
 179             newparam->cross_bb.r1e = old[0];
 180             newparam->cross_bb.r2e = old[1];
 181             newparam->cross_bb.krr = old[2];
 182             break;
 183         case F_CROSS_BOND_ANGLES:
 184             newparam->cross_ba.r1e = old[0];
 185             newparam->cross_ba.r2e = old[1];
 186             newparam->cross_ba.r3e = old[2];
 187             newparam->cross_ba.krt = old[3];
 188             break;
 189         case F_UREY_BRADLEY:
 190             newparam->u_b.thetaA  = old[0];
 191             newparam->u_b.kthetaA = old[1];
 192             newparam->u_b.r13A    = old[2];
 193             newparam->u_b.kUBA    = old[3];
 194             newparam->u_b.thetaB  = old[4];
 195             newparam->u_b.kthetaB = old[5];
 196             newparam->u_b.r13B    = old[6];
 197             newparam->u_b.kUBB    = old[7];
 198             break;
 199         case F_QUARTIC_ANGLES:
 200             newparam->qangle.theta = old[0];
 201             for (i = 0; i < 5; i++)
 202             {
 203                 newparam->qangle.c[i] = old[i+1];
 204             }
 205             break;
 206         case F_LINEAR_ANGLES:
 207             newparam->linangle.aA    = old[0];
 208             newparam->linangle.klinA = old[1];
 209             newparam->linangle.aB    = old[2];
 210             newparam->linangle.klinB = old[3];
 211             break;
 212         case F_BONDS:
 213         case F_ANGLES:
 214         case F_HARMONIC:
 215         case F_IDIHS:
 216             newparam->harmonic.rA  = old[0];
 217             newparam->harmonic.krA = old[1];
 218             newparam->harmonic.rB  = old[2];
 219             newparam->harmonic.krB = old[3];
 220             break;
 221         case F_RESTRANGLES:
 222             newparam->harmonic.rA  = old[0];
 223             newparam->harmonic.krA = old[1];
 224             break;
 225         case F_MORSE:
 226             newparam->morse.b0A    = old[0];
 227             newparam->morse.cbA    = old[1];
 228             newparam->morse.betaA  = old[2];
 229             newparam->morse.b0B    = old[3];
 230             newparam->morse.cbB    = old[4];
 231             newparam->morse.betaB  = old[5];
 232             break;
 233         case F_CUBICBONDS:
 234             newparam->cubic.b0    = old[0];
 235             newparam->cubic.kb    = old[1];
 236             newparam->cubic.kcub  = old[2];
 237             break;
 238         case F_CONNBONDS:
 239             break;
 240         case F_POLARIZATION:
 241             newparam->polarize.alpha = old[0];
 242             break;
 243         case F_ANHARM_POL:
 244             newparam->anharm_polarize.alpha = old[0];
 245             newparam->anharm_polarize.drcut = old[1];
 246             newparam->anharm_polarize.khyp  = old[2];
 247             break;
 248         case F_WATER_POL:
 249             newparam->wpol.al_x   = old[0];
 250             newparam->wpol.al_y   = old[1];
 251             newparam->wpol.al_z   = old[2];
 252             newparam->wpol.rOH    = old[3];
 253             newparam->wpol.rHH    = old[4];
 254             newparam->wpol.rOD    = old[5];
 255             break;
 256         case F_THOLE_POL:
 257             newparam->thole.a      = old[0];
 258             newparam->thole.alpha1 = old[1];
 259             newparam->thole.alpha2 = old[2];
 260             if ((old[1] > 0) && (old[2] > 0))
 261             {
 262                 newparam->thole.rfac = old[0]*pow(old[1]*old[2], -1.0/6.0);
 263             }
 264             else
 265             {
 266                 newparam->thole.rfac = 1;
 267             }
 268             break;
 269         case F_BHAM:
 270             newparam->bham.a = old[0];
 271             newparam->bham.b = old[1];
 272             newparam->bham.c = old[2];
 273             break;
 274         case F_LJ14:
 275             set_ljparams(comb, reppow, old[0], old[1], &newparam->lj14.c6A, &newparam->lj14.c12A);
 276             set_ljparams(comb, reppow, old[2], old[3], &newparam->lj14.c6B, &newparam->lj14.c12B);
 277             break;
 278         case F_LJC14_Q:
 279             newparam->ljc14.fqq = old[0];
 280             newparam->ljc14.qi  = old[1];
 281             newparam->ljc14.qj  = old[2];
 282             set_ljparams(comb, reppow, old[3], old[4], &newparam->ljc14.c6, &newparam->ljc14.c12);
 283             break;
 284         case F_LJC_PAIRS_NB:
 285             newparam->ljcnb.qi = old[0];
 286             newparam->ljcnb.qj = old[1];
 287             set_ljparams(comb, reppow, old[2], old[3], &newparam->ljcnb.c6, &newparam->ljcnb.c12);
 288             break;
 289         case F_LJ:
 290             set_ljparams(comb, reppow, old[0], old[1], &newparam->lj.c6, &newparam->lj.c12);
 291             break;
 292         case F_PDIHS:
 293         case F_PIDIHS:
 294         case F_ANGRES:
 295         case F_ANGRESZ:
 296             newparam->pdihs.phiA = old[0];
 297             newparam->pdihs.cpA  = old[1];
 298
 299             /* Change 20100720: Amber occasionally uses negative multiplicities (mathematically OK),
 300              * so I have changed the lower limit to -99 /EL
 301              */
 302             newparam->pdihs.phiB = old[3];
 303             newparam->pdihs.cpB  = old[4];
 304             /* If both force constants are zero there is no interaction. Return -1 to signal
 305              * this entry should NOT be added.
 306              */
 307             if (fabs(newparam->pdihs.cpA) < GMX_REAL_MIN && fabs(newparam->pdihs.cpB) < GMX_REAL_MIN)
 308             {
 309                 return -1;
 310             }
 311
 312             newparam->pdihs.mult = round_check(old[2], -99, ftype, "multiplicity");
 313
 314             break;
 315         case F_RESTRDIHS:
 316             newparam->pdihs.phiA = old[0];
 317             newparam->pdihs.cpA  = old[1];
 318             break;
 319         case F_POSRES:
 320             newparam->posres.fcA[XX]   = old[0];
 321             newparam->posres.fcA[YY]   = old[1];
 322             newparam->posres.fcA[ZZ]   = old[2];
 323             newparam->posres.fcB[XX]   = old[3];
 324             newparam->posres.fcB[YY]   = old[4];
 325             newparam->posres.fcB[ZZ]   = old[5];
 326             newparam->posres.pos0A[XX] = old[6];
 327             newparam->posres.pos0A[YY] = old[7];
 328             newparam->posres.pos0A[ZZ] = old[8];
 329             newparam->posres.pos0B[XX] = old[9];
 330             newparam->posres.pos0B[YY] = old[10];
 331             newparam->posres.pos0B[ZZ] = old[11];
 332             break;
 333         case F_FBPOSRES:
 334             newparam->fbposres.geom     = round_check(old[0], 0, ftype, "geometry");
 335             if (!(newparam->fbposres.geom > efbposresZERO && newparam->fbposres.geom < efbposresNR))
 336             {
 337                 gmx_fatal(FARGS, "Invalid geometry for flat-bottomed position restraint.\n"
 338                           "Expected number between 1 and %d. Found %d\n", efbposresNR-1,
 339                           newparam->fbposres.geom);
 340             }
 341             newparam->fbposres.r        = old[1];
 342             newparam->fbposres.k        = old[2];
 343             newparam->fbposres.pos0[XX] = old[3];
 344             newparam->fbposres.pos0[YY] = old[4];
 345             newparam->fbposres.pos0[ZZ] = old[5];
 346             break;
 347         case F_DISRES:
 348             newparam->disres.label = round_check(old[0], 0, ftype, "label");
 349             newparam->disres.type  = round_check(old[1], 1, ftype, "type'");
 350             newparam->disres.low   = old[2];
 351             newparam->disres.up1   = old[3];
 352             newparam->disres.up2   = old[4];
 353             newparam->disres.kfac  = old[5];
 354             break;
 355         case F_ORIRES:
 356             newparam->orires.ex    = round_check(old[0], 1, ftype, "experiment") - 1;
 357             newparam->orires.label = round_check(old[1], 1, ftype, "label");
 358             newparam->orires.power = round_check(old[2], 0, ftype, "power");
 359             newparam->orires.c     = old[3];
 360             newparam->orires.obs   = old[4];
 361             newparam->orires.kfac  = old[5];
 362             break;
 363         case F_DIHRES:
 364             newparam->dihres.phiA   = old[0];
 365             newparam->dihres.dphiA  = old[1];
 366             newparam->dihres.kfacA  = old[2];
 367             newparam->dihres.phiB   = old[3];
 368             newparam->dihres.dphiB  = old[4];
 369             newparam->dihres.kfacB  = old[5];
 370             break;
 371         case F_RBDIHS:
 372             for (i = 0; (i < NR_RBDIHS); i++)
 373             {
 374                 newparam->rbdihs.rbcA[i] = old[i];
 375                 newparam->rbdihs.rbcB[i] = old[NR_RBDIHS+i];
 376             }
 377             break;
 378         case F_CBTDIHS:
 379             for (i = 0; (i < NR_CBTDIHS); i++)
 380             {
 381                 newparam->cbtdihs.cbtcA[i] = old[i];
 382             }
 383             break;
 384         case F_FOURDIHS:
 385             /* Read the dihedral parameters to temporary arrays,
 386              * and convert them to the computationally faster
 387              * Ryckaert-Bellemans form.
 388              */
 389             /* Use conversion formula for OPLS to Ryckaert-Bellemans: */
 390             newparam->rbdihs.rbcA[0] = old[1]+0.5*(old[0]+old[2]);
 391             newparam->rbdihs.rbcA[1] = 0.5*(3.0*old[2]-old[0]);
 392             newparam->rbdihs.rbcA[2] = 4.0*old[3]-old[1];
 393             newparam->rbdihs.rbcA[3] = -2.0*old[2];
 394             newparam->rbdihs.rbcA[4] = -4.0*old[3];
 395             newparam->rbdihs.rbcA[5] = 0.0;
 396
 397             newparam->rbdihs.rbcB[0] = old[NR_FOURDIHS+1]+0.5*(old[NR_FOURDIHS+0]+old[NR_FOURDIHS+2]);
 398             newparam->rbdihs.rbcB[1] = 0.5*(3.0*old[NR_FOURDIHS+2]-old[NR_FOURDIHS+0]);
 399             newparam->rbdihs.rbcB[2] = 4.0*old[NR_FOURDIHS+3]-old[NR_FOURDIHS+1];
 400             newparam->rbdihs.rbcB[3] = -2.0*old[NR_FOURDIHS+2];
 401             newparam->rbdihs.rbcB[4] = -4.0*old[NR_FOURDIHS+3];
 402             newparam->rbdihs.rbcB[5] = 0.0;
 403             break;
 404         case F_CONSTR:
 405         case F_CONSTRNC:
 406             newparam->constr.dA = old[0];
 407             newparam->constr.dB = old[1];
 408             break;
 409         case F_SETTLE:
 410             newparam->settle.doh = old[0];
 411             newparam->settle.dhh = old[1];
 412             break;
 413         case F_VSITE2:
 414         case F_VSITE3:
 415         case F_VSITE3FD:
 416         case F_VSITE3OUT:
 417         case F_VSITE4FD:
 418         case F_VSITE4FDN:
 419             newparam->vsite.a = old[0];
 420             newparam->vsite.b = old[1];
 421             newparam->vsite.c = old[2];
 422             newparam->vsite.d = old[3];
 423             newparam->vsite.e = old[4];
 424             newparam->vsite.f = old[5];
 425             break;
 426         case F_VSITE3FAD:
 427             newparam->vsite.a = old[1] * cos(DEG2RAD * old[0]);
 428             newparam->vsite.b = old[1] * sin(DEG2RAD * old[0]);
 429             newparam->vsite.c = old[2];
 430             newparam->vsite.d = old[3];
 431             newparam->vsite.e = old[4];
 432             newparam->vsite.f = old[5];
 433             break;
 434         case F_VSITEN:
 435             newparam->vsiten.n = round_check(old[0], 1, ftype, "number of atoms");
 436             newparam->vsiten.a = old[1];
 437             break;
 438         case F_CMAP:
 439             newparam->cmap.cmapA = old[0];
 440             newparam->cmap.cmapB = old[1];
 441             break;
 442         case F_GB12:
 443         case F_GB13:
 444         case F_GB14:
 445             newparam->gb.sar  = old[0];
 446             newparam->gb.st   = old[1];
 447             newparam->gb.pi   = old[2];
 448             newparam->gb.gbr  = old[3];
 449             newparam->gb.bmlt = old[4];
 450             break;
 451         default:
 452             gmx_fatal(FARGS, "unknown function type %d in %s line %d",
 453                       ftype, __FILE__, __LINE__);
 454     }
 455     return 0;
 456 }
 457
 458 static int enter_params(gmx_ffparams_t *ffparams, t_functype ftype,
 459                         real forceparams[MAXFORCEPARAM], int comb, real reppow,
 460                         int start, gmx_bool bAppend)
 461 {
 462     t_iparams newparam;
 463     int       type;
 464     int       rc;
 465
 466     if ( (rc = assign_param(ftype, &newparam, forceparams, comb, reppow)) < 0)
 467     {
 468         /* -1 means this interaction is all-zero and should not be added */
 469         return rc;
 470     }
 471
 472     if (!bAppend)
 473     {
 474         for (type = start; (type < ffparams->ntypes); type++)
 475         {
 476             if (ffparams->functype[type] == ftype)
 477             {
 478                 if (F_GB13 == ftype)
 479                 {
 480                     /* Occasionally, the way the 1-3 reference distance is
 481                      * computed can lead to non-binary-identical results, but I
 482                      * don't know why. */
 483                     if ((gmx_within_tol(newparam.gb.sar,  ffparams->iparams[type].gb.sar,  1e-6)) &&
 484                         (gmx_within_tol(newparam.gb.st,   ffparams->iparams[type].gb.st,   1e-6)) &&
 485                         (gmx_within_tol(newparam.gb.pi,   ffparams->iparams[type].gb.pi,   1e-6)) &&
 486                         (gmx_within_tol(newparam.gb.gbr,  ffparams->iparams[type].gb.gbr,  1e-6)) &&
 487                         (gmx_within_tol(newparam.gb.bmlt, ffparams->iparams[type].gb.bmlt, 1e-6)))
 488                     {
 489                         return type;
 490                     }
 491                 }
 492                 else
 493                 {
 494                     if (memcmp(&newparam, &ffparams->iparams[type], (size_t)sizeof(newparam)) == 0)
 495                     {
 496                         return type;
 497                     }
 498                 }
 499             }
 500         }
 501     }
 502     else
 503     {
 504         type = ffparams->ntypes;
 505     }
 506     if (debug)
 507     {
 508         fprintf(debug, "copying newparam to ffparams->iparams[%d] (ntypes=%d)\n",
 509                 type, ffparams->ntypes);
 510     }
 511     memcpy(&ffparams->iparams[type], &newparam, (size_t)sizeof(newparam));
 512
 513     ffparams->ntypes++;
 514     ffparams->functype[type] = ftype;
 515
 516     return type;
 517 }
 518
 519 static void append_interaction(t_ilist *ilist,
 520                                int type, int nral, atom_id a[MAXATOMLIST])
 521 {
 522     int i, where1;
 523
 524     where1     = ilist->nr;
 525     ilist->nr += nral+1;
 526
 527     ilist->iatoms[where1++] = type;
 528     for (i = 0; (i < nral); i++)
 529     {
 530         ilist->iatoms[where1++] = a[i];
 531     }
 532 }
 533
 534 static void enter_function(t_params *p, t_functype ftype, int comb, real reppow,
 535                            gmx_ffparams_t *ffparams, t_ilist *il,
 536                            int *maxtypes,
 537                            gmx_bool bNB, gmx_bool bAppend)
 538 {
 539     int     k, type, nr, nral, delta, start;
 540
 541     start = ffparams->ntypes;
 542     nr    = p->nr;
 543
 544     for (k = 0; k < nr; k++)
 545     {
 546         if (*maxtypes <= ffparams->ntypes)
 547         {
 548             *maxtypes += 1000;
 549             srenew(ffparams->functype, *maxtypes);
 550             srenew(ffparams->iparams, *maxtypes);
 551             if (debug)
 552             {
 553                 fprintf(debug, "%s, line %d: srenewed idef->functype and idef->iparams to %d\n",
 554                         __FILE__, __LINE__, *maxtypes);
 555             }
 556         }
 557         type = enter_params(ffparams, ftype, p->param[k].c, comb, reppow, start, bAppend);
 558         /* Type==-1 is used as a signal that this interaction is all-zero and should not be added. */
 559         if (!bNB && type >= 0)
 560         {
 561             nral  = NRAL(ftype);
 562             delta = nr*(nral+1);
 563             srenew(il->iatoms, il->nr+delta);
 564             append_interaction(il, type, nral, p->param[k].a);
 565         }
 566     }
 567 }
 568
 569 void convert_params(int atnr, t_params nbtypes[],
 570                     t_molinfo *mi, int comb, double reppow, real fudgeQQ,
 571                     gmx_mtop_t *mtop)
 572 {
 573     int             i, j, maxtypes, mt;
 574     unsigned long   flags;
 575     gmx_ffparams_t *ffp;
 576     gmx_moltype_t  *molt;
 577     t_params       *plist;
 578
 579     maxtypes = 0;
 580
 581     ffp           = &mtop->ffparams;
 582     ffp->ntypes   = 0;
 583     ffp->atnr     = atnr;
 584     ffp->functype = NULL;
 585     ffp->iparams  = NULL;
 586     ffp->reppow   = reppow;
 587
 588     enter_function(&(nbtypes[F_LJ]),  (t_functype)F_LJ,    comb, reppow, ffp, NULL,
 589                    &maxtypes, TRUE, TRUE);
 590     enter_function(&(nbtypes[F_BHAM]), (t_functype)F_BHAM,  comb, reppow, ffp, NULL,
 591                    &maxtypes, TRUE, TRUE);
 592
 593     for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
 594     {
 595         molt = &mtop->moltype[mt];
 596         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 597         {
 598             molt->ilist[i].nr     = 0;
 599             molt->ilist[i].iatoms = NULL;
 600
 601             plist = mi[mt].plist;
 602
 603             flags = interaction_function[i].flags;
 604             if ((i != F_LJ) && (i != F_BHAM) && ((flags & IF_BOND) ||
 605                                                  (flags & IF_VSITE) ||
 606                                                  (flags & IF_CONSTRAINT)))
 607             {
 608                 enter_function(&(plist[i]), (t_functype)i, comb, reppow,
 609                                ffp, &molt->ilist[i],
 610                                &maxtypes, FALSE, (i == F_POSRES  || i == F_FBPOSRES));
 611             }
 612         }
 613     }
 614     if (debug)
 615     {
 616         fprintf(debug, "%s, line %d: There are %d functypes in idef\n",
 617                 __FILE__, __LINE__, ffp->ntypes);
 618     }
 619
 620     ffp->fudgeQQ = fudgeQQ;
 621 }