src/gromacs/gmxpreprocess/addconf.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "addconf.h"
  40
  41 #include <stdlib.h>
  42 #include <string.h>
  43
  44 #include "gromacs/math/vec.h"
  45 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  46 #include "gromacs/legacyheaders/types/commrec.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/force.h"
  48 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  49 #include "gromacs/legacyheaders/nsgrid.h"
  50 #include "gromacs/legacyheaders/mdatoms.h"
  51 #include "gromacs/legacyheaders/nrnb.h"
  52 #include "gromacs/legacyheaders/ns.h"
  53 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  54 #include "gromacs/legacyheaders/chargegroup.h"
  55
  56 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  57 #include "gromacs/topology/block.h"
  58 #include "gromacs/topology/topology.h"
  59 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  60
  61 static real box_margin;
  62
  63 static real max_dist(rvec *x, real *r, int start, int end)
  64 {
  65     real maxd;
  66     int  i, j;
  67
  68     maxd = 0;
  69     for (i = start; i < end; i++)
  70     {
  71         for (j = i+1; j < end; j++)
  72         {
  73             maxd = max(maxd, sqrt(distance2(x[i], x[j]))+0.5*(r[i]+r[j]));
  74         }
  75     }
  76
  77     return 0.5*maxd;
  78 }
  79
  80 static gmx_bool outside_box_minus_margin2(rvec x, matrix box)
  81 {
  82     return ( (x[XX] < 2*box_margin) || (x[XX] > box[XX][XX]-2*box_margin) ||
  83              (x[YY] < 2*box_margin) || (x[YY] > box[YY][YY]-2*box_margin) ||
  84              (x[ZZ] < 2*box_margin) || (x[ZZ] > box[ZZ][ZZ]-2*box_margin) );
  85 }
  86
  87 static gmx_bool outside_box_plus_margin(rvec x, matrix box)
  88 {
  89     return ( (x[XX] < -box_margin) || (x[XX] > box[XX][XX]+box_margin) ||
  90              (x[YY] < -box_margin) || (x[YY] > box[YY][YY]+box_margin) ||
  91              (x[ZZ] < -box_margin) || (x[ZZ] > box[ZZ][ZZ]+box_margin) );
  92 }
  93
  94 static int mark_res(int at, gmx_bool *mark, int natoms, t_atom *atom, int *nmark)
  95 {
  96     int resind;
  97
  98     resind = atom[at].resind;
  99     while ( (at > 0) && (resind == atom[at-1].resind) )
 100     {
 101         at--;
 102     }
 103     while ( (at < natoms) && (resind == atom[at].resind) )
 104     {
 105         if (!mark[at])
 106         {
 107             mark[at] = TRUE;
 108             (*nmark)++;
 109         }
 110         at++;
 111     }
 112
 113     return at;
 114 }
 115
 116 static real find_max_real(int n, real radius[])
 117 {
 118     int  i;
 119     real rmax;
 120
 121     rmax = 0;
 122     if (n > 0)
 123     {
 124         rmax = radius[0];
 125         for (i = 1; (i < n); i++)
 126         {
 127             rmax = max(rmax, radius[i]);
 128         }
 129     }
 130     return rmax;
 131 }
 132
 133 static void combine_atoms(t_atoms *ap, t_atoms *as,
 134                           rvec xp[], rvec *vp, rvec xs[], rvec *vs,
 135                           t_atoms **a_comb, rvec **x_comb, rvec **v_comb)
 136 {
 137     t_atoms *ac;
 138     rvec    *xc, *vc = NULL;
 139     int      i, j, natot, res0;
 140
 141     /* Total number of atoms */
 142     natot = ap->nr+as->nr;
 143
 144     snew(ac, 1);
 145     init_t_atoms(ac, natot, FALSE);
 146
 147     snew(xc, natot);
 148     if (vp && vs)
 149     {
 150         snew(vc, natot);
 151     }
 152
 153     /* Fill the new structures */
 154     for (i = j = 0; (i < ap->nr); i++, j++)
 155     {
 156         copy_rvec(xp[i], xc[j]);
 157         if (vc)
 158         {
 159             copy_rvec(vp[i], vc[j]);
 160         }
 161         memcpy(&(ac->atom[j]), &(ap->atom[i]), sizeof(ap->atom[i]));
 162         ac->atom[j].type = 0;
 163     }
 164     res0 = ap->nres;
 165     for (i = 0; (i < as->nr); i++, j++)
 166     {
 167         copy_rvec(xs[i], xc[j]);
 168         if (vc)
 169         {
 170             copy_rvec(vs[i], vc[j]);
 171         }
 172         memcpy(&(ac->atom[j]), &(as->atom[i]), sizeof(as->atom[i]));
 173         ac->atom[j].type    = 0;
 174         ac->atom[j].resind += res0;
 175     }
 176     ac->nr   = j;
 177     ac->nres = ac->atom[j-1].resind+1;
 178     /* Fill all elements to prevent uninitialized memory */
 179     for (i = 0; i < ac->nr; i++)
 180     {
 181         ac->atom[i].m     = 1;
 182         ac->atom[i].q     = 0;
 183         ac->atom[i].mB    = 1;
 184         ac->atom[i].qB    = 0;
 185         ac->atom[i].type  = 0;
 186         ac->atom[i].typeB = 0;
 187         ac->atom[i].ptype = eptAtom;
 188     }
 189
 190     /* Return values */
 191     *a_comb = ac;
 192     *x_comb = xc;
 193     *v_comb = vc;
 194 }
 195
 196 static t_forcerec *fr = NULL;
 197
 198 static void do_nsgrid(FILE *fp, gmx_bool bVerbose,
 199                       matrix box, rvec x[], t_atoms *atoms, real rlong,
 200                       const output_env_t oenv)
 201 {
 202     gmx_mtop_t     *mtop;
 203     gmx_localtop_t *top;
 204     t_mdatoms      *md;
 205     t_block        *cgs;
 206     t_inputrec     *ir;
 207     t_nrnb          nrnb;
 208     t_commrec      *cr;
 209     int            *cg_index;
 210     gmx_moltype_t  *molt;
 211     gmx_ffparams_t *ffp;
 212     ivec           *nFreeze;
 213     int             i, m, natoms;
 214     rvec            box_size;
 215     real           *lambda, *dvdl;
 216
 217     natoms = atoms->nr;
 218
 219     /* Charge group index */
 220     snew(cg_index, natoms);
 221     for (i = 0; (i < natoms); i++)
 222     {
 223         cg_index[i] = i;
 224     }
 225
 226     /* Topology needs charge groups and exclusions */
 227     snew(mtop, 1);
 228     init_mtop(mtop);
 229     mtop->natoms = natoms;
 230     /* Make one moltype that contains the whol system */
 231     mtop->nmoltype = 1;
 232     snew(mtop->moltype, mtop->nmoltype);
 233     molt        = &mtop->moltype[0];
 234     molt->name  = mtop->name;
 235     molt->atoms = *atoms;
 236     stupid_fill_block(&molt->cgs, mtop->natoms, FALSE);
 237     stupid_fill_blocka(&molt->excls, natoms);
 238     /* Make one molblock for the whole system */
 239     mtop->nmolblock = 1;
 240     snew(mtop->molblock, mtop->nmolblock);
 241     mtop->molblock[0].type       = 0;
 242     mtop->molblock[0].nmol       = 1;
 243     mtop->molblock[0].natoms_mol = natoms;
 244     /* Initialize a single energy group */
 245     mtop->groups.grps[egcENER].nr = 1;
 246     mtop->groups.ngrpnr[egcENER]  = 0;
 247     mtop->groups.grpnr[egcENER]   = NULL;
 248
 249     ffp = &mtop->ffparams;
 250
 251     ffp->ntypes = 1;
 252     ffp->atnr   = 1;
 253     ffp->reppow = 12;
 254     snew(ffp->functype, 1);
 255     snew(ffp->iparams, 1);
 256     ffp->iparams[0].lj.c6  = 1;
 257     ffp->iparams[0].lj.c12 = 1;
 258
 259     /* inputrec structure */
 260     snew(ir, 1);
 261     ir->cutoff_scheme    = ecutsGROUP;
 262     ir->coulomb_modifier = eintmodNONE;
 263     ir->vdw_modifier     = eintmodNONE;
 264     ir->coulombtype      = eelCUT;
 265     ir->vdwtype          = evdwCUT;
 266     ir->ns_type          = ensGRID;
 267     snew(ir->opts.egp_flags, 1);
 268
 269     top = gmx_mtop_generate_local_top(mtop, ir);
 270
 271     /* Some nasty shortcuts */
 272     cgs  = &(top->cgs);
 273
 274     /* mdatoms structure */
 275     snew(nFreeze, 2);
 276     snew(md, 1);
 277     md = init_mdatoms(fp, mtop, FALSE);
 278     atoms2md(mtop, ir, 0, NULL, mtop->natoms, md);
 279     sfree(nFreeze);
 280
 281     /* forcerec structure */
 282     if (fr == NULL)
 283     {
 284         fr = mk_forcerec();
 285     }
 286     snew(cr, 1);
 287     cr->nnodes   = 1;
 288     /* cr->nthreads = 1; */
 289
 290     /*    ir->rlist       = ir->rcoulomb = ir->rvdw = rlong;
 291        printf("Neighborsearching with a cut-off of %g\n",rlong);
 292        init_forcerec(stdout,fr,ir,top,cr,md,box,FALSE,NULL,NULL,NULL,TRUE);*/
 293     fr->cg0     = 0;
 294     fr->hcg     = top->cgs.nr;
 295     fr->nWatMol = 0;
 296
 297     /* Prepare for neighboursearching */
 298     init_nrnb(&nrnb);
 299
 300     /* Init things dependent on parameters */
 301     ir->rlistlong = ir->rlist = ir->rcoulomb = ir->rvdw = rlong;
 302     /* create free energy data to avoid NULLs */
 303     snew(ir->fepvals, 1);
 304     printf("Neighborsearching with a cut-off of %g\n", rlong);
 305     init_forcerec(stdout, oenv, fr, NULL, ir, mtop, cr, box,
 306                   NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, TRUE, -1);
 307     if (debug)
 308     {
 309         pr_forcerec(debug, fr);
 310     }
 311
 312     /* Calculate new stuff dependent on coords and box */
 313     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 314     {
 315         box_size[m] = box[m][m];
 316     }
 317     calc_shifts(box, fr->shift_vec);
 318     put_charge_groups_in_box(fp, 0, cgs->nr, fr->ePBC, box, cgs, x, fr->cg_cm);
 319
 320     /* Do the actual neighboursearching */
 321     snew(lambda, efptNR);
 322     snew(dvdl, efptNR);
 323     init_neighbor_list(fp, fr, md->homenr);
 324     search_neighbours(fp, fr, box, top,
 325                       &mtop->groups, cr, &nrnb, md, TRUE, FALSE);
 326
 327     if (debug)
 328     {
 329         dump_nblist(debug, cr, fr, 0);
 330     }
 331
 332     if (bVerbose)
 333     {
 334         fprintf(stderr, "Successfully made neighbourlist\n");
 335     }
 336 }
 337
 338 static gmx_bool bXor(gmx_bool b1, gmx_bool b2)
 339 {
 340     return (b1 && !b2) || (b2 && !b1);
 341 }
 342
 343 void add_conf(t_atoms *atoms, rvec **x, rvec **v, real **r, gmx_bool bSrenew,
 344               int ePBC, matrix box, gmx_bool bInsert,
 345               t_atoms *atoms_solvt, rvec *x_solvt, rvec *v_solvt, real *r_solvt,
 346               gmx_bool bVerbose, real rshell, int max_sol, const output_env_t oenv)
 347 {
 348     t_nblist       *nlist;
 349     t_atoms        *atoms_all;
 350     real            max_vdw, *r_prot, *r_all, n2, r2, ib1, ib2;
 351     int             natoms_prot, natoms_solvt;
 352     int             i, j, jj, m, j0, j1, jjj, jnres, jnr, inr, iprot, is1, is2;
 353     int             prev, resnr, nresadd, d, k, ncells, maxincell;
 354     int             dx0, dx1, dy0, dy1, dz0, dz1;
 355     int             ntest, nremove, nkeep;
 356     rvec            dx, xi, xj, xpp, *x_all, *v_all;
 357     gmx_bool       *remove, *keep;
 358     int             bSolSol;
 359
 360     natoms_prot  = atoms->nr;
 361     natoms_solvt = atoms_solvt->nr;
 362     if (natoms_solvt <= 0)
 363     {
 364         fprintf(stderr, "WARNING: Nothing to add\n");
 365         return;
 366     }
 367
 368     if (ePBC == epbcSCREW)
 369     {
 370         gmx_fatal(FARGS, "Sorry, %s pbc is not yet supported", epbc_names[ePBC]);
 371     }
 372
 373     if (bVerbose)
 374     {
 375         fprintf(stderr, "Calculating Overlap...\n");
 376     }
 377
 378     /* Set margin around box edges to largest solvent dimension.
 379      * The maximum distance between atoms in a solvent molecule should
 380      * be calculated. At the moment a fudge factor of 3 is used.
 381      */
 382     r_prot     = *r;
 383     box_margin = 3*find_max_real(natoms_solvt, r_solvt);
 384     max_vdw    = max(3*find_max_real(natoms_prot, r_prot), box_margin);
 385     fprintf(stderr, "box_margin = %g\n", box_margin);
 386
 387     snew(remove, natoms_solvt);
 388
 389     nremove = 0;
 390     if (!bInsert)
 391     {
 392         for (i = 0; i < atoms_solvt->nr; i++)
 393         {
 394             if (outside_box_plus_margin(x_solvt[i], box) )
 395             {
 396                 i = mark_res(i, remove, atoms_solvt->nr, atoms_solvt->atom, &nremove);
 397             }
 398         }
 399         fprintf(stderr, "Removed %d atoms that were outside the box\n", nremove);
 400     }
 401
 402     /* Define grid stuff */
 403     /* Largest VDW radius */
 404     snew(r_all, natoms_prot+natoms_solvt);
 405     for (i = j = 0; i < natoms_prot; i++, j++)
 406     {
 407         r_all[j] = r_prot[i];
 408     }
 409     for (i = 0; i < natoms_solvt; i++, j++)
 410     {
 411         r_all[j] = r_solvt[i];
 412     }
 413
 414     /* Combine arrays */
 415     combine_atoms(atoms, atoms_solvt, *x, v ? *v : NULL, x_solvt, v_solvt,
 416                   &atoms_all, &x_all, &v_all);
 417
 418     /* Do neighboursearching step */
 419     do_nsgrid(stdout, bVerbose, box, x_all, atoms_all, max_vdw, oenv);
 420
 421     /* check solvent with solute */
 422     nlist = &(fr->nblists[0].nlist_sr[eNL_VDW]);
 423     fprintf(stderr, "nri = %d, nrj = %d\n", nlist->nri, nlist->nrj);
 424     for (bSolSol = 0; (bSolSol <= (bInsert ? 0 : 1)); bSolSol++)
 425     {
 426         ntest = nremove = 0;
 427         fprintf(stderr, "Checking %s-Solvent overlap:",
 428                 bSolSol ? "Solvent" : "Protein");
 429         for (i = 0; (i < nlist->nri && nremove < natoms_solvt); i++)
 430         {
 431             inr = nlist->iinr[i];
 432             j0  = nlist->jindex[i];
 433             j1  = nlist->jindex[i+1];
 434             rvec_add(x_all[inr], fr->shift_vec[nlist->shift[i]], xi);
 435
 436             for (j = j0; (j < j1 && nremove < natoms_solvt); j++)
 437             {
 438                 jnr = nlist->jjnr[j];
 439                 if (jnr < 0)
 440                 {
 441                     /* skip padding */
 442                     continue;
 443                 }
 444                 copy_rvec(x_all[jnr], xj);
 445
 446                 /* Check solvent-protein and solvent-solvent */
 447                 is1 = inr-natoms_prot;
 448                 is2 = jnr-natoms_prot;
 449
 450                 /* Check if at least one of the atoms is a solvent that is not yet
 451                  * listed for removal, and if both are solvent, that they are not in the
 452                  * same residue.
 453                  */
 454                 if ((!bSolSol &&
 455                      bXor((is1 >= 0), (is2 >= 0)) && /* One atom is protein */
 456                      ((is1 < 0) || ((is1 >= 0) && !remove[is1])) &&
 457                      ((is2 < 0) || ((is2 >= 0) && !remove[is2]))) ||
 458
 459                     (bSolSol  &&
 460                      (is1 >= 0) && (!remove[is1]) &&                   /* is1 is solvent */
 461                      (is2 >= 0) && (!remove[is2]) &&                   /* is2 is solvent */
 462                      (bInsert ||                                       /* when inserting also check inside the box */
 463                       (outside_box_minus_margin2(x_solvt[is1], box) && /* is1 on edge */
 464                        outside_box_minus_margin2(x_solvt[is2], box))   /* is2 on edge */
 465                      ) &&
 466                      (atoms_solvt->atom[is1].resind !=                 /* Not the same residue */
 467                       atoms_solvt->atom[is2].resind)))
 468                 {
 469
 470                     ntest++;
 471                     rvec_sub(xi, xj, dx);
 472                     n2 = norm2(dx);
 473                     r2 = sqr(r_all[inr]+r_all[jnr]);
 474                     if (n2 < r2)
 475                     {
 476                         if (bInsert)
 477                         {
 478                             nremove = natoms_solvt;
 479                             for (k = 0; k < nremove; k++)
 480                             {
 481                                 remove[k] = TRUE;
 482                             }
 483                         }
 484                         /* Need only remove one of the solvents... */
 485                         if (is2 >= 0)
 486                         {
 487                             (void) mark_res(is2, remove, natoms_solvt, atoms_solvt->atom,
 488                                             &nremove);
 489                         }
 490                         else if (is1 >= 0)
 491                         {
 492                             (void) mark_res(is1, remove, natoms_solvt, atoms_solvt->atom,
 493                                             &nremove);
 494                         }
 495                         else
 496                         {
 497                             fprintf(stderr, "Neither atom is solvent%d %d\n", is1, is2);
 498                         }
 499                     }
 500                 }
 501             }
 502         }
 503         if (!bInsert)
 504         {
 505             fprintf(stderr, " tested %d pairs, removed %d atoms.\n", ntest, nremove);
 506         }
 507     }
 508     if (debug)
 509     {
 510         for (i = 0; i < natoms_solvt; i++)
 511         {
 512             fprintf(debug, "remove[%5d] = %s\n", i, bool_names[remove[i]]);
 513         }
 514     }
 515
 516     /* Search again, now with another cut-off */
 517     if (rshell > 0)
 518     {
 519         do_nsgrid(stdout, bVerbose, box, x_all, atoms_all, rshell, oenv);
 520         nlist = &(fr->nblists[0].nlist_sr[eNL_VDW]);
 521         fprintf(stderr, "nri = %d, nrj = %d\n", nlist->nri, nlist->nrj);
 522         nkeep = 0;
 523         snew(keep, natoms_solvt);
 524         for (i = 0; i < nlist->nri; i++)
 525         {
 526             inr = nlist->iinr[i];
 527             j0  = nlist->jindex[i];
 528             j1  = nlist->jindex[i+1];
 529
 530             for (j = j0; j < j1; j++)
 531             {
 532                 jnr = nlist->jjnr[j];
 533
 534                 /* Check solvent-protein and solvent-solvent */
 535                 is1 = inr-natoms_prot;
 536                 is2 = jnr-natoms_prot;
 537
 538                 /* Check if at least one of the atoms is a solvent that is not yet
 539                  * listed for removal, and if both are solvent, that they are not in the
 540                  * same residue.
 541                  */
 542                 if (is1 >= 0 && is2 < 0)
 543                 {
 544                     mark_res(is1, keep, natoms_solvt, atoms_solvt->atom, &nkeep);
 545                 }
 546                 else if (is1 < 0 && is2 >= 0)
 547                 {
 548                     mark_res(is2, keep, natoms_solvt, atoms_solvt->atom, &nkeep);
 549                 }
 550             }
 551         }
 552         fprintf(stderr, "Keeping %d solvent atoms after proximity check\n",
 553                 nkeep);
 554         for (i = 0; i < natoms_solvt; i++)
 555         {
 556             remove[i] = remove[i] || !keep[i];
 557         }
 558         sfree(keep);
 559     }
 560     /* count how many atoms and residues will be added and make space */
 561     if (bInsert)
 562     {
 563         j     = atoms_solvt->nr;
 564         jnres = atoms_solvt->nres;
 565     }
 566     else
 567     {
 568         j     = 0;
 569         jnres = 0;
 570         for (i = 0; ((i < atoms_solvt->nr) &&
 571                      ((max_sol == 0) || (jnres < max_sol))); i++)
 572         {
 573             if (!remove[i])
 574             {
 575                 j++;
 576                 if ((i == 0) ||
 577                     (atoms_solvt->atom[i].resind != atoms_solvt->atom[i-1].resind))
 578                 {
 579                     jnres++;
 580                 }
 581             }
 582         }
 583     }
 584     if (debug)
 585     {
 586         fprintf(debug, "Will add %d atoms in %d residues\n", j, jnres);
 587     }
 588     if (!bInsert)
 589     {
 590         /* Flag the remaing solvent atoms to be removed */
 591         jjj = atoms_solvt->atom[i-1].resind;
 592         for (; (i < atoms_solvt->nr); i++)
 593         {
 594             if (atoms_solvt->atom[i].resind > jjj)
 595             {
 596                 remove[i] = TRUE;
 597             }
 598             else
 599             {
 600                 j++;
 601             }
 602         }
 603     }
 604
 605     if (bSrenew)
 606     {
 607         srenew(atoms->resinfo,  atoms->nres+jnres);
 608         srenew(atoms->atomname, atoms->nr+j);
 609         srenew(atoms->atom,     atoms->nr+j);
 610         srenew(*x,              atoms->nr+j);
 611         if (v)
 612         {
 613             srenew(*v,       atoms->nr+j);
 614         }
 615         srenew(*r,              atoms->nr+j);
 616     }
 617
 618     /* add the selected atoms_solvt to atoms */
 619     if (atoms->nr > 0)
 620     {
 621         resnr = atoms->resinfo[atoms->atom[atoms->nr-1].resind].nr;
 622     }
 623     else
 624     {
 625         resnr = 0;
 626     }
 627     prev    = -1;
 628     nresadd = 0;
 629     for (i = 0; i < atoms_solvt->nr; i++)
 630     {
 631         if (!remove[i])
 632         {
 633             if (prev == -1 ||
 634                 atoms_solvt->atom[i].resind != atoms_solvt->atom[prev].resind)
 635             {
 636                 nresadd++;
 637                 atoms->nres++;
 638                 resnr++;
 639                 atoms->resinfo[atoms->nres-1] =
 640                     atoms_solvt->resinfo[atoms_solvt->atom[i].resind];
 641                 atoms->resinfo[atoms->nres-1].nr = resnr;
 642                 /* calculate shift of the solvent molecule using the first atom */
 643                 copy_rvec(x_solvt[i], dx);
 644                 put_atoms_in_box(ePBC, box, 1, &dx);
 645                 rvec_dec(dx, x_solvt[i]);
 646             }
 647             atoms->atom[atoms->nr]     = atoms_solvt->atom[i];
 648             atoms->atomname[atoms->nr] = atoms_solvt->atomname[i];
 649             rvec_add(x_solvt[i], dx, (*x)[atoms->nr]);
 650             if (v)
 651             {
 652                 copy_rvec(v_solvt[i], (*v)[atoms->nr]);
 653             }
 654             (*r)[atoms->nr]               = r_solvt[i];
 655             atoms->atom[atoms->nr].resind = atoms->nres-1;
 656             atoms->nr++;
 657             prev = i;
 658         }
 659     }
 660     if (bSrenew)
 661     {
 662         srenew(atoms->resinfo,  atoms->nres+nresadd);
 663     }
 664
 665     if (bVerbose)
 666     {
 667         fprintf(stderr, "Added %d molecules\n", nresadd);
 668     }
 669
 670     sfree(remove);
 671     done_atom(atoms_all);
 672     sfree(x_all);
 673     sfree(v_all);
 674 }