src/gromacs/gmxpreprocess/addconf.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "addconf.h"
  40
  41 #include <stdlib.h>
  42 #include <string.h>
  43
  44 #include "gromacs/legacyheaders/chargegroup.h"
  45 #include "gromacs/legacyheaders/force.h"
  46 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/mdatoms.h"
  48 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  49 #include "gromacs/legacyheaders/nrnb.h"
  50 #include "gromacs/legacyheaders/ns.h"
  51 #include "gromacs/legacyheaders/nsgrid.h"
  52 #include "gromacs/legacyheaders/types/commrec.h"
  53 #include "gromacs/math/vec.h"
  54 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  55 #include "gromacs/topology/block.h"
  56 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  57 #include "gromacs/topology/topology.h"
  58 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  59
  60 static real box_margin;
  61
  62 static real max_dist(rvec *x, real *r, int start, int end)
  63 {
  64     real maxd;
  65     int  i, j;
  66
  67     maxd = 0;
  68     for (i = start; i < end; i++)
  69     {
  70         for (j = i+1; j < end; j++)
  71         {
  72             maxd = max(maxd, sqrt(distance2(x[i], x[j]))+0.5*(r[i]+r[j]));
  73         }
  74     }
  75
  76     return 0.5*maxd;
  77 }
  78
  79 static gmx_bool outside_box_minus_margin2(rvec x, matrix box)
  80 {
  81     return ( (x[XX] < 2*box_margin) || (x[XX] > box[XX][XX]-2*box_margin) ||
  82              (x[YY] < 2*box_margin) || (x[YY] > box[YY][YY]-2*box_margin) ||
  83              (x[ZZ] < 2*box_margin) || (x[ZZ] > box[ZZ][ZZ]-2*box_margin) );
  84 }
  85
  86 static gmx_bool outside_box_plus_margin(rvec x, matrix box)
  87 {
  88     return ( (x[XX] < -box_margin) || (x[XX] > box[XX][XX]+box_margin) ||
  89              (x[YY] < -box_margin) || (x[YY] > box[YY][YY]+box_margin) ||
  90              (x[ZZ] < -box_margin) || (x[ZZ] > box[ZZ][ZZ]+box_margin) );
  91 }
  92
  93 static int mark_res(int at, gmx_bool *mark, int natoms, t_atom *atom, int *nmark)
  94 {
  95     int resind;
  96
  97     resind = atom[at].resind;
  98     while ( (at > 0) && (resind == atom[at-1].resind) )
  99     {
 100         at--;
 101     }
 102     while ( (at < natoms) && (resind == atom[at].resind) )
 103     {
 104         if (!mark[at])
 105         {
 106             mark[at] = TRUE;
 107             (*nmark)++;
 108         }
 109         at++;
 110     }
 111
 112     return at;
 113 }
 114
 115 static real find_max_real(int n, real radius[])
 116 {
 117     int  i;
 118     real rmax;
 119
 120     rmax = 0;
 121     if (n > 0)
 122     {
 123         rmax = radius[0];
 124         for (i = 1; (i < n); i++)
 125         {
 126             rmax = max(rmax, radius[i]);
 127         }
 128     }
 129     return rmax;
 130 }
 131
 132 static void combine_atoms(t_atoms *ap, t_atoms *as,
 133                           rvec xp[], rvec *vp, rvec xs[], rvec *vs,
 134                           t_atoms **a_comb, rvec **x_comb, rvec **v_comb)
 135 {
 136     t_atoms *ac;
 137     rvec    *xc, *vc = NULL;
 138     int      i, j, natot, res0;
 139
 140     /* Total number of atoms */
 141     natot = ap->nr+as->nr;
 142
 143     snew(ac, 1);
 144     init_t_atoms(ac, natot, FALSE);
 145
 146     snew(xc, natot);
 147     if (vp && vs)
 148     {
 149         snew(vc, natot);
 150     }
 151
 152     /* Fill the new structures */
 153     for (i = j = 0; (i < ap->nr); i++, j++)
 154     {
 155         copy_rvec(xp[i], xc[j]);
 156         if (vc)
 157         {
 158             copy_rvec(vp[i], vc[j]);
 159         }
 160         memcpy(&(ac->atom[j]), &(ap->atom[i]), sizeof(ap->atom[i]));
 161         ac->atom[j].type = 0;
 162     }
 163     res0 = ap->nres;
 164     for (i = 0; (i < as->nr); i++, j++)
 165     {
 166         copy_rvec(xs[i], xc[j]);
 167         if (vc)
 168         {
 169             copy_rvec(vs[i], vc[j]);
 170         }
 171         memcpy(&(ac->atom[j]), &(as->atom[i]), sizeof(as->atom[i]));
 172         ac->atom[j].type    = 0;
 173         ac->atom[j].resind += res0;
 174     }
 175     ac->nr   = j;
 176     ac->nres = ac->atom[j-1].resind+1;
 177     /* Fill all elements to prevent uninitialized memory */
 178     for (i = 0; i < ac->nr; i++)
 179     {
 180         ac->atom[i].m     = 1;
 181         ac->atom[i].q     = 0;
 182         ac->atom[i].mB    = 1;
 183         ac->atom[i].qB    = 0;
 184         ac->atom[i].type  = 0;
 185         ac->atom[i].typeB = 0;
 186         ac->atom[i].ptype = eptAtom;
 187     }
 188
 189     /* Return values */
 190     *a_comb = ac;
 191     *x_comb = xc;
 192     *v_comb = vc;
 193 }
 194
 195 static t_forcerec *fr = NULL;
 196
 197 static void do_nsgrid(FILE *fp, gmx_bool bVerbose,
 198                       matrix box, rvec x[], t_atoms *atoms, real rlong,
 199                       const output_env_t oenv)
 200 {
 201     gmx_mtop_t     *mtop;
 202     gmx_localtop_t *top;
 203     t_mdatoms      *md;
 204     t_block        *cgs;
 205     t_inputrec     *ir;
 206     t_nrnb          nrnb;
 207     t_commrec      *cr;
 208     int            *cg_index;
 209     gmx_moltype_t  *molt;
 210     gmx_ffparams_t *ffp;
 211     ivec           *nFreeze;
 212     int             i, m, natoms;
 213     rvec            box_size;
 214     real           *lambda, *dvdl;
 215
 216     natoms = atoms->nr;
 217
 218     /* Charge group index */
 219     snew(cg_index, natoms);
 220     for (i = 0; (i < natoms); i++)
 221     {
 222         cg_index[i] = i;
 223     }
 224
 225     /* Topology needs charge groups and exclusions */
 226     snew(mtop, 1);
 227     init_mtop(mtop);
 228     mtop->natoms = natoms;
 229     /* Make one moltype that contains the whol system */
 230     mtop->nmoltype = 1;
 231     snew(mtop->moltype, mtop->nmoltype);
 232     molt        = &mtop->moltype[0];
 233     molt->name  = mtop->name;
 234     molt->atoms = *atoms;
 235     stupid_fill_block(&molt->cgs, mtop->natoms, FALSE);
 236     stupid_fill_blocka(&molt->excls, natoms);
 237     /* Make one molblock for the whole system */
 238     mtop->nmolblock = 1;
 239     snew(mtop->molblock, mtop->nmolblock);
 240     mtop->molblock[0].type       = 0;
 241     mtop->molblock[0].nmol       = 1;
 242     mtop->molblock[0].natoms_mol = natoms;
 243     /* Initialize a single energy group */
 244     mtop->groups.grps[egcENER].nr = 1;
 245     mtop->groups.ngrpnr[egcENER]  = 0;
 246     mtop->groups.grpnr[egcENER]   = NULL;
 247
 248     ffp = &mtop->ffparams;
 249
 250     ffp->ntypes = 1;
 251     ffp->atnr   = 1;
 252     ffp->reppow = 12;
 253     snew(ffp->functype, 1);
 254     snew(ffp->iparams, 1);
 255     ffp->iparams[0].lj.c6  = 1;
 256     ffp->iparams[0].lj.c12 = 1;
 257
 258     /* inputrec structure */
 259     snew(ir, 1);
 260     ir->cutoff_scheme    = ecutsGROUP;
 261     ir->coulomb_modifier = eintmodNONE;
 262     ir->vdw_modifier     = eintmodNONE;
 263     ir->coulombtype      = eelCUT;
 264     ir->vdwtype          = evdwCUT;
 265     ir->ns_type          = ensGRID;
 266     snew(ir->opts.egp_flags, 1);
 267
 268     top = gmx_mtop_generate_local_top(mtop, ir);
 269
 270     /* Some nasty shortcuts */
 271     cgs  = &(top->cgs);
 272
 273     /* mdatoms structure */
 274     snew(nFreeze, 2);
 275     snew(md, 1);
 276     md = init_mdatoms(fp, mtop, FALSE);
 277     atoms2md(mtop, ir, 0, NULL, mtop->natoms, md);
 278     sfree(nFreeze);
 279
 280     /* forcerec structure */
 281     if (fr == NULL)
 282     {
 283         fr = mk_forcerec();
 284     }
 285     snew(cr, 1);
 286     cr->nnodes   = 1;
 287     /* cr->nthreads = 1; */
 288
 289     /*    ir->rlist       = ir->rcoulomb = ir->rvdw = rlong;
 290        printf("Neighborsearching with a cut-off of %g\n",rlong);
 291        init_forcerec(stdout,fr,ir,top,cr,md,box,FALSE,NULL,NULL,NULL,TRUE);*/
 292     fr->cg0     = 0;
 293     fr->hcg     = top->cgs.nr;
 294     fr->nWatMol = 0;
 295
 296     /* Prepare for neighboursearching */
 297     init_nrnb(&nrnb);
 298
 299     /* Init things dependent on parameters */
 300     ir->rlistlong = ir->rlist = ir->rcoulomb = ir->rvdw = rlong;
 301     /* create free energy data to avoid NULLs */
 302     snew(ir->fepvals, 1);
 303     printf("Neighborsearching with a cut-off of %g\n", rlong);
 304     init_forcerec(stdout, oenv, fr, NULL, ir, mtop, cr, box,
 305                   NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, TRUE, -1);
 306     if (debug)
 307     {
 308         pr_forcerec(debug, fr);
 309     }
 310
 311     /* Calculate new stuff dependent on coords and box */
 312     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 313     {
 314         box_size[m] = box[m][m];
 315     }
 316     calc_shifts(box, fr->shift_vec);
 317     put_charge_groups_in_box(fp, 0, cgs->nr, fr->ePBC, box, cgs, x, fr->cg_cm);
 318
 319     /* Do the actual neighboursearching */
 320     snew(lambda, efptNR);
 321     snew(dvdl, efptNR);
 322     init_neighbor_list(fp, fr, md->homenr);
 323     search_neighbours(fp, fr, box, top,
 324                       &mtop->groups, cr, &nrnb, md, TRUE, FALSE);
 325
 326     if (debug)
 327     {
 328         dump_nblist(debug, cr, fr, 0);
 329     }
 330
 331     if (bVerbose)
 332     {
 333         fprintf(stderr, "Successfully made neighbourlist\n");
 334     }
 335 }
 336
 337 static gmx_bool bXor(gmx_bool b1, gmx_bool b2)
 338 {
 339     return (b1 && !b2) || (b2 && !b1);
 340 }
 341
 342 void add_conf(t_atoms *atoms, rvec **x, rvec **v, real **r, gmx_bool bSrenew,
 343               int ePBC, matrix box, gmx_bool bInsert,
 344               t_atoms *atoms_solvt, rvec *x_solvt, rvec *v_solvt, real *r_solvt,
 345               gmx_bool bVerbose, real rshell, int max_sol, const output_env_t oenv)
 346 {
 347     t_nblist       *nlist;
 348     t_atoms        *atoms_all;
 349     real            max_vdw, *r_prot, *r_all, n2, r2, ib1, ib2;
 350     int             natoms_prot, natoms_solvt;
 351     int             i, j, jj, m, j0, j1, jjj, jnres, jnr, inr, iprot, is1, is2;
 352     int             prev, resnr, nresadd, d, k, ncells, maxincell;
 353     int             dx0, dx1, dy0, dy1, dz0, dz1;
 354     int             ntest, nremove, nkeep;
 355     rvec            dx, xi, xj, xpp, *x_all, *v_all;
 356     gmx_bool       *remove, *keep;
 357     int             bSolSol;
 358
 359     natoms_prot  = atoms->nr;
 360     natoms_solvt = atoms_solvt->nr;
 361     if (natoms_solvt <= 0)
 362     {
 363         fprintf(stderr, "WARNING: Nothing to add\n");
 364         return;
 365     }
 366
 367     if (ePBC == epbcSCREW)
 368     {
 369         gmx_fatal(FARGS, "Sorry, %s pbc is not yet supported", epbc_names[ePBC]);
 370     }
 371
 372     if (bVerbose)
 373     {
 374         fprintf(stderr, "Calculating Overlap...\n");
 375     }
 376
 377     /* Set margin around box edges to largest solvent dimension.
 378      * The maximum distance between atoms in a solvent molecule should
 379      * be calculated. At the moment a fudge factor of 3 is used.
 380      */
 381     r_prot     = *r;
 382     box_margin = 3*find_max_real(natoms_solvt, r_solvt);
 383     max_vdw    = max(3*find_max_real(natoms_prot, r_prot), box_margin);
 384     fprintf(stderr, "box_margin = %g\n", box_margin);
 385
 386     snew(remove, natoms_solvt);
 387
 388     nremove = 0;
 389     if (!bInsert)
 390     {
 391         for (i = 0; i < atoms_solvt->nr; i++)
 392         {
 393             if (outside_box_plus_margin(x_solvt[i], box) )
 394             {
 395                 i = mark_res(i, remove, atoms_solvt->nr, atoms_solvt->atom, &nremove);
 396             }
 397         }
 398         fprintf(stderr, "Removed %d atoms that were outside the box\n", nremove);
 399     }
 400
 401     /* Define grid stuff */
 402     /* Largest VDW radius */
 403     snew(r_all, natoms_prot+natoms_solvt);
 404     for (i = j = 0; i < natoms_prot; i++, j++)
 405     {
 406         r_all[j] = r_prot[i];
 407     }
 408     for (i = 0; i < natoms_solvt; i++, j++)
 409     {
 410         r_all[j] = r_solvt[i];
 411     }
 412
 413     /* Combine arrays */
 414     combine_atoms(atoms, atoms_solvt, *x, v ? *v : NULL, x_solvt, v_solvt,
 415                   &atoms_all, &x_all, &v_all);
 416
 417     /* Do neighboursearching step */
 418     do_nsgrid(stdout, bVerbose, box, x_all, atoms_all, max_vdw, oenv);
 419
 420     /* check solvent with solute */
 421     nlist = &(fr->nblists[0].nlist_sr[eNL_VDW]);
 422     fprintf(stderr, "nri = %d, nrj = %d\n", nlist->nri, nlist->nrj);
 423     for (bSolSol = 0; (bSolSol <= (bInsert ? 0 : 1)); bSolSol++)
 424     {
 425         ntest = nremove = 0;
 426         fprintf(stderr, "Checking %s-Solvent overlap:",
 427                 bSolSol ? "Solvent" : "Protein");
 428         for (i = 0; (i < nlist->nri && nremove < natoms_solvt); i++)
 429         {
 430             inr = nlist->iinr[i];
 431             j0  = nlist->jindex[i];
 432             j1  = nlist->jindex[i+1];
 433             rvec_add(x_all[inr], fr->shift_vec[nlist->shift[i]], xi);
 434
 435             for (j = j0; (j < j1 && nremove < natoms_solvt); j++)
 436             {
 437                 jnr = nlist->jjnr[j];
 438                 if (jnr < 0)
 439                 {
 440                     /* skip padding */
 441                     continue;
 442                 }
 443                 copy_rvec(x_all[jnr], xj);
 444
 445                 /* Check solvent-protein and solvent-solvent */
 446                 is1 = inr-natoms_prot;
 447                 is2 = jnr-natoms_prot;
 448
 449                 /* Check if at least one of the atoms is a solvent that is not yet
 450                  * listed for removal, and if both are solvent, that they are not in the
 451                  * same residue.
 452                  */
 453                 if ((!bSolSol &&
 454                      bXor((is1 >= 0), (is2 >= 0)) && /* One atom is protein */
 455                      ((is1 < 0) || ((is1 >= 0) && !remove[is1])) &&
 456                      ((is2 < 0) || ((is2 >= 0) && !remove[is2]))) ||
 457
 458                     (bSolSol  &&
 459                      (is1 >= 0) && (!remove[is1]) &&                   /* is1 is solvent */
 460                      (is2 >= 0) && (!remove[is2]) &&                   /* is2 is solvent */
 461                      (bInsert ||                                       /* when inserting also check inside the box */
 462                       (outside_box_minus_margin2(x_solvt[is1], box) && /* is1 on edge */
 463                        outside_box_minus_margin2(x_solvt[is2], box))   /* is2 on edge */
 464                      ) &&
 465                      (atoms_solvt->atom[is1].resind !=                 /* Not the same residue */
 466                       atoms_solvt->atom[is2].resind)))
 467                 {
 468
 469                     ntest++;
 470                     rvec_sub(xi, xj, dx);
 471                     n2 = norm2(dx);
 472                     r2 = sqr(r_all[inr]+r_all[jnr]);
 473                     if (n2 < r2)
 474                     {
 475                         if (bInsert)
 476                         {
 477                             nremove = natoms_solvt;
 478                             for (k = 0; k < nremove; k++)
 479                             {
 480                                 remove[k] = TRUE;
 481                             }
 482                         }
 483                         /* Need only remove one of the solvents... */
 484                         if (is2 >= 0)
 485                         {
 486                             (void) mark_res(is2, remove, natoms_solvt, atoms_solvt->atom,
 487                                             &nremove);
 488                         }
 489                         else if (is1 >= 0)
 490                         {
 491                             (void) mark_res(is1, remove, natoms_solvt, atoms_solvt->atom,
 492                                             &nremove);
 493                         }
 494                         else
 495                         {
 496                             fprintf(stderr, "Neither atom is solvent%d %d\n", is1, is2);
 497                         }
 498                     }
 499                 }
 500             }
 501         }
 502         if (!bInsert)
 503         {
 504             fprintf(stderr, " tested %d pairs, removed %d atoms.\n", ntest, nremove);
 505         }
 506     }
 507     if (debug)
 508     {
 509         for (i = 0; i < natoms_solvt; i++)
 510         {
 511             fprintf(debug, "remove[%5d] = %s\n", i, bool_names[remove[i]]);
 512         }
 513     }
 514
 515     /* Search again, now with another cut-off */
 516     if (rshell > 0)
 517     {
 518         do_nsgrid(stdout, bVerbose, box, x_all, atoms_all, rshell, oenv);
 519         nlist = &(fr->nblists[0].nlist_sr[eNL_VDW]);
 520         fprintf(stderr, "nri = %d, nrj = %d\n", nlist->nri, nlist->nrj);
 521         nkeep = 0;
 522         snew(keep, natoms_solvt);
 523         for (i = 0; i < nlist->nri; i++)
 524         {
 525             inr = nlist->iinr[i];
 526             j0  = nlist->jindex[i];
 527             j1  = nlist->jindex[i+1];
 528
 529             for (j = j0; j < j1; j++)
 530             {
 531                 jnr = nlist->jjnr[j];
 532
 533                 /* Check solvent-protein and solvent-solvent */
 534                 is1 = inr-natoms_prot;
 535                 is2 = jnr-natoms_prot;
 536
 537                 /* Check if at least one of the atoms is a solvent that is not yet
 538                  * listed for removal, and if both are solvent, that they are not in the
 539                  * same residue.
 540                  */
 541                 if (is1 >= 0 && is2 < 0)
 542                 {
 543                     mark_res(is1, keep, natoms_solvt, atoms_solvt->atom, &nkeep);
 544                 }
 545                 else if (is1 < 0 && is2 >= 0)
 546                 {
 547                     mark_res(is2, keep, natoms_solvt, atoms_solvt->atom, &nkeep);
 548                 }
 549             }
 550         }
 551         fprintf(stderr, "Keeping %d solvent atoms after proximity check\n",
 552                 nkeep);
 553         for (i = 0; i < natoms_solvt; i++)
 554         {
 555             remove[i] = remove[i] || !keep[i];
 556         }
 557         sfree(keep);
 558     }
 559     /* count how many atoms and residues will be added and make space */
 560     if (bInsert)
 561     {
 562         j     = atoms_solvt->nr;
 563         jnres = atoms_solvt->nres;
 564     }
 565     else
 566     {
 567         j     = 0;
 568         jnres = 0;
 569         for (i = 0; ((i < atoms_solvt->nr) &&
 570                      ((max_sol == 0) || (jnres < max_sol))); i++)
 571         {
 572             if (!remove[i])
 573             {
 574                 j++;
 575                 if ((i == 0) ||
 576                     (atoms_solvt->atom[i].resind != atoms_solvt->atom[i-1].resind))
 577                 {
 578                     jnres++;
 579                 }
 580             }
 581         }
 582     }
 583     if (debug)
 584     {
 585         fprintf(debug, "Will add %d atoms in %d residues\n", j, jnres);
 586     }
 587     if (!bInsert)
 588     {
 589         /* Flag the remaing solvent atoms to be removed */
 590         jjj = atoms_solvt->atom[i-1].resind;
 591         for (; (i < atoms_solvt->nr); i++)
 592         {
 593             if (atoms_solvt->atom[i].resind > jjj)
 594             {
 595                 remove[i] = TRUE;
 596             }
 597             else
 598             {
 599                 j++;
 600             }
 601         }
 602     }
 603
 604     if (bSrenew)
 605     {
 606         srenew(atoms->resinfo,  atoms->nres+jnres);
 607         srenew(atoms->atomname, atoms->nr+j);
 608         srenew(atoms->atom,     atoms->nr+j);
 609         srenew(*x,              atoms->nr+j);
 610         if (v)
 611         {
 612             srenew(*v,       atoms->nr+j);
 613         }
 614         srenew(*r,              atoms->nr+j);
 615     }
 616
 617     /* add the selected atoms_solvt to atoms */
 618     if (atoms->nr > 0)
 619     {
 620         resnr = atoms->resinfo[atoms->atom[atoms->nr-1].resind].nr;
 621     }
 622     else
 623     {
 624         resnr = 0;
 625     }
 626     prev    = -1;
 627     nresadd = 0;
 628     for (i = 0; i < atoms_solvt->nr; i++)
 629     {
 630         if (!remove[i])
 631         {
 632             if (prev == -1 ||
 633                 atoms_solvt->atom[i].resind != atoms_solvt->atom[prev].resind)
 634             {
 635                 nresadd++;
 636                 atoms->nres++;
 637                 resnr++;
 638                 atoms->resinfo[atoms->nres-1] =
 639                     atoms_solvt->resinfo[atoms_solvt->atom[i].resind];
 640                 atoms->resinfo[atoms->nres-1].nr = resnr;
 641                 /* calculate shift of the solvent molecule using the first atom */
 642                 copy_rvec(x_solvt[i], dx);
 643                 put_atoms_in_box(ePBC, box, 1, &dx);
 644                 rvec_dec(dx, x_solvt[i]);
 645             }
 646             atoms->atom[atoms->nr]     = atoms_solvt->atom[i];
 647             atoms->atomname[atoms->nr] = atoms_solvt->atomname[i];
 648             rvec_add(x_solvt[i], dx, (*x)[atoms->nr]);
 649             if (v)
 650             {
 651                 copy_rvec(v_solvt[i], (*v)[atoms->nr]);
 652             }
 653             (*r)[atoms->nr]               = r_solvt[i];
 654             atoms->atom[atoms->nr].resind = atoms->nres-1;
 655             atoms->nr++;
 656             prev = i;
 657         }
 658     }
 659     if (bSrenew)
 660     {
 661         srenew(atoms->resinfo,  atoms->nres+nresadd);
 662     }
 663
 664     if (bVerbose)
 665     {
 666         fprintf(stderr, "Added %d molecules\n", nresadd);
 667     }
 668
 669     sfree(remove);
 670     done_atom(atoms_all);
 671     sfree(x_all);
 672     sfree(v_all);
 673 }