src/gromacs/gmxpreprocess/add_par.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2011,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include <string.h>
  41
  42 #include "gromacs/gmxpreprocess/grompp-impl.h"
  43 #include "gromacs/gmxpreprocess/hackblock.h"
  44 #include "gromacs/gmxpreprocess/toputil.h"
  45 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  46 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  47 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  48 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  49 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  50
  51 static void clear_atom_list(int i0, atom_id a[])
  52 {
  53     int i;
  54
  55     for (i = i0; i < MAXATOMLIST; i++)
  56     {
  57         a[i] = -1;
  58     }
  59 }
  60
  61 static void clear_force_param(int i0, real c[])
  62 {
  63     int i;
  64
  65     for (i = i0; i < MAXFORCEPARAM; i++)
  66     {
  67         c[i] = NOTSET;
  68     }
  69 }
  70
  71 void add_param(t_params *ps, int ai, int aj, real *c, char *s)
  72 {
  73     int i;
  74
  75     if ((ai < 0) || (aj < 0))
  76     {
  77         gmx_fatal(FARGS, "Trying to add impossible atoms: ai=%d, aj=%d", ai, aj);
  78     }
  79     pr_alloc(1, ps);
  80     ps->param[ps->nr].AI = ai;
  81     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
  82     clear_atom_list(2, ps->param[ps->nr].a);
  83     if (c == NULL)
  84     {
  85         clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
  86     }
  87     else
  88     {
  89         for (i = 0; (i < MAXFORCEPARAM); i++)
  90         {
  91             ps->param[ps->nr].c[i] = c[i];
  92         }
  93     }
  94     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), s);
  95     ps->nr++;
  96 }
  97
  98 void add_imp_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al, real c0, real c1,
  99                    char *s)
 100 {
 101     pr_alloc(1, ps);
 102     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 103     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 104     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 105     ps->param[ps->nr].AL = al;
 106     clear_atom_list  (4, ps->param[ps->nr].a);
 107     ps->param[ps->nr].C0 = c0;
 108     ps->param[ps->nr].C1 = c1;
 109     clear_force_param(2, ps->param[ps->nr].c);
 110     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), s);
 111     ps->nr++;
 112 }
 113
 114 void add_dih_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al, real c0, real c1,
 115                    real c2, char *s)
 116 {
 117     pr_alloc(1, ps);
 118     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 119     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 120     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 121     ps->param[ps->nr].AL = al;
 122     clear_atom_list  (4, ps->param[ps->nr].a);
 123     ps->param[ps->nr].C0 = c0;
 124     ps->param[ps->nr].C1 = c1;
 125     ps->param[ps->nr].C2 = c2;
 126     clear_force_param(3, ps->param[ps->nr].c);
 127     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), s);
 128     ps->nr++;
 129 }
 130
 131 void add_cmap_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al, int am, char *s)
 132 {
 133     pr_alloc(1, ps);
 134     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 135     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 136     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 137     ps->param[ps->nr].AL = al;
 138     ps->param[ps->nr].AM = am;
 139     clear_atom_list(5, ps->param[ps->nr].a);
 140     clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
 141     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), s);
 142     ps->nr++;
 143 }
 144
 145 void add_vsite2_atoms(t_params *ps, int ai, int aj, int ak)
 146 {
 147     pr_alloc(1, ps);
 148     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 149     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 150     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 151     clear_atom_list  (3, ps->param[ps->nr].a);
 152     clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
 153     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), "");
 154     ps->nr++;
 155 }
 156
 157 void add_vsite2_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, real c0)
 158 {
 159     pr_alloc(1, ps);
 160     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 161     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 162     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 163     clear_atom_list  (3, ps->param[ps->nr].a);
 164     ps->param[ps->nr].C0 = c0;
 165     clear_force_param(1, ps->param[ps->nr].c);
 166     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), "");
 167     ps->nr++;
 168 }
 169
 170 void add_vsite3_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al,
 171                       real c0, real c1)
 172 {
 173     pr_alloc(1, ps);
 174     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 175     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 176     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 177     ps->param[ps->nr].AL = al;
 178     clear_atom_list  (4, ps->param[ps->nr].a);
 179     ps->param[ps->nr].C0 = c0;
 180     ps->param[ps->nr].C1 = c1;
 181     clear_force_param(2, ps->param[ps->nr].c);
 182     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), "");
 183     ps->nr++;
 184 }
 185
 186 void add_vsite3_atoms(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al, gmx_bool bSwapParity)
 187 {
 188     pr_alloc(1, ps);
 189     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 190     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 191     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 192     ps->param[ps->nr].AL = al;
 193     clear_atom_list  (4, ps->param[ps->nr].a);
 194     clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
 195     if (bSwapParity)
 196     {
 197         ps->param[ps->nr].C1 = -1;
 198     }
 199     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), "");
 200     ps->nr++;
 201 }
 202
 203 void add_vsite4_atoms(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al, int am)
 204 {
 205     pr_alloc(1, ps);
 206     ps->param[ps->nr].AI = ai;
 207     ps->param[ps->nr].AJ = aj;
 208     ps->param[ps->nr].AK = ak;
 209     ps->param[ps->nr].AL = al;
 210     ps->param[ps->nr].AM = am;
 211     clear_atom_list  (5, ps->param[ps->nr].a);
 212     clear_force_param(0, ps->param[ps->nr].c);
 213     set_p_string(&(ps->param[ps->nr]), "");
 214     ps->nr++;
 215 }
 216
 217 int search_jtype(t_restp *rtp, char *name, gmx_bool bNterm)
 218 {
 219     int   niter, iter, j, k, kmax, jmax, minstrlen;
 220     char *rtpname, searchname[12];
 221
 222     strcpy(searchname, name);
 223
 224     /* Do a best match comparison */
 225     /* for protein N-terminus, allow renaming of H1, H2 and H3 to H */
 226     if (bNterm && (strlen(searchname) == 2) && (searchname[0] == 'H') &&
 227         ( (searchname[1] == '1') || (searchname[1] == '2') ||
 228           (searchname[1] == '3') ) )
 229     {
 230         niter = 2;
 231     }
 232     else
 233     {
 234         niter = 1;
 235     }
 236     kmax = 0;
 237     jmax = -1;
 238     for (iter = 0; (iter < niter && jmax == -1); iter++)
 239     {
 240         if (iter == 1)
 241         {
 242             /* Try without the hydrogen number in the N-terminus */
 243             searchname[1] = '\0';
 244         }
 245         for (j = 0; (j < rtp->natom); j++)
 246         {
 247             rtpname = *(rtp->atomname[j]);
 248             if (gmx_strcasecmp(searchname, rtpname) == 0)
 249             {
 250                 jmax = j;
 251                 kmax = strlen(searchname);
 252                 break;
 253             }
 254             if (iter == niter - 1)
 255             {
 256                 minstrlen = min(strlen(searchname), strlen(rtpname));
 257                 for (k = 0; k < minstrlen; k++)
 258                 {
 259                     if (searchname[k] != rtpname[k])
 260                     {
 261                         break;
 262                     }
 263                 }
 264                 if (k > kmax)
 265                 {
 266                     kmax = k;
 267                     jmax = j;
 268                 }
 269             }
 270         }
 271     }
 272     if (jmax == -1)
 273     {
 274         gmx_fatal(FARGS, "Atom %s not found in rtp database in residue %s",
 275                   searchname, rtp->resname);
 276     }
 277     if (kmax != strlen(searchname))
 278     {
 279         gmx_fatal(FARGS, "Atom %s not found in rtp database in residue %s, "
 280                   "it looks a bit like %s",
 281                   searchname, rtp->resname, *(rtp->atomname[jmax]));
 282     }
 283     return jmax;
 284 }