src/gromacs/gmxlib/rbin.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2010,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "gromacs/legacyheaders/rbin.h"
  41
  42 #include "gromacs/legacyheaders/network.h"
  43 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  44 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  45
  46 t_bin *mk_bin(void)
  47 {
  48     t_bin *b;
  49
  50     snew(b, 1);
  51
  52     return b;
  53 }
  54
  55 void destroy_bin(t_bin *b)
  56 {
  57     if (b->maxreal > 0)
  58     {
  59         sfree(b->rbuf);
  60     }
  61
  62     sfree(b);
  63 }
  64
  65 void reset_bin(t_bin *b)
  66 {
  67     b->nreal = 0;
  68 }
  69
  70 int add_binr(t_bin *b, int nr, real r[])
  71 {
  72 #define MULT 4
  73     int     i, rest, index;
  74     double *rbuf;
  75
  76     if (b->nreal+nr > b->maxreal)
  77     {
  78         b->maxreal = b->nreal+nr;
  79         rest       = b->maxreal % MULT;
  80         if (rest != 0)
  81         {
  82             b->maxreal += MULT-rest;
  83         }
  84         srenew(b->rbuf, b->maxreal);
  85     }
  86     /* Copy pointer */
  87     rbuf = b->rbuf+b->nreal;
  88     for (i = 0; (i < nr); i++)
  89     {
  90         rbuf[i] = r[i];
  91     }
  92
  93     index     = b->nreal;
  94     b->nreal += nr;
  95
  96     return index;
  97 }
  98
  99 int add_bind(t_bin *b, int nr, double r[])
 100 {
 101 #define MULT 4
 102     int     i, rest, index;
 103     double *rbuf;
 104
 105     if (b->nreal+nr > b->maxreal)
 106     {
 107         b->maxreal = b->nreal+nr;
 108         rest       = b->maxreal % MULT;
 109         if (rest != 0)
 110         {
 111             b->maxreal += MULT-rest;
 112         }
 113         srenew(b->rbuf, b->maxreal);
 114     }
 115     /* Copy pointer */
 116     rbuf = b->rbuf+b->nreal;
 117     for (i = 0; (i < nr); i++)
 118     {
 119         rbuf[i] = r[i];
 120     }
 121
 122     index     = b->nreal;
 123     b->nreal += nr;
 124
 125     return index;
 126 }
 127
 128 void sum_bin(t_bin *b, t_commrec *cr)
 129 {
 130     int i;
 131
 132     for (i = b->nreal; (i < b->maxreal); i++)
 133     {
 134         b->rbuf[i] = 0;
 135     }
 136     gmx_sumd(b->maxreal, b->rbuf, cr);
 137 }
 138
 139 void extract_binr(t_bin *b, int index, int nr, real r[])
 140 {
 141     int     i;
 142     double *rbuf;
 143
 144     rbuf = b->rbuf+index;
 145     for (i = 0; (i < nr); i++)
 146     {
 147         r[i] = rbuf[i];
 148     }
 149 }
 150
 151 void extract_bind(t_bin *b, int index, int nr, double r[])
 152 {
 153     int     i;
 154     double *rbuf;
 155
 156     rbuf = b->rbuf+index;
 157     for (i = 0; (i < nr); i++)
 158     {
 159         r[i] = rbuf[i];
 160     }
 161 }
 162
 163 #ifdef DEBUGRBIN
 164 int main(int argc, char *argv[])
 165 {
 166     t_commrec *cr;
 167     t_bin     *rb;
 168     double    *r;
 169     rvec      *v;
 170     int        k, i, ni, mi, n, m;
 171
 172     cr = init_par(&argc, argv);
 173     n  = strtol(argv[1], NULL, 10);
 174     m  = strtol(argv[2], NULL, 10);
 175     fprintf(stdlog, "n=%d\n", n);
 176     rb = mk_bin();
 177     snew(r, n);
 178     snew(v, m);
 179
 180     for (k = 0; (k < 3); k++)
 181     {
 182         fprintf(stdlog, "\nk=%d\n", k);
 183         reset_bin(rb);
 184
 185         for (i = 0; (i < n); i++)
 186         {
 187             r[i] = i+k;
 188         }
 189         for (i = 0; (i < m); i++)
 190         {
 191             v[i][XX] = 4*i+k;
 192             v[i][YY] = 4*i+k+1;
 193             v[i][ZZ] = 4*i+k+2;
 194         }
 195
 196         ni = add_bind(stdlog, rb, n, r);
 197         mi = add_binr(stdlog, rb, DIM*m, v[0]);
 198
 199         sum_bin(rb, cr);
 200
 201         extract_bind(rb, ni, n, r);
 202         extract_binr(rb, mi, DIM*m, v[0]);
 203
 204         for (i = 0; (i < n); i++)
 205         {
 206             fprintf(stdlog, "r[%d] = %e\n", i, r[i]);
 207         }
 208         for (i = 0; (i < m); i++)
 209         {
 210             fprintf(stdlog, "v[%d] = (%e,%e,%e)\n", i, v[i][XX], v[i][YY], v[i][ZZ]);
 211         }
 212     }
 213     fflush(stdlog);
 214
 215     return 0;
 216 }
 217 #endif