src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #ifndef _nb_kernel_h_
  36 #define _nb_kernel_h_
  37
  38 #ifdef __cplusplus
  39 extern "C" {
  40 #endif
  41 #if 0
  42 } /* fixes auto-indentation problems */
  43 #endif
  44
  45
  46 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/types/simple.h"
  48
  49 /* Structure to collect kernel data not available in forcerec or mdatoms structures.
  50  * This is only used inside the nonbonded module.
  51  */
  52 typedef struct
  53 {
  54     int                flags;
  55     t_blocka *         exclusions;
  56     real *             lambda;
  57     real *             dvdl;
  58
  59     /* pointers to tables */
  60     t_forcetable *     table_elec;
  61     t_forcetable *     table_vdw;
  62     t_forcetable *     table_elec_vdw;
  63
  64     /* potentials */
  65     real *             energygrp_elec;
  66     real *             energygrp_vdw;
  67     real *             energygrp_polarization;
  68 }
  69 nb_kernel_data_t;
  70
  71
  72 typedef void
  73     nb_kernel_t (t_nblist *                nlist,
  74                  rvec *                    x,
  75                  rvec *                    f,
  76                  t_forcerec *              fr,
  77                  t_mdatoms *               mdatoms,
  78                  nb_kernel_data_t *        kernel_data,
  79                  t_nrnb *                  nrnb);
  80
  81
  82 /* Structure with a kernel pointer and settings. This cannot be abstract
  83  * since we define the kernel list statically for each architecture in a header,
  84  * and use it to set up the kernel hash functions to find kernels.
  85  *
  86  * The electrostatics/vdw names should be obvious and correspond to the
  87  * forms of the interactions calculated in this function, and the interaction
  88  * modifiers describe switch/shift and similar alterations. Geometry refers
  89  * to whether this kernel calculates interactions between single particles or
  90  * waters (groups of 3/4 atoms) for better performance. Finally, the VF string
  91  * selects whether the kernel calculates only potential, only force, or both
  92  *
  93  * The allowed values for kernel interactions are described by the
  94  * enumerated types gmx_nbkernel_elec and gmx_nbkernel_vdw (see types/enums.h).
  95  * Note that these are deliberately NOT identical to the interactions the
  96  * user can set, since some user-specified interactions will be tabulated, and
  97  * Lennard-Jones and Buckingham use different kernels while their setting in
  98  * the input is decided by nonbonded parameter formats rather than mdp options.
  99  *
 100  * The interaction modifiers are described by the eintmod enum type, while
 101  * the kernel geometry is decided from the neighborlist geometry, which is
 102  * described by the enum gmx_nblist_kernel_geometry (again, see types/enums.h).
 103  * The
 104  *
 105  * Note that any particular implementation of kernels might not support all of
 106  * these strings. In fact, some might not be supported by any architecture yet.
 107  * The whole point of using strings and hashes is that we do not have to define a
 108  * unique set of strings in a single place. Thus, as long as you implement a
 109  * corresponding kernel, you could in theory provide any string you want.
 110  */
 111 typedef struct nb_kernel_info
 112 {
 113     nb_kernel_t *   kernelptr;
 114     const char *    kernelname;
 115     const char *    architecture;     /* e.g. "C", "SSE", "BlueGene", etc. */
 116
 117     const char *    electrostatics;
 118     const char *    electrostatics_modifier;
 119     const char *    vdw;
 120     const char *    vdw_modifier;
 121     const char *    geometry;
 122     const char *    other;  /* Any extra info you want/need to select a kernel */
 123     const char *    vf;     /* "PotentialAndForce", "Potential", or "Force" */
 124 }
 125 nb_kernel_info_t;
 126
 127
 128 void
 129 nb_kernel_list_add_kernels(nb_kernel_info_t *   new_kernelinfo,
 130                            int                  new_size);
 131
 132 int
 133 nb_kernel_list_hash_init(void);
 134
 135 /* Return a function pointer to the nonbonded kernel pointer with
 136  * settings according to the text strings provided. GROMACS does not guarantee
 137  * the existence of accelerated kernels for any combination, so the return value
 138  * can be NULL.
 139  * In that case, you can try a different/lower-level acceleration, and
 140  * eventually you need to prepare to fall back to generic kernels or change
 141  * your settings and try again.
 142  *
 143  * The names of the text strings are obviously meant to reflect settings in
 144  * GROMACS, but inside this routine they are merely used as a set of text
 145  * strings not defined here. The routine will simply compare the arguments with
 146  * the contents of the corresponding strings in the nb_kernel_list_t structure.
 147  *
 148  * This function does not check whether the kernel in question can run on the
 149  * present architecture since that would require a slow cpuid call for every
 150  * single invocation.
 151  */
 152 nb_kernel_t *
 153 nb_kernel_list_findkernel(FILE *              log,
 154                           const char *        architecture,
 155                           const char *        electrostatics,
 156                           const char *        electrostatics_modifier,
 157                           const char *        vdw,
 158                           const char *        vdw_modifier,
 159                           const char *        geometry,
 160                           const char *        other,
 161                           const char *        vf);
 162
 163
 164
 165 #ifdef __cplusplus
 166 }
 167 #endif
 168
 169 #endif /* _nb_kernel_h_ */