src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #include "gmxpre.h"
  36
  37 #include "nb_kernel.h"
  38
  39 #include <stdio.h>
  40 #include <string.h>
  41
  42 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  43 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  44 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  45
  46
  47 /* Static data structures to find kernels */
  48 static nb_kernel_info_t *   kernel_list           = NULL;
  49 static unsigned int         kernel_list_size      = 0;
  50 static int *                kernel_list_hash      = NULL;
  51 static unsigned int         kernel_list_hash_size = 0;
  52
  53 static unsigned int
  54 nb_kernel_hash_func(const char *   arch,
  55                     const char *   elec,
  56                     const char *   elec_mod,
  57                     const char *   vdw,
  58                     const char *   vdw_mod,
  59                     const char *   geom,
  60                     const char *   other,
  61                     const char *   vf)
  62 {
  63     unsigned int hash;
  64
  65     hash = gmx_string_hash_func(arch, gmx_string_hash_init);
  66     hash = gmx_string_hash_func(elec, hash);
  67     hash = gmx_string_hash_func(elec_mod, hash);
  68     hash = gmx_string_hash_func(vdw, hash);
  69     hash = gmx_string_hash_func(vdw_mod, hash);
  70     hash = gmx_string_hash_func(geom, hash);
  71     hash = gmx_string_hash_func(other, hash);
  72     hash = gmx_string_hash_func(vf, hash);
  73
  74     return hash;
  75 }
  76
  77 void
  78 nb_kernel_list_add_kernels(nb_kernel_info_t *   new_kernel_list,
  79                            int                  new_kernel_list_size)
  80 {
  81     srenew(kernel_list, kernel_list_size+new_kernel_list_size);
  82     memcpy(kernel_list+kernel_list_size, new_kernel_list, new_kernel_list_size*sizeof(nb_kernel_info_t));
  83     kernel_list_size += new_kernel_list_size;
  84 }
  85
  86
  87 int
  88 nb_kernel_list_hash_init(void)
  89 {
  90     unsigned int            i;
  91     unsigned int            index;
  92
  93     kernel_list_hash_size   = kernel_list_size*5;
  94     snew(kernel_list_hash, kernel_list_hash_size);
  95
  96     for (i = 0; i < kernel_list_hash_size; i++)
  97     {
  98         kernel_list_hash[i] = -1;
  99     }
 100     for (i = 0; i < kernel_list_size; i++)
 101     {
 102         index = nb_kernel_hash_func(kernel_list[i].architecture,
 103                                     kernel_list[i].electrostatics,
 104                                     kernel_list[i].electrostatics_modifier,
 105                                     kernel_list[i].vdw,
 106                                     kernel_list[i].vdw_modifier,
 107                                     kernel_list[i].geometry,
 108                                     kernel_list[i].other,
 109                                     kernel_list[i].vf) % kernel_list_hash_size;
 110
 111         /* Check for collisions and advance if necessary */
 112         while (kernel_list_hash[index] != -1)
 113         {
 114             index = (index+1) % kernel_list_hash_size;
 115         }
 116
 117         kernel_list_hash[index] = i;
 118     }
 119     return 0;
 120 }
 121
 122 void
 123 nb_kernel_list_hash_destroy()
 124 {
 125     sfree(kernel_list_hash);
 126     kernel_list_hash      = NULL;
 127     kernel_list_hash_size = 0;
 128 }
 129
 130
 131 nb_kernel_t *
 132 nb_kernel_list_findkernel(FILE gmx_unused *   log,
 133                           const char *        arch,
 134                           const char *        electrostatics,
 135                           const char *        electrostatics_modifier,
 136                           const char *        vdw,
 137                           const char *        vdw_modifier,
 138                           const char *        geometry,
 139                           const char *        other,
 140                           const char *        vf)
 141 {
 142     int                 i;
 143     unsigned int        index;
 144     nb_kernel_info_t *  kernelinfo_ptr;
 145
 146     if (kernel_list_hash_size == 0)
 147     {
 148         return NULL;
 149     }
 150
 151     index = nb_kernel_hash_func(arch,
 152                                 electrostatics,
 153                                 electrostatics_modifier,
 154                                 vdw,
 155                                 vdw_modifier,
 156                                 geometry,
 157                                 other,
 158                                 vf) % kernel_list_hash_size;
 159
 160     kernelinfo_ptr = NULL;
 161     while ( (i = kernel_list_hash[index]) != -1)
 162     {
 163         if (!gmx_strcasecmp_min(kernel_list[i].architecture, arch) &&
 164             !gmx_strcasecmp_min(kernel_list[i].electrostatics, electrostatics) &&
 165             !gmx_strcasecmp_min(kernel_list[i].electrostatics_modifier, electrostatics_modifier) &&
 166             !gmx_strcasecmp_min(kernel_list[i].vdw, vdw) &&
 167             !gmx_strcasecmp_min(kernel_list[i].vdw_modifier, vdw_modifier) &&
 168             !gmx_strcasecmp_min(kernel_list[i].geometry, geometry) &&
 169             !gmx_strcasecmp_min(kernel_list[i].other, other) &&
 170             !gmx_strcasecmp_min(kernel_list[i].vf, vf))
 171         {
 172             kernelinfo_ptr = kernel_list+i;
 173             break;
 174         }
 175         index = (index+1) % kernel_list_hash_size;
 176     }
 177
 178     if (debug && kernelinfo_ptr != NULL)
 179     {
 180         fprintf(debug,
 181                 "NB kernel %s() with architecture '%s' used for neighborlist with\n"
 182                 "    Elec: '%s', Modifier: '%s'\n"
 183                 "    Vdw:  '%s', Modifier: '%s'\n"
 184                 "    Geom: '%s', Other: '%s', Calc: '%s'\n\n",
 185                 kernelinfo_ptr->kernelname, arch, electrostatics, electrostatics_modifier,
 186                 vdw, vdw_modifier, geometry, other, vf);
 187     }
 188
 189     /* If we did not find any kernel the pointer will still be NULL */
 190     return (kernelinfo_ptr != NULL) ? kernelinfo_ptr->kernelptr : NULL;
 191 }