src/gromacs/gmxana/legacytests/gmx_traj_tests.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests for gmx traj
  38  *
  39  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
  40  */
  41
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "config.h"
  45
  46 #include "gromacs/gmxana/gmx_ana.h"
  47 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  48
  49 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  50 #include "testutils/integrationtests.h"
  51
  52 namespace
  53 {
  54
  55 class GmxTraj : public gmx::test::IntegrationTestFixture,
  56                 public ::testing::WithParamInterface<const char *>
  57 {
  58     public:
  59         GmxTraj() : groFileName(fileManager_.getInputFilePath("spc2.gro")),
  60                     xvgFileName(fileManager_.getTemporaryFilePath("spc2.xvg"))
  61         {
  62         }
  63
  64         int runTest(const char *fileName)
  65         {
  66             gmx::test::CommandLine caller;
  67             caller.append("traj");
  68
  69             caller.addOption("-s",  groFileName);
  70             caller.addOption("-ox", xvgFileName);
  71
  72             std::string inputTrajectoryFileName = fileManager_.getInputFilePath(fileName);
  73             caller.addOption("-f", inputTrajectoryFileName);
  74
  75             redirectStringToStdin("0\n");
  76
  77             return gmx_traj(caller.argc(), caller.argv());
  78         }
  79
  80         std::string groFileName;
  81         std::string xvgFileName;
  82 };
  83
  84 /* TODO These tests are actually not very effective, because gmx-traj
  85  * can only return 0 or exit via gmx_fatal() (which currently also
  86  * exits the test binary). So, "no XDR/TNG support in the binary"
  87  * leads to the reading test appearing to pass. Still, no fatal error
  88  * and no segfault is useful information while modifying such code. */
  89
  90 TEST_P(GmxTraj, WithDifferentInputFormats)
  91 {
  92     runTest(GetParam());
  93 }
  94
  95 // ==
  96
  97 class TrjconvWithIndexGroupSubset : public gmx::test::IntegrationTestFixture,
  98                                     public ::testing::WithParamInterface<const char *>
  99 {
 100     public:
 101         int runTest(const char *fileName)
 102         {
 103             gmx::test::CommandLine caller;
 104             caller.append("trjconv");
 105
 106             caller.addOption("-s", fileManager_.getInputFilePath("spc2.gro"));
 107
 108             std::string inputTrajectoryFileName = fileManager_.getInputFilePath(fileName);
 109             caller.addOption("-f", inputTrajectoryFileName);
 110
 111             std::string ndxFileName = fileManager_.getInputFilePath("spc2.ndx");
 112             caller.addOption("-n", ndxFileName);
 113
 114             caller.addOption("-o", fileManager_.getTemporaryFilePath("spc-traj.tng"));
 115
 116             redirectStringToStdin("SecondWaterMolecule\n");
 117
 118             /* TODO Ideally, we would then check that the output file
 119                has only 3 of the 6 atoms (which it does), but the
 120                infrastructure for doing that automatically is still
 121                being built. This would also fix the TODO below. */
 122             return gmx_trjconv(caller.argc(), caller.argv());
 123         }
 124 };
 125 /* TODO These tests are actually not very effective, because trjconv
 126  * can only return 0 or exit via gmx_fatal() (which currently also
 127  * exits the test binary). So, "no XDR/TNG support in the binary"
 128  * leads to the reading test appearing to pass. Still, no fatal error
 129  * and no segfault is useful information while modifying such code. */
 130
 131 TEST_P(TrjconvWithIndexGroupSubset, WithDifferentInputFormats)
 132 {
 133     runTest(GetParam());
 134 }
 135
 136 // ==
 137
 138 /*! \brief Helper array of input files present in the source repo
 139  * database. These all have two identical frames of two SPC water
 140  * molecules, which were generated via trjconv from the .gro
 141  * version. */
 142 const char *trajectoryFileNames[] = {
 143     "spc2-traj.trr",
 144 #ifdef GMX_USE_TNG
 145     "spc2-traj.tng",
 146 #endif
 147     "spc2-traj.xtc",
 148     "spc2-traj.gro",
 149     "spc2-traj.pdb",
 150     "spc2-traj.g96"
 151 };
 152
 153 #ifdef __INTEL_COMPILER
 154 #pragma warning( disable : 177 )
 155 #endif
 156
 157 INSTANTIATE_TEST_CASE_P(NoFatalErrorWhenWritingFrom,
 158                         GmxTraj,
 159                             ::testing::ValuesIn(gmx::ArrayRef<const char*>(trajectoryFileNames)));
 160
 161 INSTANTIATE_TEST_CASE_P(NoFatalErrorWhenWritingFrom,
 162                         TrjconvWithIndexGroupSubset,
 163                             ::testing::ValuesIn(gmx::ArrayRef<const char*>(trajectoryFileNames)));
 164
 165 } // namespace