src/gromacs/gmxana/gmx_trjcat.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include <math.h>
  40 #include <stdlib.h>
  41 #include <string.h>
  42
  43 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  44 #include "gromacs/fileio/confio.h"
  45 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  46 #include "gromacs/fileio/pdbio.h"
  47 #include "gromacs/fileio/tngio.h"
  48 #include "gromacs/fileio/tngio_for_tools.h"
  49 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  50 #include "gromacs/fileio/trnio.h"
  51 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  52 #include "gromacs/fileio/xtcio.h"
  53 #include "gromacs/fileio/xvgr.h"
  54 #include "gromacs/gmxana/gmx_ana.h"
  55 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  56 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  57 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  58 #include "gromacs/math/vec.h"
  59 #include "gromacs/topology/index.h"
  60 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  61 #include "gromacs/utility/futil.h"
  62 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  63
  64 #define TIME_EXPLICIT 0
  65 #define TIME_CONTINUE 1
  66 #define TIME_LAST     2
  67 #ifndef FLT_MAX
  68 #define FLT_MAX 1e36
  69 #endif
  70 #define FLAGS (TRX_READ_X | TRX_READ_V | TRX_READ_F)
  71
  72 static void scan_trj_files(char **fnms, int nfiles, real *readtime,
  73                            real *timestep, atom_id imax,
  74                            const output_env_t oenv)
  75 {
  76     /* Check start time of all files */
  77     int          i, natoms = 0;
  78     t_trxstatus *status;
  79     real         t;
  80     t_trxframe   fr;
  81     gmx_bool     ok;
  82
  83     for (i = 0; i < nfiles; i++)
  84     {
  85         ok = read_first_frame(oenv, &status, fnms[i], &fr, FLAGS);
  86
  87         if (!ok)
  88         {
  89             gmx_fatal(FARGS, "\nCouldn't read frame from file." );
  90         }
  91         if (fr.bTime)
  92         {
  93             readtime[i] = fr.time;
  94         }
  95         else
  96         {
  97             readtime[i] = 0;
  98             fprintf(stderr, "\nWARNING: Couldn't find a time in the frame.\n");
  99         }
 100
 101         if (i == 0)
 102         {
 103             natoms = fr.natoms;
 104         }
 105         else
 106         {
 107             if (imax == NO_ATID)
 108             {
 109                 if (natoms != fr.natoms)
 110                 {
 111                     gmx_fatal(FARGS, "\nDifferent numbers of atoms (%d/%d) in files",
 112                               natoms, fr.natoms);
 113                 }
 114             }
 115             else
 116             {
 117                 if (fr.natoms <= imax)
 118                 {
 119                     gmx_fatal(FARGS, "\nNot enough atoms (%d) for index group (%d)",
 120                               fr.natoms, imax);
 121                 }
 122             }
 123         }
 124         ok = read_next_frame(oenv, status, &fr);
 125         if (ok && fr.bTime)
 126         {
 127             timestep[i] = fr.time - readtime[i];
 128         }
 129         else
 130         {
 131             timestep[i] = 0;
 132         }
 133
 134         close_trj(status);
 135         if (fr.bX)
 136         {
 137             sfree(fr.x);
 138         }
 139         if (fr.bV)
 140         {
 141             sfree(fr.v);
 142         }
 143         if (fr.bF)
 144         {
 145             sfree(fr.f);
 146         }
 147     }
 148     fprintf(stderr, "\n");
 149
 150 }
 151
 152 static void sort_files(char **fnms, real *settime, int nfile)
 153 {
 154     int   i, j, minidx;
 155     real  timeswap;
 156     char *chptr;
 157
 158     for (i = 0; i < nfile; i++)
 159     {
 160         minidx = i;
 161         for (j = i + 1; j < nfile; j++)
 162         {
 163             if (settime[j] < settime[minidx])
 164             {
 165                 minidx = j;
 166             }
 167         }
 168         if (minidx != i)
 169         {
 170             timeswap        = settime[i];
 171             settime[i]      = settime[minidx];
 172             settime[minidx] = timeswap;
 173             chptr           = fnms[i];
 174             fnms[i]         = fnms[minidx];
 175             fnms[minidx]    = chptr;
 176         }
 177     }
 178 }
 179
 180 static void edit_files(char **fnms, int nfiles, real *readtime, real *timestep,
 181                        real *settime, int *cont_type, gmx_bool bSetTime,
 182                        gmx_bool bSort, const output_env_t oenv)
 183 {
 184     int      i;
 185     gmx_bool ok;
 186     char     inputstring[STRLEN], *chptr;
 187
 188     if (bSetTime)
 189     {
 190         fprintf(stderr, "\n\nEnter the new start time (%s) for each file.\n"
 191                 "There are two special options, both disable sorting:\n\n"
 192                 "c (continue) - The start time is taken from the end\n"
 193                 "of the previous file. Use it when your continuation run\n"
 194                 "restarts with t=0.\n\n"
 195                 "l (last) - The time in this file will be changed the\n"
 196                 "same amount as in the previous. Use it when the time in the\n"
 197                 "new run continues from the end of the previous one,\n"
 198                 "since this takes possible overlap into account.\n\n",
 199                 output_env_get_time_unit(oenv));
 200
 201         fprintf(
 202                 stderr,
 203                 "          File             Current start (%s)  New start (%s)\n"
 204                 "---------------------------------------------------------\n",
 205                 output_env_get_time_unit(oenv), output_env_get_time_unit(oenv));
 206
 207         for (i = 0; i < nfiles; i++)
 208         {
 209             fprintf(stderr, "%25s   %10.3f %s          ", fnms[i],
 210                     output_env_conv_time(oenv, readtime[i]), output_env_get_time_unit(oenv));
 211             ok = FALSE;
 212             do
 213             {
 214                 if (NULL == fgets(inputstring, STRLEN - 1, stdin))
 215                 {
 216                     gmx_fatal(FARGS, "Error reading user input" );
 217                 }
 218
 219                 inputstring[strlen(inputstring)-1] = 0;
 220
 221                 if (inputstring[0] == 'c' || inputstring[0] == 'C')
 222                 {
 223                     cont_type[i] = TIME_CONTINUE;
 224                     bSort        = FALSE;
 225                     ok           = TRUE;
 226                     settime[i]   = FLT_MAX;
 227                 }
 228                 else if (inputstring[0] == 'l' ||
 229                          inputstring[0] == 'L')
 230                 {
 231                     cont_type[i] = TIME_LAST;
 232                     bSort        = FALSE;
 233                     ok           = TRUE;
 234                     settime[i]   = FLT_MAX;
 235                 }
 236                 else
 237                 {
 238                     settime[i] = strtod(inputstring, &chptr)*
 239                         output_env_get_time_invfactor(oenv);
 240                     if (chptr == inputstring)
 241                     {
 242                         fprintf(stderr, "'%s' not recognized as a floating point number, 'c' or 'l'. "
 243                                 "Try again: ", inputstring);
 244                     }
 245                     else
 246                     {
 247                         cont_type[i] = TIME_EXPLICIT;
 248                         ok           = TRUE;
 249                     }
 250                 }
 251             }
 252             while (!ok);
 253         }
 254         if (cont_type[0] != TIME_EXPLICIT)
 255         {
 256             cont_type[0] = TIME_EXPLICIT;
 257             settime[0]   = 0;
 258         }
 259     }
 260     else
 261     {
 262         for (i = 0; i < nfiles; i++)
 263         {
 264             settime[i] = readtime[i];
 265         }
 266     }
 267     if (!bSort)
 268     {
 269         fprintf(stderr, "Sorting disabled.\n");
 270     }
 271     else
 272     {
 273         sort_files(fnms, settime, nfiles);
 274     }
 275     /* Write out the new order and start times */
 276     fprintf(stderr, "\nSummary of files and start times used:\n\n"
 277             "          File                Start time       Time step\n"
 278             "---------------------------------------------------------\n");
 279     for (i = 0; i < nfiles; i++)
 280     {
 281         switch (cont_type[i])
 282         {
 283             case TIME_EXPLICIT:
 284                 fprintf(stderr, "%25s   %10.3f %s   %10.3f %s",
 285                         fnms[i],
 286                         output_env_conv_time(oenv, settime[i]), output_env_get_time_unit(oenv),
 287                         output_env_conv_time(oenv, timestep[i]), output_env_get_time_unit(oenv));
 288                 if (i > 0 &&
 289                     cont_type[i-1] == TIME_EXPLICIT && settime[i] == settime[i-1])
 290                 {
 291                     fprintf(stderr, " WARNING: same Start time as previous");
 292                 }
 293                 fprintf(stderr, "\n");
 294                 break;
 295             case TIME_CONTINUE:
 296                 fprintf(stderr, "%25s        Continue from last file\n", fnms[i]);
 297                 break;
 298             case TIME_LAST:
 299                 fprintf(stderr, "%25s        Change by same amount as last file\n",
 300                         fnms[i]);
 301                 break;
 302         }
 303     }
 304     fprintf(stderr, "\n");
 305
 306     settime[nfiles]   = FLT_MAX;
 307     cont_type[nfiles] = TIME_EXPLICIT;
 308     readtime[nfiles]  = FLT_MAX;
 309 }
 310
 311 static void do_demux(int nset, char *fnms[], char *fnms_out[], int nval,
 312                      real **value, real *time, real dt_remd, int isize,
 313                      atom_id index[], real dt, const output_env_t oenv)
 314 {
 315     int           i, j, k, natoms, nnn;
 316     t_trxstatus **fp_in, **fp_out;
 317     gmx_bool      bCont, *bSet;
 318     real          t, first_time = 0;
 319     t_trxframe   *trx;
 320
 321     snew(fp_in, nset);
 322     snew(trx, nset);
 323     snew(bSet, nset);
 324     natoms = -1;
 325     t      = -1;
 326     for (i = 0; (i < nset); i++)
 327     {
 328         nnn = read_first_frame(oenv, &(fp_in[i]), fnms[i], &(trx[i]),
 329                                TRX_NEED_X);
 330         if (natoms == -1)
 331         {
 332             natoms     = nnn;
 333             first_time = trx[i].time;
 334         }
 335         else if (natoms != nnn)
 336         {
 337             gmx_fatal(FARGS, "Trajectory file %s has %d atoms while previous trajs had %d atoms", fnms[i], nnn, natoms);
 338         }
 339         if (t == -1)
 340         {
 341             t = trx[i].time;
 342         }
 343         else if (t != trx[i].time)
 344         {
 345             gmx_fatal(FARGS, "Trajectory file %s has time %f while previous trajs had time %f", fnms[i], trx[i].time, t);
 346         }
 347     }
 348
 349     snew(fp_out, nset);
 350     for (i = 0; (i < nset); i++)
 351     {
 352         fp_out[i] = open_trx(fnms_out[i], "w");
 353     }
 354     k = 0;
 355     if (gmx_nint(time[k] - t) != 0)
 356     {
 357         gmx_fatal(FARGS, "First time in demuxing table does not match trajectories");
 358     }
 359     do
 360     {
 361         while ((k+1 < nval) && ((trx[0].time - time[k+1]) > dt_remd*0.1))
 362         {
 363             k++;
 364         }
 365         if (debug)
 366         {
 367             fprintf(debug, "trx[0].time = %g, time[k] = %g\n", trx[0].time, time[k]);
 368         }
 369         for (i = 0; (i < nset); i++)
 370         {
 371             bSet[i] = FALSE;
 372         }
 373         for (i = 0; (i < nset); i++)
 374         {
 375             j = gmx_nint(value[i][k]);
 376             range_check(j, 0, nset);
 377             if (bSet[j])
 378             {
 379                 gmx_fatal(FARGS, "Demuxing the same replica %d twice at time %f",
 380                           j, trx[0].time);
 381             }
 382             bSet[j] = TRUE;
 383
 384             if (dt == 0 || bRmod(trx[i].time, first_time, dt))
 385             {
 386                 if (index)
 387                 {
 388                     write_trxframe_indexed(fp_out[j], &trx[i], isize, index, NULL);
 389                 }
 390                 else
 391                 {
 392                     write_trxframe(fp_out[j], &trx[i], NULL);
 393                 }
 394             }
 395         }
 396
 397         bCont = (k < nval);
 398         for (i = 0; (i < nset); i++)
 399         {
 400             bCont = bCont && read_next_frame(oenv, fp_in[i], &trx[i]);
 401         }
 402     }
 403     while (bCont);
 404
 405     for (i = 0; (i < nset); i++)
 406     {
 407         close_trx(fp_in[i]);
 408         close_trx(fp_out[i]);
 409     }
 410 }
 411
 412 int gmx_trjcat(int argc, char *argv[])
 413 {
 414     const char     *desc[] =
 415     {
 416         "[THISMODULE] concatenates several input trajectory files in sorted order. ",
 417         "In case of double time frames the one in the later file is used. ",
 418         "By specifying [TT]-settime[tt] you will be asked for the start time ",
 419         "of each file. The input files are taken from the command line, ",
 420         "such that a command like [TT]gmx trjcat -f *.trr -o fixed.trr[tt] should do ",
 421         "the trick. Using [TT]-cat[tt], you can simply paste several files ",
 422         "together without removal of frames with identical time stamps.[PAR]",
 423         "One important option is inferred when the output file is amongst the",
 424         "input files. In that case that particular file will be appended to",
 425         "which implies you do not need to store double the amount of data.",
 426         "Obviously the file to append to has to be the one with lowest starting",
 427         "time since one can only append at the end of a file.[PAR]",
 428         "If the [TT]-demux[tt] option is given, the N trajectories that are",
 429         "read, are written in another order as specified in the [TT].xvg[tt] file.",
 430         "The [TT].xvg[tt] file should contain something like:[PAR]",
 431         "[TT]0  0  1  2  3  4  5[BR]",
 432         "2  1  0  2  3  5  4[tt][BR]",
 433         "Where the first number is the time, and subsequent numbers point to",
 434         "trajectory indices.",
 435         "The frames corresponding to the numbers present at the first line",
 436         "are collected into the output trajectory. If the number of frames in",
 437         "the trajectory does not match that in the [TT].xvg[tt] file then the program",
 438         "tries to be smart. Beware."
 439     };
 440     static gmx_bool bVels           = TRUE;
 441     static gmx_bool bCat            = FALSE;
 442     static gmx_bool bSort           = TRUE;
 443     static gmx_bool bKeepLast       = FALSE;
 444     static gmx_bool bKeepLastAppend = FALSE;
 445     static gmx_bool bOverwrite      = FALSE;
 446     static gmx_bool bSetTime        = FALSE;
 447     static gmx_bool bDeMux;
 448     static real     begin = -1;
 449     static real     end   = -1;
 450     static real     dt    = 0;
 451
 452     t_pargs
 453         pa[] =
 454     {
 455         { "-b", FALSE, etTIME,
 456           { &begin }, "First time to use (%t)" },
 457         { "-e", FALSE, etTIME,
 458           { &end }, "Last time to use (%t)" },
 459         { "-dt", FALSE, etTIME,
 460           { &dt }, "Only write frame when t MOD dt = first time (%t)" },
 461         { "-vel", FALSE, etBOOL,
 462           { &bVels }, "Read and write velocities if possible" },
 463         { "-settime", FALSE, etBOOL,
 464           { &bSetTime }, "Change starting time interactively" },
 465         { "-sort", FALSE, etBOOL,
 466           { &bSort }, "Sort trajectory files (not frames)" },
 467         { "-keeplast", FALSE, etBOOL,
 468           { &bKeepLast }, "Keep overlapping frames at end of trajectory" },
 469         { "-overwrite", FALSE, etBOOL,
 470           { &bOverwrite }, "Overwrite overlapping frames during appending" },
 471         { "-cat", FALSE, etBOOL,
 472           { &bCat }, "Do not discard double time frames" }
 473     };
 474 #define npargs asize(pa)
 475     int          ftpin, i, frame, frame_out, step = 0, trjout = 0;
 476     t_trxstatus *status, *trxout = NULL;
 477     rvec        *x, *v;
 478     real         t_corr;
 479     t_trxframe   fr, frout;
 480     char       **fnms, **fnms_out, *in_file, *out_file;
 481     int          n_append;
 482     gmx_bool     bNewFile, bIndex, bWrite;
 483     int          earliersteps, nfile_in, nfile_out, *cont_type, last_ok_step;
 484     real        *readtime, *timest, *settime;
 485     real         first_time = 0, lasttime = NOTSET, last_ok_t = -1, timestep;
 486     real         last_frame_time, searchtime;
 487     int          isize, j;
 488     atom_id     *index = NULL, imax;
 489     char        *grpname;
 490     real       **val = NULL, *t = NULL, dt_remd;
 491     int          n, nset, ftpout = -1, prevEndStep = 0, filetype;
 492     gmx_bool     bOK;
 493     gmx_off_t    fpos;
 494     output_env_t oenv;
 495     t_filenm     fnm[] =
 496     {
 497         { efTRX, "-f", NULL, ffRDMULT },
 498         { efTRO, "-o", NULL, ffWRMULT },
 499         { efNDX, "-n", "index", ffOPTRD },
 500         { efXVG, "-demux", "remd", ffOPTRD }
 501     };
 502
 503 #define NFILE asize(fnm)
 504
 505     if (!parse_common_args(&argc, argv, PCA_TIME_UNIT, NFILE, fnm,
 506                            asize(pa), pa, asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv))
 507     {
 508         return 0;
 509     }
 510
 511     bIndex = ftp2bSet(efNDX, NFILE, fnm);
 512     bDeMux = ftp2bSet(efXVG, NFILE, fnm);
 513     bSort  = bSort && !bDeMux;
 514
 515     imax = NO_ATID;
 516     if (bIndex)
 517     {
 518         printf("Select group for output\n");
 519         rd_index(ftp2fn(efNDX, NFILE, fnm), 1, &isize, &index, &grpname);
 520         /* scan index */
 521         imax = index[0];
 522         for (i = 1; i < isize; i++)
 523         {
 524             imax = max(imax, index[i]);
 525         }
 526     }
 527     if (bDeMux)
 528     {
 529         nset    = 0;
 530         dt_remd = 0;
 531         val     = read_xvg_time(opt2fn("-demux", NFILE, fnm), TRUE,
 532                                 opt2parg_bSet("-b", npargs, pa), begin,
 533                                 opt2parg_bSet("-e", npargs, pa), end, 1, &nset, &n,
 534                                 &dt_remd, &t);
 535         printf("Read %d sets of %d points, dt = %g\n\n", nset, n, dt_remd);
 536         if (debug)
 537         {
 538             fprintf(debug, "Dump of replica_index.xvg\n");
 539             for (i = 0; (i < n); i++)
 540             {
 541                 fprintf(debug, "%10g", t[i]);
 542                 for (j = 0; (j < nset); j++)
 543                 {
 544                     fprintf(debug, "  %3d", gmx_nint(val[j][i]));
 545                 }
 546                 fprintf(debug, "\n");
 547             }
 548         }
 549     }
 550
 551     nfile_in = opt2fns(&fnms, "-f", NFILE, fnm);
 552     if (!nfile_in)
 553     {
 554         gmx_fatal(FARGS, "No input files!" );
 555     }
 556
 557     if (bDeMux && (nfile_in != nset))
 558     {
 559         gmx_fatal(FARGS, "You have specified %d files and %d entries in the demux table", nfile_in, nset);
 560     }
 561
 562     ftpin = fn2ftp(fnms[0]);
 563
 564     for (i = 1; i < nfile_in; i++)
 565     {
 566         if (ftpin != fn2ftp(fnms[i]))
 567         {
 568             gmx_fatal(FARGS, "All input files must be of the same format");
 569         }
 570     }
 571
 572     nfile_out = opt2fns(&fnms_out, "-o", NFILE, fnm);
 573     if (!nfile_out)
 574     {
 575         gmx_fatal(FARGS, "No output files!");
 576     }
 577     if ((nfile_out > 1) && !bDeMux)
 578     {
 579         gmx_fatal(FARGS, "Don't know what to do with more than 1 output file if  not demultiplexing");
 580     }
 581     else if (bDeMux && (nfile_out != nset) && (nfile_out != 1))
 582     {
 583         gmx_fatal(FARGS, "Number of output files should be 1 or %d (#input files), not %d", nset, nfile_out);
 584     }
 585     if (bDeMux)
 586     {
 587         if (nfile_out != nset)
 588         {
 589             char *buf = gmx_strdup(fnms_out[0]);
 590             snew(fnms_out, nset);
 591             for (i = 0; (i < nset); i++)
 592             {
 593                 snew(fnms_out[i], strlen(buf)+32);
 594                 sprintf(fnms_out[i], "%d_%s", i, buf);
 595             }
 596             sfree(buf);
 597         }
 598         do_demux(nfile_in, fnms, fnms_out, n, val, t, dt_remd, isize, index, dt, oenv);
 599     }
 600     else
 601     {
 602         snew(readtime, nfile_in+1);
 603         snew(timest, nfile_in+1);
 604         scan_trj_files(fnms, nfile_in, readtime, timest, imax, oenv);
 605
 606         snew(settime, nfile_in+1);
 607         snew(cont_type, nfile_in+1);
 608         edit_files(fnms, nfile_in, readtime, timest, settime, cont_type, bSetTime, bSort,
 609                    oenv);
 610
 611         /* Check whether the output file is amongst the input files
 612          * This has to be done after sorting etc.
 613          */
 614         out_file = fnms_out[0];
 615         ftpout   = fn2ftp(out_file);
 616         n_append = -1;
 617         for (i = 0; ((i < nfile_in) && (n_append == -1)); i++)
 618         {
 619             if (strcmp(fnms[i], out_file) == 0)
 620             {
 621                 n_append = i;
 622             }
 623         }
 624         if (n_append == 0)
 625         {
 626             fprintf(stderr, "Will append to %s rather than creating a new file\n",
 627                     out_file);
 628         }
 629         else if (n_append != -1)
 630         {
 631             gmx_fatal(FARGS, "Can only append to the first file which is %s (not %s)",
 632                       fnms[0], out_file);
 633         }
 634         earliersteps = 0;
 635
 636         /* Not checking input format, could be dangerous :-) */
 637         /* Not checking output format, equally dangerous :-) */
 638
 639         frame     = -1;
 640         frame_out = -1;
 641         /* the default is not to change the time at all,
 642          * but this is overridden by the edit_files routine
 643          */
 644         t_corr = 0;
 645
 646         if (n_append == -1)
 647         {
 648             if (ftpout == efTNG)
 649             {
 650                 if (bIndex)
 651                 {
 652                     trjtools_gmx_prepare_tng_writing(out_file, 'w', NULL, &trxout,
 653                                                      fnms[0], isize, NULL, index, grpname);
 654                 }
 655                 else
 656                 {
 657                     trjtools_gmx_prepare_tng_writing(out_file, 'w', NULL, &trxout,
 658                                                      fnms[0], -1, NULL, NULL, NULL);
 659                 }
 660             }
 661             else
 662             {
 663                 trxout = open_trx(out_file, "w");
 664             }
 665             memset(&frout, 0, sizeof(frout));
 666         }
 667         else
 668         {
 669             t_fileio *stfio;
 670
 671             if (!read_first_frame(oenv, &status, out_file, &fr, FLAGS))
 672             {
 673                 gmx_fatal(FARGS, "Reading first frame from %s", out_file);
 674             }
 675
 676             stfio = trx_get_fileio(status);
 677             if (!bKeepLast && !bOverwrite)
 678             {
 679                 fprintf(stderr, "\n\nWARNING: Appending without -overwrite implies -keeplast "
 680                         "between the first two files. \n"
 681                         "If the trajectories have an overlap and have not been written binary \n"
 682                         "reproducible this will produce an incorrect trajectory!\n\n");
 683
 684                 filetype = gmx_fio_getftp(stfio);
 685                 /* Fails if last frame is incomplete
 686                  * We can't do anything about it without overwriting
 687                  * */
 688                 if (filetype == efXTC || filetype == efTNG)
 689                 {
 690                     lasttime = trx_get_time_of_final_frame(status);
 691                     fr.time  = lasttime;
 692                 }
 693                 else
 694                 {
 695                     while (read_next_frame(oenv, status, &fr))
 696                     {
 697                         ;
 698                     }
 699                     lasttime = fr.time;
 700                 }
 701                 bKeepLastAppend = TRUE;
 702                 close_trj(status);
 703                 trxout = open_trx(out_file, "a");
 704             }
 705             else if (bOverwrite)
 706             {
 707                 if (gmx_fio_getftp(stfio) != efXTC)
 708                 {
 709                     gmx_fatal(FARGS, "Overwrite only supported for XTC." );
 710                 }
 711                 last_frame_time = trx_get_time_of_final_frame(status);
 712
 713                 /* xtc_seek_time broken for trajectories containing only 1 or 2 frames
 714                  *     or when seek time = 0 */
 715                 if (nfile_in > 1 && settime[1] < last_frame_time+timest[0]*0.5)
 716                 {
 717                     /* Jump to one time-frame before the start of next
 718                      *  trajectory file */
 719                     searchtime = settime[1]-timest[0]*1.25;
 720                 }
 721                 else
 722                 {
 723                     searchtime = last_frame_time;
 724                 }
 725                 if (xtc_seek_time(stfio, searchtime, fr.natoms, TRUE))
 726                 {
 727                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking to append position.");
 728                 }
 729                 read_next_frame(oenv, status, &fr);
 730                 if (fabs(searchtime - fr.time) > timest[0]*0.5)
 731                 {
 732                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking: attempted to seek to %f but got %f.",
 733                               searchtime, fr.time);
 734                 }
 735                 lasttime = fr.time;
 736                 fpos     = gmx_fio_ftell(stfio);
 737                 close_trj(status);
 738                 trxout = open_trx(out_file, "r+");
 739                 if (gmx_fio_seek(trx_get_fileio(trxout), fpos))
 740                 {
 741                     gmx_fatal(FARGS, "Error seeking to append position.");
 742                 }
 743             }
 744             printf("\n Will append after %f \n", lasttime);
 745             frout = fr;
 746         }
 747         /* Lets stitch up some files */
 748         timestep = timest[0];
 749         for (i = n_append+1; (i < nfile_in); i++)
 750         {
 751             /* Open next file */
 752
 753             /* set the next time from the last frame in previous file */
 754             if (i > 0)
 755             {
 756                 /* When writing TNG the step determine which frame to write. Use an
 757                  * offset to be able to increase steps properly when changing files. */
 758                 if (ftpout == efTNG)
 759                 {
 760                     prevEndStep = frout.step;
 761                 }
 762
 763                 if (frame_out >= 0)
 764                 {
 765                     if (cont_type[i] == TIME_CONTINUE)
 766                     {
 767                         begin        = frout.time;
 768                         begin       += 0.5*timestep;
 769                         settime[i]   = frout.time;
 770                         cont_type[i] = TIME_EXPLICIT;
 771                     }
 772                     else if (cont_type[i] == TIME_LAST)
 773                     {
 774                         begin  = frout.time;
 775                         begin += 0.5*timestep;
 776                     }
 777                     /* Or, if the time in the next part should be changed by the
 778                      * same amount, start at half a timestep from the last time
 779                      * so we dont repeat frames.
 780                      */
 781                     /* I don't understand the comment above, but for all the cases
 782                      * I tried the code seems to work properly. B. Hess 2008-4-2.
 783                      */
 784                 }
 785                 /* Or, if time is set explicitly, we check for overlap/gap */
 786                 if (cont_type[i] == TIME_EXPLICIT)
 787                 {
 788                     if ( ( i < nfile_in ) &&
 789                          ( frout.time < settime[i]-1.5*timestep ) )
 790                     {
 791                         fprintf(stderr, "WARNING: Frames around t=%f %s have a different "
 792                                 "spacing than the rest,\n"
 793                                 "might be a gap or overlap that couldn't be corrected "
 794                                 "automatically.\n", output_env_conv_time(oenv, frout.time),
 795                                 output_env_get_time_unit(oenv));
 796                     }
 797                 }
 798             }
 799
 800             /* if we don't have a timestep in the current file, use the old one */
 801             if (timest[i] != 0)
 802             {
 803                 timestep = timest[i];
 804             }
 805             read_first_frame(oenv, &status, fnms[i], &fr, FLAGS);
 806             if (!fr.bTime)
 807             {
 808                 fr.time = 0;
 809                 fprintf(stderr, "\nWARNING: Couldn't find a time in the frame.\n");
 810             }
 811
 812             if (cont_type[i] == TIME_EXPLICIT)
 813             {
 814                 t_corr = settime[i]-fr.time;
 815             }
 816             /* t_corr is the amount we want to change the time.
 817              * If the user has chosen not to change the time for
 818              * this part of the trajectory t_corr remains at
 819              * the value it had in the last part, changing this
 820              * by the same amount.
 821              * If no value was given for the first trajectory part
 822              * we let the time start at zero, see the edit_files routine.
 823              */
 824
 825             bNewFile = TRUE;
 826
 827             printf("\n");
 828             if (lasttime != NOTSET)
 829             {
 830                 printf("lasttime %g\n", lasttime);
 831             }
 832
 833             do
 834             {
 835                 /* copy the input frame to the output frame */
 836                 frout = fr;
 837                 /* set the new time by adding the correct calculated above */
 838                 frout.time += t_corr;
 839                 if (ftpout == efTNG)
 840                 {
 841                     frout.step += prevEndStep;
 842                 }
 843                 /* quit if we have reached the end of what should be written */
 844                 if ((end > 0) && (frout.time > end+GMX_REAL_EPS))
 845                 {
 846                     i = nfile_in;
 847                     break;
 848                 }
 849
 850                 /* determine if we should write this frame (dt is handled elsewhere) */
 851                 if (bCat) /* write all frames of all files */
 852                 {
 853                     bWrite = TRUE;
 854                 }
 855                 else if (bKeepLast || (bKeepLastAppend && i == 1))
 856                 /* write till last frame of this traj
 857                    and skip first frame(s) of next traj */
 858                 {
 859                     bWrite = ( frout.time > lasttime+0.5*timestep );
 860                 }
 861                 else /* write till first frame of next traj */
 862                 {
 863                     bWrite = ( frout.time < settime[i+1]-0.5*timestep );
 864                 }
 865
 866                 if (bWrite && (frout.time >= begin) )
 867                 {
 868                     frame++;
 869                     if (frame_out == -1)
 870                     {
 871                         first_time = frout.time;
 872                     }
 873                     lasttime = frout.time;
 874                     if (dt == 0 || bRmod(frout.time, first_time, dt))
 875                     {
 876                         frame_out++;
 877                         last_ok_t = frout.time;
 878                         if (bNewFile)
 879                         {
 880                             fprintf(stderr, "\nContinue writing frames from %s t=%g %s, "
 881                                     "frame=%d      \n",
 882                                     fnms[i], output_env_conv_time(oenv, frout.time), output_env_get_time_unit(oenv),
 883                                     frame);
 884                             bNewFile = FALSE;
 885                         }
 886
 887                         if (bIndex)
 888                         {
 889                             write_trxframe_indexed(trxout, &frout, isize, index,
 890                                                    NULL);
 891                         }
 892                         else
 893                         {
 894                             write_trxframe(trxout, &frout, NULL);
 895                         }
 896                         if ( ((frame % 10) == 0) || (frame < 10) )
 897                         {
 898                             fprintf(stderr, " ->  frame %6d time %8.3f %s     \r",
 899                                     frame_out, output_env_conv_time(oenv, frout.time), output_env_get_time_unit(oenv));
 900                         }
 901                     }
 902                 }
 903             }
 904             while (read_next_frame(oenv, status, &fr));
 905
 906             close_trj(status);
 907
 908             earliersteps += step;
 909         }
 910         if (trxout)
 911         {
 912             close_trx(trxout);
 913         }
 914         fprintf(stderr, "\nLast frame written was %d, time %f %s\n",
 915                 frame, output_env_conv_time(oenv, last_ok_t), output_env_get_time_unit(oenv));
 916     }
 917
 918     return 0;
 919 }