src/gromacs/gmxana/gmx_saxs.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include <math.h>
  41
  42 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  43 #include "gromacs/gmxana/gmx_ana.h"
  44 #include "gromacs/gmxana/sfactor.h"
  45 #include "gromacs/legacyheaders/copyrite.h"
  46 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  47 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  48
  49 int gmx_saxs(int argc, char *argv[])
  50 {
  51     const char  *desc[] = {
  52         "[THISMODULE] calculates SAXS structure factors for given index",
  53         "groups based on Cromer's method.",
  54         "Both topology and trajectory files are required."
  55     };
  56
  57     static real  start_q = 0.0, end_q = 60.0, energy = 12.0;
  58     static int   ngroups = 1;
  59
  60     t_pargs      pa[] = {
  61         { "-ng",       FALSE, etINT, {&ngroups},
  62           "Number of groups to compute SAXS" },
  63         {"-startq", FALSE, etREAL, {&start_q},
  64          "Starting q (1/nm) "},
  65         {"-endq", FALSE, etREAL, {&end_q},
  66          "Ending q (1/nm)"},
  67         {"-energy", FALSE, etREAL, {&energy},
  68          "Energy of the incoming X-ray (keV) "}
  69     };
  70 #define NPA asize(pa)
  71     const char  *fnTPS, *fnTRX, *fnNDX, *fnDAT = NULL;
  72     output_env_t oenv;
  73
  74     t_filenm     fnm[] = {
  75         { efTRX, "-f",  NULL,      ffREAD },
  76         { efTPS, NULL,  NULL,      ffREAD },
  77         { efNDX, NULL,  NULL,      ffOPTRD },
  78         { efDAT, "-d",  "sfactor", ffOPTRD },
  79         { efXVG, "-sq", "sq",      ffWRITE },
  80     };
  81 #define NFILE asize(fnm)
  82     if (!parse_common_args(&argc, argv, PCA_CAN_TIME,
  83                            NFILE, fnm, NPA, pa, asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv))
  84     {
  85         return 0;
  86     }
  87
  88     fnTPS = ftp2fn(efTPS, NFILE, fnm);
  89     fnTRX = ftp2fn(efTRX, NFILE, fnm);
  90     fnDAT = ftp2fn(efDAT, NFILE, fnm);
  91     fnNDX = ftp2fn_null(efNDX, NFILE, fnm);
  92
  93     do_scattering_intensity(fnTPS, fnNDX, opt2fn("-sq", NFILE, fnm),
  94                             fnTRX, fnDAT,
  95                             start_q, end_q, energy, ngroups, oenv);
  96
  97     please_cite(stdout, "Cromer1968a");
  98
  99     return 0;
 100 }