src/gromacs/gmxana/edittop.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  40 #include "gromacs/topology/symtab.h"
  41 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  42 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  43
  44 void replace_atom(t_topology *top, int inr, char *anm, char *resnm,
  45                   real q, real m, int type)
  46 {
  47     t_atoms *atoms;
  48
  49     atoms = &(top->atoms);
  50
  51     /* Replace important properties of an atom by other properties */
  52     if ((inr < 0) || (inr > atoms->nr))
  53     {
  54         gmx_fatal(FARGS, "Replace_atom: inr (%d) not in %d .. %d", inr, 0, atoms->nr);
  55     }
  56     if (debug)
  57     {
  58         fprintf(debug, "Replacing atom %d ... ", inr);
  59     }
  60     /* Charge, mass and type */
  61     atoms->atom[inr].q    = atoms->atom[inr].qB    = q;
  62     atoms->atom[inr].m    = atoms->atom[inr].mB    = m;
  63     atoms->atom[inr].type = atoms->atom[inr].typeB = type;
  64
  65     /* Residue name */
  66     atoms->resinfo[atoms->atom[inr].resind].name = put_symtab(&top->symtab, resnm);
  67     /* Atom name */
  68     atoms->atomname[inr] = put_symtab(&top->symtab, anm);
  69     if (debug)
  70     {
  71         fprintf(debug, " done\n");
  72     }
  73 }
  74
  75 static void delete_from_interactions(t_idef *idef, int inr)
  76 {
  77     int      i, j, k, nra, nnr;
  78     t_iatom *niatoms;
  79     gmx_bool bDel;
  80
  81     /* Delete interactions including atom inr from lists */
  82     for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
  83     {
  84         nra = interaction_function[i].nratoms;
  85         nnr = 0;
  86         snew(niatoms, idef->il[i].nr);
  87         for (j = 0; (j < idef->il[i].nr); j += nra+1)
  88         {
  89             bDel = FALSE;
  90             for (k = 0; (k < nra); k++)
  91             {
  92                 if (idef->il[i].iatoms[j+k+1] == inr)
  93                 {
  94                     bDel = TRUE;
  95                 }
  96             }
  97             if (!bDel)
  98             {
  99                 /* If this does not need to be deleted, then copy it to temp array */
 100                 for (k = 0; (k < nra+1); k++)
 101                 {
 102                     niatoms[nnr+k] = idef->il[i].iatoms[j+k];
 103                 }
 104                 nnr += nra+1;
 105             }
 106         }
 107         /* Copy temp array back */
 108         for (j = 0; (j < nnr); j++)
 109         {
 110             idef->il[i].iatoms[j] = niatoms[j];
 111         }
 112         idef->il[i].nr = nnr;
 113         /* cppcheck-suppress uninitvar Fixed in cppcheck 1.65 */
 114         sfree(niatoms);
 115     }
 116 }
 117
 118 static void delete_from_block(t_block *block, int inr)
 119 {
 120     /* Update block data structure */
 121     int i, i1, j1, j, k;
 122
 123     for (i = 0; (i < block->nr); i++)
 124     {
 125         for (j = block->index[i]; (j < block->index[i+1]); j++)
 126         {
 127             if (j == inr)
 128             {
 129                 /* This atom has to go */
 130                 /* Change indices too */
 131                 for (i1 = i+1; (i1 <= block->nr); i1++)
 132                 {
 133                     block->index[i1]--;
 134                 }
 135             }
 136         }
 137     }
 138 }
 139
 140 static void delete_from_blocka(t_blocka *block, int inr)
 141 {
 142     /* Update block data structure */
 143     int i, i1, j1, j, k;
 144
 145     for (i = 0; (i < block->nr); i++)
 146     {
 147         for (j = block->index[i]; (j < block->index[i+1]); j++)
 148         {
 149             k = block->a[j];
 150             if (k == inr)
 151             {
 152                 /* This atom has to go */
 153                 for (j1 = j; (j1 < block->nra-1); j1++)
 154                 {
 155                     block->a[j1] = block->a[j1+1];
 156                 }
 157                 block->nra--;
 158                 /* Change indices too */
 159                 for (i1 = i+1; (i1 <= block->nr); i1++)
 160                 {
 161                     block->index[i1]--;
 162                 }
 163             }
 164         }
 165     }
 166 }
 167
 168 static void delete_from_atoms(t_atoms *atoms, int inr)
 169 {
 170     int i;
 171
 172     /* Shift the atomnames down */
 173     for (i = inr; (i < atoms->nr-1); i++)
 174     {
 175         atoms->atomname[i] = atoms->atomname[i+1];
 176     }
 177
 178     /* Shift the atom struct down */
 179     for (i = inr; (i < atoms->nr-1); i++)
 180     {
 181         atoms->atom[i] = atoms->atom[i+1];
 182     }
 183
 184     if (atoms->pdbinfo)
 185     {
 186         /* Shift the pdbatom struct down */
 187         for (i = inr; (i < atoms->nr-1); i++)
 188         {
 189             atoms->pdbinfo[i] = atoms->pdbinfo[i+1];
 190         }
 191     }
 192     atoms->nr--;
 193 }
 194
 195 void delete_atom(t_topology *top, int inr)
 196 {
 197     int k;
 198
 199     if ((inr < 0) || (inr >= top->atoms.nr))
 200     {
 201         gmx_fatal(FARGS, "Delete_atom: inr (%d) not in %d .. %d", inr, 0,
 202                   top->atoms.nr);
 203     }
 204     if (debug)
 205     {
 206         fprintf(debug, "Deleting atom %d ...", inr);
 207     }
 208
 209     /* First remove bonds etc. */
 210     delete_from_interactions(&top->idef, inr);
 211     /* Now charge groups etc. */
 212     delete_from_block(&(top->cgs), inr);
 213     delete_from_block(&(top->mols), inr);
 214     delete_from_blocka(&(top->excls), inr);
 215     /* Now from the atoms struct */
 216     delete_from_atoms(&top->atoms, inr);
 217     if (debug)
 218     {
 219         fprintf(debug, " done\n");
 220     }
 221 }