src/gromacs/fileio/trx.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 /* The gmx_bools indicate whether a field was read from the trajectory.
  39  * Do not try to use a pointer when its gmx_bool is FALSE, as memory might
  40  * not be allocated.
  41  */
  42
  43 #ifndef GMX_FILEIO_TRX_H
  44 #define GMX_FILEIO_TRX_H
  45
  46 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  47 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  48 #include "gromacs/utility/real.h"
  49
  50 #ifdef __cplusplus
  51 extern "C" {
  52 #endif
  53
  54 struct t_atoms;
  55
  56 typedef struct gmxvmdplugin t_gmxvmdplugin;
  57
  58 typedef struct t_trxframe
  59 {
  60     int      flags;            /* flags for read_first/next_frame  */
  61     int      not_ok;           /* integrity flags                  */
  62     gmx_bool bDouble;          /* Double precision?                */
  63     int      natoms;           /* number of atoms (atoms, x, v, f) */
  64     real     t0;               /* time of the first frame, needed  *
  65                                 * for skipping frames with -dt     */
  66     real     tf;               /* internal frame time - DO NOT CHANGE */
  67     real     tpf;              /* time of the previous frame, not  */
  68                                /* the read, but real file frames   */
  69     real     tppf;             /* time of two frames ago           */
  70                                /* tpf and tppf are needed to       */
  71                                /* correct rounding errors for -e   */
  72     gmx_bool        bTitle;
  73     const char     *title;     /* title of the frame            */
  74     gmx_bool        bStep;
  75     int             step;      /* MD step number                   */
  76     gmx_bool        bTime;
  77     real            time;      /* time of the frame                */
  78     gmx_bool        bLambda;
  79     gmx_bool        bFepState; /* does it contain fep_state?       */
  80     real            lambda;    /* free energy perturbation lambda  */
  81     int             fep_state; /* which fep state are we in? */
  82     gmx_bool        bAtoms;
  83     struct t_atoms *atoms;     /* atoms struct (natoms)            */
  84     gmx_bool        bPrec;
  85     real            prec;      /* precision of x, fraction of 1 nm */
  86     gmx_bool        bX;
  87     rvec           *x;         /* coordinates (natoms)             */
  88     gmx_bool        bV;
  89     rvec           *v;         /* velocities (natoms)              */
  90     gmx_bool        bF;
  91     rvec           *f;         /* forces (natoms)                  */
  92     gmx_bool        bBox;
  93     matrix          box;       /* the 3 box vectors                */
  94     gmx_bool        bPBC;
  95     int             ePBC;      /* the type of pbc                  */
  96     t_gmxvmdplugin* vmdplugin;
  97 } t_trxframe;
  98
  99 #ifdef __cplusplus
 100 }
 101 #endif
 102
 103 #endif