src/gromacs/fileio/strdb.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "strdb.h"
  40
  41 #include <stdio.h>
  42 #include <stdlib.h>
  43 #include <string.h>
  44
  45 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  46 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  47 #include "gromacs/utility/futil.h"
  48 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  49
  50 gmx_bool get_a_line(FILE *fp, char line[], int n)
  51 {
  52     char *line0;
  53     char *dum;
  54
  55     snew(line0, n+1);
  56
  57     do
  58     {
  59         if (!fgets(line0, n+1, fp))
  60         {
  61             sfree(line0);
  62             return FALSE;
  63         }
  64         dum = strchr(line0, '\n');
  65         if (dum)
  66         {
  67             dum[0] = '\0';
  68         }
  69         else if (strlen(line0) == n)
  70         {
  71             fprintf(stderr, "Warning: line length exceeds buffer length (%d), data might be corrupted\n", n);
  72             line0[n-1] = '\0';
  73         }
  74         else
  75         {
  76             fprintf(stderr, "Warning: file does not end with a newline, last line:\n%s\n",
  77                     line0);
  78         }
  79         dum = strchr(line0, ';');
  80         if (dum)
  81         {
  82             dum[0] = '\0';
  83         }
  84         strncpy(line, line0, n);
  85         dum = line0;
  86         ltrim(dum);
  87     }
  88     while (dum[0] == '\0');
  89
  90     sfree(line0);
  91     return TRUE;
  92 }
  93
  94 gmx_bool get_header(char line[], char *header)
  95 {
  96     char temp[STRLEN], *dum;
  97
  98     strcpy(temp, line);
  99     dum = strchr(temp, '[');
 100     if (dum == NULL)
 101     {
 102         return FALSE;
 103     }
 104     dum[0] = ' ';
 105     dum    = strchr(temp, ']');
 106     if (dum == NULL)
 107     {
 108         gmx_fatal(FARGS, "header is not terminated on line:\n'%s'\n", line);
 109         return FALSE;
 110     }
 111     dum[0] = '\0';
 112     if (sscanf(temp, "%s%*s", header) != 1)
 113     {
 114         return FALSE;
 115     }
 116
 117     return TRUE;
 118 }
 119
 120 int get_strings(const char *db, char ***strings)
 121 {
 122     FILE  *in;
 123     char **ptr;
 124     char   buf[256];
 125     int    i, nstr;
 126
 127     in = libopen(db);
 128
 129     if (fscanf(in, "%d", &nstr) != 1)
 130     {
 131         gmx_warning("File %s is empty", db);
 132         gmx_ffclose(in);
 133         return 0;
 134     }
 135     snew(ptr, nstr);
 136     for (i = 0; (i < nstr); i++)
 137     {
 138         if (1 != fscanf(in, "%s", buf))
 139         {
 140             gmx_fatal(FARGS, "Cannot read string from buffer");
 141         }
 142 #ifdef DEBUG
 143         fprintf(stderr, "Have read: %s\n", buf);
 144 #endif
 145         ptr[i] = gmx_strdup(buf);
 146     }
 147     gmx_ffclose(in);
 148
 149     *strings = ptr;
 150
 151     return nstr;
 152 }
 153
 154 int search_str(int nstr, char **str, char *key)
 155 {
 156     int i;
 157
 158     /* Linear search */
 159     for (i = 0; (i < nstr); i++)
 160     {
 161         if (gmx_strcasecmp(str[i], key) == 0)
 162         {
 163             return i;
 164         }
 165     }
 166
 167     return -1;
 168 }
 169
 170 int fget_lines(FILE *in, char ***strings)
 171 {
 172     char **ptr;
 173     char   buf[STRLEN];
 174     int    i, nstr;
 175     char  *pret;
 176
 177     pret = fgets(buf, STRLEN-1, in);
 178     if (pret == NULL  || sscanf(buf, "%d", &nstr) != 1)
 179     {
 180         gmx_warning("File is empty");
 181         gmx_ffclose(in);
 182
 183         return 0;
 184     }
 185     snew(ptr, nstr);
 186     for (i = 0; (i < nstr); i++)
 187     {
 188         fgets2(buf, STRLEN-1, in);
 189         ptr[i] = gmx_strdup(buf);
 190     }
 191
 192     (*strings) = ptr;
 193
 194     return nstr;
 195 }
 196
 197 int get_lines(const char *db, char ***strings)
 198 {
 199     FILE *in;
 200     int   nstr;
 201
 202     in   = libopen(db);
 203     nstr = fget_lines(in, strings);
 204     gmx_ffclose(in);
 205
 206     return nstr;
 207 }
 208
 209 int get_file(const char *db, char ***strings)
 210 {
 211     FILE  *in;
 212     char **ptr = NULL;
 213     char   buf[STRLEN];
 214     int    i, nstr, maxi;
 215
 216     in = libopen(db);
 217
 218     i = maxi = 0;
 219     while (fgets2(buf, STRLEN-1, in))
 220     {
 221         if (i >= maxi)
 222         {
 223             maxi += 50;
 224             srenew(ptr, maxi);
 225         }
 226         ptr[i] = gmx_strdup(buf);
 227         i++;
 228     }
 229     nstr = i;
 230     gmx_ffclose(in);
 231     srenew(ptr, nstr);
 232     *strings = ptr;
 233
 234     return nstr;
 235 }