src/gromacs/fileio/gmxfio_xdr.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "config.h"
  40
  41 #include <errno.h>
  42 #include <stdio.h>
  43 #include <string.h>
  44
  45 #ifdef HAVE_IO_H
  46 #include <io.h>
  47 #endif
  48
  49 #include "gromacs/fileio/filenm.h"
  50 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  51 #include "gromacs/fileio/gmxfio_int.h"
  52 #include "gromacs/fileio/md5.h"
  53 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  54 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  55 #include "gromacs/utility/futil.h"
  56 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  57
  58 /* This is the part that reads xdr files.  */
  59
  60
  61 /* file type functions */
  62 static gmx_bool do_xdrread(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
  63                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
  64 static gmx_bool do_xdrwrite(t_fileio *fio, const void *item, int nitem, int eio,
  65                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
  66
  67
  68 const t_iotype xdr_iotype = {do_xdrread, do_xdrwrite};
  69
  70
  71 #ifdef USE_XDR
  72
  73 static gmx_bool do_xdr(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
  74                        const char *desc, const char *srcfile, int line)
  75 {
  76     unsigned char   ucdum, *ucptr;
  77     bool_t          res = 0;
  78     float           fvec[DIM];
  79     double          dvec[DIM];
  80     int             j, m, *iptr, idum;
  81     gmx_int64_t     sdum;
  82     real           *ptr;
  83     unsigned short  us;
  84     double          d = 0;
  85     float           f = 0;
  86
  87     gmx_fio_check_nitem(eio, nitem, srcfile, line);
  88     switch (eio)
  89     {
  90         case eioREAL:
  91             if (fio->bDouble)
  92             {
  93                 if (item && !fio->bRead)
  94                 {
  95                     d = *((real *) item);
  96                 }
  97                 res = xdr_double(fio->xdr, &d);
  98                 if (item)
  99                 {
 100                     *((real *) item) = d;
 101                 }
 102             }
 103             else
 104             {
 105                 if (item && !fio->bRead)
 106                 {
 107                     f = *((real *) item);
 108                 }
 109                 res = xdr_float(fio->xdr, &f);
 110                 if (item)
 111                 {
 112                     *((real *) item) = f;
 113                 }
 114             }
 115             break;
 116         case eioFLOAT:
 117             if (item && !fio->bRead)
 118             {
 119                 f = *((float *) item);
 120             }
 121             res = xdr_float(fio->xdr, &f);
 122             if (item)
 123             {
 124                 *((float *) item) = f;
 125             }
 126             break;
 127         case eioDOUBLE:
 128             if (item && !fio->bRead)
 129             {
 130                 d = *((double *) item);
 131             }
 132             res = xdr_double(fio->xdr, &d);
 133             if (item)
 134             {
 135                 *((double *) item) = d;
 136             }
 137             break;
 138         case eioINT:
 139             if (item && !fio->bRead)
 140             {
 141                 idum = *(int *) item;
 142             }
 143             res = xdr_int(fio->xdr, &idum);
 144             if (item)
 145             {
 146                 *(int *) item = idum;
 147             }
 148             break;
 149         case eioINT64:
 150             if (item && !fio->bRead)
 151             {
 152                 sdum = *(gmx_int64_t *) item;
 153             }
 154             res = xdr_int64(fio->xdr, &sdum);
 155             if (item)
 156             {
 157                 *(gmx_int64_t *) item = sdum;
 158             }
 159             break;
 160         case eioUCHAR:
 161             if (item && !fio->bRead)
 162             {
 163                 ucdum = *(unsigned char *) item;
 164             }
 165             res = xdr_u_char(fio->xdr, &ucdum);
 166             if (item)
 167             {
 168                 *(unsigned char *) item = ucdum;
 169             }
 170             break;
 171         case eioNUCHAR:
 172             ucptr = (unsigned char *) item;
 173             res   = 1;
 174             for (j = 0; (j < nitem) && res; j++)
 175             {
 176                 res = xdr_u_char(fio->xdr, &(ucptr[j]));
 177             }
 178             break;
 179         case eioUSHORT:
 180             if (item && !fio->bRead)
 181             {
 182                 us = *(unsigned short *) item;
 183             }
 184             res = xdr_u_short(fio->xdr, (unsigned short *) &us);
 185             if (item)
 186             {
 187                 *(unsigned short *) item = us;
 188             }
 189             break;
 190         case eioRVEC:
 191             if (fio->bDouble)
 192             {
 193                 if (item && !fio->bRead)
 194                 {
 195                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 196                     {
 197                         dvec[m] = ((real *) item)[m];
 198                     }
 199                 }
 200                 res = xdr_vector(fio->xdr, (char *) dvec, DIM,
 201                                  (unsigned int) sizeof(double),
 202                                  (xdrproc_t) xdr_double);
 203                 if (item)
 204                 {
 205                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 206                     {
 207                         ((real *) item)[m] = dvec[m];
 208                     }
 209                 }
 210             }
 211             else
 212             {
 213                 if (item && !fio->bRead)
 214                 {
 215                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 216                     {
 217                         fvec[m] = ((real *) item)[m];
 218                     }
 219                 }
 220                 res = xdr_vector(fio->xdr, (char *) fvec, DIM,
 221                                  (unsigned int) sizeof(float),
 222                                  (xdrproc_t) xdr_float);
 223                 if (item)
 224                 {
 225                     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 226                     {
 227                         ((real *) item)[m] = fvec[m];
 228                     }
 229                 }
 230             }
 231             break;
 232         case eioNRVEC:
 233             ptr = NULL;
 234             res = 1;
 235             for (j = 0; (j < nitem) && res; j++)
 236             {
 237                 if (item)
 238                 {
 239                     ptr = ((rvec *) item)[j];
 240                 }
 241                 res = do_xdr(fio, ptr, 1, eioRVEC, desc, srcfile, line);
 242             }
 243             break;
 244         case eioIVEC:
 245             iptr = (int *) item;
 246             res  = 1;
 247             for (m = 0; (m < DIM) && res; m++)
 248             {
 249                 if (item && !fio->bRead)
 250                 {
 251                     idum = iptr[m];
 252                 }
 253                 res = xdr_int(fio->xdr, &idum);
 254                 if (item)
 255                 {
 256                     iptr[m] = idum;
 257                 }
 258             }
 259             break;
 260         case eioSTRING:
 261         {
 262             char *cptr;
 263             int   slen;
 264
 265             if (item)
 266             {
 267                 if (!fio->bRead)
 268                 {
 269                     slen = strlen((char *) item) + 1;
 270                 }
 271                 else
 272                 {
 273                     slen = 0;
 274                 }
 275             }
 276             else
 277             {
 278                 slen = 0;
 279             }
 280
 281             if (xdr_int(fio->xdr, &slen) <= 0)
 282             {
 283                 gmx_fatal(FARGS, "wrong string length %d for string %s"
 284                           " (source %s, line %d)", slen, desc, srcfile, line);
 285             }
 286             if (!item && fio->bRead)
 287             {
 288                 snew(cptr, slen);
 289             }
 290             else
 291             {
 292                 cptr = (char *)item;
 293             }
 294             if (cptr)
 295             {
 296                 res = xdr_string(fio->xdr, &cptr, slen);
 297             }
 298             else
 299             {
 300                 res = 1;
 301             }
 302             if (!item && fio->bRead)
 303             {
 304                 sfree(cptr);
 305             }
 306             break;
 307         }
 308         default:
 309             gmx_fio_fe(fio, eio, desc, srcfile, line);
 310     }
 311     if ((res == 0) && (fio->bDebug))
 312     {
 313         fprintf(stderr, "Error in xdr I/O %s %s to file %s (source %s, line %d)\n",
 314                 eioNames[eio], desc, fio->fn, srcfile, line);
 315     }
 316
 317     return (res != 0);
 318 }
 319
 320
 321 static gmx_bool do_xdrread(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
 322                            const char *desc, const char *srcfile, int line)
 323 {
 324     return do_xdr(fio, item, nitem, eio, desc, srcfile, line);
 325 }
 326
 327
 328 static gmx_bool do_xdrwrite(t_fileio *fio, const void *item, int nitem, int eio,
 329                             const char *desc, const char *srcfile, int line)
 330 {
 331     void *it = (void*)item; /* ugh.. */
 332     return do_xdr(fio, it, nitem, eio, desc, srcfile, line);
 333 }
 334
 335 #endif