src/gromacs/analysisdata/arraydata.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2010,2011,2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements classes in arraydata.h.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_analysisdata
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "arraydata.h"
  45
  46 #include <algorithm>
  47
  48 #include "gromacs/analysisdata/dataframe.h"
  49 #include "gromacs/analysisdata/datamodulemanager.h"
  50 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  51 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  52
  53 namespace gmx
  54 {
  55
  56 AbstractAnalysisArrayData::AbstractAnalysisArrayData()
  57     : rowCount_(0), pointSetInfo_(0, 0, 0, 0), xstep_(1.0),
  58       bUniformX_(true), bReady_(false)
  59 {
  60     xvalue_.push_back(0);
  61 }
  62
  63 AbstractAnalysisArrayData::~AbstractAnalysisArrayData()
  64 {
  65 }
  66
  67
  68 AnalysisDataFrameRef
  69 AbstractAnalysisArrayData::tryGetDataFrameInternal(int index) const
  70 {
  71     if (!isAllocated())
  72     {
  73         return AnalysisDataFrameRef();
  74     }
  75     std::vector<AnalysisDataValue>::const_iterator begin
  76         = value_.begin() + index * columnCount();
  77     return AnalysisDataFrameRef(
  78             AnalysisDataFrameHeader(index, xvalue(index), 0.0),
  79             constArrayRefFromVector<AnalysisDataValue>(begin, begin + columnCount()),
  80             constArrayRefFromArray(&pointSetInfo_, 1));
  81 }
  82
  83
  84 bool
  85 AbstractAnalysisArrayData::requestStorageInternal(int /*nframes*/)
  86 {
  87     return true;
  88 }
  89
  90
  91 void
  92 AbstractAnalysisArrayData::setColumnCount(int ncols)
  93 {
  94     GMX_RELEASE_ASSERT(!isAllocated(),
  95                        "Cannot change column count after data has been allocated");
  96     AbstractAnalysisData::setColumnCount(0, ncols);
  97     pointSetInfo_ = AnalysisDataPointSetInfo(0, ncols, 0, 0);
  98 }
  99
 100
 101 void
 102 AbstractAnalysisArrayData::setRowCount(int rowCount)
 103 {
 104     GMX_RELEASE_ASSERT(rowCount > 0, "Invalid number of rows");
 105     GMX_RELEASE_ASSERT(!isAllocated(),
 106                        "Cannot change row count after data has been allocated");
 107     GMX_RELEASE_ASSERT(bUniformX_ || rowCount_ == 0
 108                        || rowCount == static_cast<int>(xvalue_.size()),
 109                        "X axis set with setXAxisValue() does not match the row count");
 110     xvalue_.resize(rowCount);
 111     if (bUniformX_ && rowCount > rowCount_)
 112     {
 113         for (int i = rowCount_; i < rowCount; ++i)
 114         {
 115             xvalue_[i] = xvalue_[0] + i * xstep_;
 116         }
 117     }
 118     rowCount_ = rowCount;
 119 }
 120
 121
 122 void
 123 AbstractAnalysisArrayData::allocateValues()
 124 {
 125     GMX_RELEASE_ASSERT(!isAllocated(), "Can only allocate values once");
 126     GMX_RELEASE_ASSERT(rowCount() > 0 && columnCount() > 0,
 127                        "Row and column counts must be set before allocating values");
 128     value_.resize(rowCount() * columnCount());
 129     std::vector<AnalysisDataValue>::iterator i;
 130     for (i = value_.begin(); i != value_.end(); ++i)
 131     {
 132         i->setValue(0.0);
 133     }
 134 }
 135
 136
 137 void
 138 AbstractAnalysisArrayData::setXAxis(real start, real step)
 139 {
 140     GMX_RELEASE_ASSERT(!bReady_, "X axis cannot be set after data is finished");
 141     xvalue_[0] = start;
 142     xstep_     = step;
 143     bUniformX_ = true;
 144     for (int i = 0; i < rowCount_; ++i)
 145     {
 146         xvalue_[i] = start + i * xstep_;
 147     }
 148 }
 149
 150
 151 void
 152 AbstractAnalysisArrayData::setXAxisValue(int row, real value)
 153 {
 154     GMX_RELEASE_ASSERT(!bReady_, "X axis cannot be set after data is finished");
 155     if (rowCount_ > 0)
 156     {
 157         GMX_RELEASE_ASSERT(row >= 0 && row < rowCount(), "Row index out of range");
 158     }
 159     else if (row >= static_cast<int>(xvalue_.size()))
 160     {
 161         xvalue_.resize(row + 1);
 162     }
 163     bUniformX_   = false;
 164     xstep_       = 0.0;
 165     xvalue_[row] = value;
 166 }
 167
 168
 169 void
 170 AbstractAnalysisArrayData::valuesReady()
 171 {
 172     GMX_RELEASE_ASSERT(isAllocated(), "There must be some data");
 173     if (bReady_)
 174     {
 175         return;
 176     }
 177     bReady_ = true;
 178
 179     std::vector<AnalysisDataValue>::const_iterator valueIter = value_.begin();
 180     AnalysisDataModuleManager                     &modules   = moduleManager();
 181     modules.notifyDataStart(this);
 182     for (int i = 0; i < rowCount(); ++i, valueIter += columnCount())
 183     {
 184         AnalysisDataFrameHeader header(i, xvalue(i), 0);
 185         modules.notifyFrameStart(header);
 186         modules.notifyPointsAdd(
 187                 AnalysisDataPointSetRef(
 188                         header, pointSetInfo_,
 189                         constArrayRefFromVector<AnalysisDataValue>(valueIter,
 190                                                                    valueIter + columnCount())));
 191         modules.notifyFrameFinish(header);
 192     }
 193     modules.notifyDataFinish();
 194 }
 195
 196
 197 void
 198 AbstractAnalysisArrayData::copyContents(const AbstractAnalysisArrayData *src,
 199                                         AbstractAnalysisArrayData       *dest)
 200 {
 201     GMX_RELEASE_ASSERT(src->isAllocated(), "Source data must not be empty");
 202     GMX_RELEASE_ASSERT(!dest->isAllocated(),
 203                        "Destination data must not be allocated");
 204     dest->setColumnCount(src->columnCount());
 205     dest->setRowCount(src->rowCount());
 206     dest->allocateValues();
 207     dest->xstep_     = src->xstep_;
 208     dest->bUniformX_ = src->bUniformX_;
 209     std::copy(src->xvalue_.begin(), src->xvalue_.end(), dest->xvalue_.begin());
 210     std::copy(src->value_.begin(), src->value_.end(), dest->value_.begin());
 211 }
 212
 213 } // namespace gmx