- changed back to how it was, everything was ok
- changed omp thing

- changed how domains are registred

- may be gmx namespace is needed

- potentially increased speed of parallel fitting

- added some performance tests
- a potential change is needed for ::par instead of ::seq

- changed data handle (potentially fastened) analyze frame

- added indexFlag

- changed the order in domain.print() so the main group is always
printed

- temporary fix to output the main group (labeled C-alpha atm.)

- swithced to prefix "++"
- some stylistic changes
- changed quotes

- optimised memory storage for domains
- fixed some tests
- some minor style changes

- small issues with print out data "lud" to "lu"

- changed requirement to c++17
- implemented "size_t" and {0}
- fixed an unpredicted behavior in myFit

- in general implemented "new" knowledge of C++
- "int a = 0;" to "int a {0};"
- changed <where needed> data types to "size_t"
- added extra "const"s keywords
- removed extra coping of big chunks of data
- restructured fitting functions
- restructured some loops to "for (auto i : j )"
- changed tests to correspong to new code

- deleted cout for eps

- fixed a misplaced cout

- test to figure out A' or nm

- fixed a bug in matrix filling

- changed to safer matrix fill
- deleted useless code

- removed cout output

- test cout

- added ".resize(0)" to first usage of vectors

- fixed a strange issue with vector resize

- removed extra .resize()
- added "\n" for better output readability

- fixed creation of a new window on a wrong frame number

Add missing header

Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@gentoo.org>

fixed 2 other includes

- fixed include

- changed "<=" to "<"

- added extra tests to check on different sized structures
- fixed a rare bug with "-nan" value when f' has to == 0
- fixed the order of the fit function so it supposedly working as intended

q/a

Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@gentoo.org>

- optimized Fit/Domain tests to be more readable

- changed from RVec[0/1/2] to RVec(x, y, z)

- fixed a numeric issue where staring frame was not printed correct (0>1)
and (100/... -> 99/199): fixed to be proper 0/100/200/... and so on with
all variants
- first iteration of tests completed

- added FRIEND_TEST(s) to domaintype.h
- optimised IF clause in one function
- started shaping the domain tests

- changed "double" to "long double" for fit const
// enabled better precision
- added tests to check on fitting algo

- some tests

- minor tests fixes

added gtest sources

- after a while "розгалужувачил" code into 2 extra headers

- sorted input commands
- added launch template into description

Updated the code to work with the latest gromacs (with Alexios changes)

- minor updates
removed unnecessary if clause
- added explanatory comments into code

domain data class implementation
only un-avoidable warnings are left

class debugging

implemented domainType class

- minor fixes

fixed memory overcommitment
dynamic domain creation

still need to find THE bug
probability is high its in the final part

pre rebuild state

reworked on RVec
+ added fit func inside

reworked on RVec

minor fixes

cleaned up for diploma

added extra comments while finding domains

added new domain searching algo (<=)
fixed a few constants

changed the way frames are analyzed

- changed the way data stored while work in progress
- added extra comments while work in progress

changed saving method

added selectable constants

fixes

OpenMP enable

Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@gentoo.org>

Add openmp

Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@gentoo.org>

more fixes

more fixes

fixed local misspellings

remade writing output file function

Initial version of gmx domains imported from domain branch

Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@gentoo.org>