{
// считывание индекса
index.resize(0);
- for (ArrayRef< const int >::iterator ai {selec.atomIndices().begin()}; (ai < selec.atomIndices().end()); ai++) {
+ for (ArrayRef< const int >::iterator ai {selec.atomIndices().begin()}; (ai < selec.atomIndices().end()); ++ai) {
index.push_back(static_cast< size_t >(*ai));
}
// создание пар для фитирования структур
fitPairs.resize(0);
fitPairs.resize(bone);
- for (size_t i {0}; i < bone; i++) {
+ for (size_t i {0}; i < bone; ++i) {
fitPairs[i].resize(0);
- for (size_t j {0}; j < domain_min_size; j++) {
+ for (size_t j {0}; j < domain_min_size; ++j) {
fitPairs[i].push_back(std::make_pair(j + i, j + i));
}
}
Domains::analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc, TrajectoryAnalysisModuleData *pdata)
{
// считывания текущего фрейма траектории
- for (size_t i {0}; i < index.size(); i++) {
+ for (size_t i {0}; i < index.size(); ++i) {
trajectory[i] = fr.x[index[i]];
}
// фитирование каждой копии
#pragma omp parallel for ordered schedule(dynamic) firstprivate(reference)
- for (size_t i = 0; i < bone; i++) {
+ for (size_t i = 0; i < bone; ++i) {
MyFitNew(reference, tsTemp[i], fitPairs[i], 0.000'001);
}
#pragma omp barrier
std::vector< std::pair< size_t, size_t > > testPairs;
testPairs.resize(0);
- for (size_t i {0}; i < 27; i++) {
+ for (size_t i {0}; i < 27; ++i) {
testFrame1.push_back(x1 * static_cast< float >(i % 3) + y1 * static_cast< float >((i % 9) / 3) + z1 * static_cast< float >(i / 9));
testFrame2.push_back(x2 * static_cast< float >(i % 3) + y2 * static_cast< float >((i % 9) / 3) + z2 * static_cast< float >(i / 9));
testPairs.push_back(std::make_pair(i, i));
CalcMid(testFrame1, testFrame3, mid1, mid2, testPairs);
ASSERT_NEAR((mid1 - mid2).norm(), 0., 0.000001);
double testF {0};
- for (size_t i {0}; i < testFrame1.size(); i++) {
+ for (size_t i {0}; i < testFrame1.size(); ++i) {
testF += F(testFrame1[i].toDVec(), testFrame3[i].toDVec(), angl);
}
ASSERT_NEAR(testF, 0., 0.000001);
std::vector< std::pair< size_t, size_t > > testPairs;
testPairs.resize(0);
- for (size_t i {0}; i < 27; i++) {
+ for (size_t i {0}; i < 27; ++i) {
testFrame1.push_back(x1 * static_cast< float >(i % 3) + y1 * static_cast< float >((i % 9) / 3) + z1 * static_cast< float >(i / 9));
testFrame2.push_back(x2 * static_cast< float >(i % 3) + y2 * static_cast< float >((i % 9) / 3) + z2 * static_cast< float >(i / 9));
testPairs.push_back(std::make_pair(i, i));
MyFitNew(fr1, fr2, testPairs, prc);
tF = 0;
DVec angl(0., 0., 0.);
- for (size_t i {0}; i < fr1.size(); i++) {
+ for (size_t i {0}; i < fr1.size(); ++i) {
tF += F(fr1[i].toDVec(), fr2[i].toDVec(), angl);
}
}
* optimal 3x3x3 cubes fitting
*/
- for (size_t i {0}; i < 27; i++) {
+ for (size_t i {0}; i < 27; ++i) {
testFrame1.push_back(x1 * static_cast< float >(i % 3) + y1 * static_cast< float >((i % 9) / 3) + z1 * static_cast< float >(i / 9));
testFrame2.push_back(testFrame1.back() + a);
testPairs.push_back(std::make_pair(i, i));
testFrame1.resize(0);
testFrame2.resize(0);
- for (size_t i {0}; i < 27; i++) {
+ for (size_t i {0}; i < 27; ++i) {
testFrame1.push_back(x2 * static_cast< float >(i % 3) + y2 * static_cast< float >((i % 9) / 3) + z2 * static_cast< float >(i / 9));
testFrame2.push_back(x3 * static_cast< float >(i % 3) + y3 * static_cast< float >((i % 9) / 3) + z3 * static_cast< float >(i / 9));
}
testRef.resize(0);
RVec testA(0., 0., 0.), testB(1., 1., 1.);
- for (size_t i {0}; i < 100; i++) {
+ for (size_t i {0}; i < 100; ++i) {
testIndex.push_back(i);
testRef.push_back(testA + testB * static_cast< float >(i));
}
ASSERT_EQ(testDomain.structIndex, testIndex);
ASSERT_EQ(testDomain.refTable.size(), testRef.size());
- for (size_t j {0}; j < testRef.size(); j++) {
- for (size_t i {0}; i < testRef.size(); i++) {
+ for (size_t j {0}; j < testRef.size(); ++j) {
+ for (size_t i {0}; i < testRef.size(); ++i) {
ASSERT_NEAR(testDomain.refTable[j][i].norm(), (testRef[i] - testRef[j]).norm(), 0.000'01);
}
}
testTraj2.resize(0);
testTraj3.resize(0);
RVec testA(1, 2, 3), testB(1, 0, 0), testC(0, 1, 0);
- for (size_t i0 {0}; i0 < 1000; i0++) {
+ for (size_t i0 {0}; i0 < 1000; ++i0) {
testTraj1.resize(testTraj1.size() + 1);
testTraj2.resize(testTraj2.size() + 1);
testTraj3.resize(testTraj3.size() + 1);
- for (size_t i1 {0}; i1 < 10; i1++) {
+ for (size_t i1 {0}; i1 < 10; ++i1) {
testTraj1.back().push_back(static_cast< float >(i1) * testA + static_cast< float >(i0) * testB);
testTraj2.back().push_back(static_cast< float >(i1) * testA + static_cast< float >(i0) * testB);
testTraj3.back().push_back(static_cast< float >(i1) * testA + static_cast< float >(i0) * testB + static_cast< float >(i0) * testC);
}
- for (size_t i1 {0}; i1 < 10; i1++) {
+ for (size_t i1 {0}; i1 < 10; ++i1) {
testTraj1.back().push_back(static_cast< float >(i1) * testA - static_cast< float >(i0) * testB);
testTraj2.back().push_back(static_cast< float >(i1) * testA + static_cast< float >(i0) * testC);
testTraj3.back().push_back(static_cast< float >(i1) * testA + static_cast< float >(i0) * testB - static_cast< float >(i0) * testC);
testIndex.resize(0);
std::vector< RVec > testRef;
testRef.resize(0);
- for (size_t i {0}; i < 20; i++) {
+ for (size_t i {0}; i < 20; ++i) {
testIndex.push_back(i);
testRef.push_back(static_cast< float >(i % 10) * testA);
}
testDomain3.setDefaults(testIndex, testRef, testWindowSize, testDomainMinimumSize, testDomainSearchAlgorythm, testTimeStepBetweenWindows, testSliceNum, testEpsilon, testDelta, testOutPutFileName3);
std::vector< std::vector< RVec > > testTemp1, testTemp2, testTemp3;
- for (size_t i {0}; i < 1000; i++) {
+ for (size_t i {0}; i < 1000; ++i) {
testTemp1.resize(0);
testTemp2.resize(0);
testTemp3.resize(0);
testRef.resize(0);
RVec testA(0, 0, 0), testB(1, 1, 1);
- for (size_t i {0}; i < 100; i++) {
+ for (size_t i {0}; i < 100; ++i) {
testIndex.push_back(i);
testRef.push_back(testA + testB * static_cast< float >(i));
}
testDomain.graph.resize(1);
testDomain.graph.front().resize(testSliceNum);
- for (size_t i1 {0}; i1 < testSliceNum; i1++) {
+ for (size_t i1 {0}; i1 < testSliceNum; ++i1) {
testDomain.setGraph(testDomain.graph.front()[i1]);
- for (size_t i2 {0}; i2 < testIndex.size(); i2++) {
- for (size_t i3 {0}; i3 < testIndex.size(); i3++) {
+ for (size_t i2 {0}; i2 < testIndex.size(); ++i2) {
+ for (size_t i3 {0}; i3 < testIndex.size(); ++i3) {
testDomain.graph.front()[i1][i2][i3].num = 4;
}
}
testDomain.getDomains();
ASSERT_EQ(testDomain.domains.size(), 0);
- for (int i0 {0}; i0 < 3; i0++) {
+ for (int i0 {0}; i0 < 3; ++i0) {
testDomain.graph.resize(1);
testDomain.graph.front().resize(testSliceNum);
- for (size_t i1 {0}; i1 < testSliceNum; i1++) {
+ for (size_t i1 {0}; i1 < testSliceNum; ++i1) {
testDomain.setGraph(testDomain.graph.front()[i1]);
- for (size_t i2 {0}; i2 < testIndex.size(); i2++) {
- for (size_t i3 {0}; i3 < testIndex.size(); i3++) {
+ for (size_t i2 {0}; i2 < testIndex.size(); ++i2) {
+ for (size_t i3 {0}; i3 < testIndex.size(); ++i3) {
testDomain.graph.front()[i1][i2][i3].num = 100;
}
}
// деструктор класса
domainType::~domainType() {}
-// конструктор класса для инициализации
-domainType::domainType() {}
-
// конструктор класса для полноценной инициализации данных
domainType::domainType(const std::vector< size_t > &index, const std::vector< RVec > &reference,
const int windowSize, const int domainMinimumSize,
const int domainSearchAlgorythm, const int timeStepBetweenWindowStarts,
const unsigned int sliceNum, const double epsilon, const double delta,
- const std::string outPutFileName) {
+ const std::string &outPutFileName) {
setDefaults(index, reference, windowSize, domainMinimumSize, domainSearchAlgorythm, timeStepBetweenWindowStarts, sliceNum, epsilon, delta, outPutFileName);
}
-// set numeric values to "-1" / string value to "" - if you want default settings
-// функция заполнения необходимыми данными для вычисления структурных доменов
+// функция заполнения необходимых данных для вычисления структурных доменов
void domainType::setDefaults(const std::vector< size_t > &index, const std::vector< RVec > &reference,
const int windowSize, const int domainMinimumSize,
const int domainSearchAlgorythm, const int timeStepBetweenWindows,
const unsigned int sliceNum, const double epsilon, const double delta,
- const std::string outPutFileName) {
+ const std::string &outPutFileName) {
graph.resize(0);
structIndex = index;
refTable.resize(reference.size());
- for (size_t i {0}; i < reference.size(); i++) {
+ for (size_t i {0}; i < reference.size(); ++i) {
refTable[i].resize(0);
- for (size_t j {0}; j < reference.size(); j++) {
+ for (size_t j {0}; j < reference.size(); ++j) {
refTable[i].push_back(reference[i] - reference[j]);
}
}
- // слава шиве, слава индусам... зачем столько ифов?
- if (epsilon != -1) { eps = epsilon; }
- if (delta != -1) { dlt = delta; }
- if (windowSize != -1) { window = windowSize; }
- if (domainMinimumSize != -1) { dms = domainMinimumSize; }
- if (domainSearchAlgorythm != -1) { dsa = domainSearchAlgorythm; }
- if (timeStepBetweenWindows != -1) { ts = timeStepBetweenWindows; }
- if (outPutFileName != "") { outPut = outPutFileName; }
+ epsilon > 0 ? eps = epsilon : eps = 0.2;
+ delta > 0 && delta <= 1 ? dlt = delta : dlt = 0.95;
+ windowSize > 0 ? window = windowSize : window = 1000;
+ domainMinimumSize > 3 ? dms = domainMinimumSize : dms = 4;
+ domainSearchAlgorythm > -1 && domainSearchAlgorythm < 3 ? dsa = domainSearchAlgorythm : dsa = 0;
+ timeStepBetweenWindows > 0 ? ts = timeStepBetweenWindows : ts = window / 10;
+ outPutFileName.size() > 0 ? outPut = outPutFileName : outPut = std::chrono::system_clock::to_time_t(std::chrono::system_clock::now());
domsizes.resize(0);
domsizes.resize(sliceNum);
updateCount = 0;
// фукнция обновления данных для выделения структурных доменов
void domainType::update(const std::vector< std::vector< RVec > > &frame, const int frameNumber) {
- // ��ромакс считает с нуля, проверял; инициализируем новое "окно"
+ // ��нициализируем новое "окно", громакс считает кадры с нуля
if (frameNumber % ts == 0) {
graph.resize(graph.size() + 1);
graph.back().resize(structIndex.size() - static_cast< size_t >(dms) + 1);
setGraph(i);
}
}
- // заполняем структуру данных для структурных доменов
+ // заполняем матрицы данных для структурных доменов для всех текущих "окон"
for (auto &i : graph) {
#pragma omp parallel for
- for (size_t j = 0; j < i.size(); j++) {
- for (size_t k1 {0}; k1 < i[j].size(); k1++) {
- for (size_t k2 {k1}; k2 < i[j].size(); k2++) {
+ for (size_t j = 0; j < i.size(); ++j) {
+ for (size_t k1 {0}; k1 < i[j].size(); ++k1) {
+ for (size_t k2 {k1}; k2 < i[j].size(); ++k2) {
if ((frame[j][k1] - frame[j][k2] - refTable[k1][k2]).norm() <= static_cast< float >(eps)) {
if (k1 != k2) {
- i[j][k1][k2].num++;
- i[j][k2][k1].num++;
+ ++i[j][k1][k2].num;
+ ++i[j][k2][k1].num;
} else {
- i[j][k1][k2].num++;
+ ++i[j][k1][k2].num;
}
}
}
}
#pragma omp barrier
}
- // считаем число эффективных обновлений
+ // обновляем число эффективных обновлений
if (graph.size() > 0) {
- updateCount++;
+ ++updateCount;
}
// в случае, если число обновлений равно размеру окна, выделяем на нём домены
if (updateCount == window) {
void domainType::setGraph(std::vector< std::vector< node > > &smallGraph) {
smallGraph.resize(0);
smallGraph.resize(refTable.size());
- for (size_t i {0}; i < refTable.size(); i++) {
+ for (size_t i {0}; i < refTable.size(); ++i) {
smallGraph[i].resize(0);
smallGraph[i].resize(refTable.size());
- for (size_t j {0}; j < refTable.size(); j++) {
+ for (size_t j {0}; j < refTable.size(); ++j) {
smallGraph[i][j].num = 0;
smallGraph[i][j].check = false;
}
void domainType::deleteDomainFromGraph(const std::vector< size_t > &domain) {
for (auto &i : graph.front()) {
for (const auto &j : domain) {
- for (size_t k {0}; k < i.size(); k++) {
+ for (size_t k {0}; k < i.size(); ++k) {
i[j][k].check = false;
i[k][j].check = false;
}
// подсчёт размеров всех потенциально возможных доменов и проверка на наличие домена для выделения
bool domainType::searchDomainSizes() {
bool flag {false};
- for (size_t i {0}; i < graph.front().size(); i++) {
+ for (size_t i {0}; i < graph.front().size(); ++i) {
domsizes[i].resize(0); // необходимо переопределять память
domsizes[i].resize(graph.front()[i].size(), 0);
- for (size_t j {0}; j < graph.front()[i].size(); j++) {
+ for (size_t j {0}; j < graph.front()[i].size(); ++j) {
for (const auto &k : graph.front()[i][j]) {
if (k.check) {
- domsizes[i][j]++;
+ ++domsizes[i][j];
}
}
if ((!flag) && (domsizes[i][j] >= dms)) {
}
}
domains.resize(0);
- // итеративное выделение доменов одним из двух(пока что) способов
- // в случае если цикл запустился, то гарантированно имеется домен для выделения
+ // итеративное выделение доменов одним из трёх способов
while (searchDomainSizes()) {
size_t t1 {0}, t2 {0};
- for (size_t i {0}; i < domsizes.size(); i++) {
- for (size_t j {0}; j < domsizes[i].size(); j++) {
+ for (size_t i {0}; i < domsizes.size(); ++i) {
+ for (size_t j {0}; j < domsizes[i].size(); ++j) {
+ // вынуждены выделять первый домен из равных по кол-ву элементов
if ((dsa == 0) && (domsizes[i][j] > domsizes[t1][t2])) {
- // из-за физических ограничений по памяти в общем случае нельзя хранить всю подноготную данных на
- // основе которых было полученно "вхождение" атомов в домен, потому мы только знаем, что размер
- // совпадает, а сказать который из двух стабильнее нельзя, либо нужно придумать что-то новое
t1 = i;
t2 = j;
}
- if ((dsa == 2) && ((domsizes[i][j] < domsizes[t1][t2]) || ((domsizes[i][j] >= dms) && (domsizes[t1][t2] < dms)))) {
+ if ((dsa == 2) && (domsizes[i][j] >= dms) && ((domsizes[i][j] < domsizes[t1][t2]) || (domsizes[t1][t2] < dms))) {
t1 = i;
t2 = j;
}
}
// выделяем найдённый домен
domains.resize(domains.size() + 1);
- for (size_t i {0}; i < graph.front()[t1][t2].size(); i++) {
+ for (size_t i {0}; i < graph.front()[t1][t2].size(); ++i) {
if (graph.front()[t1][t2][i].check) {
domains.back().push_back(i);
}
if (dsa == 1) {
break;
}
- // удаляем ��го из матриц
+ // удаляем ��ыделенный домен из матриц
deleteDomainFromGraph(domains.back());
}
- // удаляем рассматриваемое окно из вектора
+ // удаляем рассматриваемое окно
graph.erase(graph.begin());
- // смещаем счётчик обновлений для следующего окна, std::max для случая если окна не пересекаются
+ // смещаем счётчик обновлений для следующего окна
updateCount = std::max(0, window - ts);
}
}
FILE *ndxFile {std::fopen(outPut.c_str(), "a+")}, *slFile {std::fopen(("selectionList-" + outPut.substr(0, outPut.size() - 4)).c_str(), "a+")};
short int writeCount {0};
- for (size_t i {0}; i < domains.size(); i++) {
+ for (size_t i {0}; i < domains.size(); ++i) {
// domain - стартовая позиция в фреймах - номер домена - минимальный размер домена -
// константа тепловых колебаний (отклонения) - константа входимости (отклонения)
std::fprintf(ndxFile, "[domain-stPos-%06d-num-%03lu-dms-%03d-epsi-%04.3f-delta-%04.3f]\n", currentFrame - window + 1, i + 1, dms, eps, dlt);
std::fprintf(slFile, "group %cdomain-stPos-%06d-num-%03lu-dms-%03d-epsi-%04.3f-delta-%04.3f%c;\n", '"', currentFrame - window + 1, i + 1, dms, eps, dlt, '"');
writeCount = 0;
std::printf("\n");
- for (size_t j {0}; j < domains[i].size(); j++) {
- writeCount++;
+ for (size_t j {0}; j < domains[i].size(); ++j) {
+ ++writeCount;
if (writeCount > 20) {
writeCount -= 20;
std::fprintf(ndxFile, "\n");
#include <omp.h>
#include <vector>
#include <cstdio>
+#include <chrono>
using namespace gmx;
~domainType();
// конструктор класса для инициализации
- domainType();
+ domainType() = default;
// конструктор класса для полноценной инициализации данных
domainType(const std::vector< size_t > &index, const std::vector< RVec > &reference,
const int windowSize, const int domainMinimumSize,
const int domainSearchAlgorythm, const int timeStepBetweenWindowStarts,
const unsigned int sliceNum, const double epsilon, const double delta,
- const std::string outPutFileName);
+ const std::string &outPutFileName);
// set numeric values to "-1" / string value to "" - if you want default settings
// функция заполнения необходимыми данными для вычисления структурных доменов
const int windowSize, const int domainMinimumSize,
const int domainSearchAlgorythm, const int timeStepBetweenWindows,
const unsigned int sliceNum, const double epsilon, const double delta,
- const std::string outPutFileName);
+ const std::string &outPutFileName);
// фукнция обновления данных для выделения структурных доменов
void update(const std::vector< std::vector< RVec > > &frame, const int frameNumber);
biod.pnpi.spb.ru / alexxy / gromacs-domains.git / commitdiff