Increased tolerance for angle functions.

Increased the tolerance for urey-bradley and
quartic angles some more.

Part of #2795.

Change-Id: I929957f1a8de7ad78d174cc613c544234f1450d0

Fix Intel compiler warning

Post-submit warning hopefully goes away now.

Change-Id: Iddbefff5ea884bccc5e3a9a9959cd7bd216f55f4

Increase tolerance in Angle test.

One of the new listed-forces tests failed due to
precision in post-submit. Increasing the tolerance
should fix it.

Part of #2795

Change-Id: I1586a92642b4fc257ad65d94337e7caf99385f53

separated .rst documentation of dihedral PCA and hydrogen-bonds

The section of the reference manual on hydrogen-bonds was included
in dihedral-pca.rst. This hindered insertion of a section on an
analysis method related to PCA right after the dihedral PCA section.

Change-Id: I4d7c88624a12fc516cb63465098060fc871cc987

Remove copy_energy from energy-writing steps

Used range-based for to avoid yet another copy of energy data between
intermediate buffers before being written to the .edr file.

Renamed some variable from index to entryIndex for clarity.

This change is covered by the tests on t_mdebin functionality.

Change-Id: Iecaf28c8af48a74abaf2805feb353c99ab613b10

Reform energy output tests

Separated tests of t_mdebin from tests of t_ebin to prepare for making
t_mdebin a proper class. Improved coverage of t_mdebin (and indirectly
t_ebin). Made done_ebin deallocate ebin, which means scoped_cptr is
now more usable.

Made some operations on t_mdebin more safe, by checking for nullptr or
reordering logic. Technically there are now two more branches when
writing energy output.

Change-Id: I4b056f660d16ce7af225e229030d6729a34acefe

Fix sign warning

Caused by rebase of 55c76c88c4d (as part of merge) onto
43da62f5e3.

Change-Id: If2d4f2cc19df18297b689d91b7ce865e5b382773

Tests for listed force potentials.

Make-over of previous bondedtests and update of code
to test everything.

TODO:
- Tests for restraints and polarization.

Part of #2795

Change-Id: I15e4e5053fb0d1dd5968614bd06f899f0d28dc3a

mdspan - add bracket operator slicing

Add bracket operator that creates from a basic_mdspan using a bracket operator [].

Change-Id: I2727a7af42b169782b6d1542b6248f2fd23032ac

Revert size to be unsigned for ArrayRef

Given the decision for std::span to be signed this became
inconsistent with future C++ while already being inconsistent
with std::vector. The goal of the original change, to have
signed variables for all arithmetic including loop indices,
can be achieve by using ssize everwhere arithmethic is used.
ssize is both available as free function (also for std::vector)
and member function.

Related #2826

Change-Id: Icc5d0f9561c610cbce34c575d268171e9890ca9c

Add ssize and remove static_casts

Fixes #2826

Change-Id: I8cb3b64764798b164b355e71fb10874b49060a0a

added a unit test for make_ndx to check generation of default protein index groups

Change-Id: I56b26a7eefeb818ec038696b8bb9e3a47e9ac536

Refactor t_hackblock

Changed raw allocations to std::container, reworked functions that
depend on them to adapt to new format.

Part of work to change preprocessing to use enw topology datastructures.

Change-Id: Ifd2bf4b18affe7e41db6178a0a713376e7c87f12

Fix bug in generating default protein index groups

The bug was introduced in 3c3dd54f00. When recording
atom indices for an index group in a temporary
vector, the indices of the previously processed index
group were not cleared resulting in index groups that
contained the indices of all previously processed
index groups besides the intended ones. This bug also
caused a crash of trajectory analyis tools with
selection options if the selection used such a
predefined index group.

Change-Id: I68fe19f0dfbca07618b882cf8509e33f570a8348

Remove SIMD support from group scheme

It might take a bit longer to craft the patches that remove the rest
of the group scheme, but we may as well speed up our compilation times
first.

Refs #1852

Change-Id: I082e40e04678c744d9da8119333210878294a021

Fix segmentation fault in minimize

Fixes #2858

Change-Id: I9cf391be031979607d09087fa851eb644fb7e56e

Rename all source files from - to _ for consistency.

Refs #2839

Change-Id: I3a1af667b2b266b1fd65586445b5e7a8a1b6b618

Fix cmake policy warning

Change-Id: I9cb247606b08cdace7880fd42b987f129c8f8dc6

Replace compat::make_unique with std::make_unique

Change-Id: I6b0db007b8a7b9e1d72374dcee15f66587375f75

mdspan - free begin and end functions

Add functions to address contiguous mdspan data via begin and end function.

Allows range based looping over view elements.

Change-Id: I75dbf9be53d37fc80a023eaa1e8cda59254c0ebd

multidimensional array - bugfix swap

The swap operation for the multidimensional array was wrongly
implemented, because the views were only swapped without resetting them
onto the new data. The tests have been updated to better capture the
swapping behaviour.

Change-Id: Ic800a3ec0e059c8fcdfb4e5528747ca0c70afb82

Fix Intel compiler on Windows build

Change-Id: I8a89a08c945bb088e4b896b1bc4fedef2320cd01

Renamed listed-forces to listed_forces

There should be consistency in naming. _ is used in almost
all cases (2744 to 122 in src/gromacs not counting files
changed here). Follow up changes will change the remaining
files.

Change-Id: Iea57accfd94d7ede180b9becd7d607425a8df7f6

Remove reliance on inconsistent cmake feature testing

Change-Id: I700b581d8e138328524c04cf9de9458e399d45d9

Add recommendation of how to compile with MPI

Reason for recommendation: reproducible build.

Change-Id: Ib61e71c006cb0d6c852029667cf16696912a712f

Fix clfft build

Change-Id: I9df2470aa02644aa4058ccce986b543374f10664

Change all C to C++ outside of TNG

Change-Id: I43464b366cfdc1b816088cf8af117b17843f9359

Add cmake C++14 feature check

Change-Id: Ia4e2185aca2a8e1ff1b07cc9b49cfee33a6de705

Resolve C++14 TODOs

Also simplify constructor from fixed sized container.

Change-Id: I4983020939b1569949c39f7bf715fe2dbe69ab0d

Bump CUDA requirement to 9.0

Also bump requirement for clang CUDA build to clang 6.0

Adjusted test matrices to run the tests in an equivalent and
reasonably balanced way.

Updated developer guide

Change-Id: I577af6267dcf31572e1af73eb46162938ec63feb

Fixed some typos in comments.

Change-Id: Id738f01c1eb21036cb7d6db680d597f289939fc1

Fix clang warning

No need to capture proxy by reference.

Change-Id: I2a75a3395a7c7d8164bb308e5f2cdde03f4aeb55

Fix misc clang warnings

Change-Id: Ie319e46fce8709d504171d4937de695f0a75a9b2

Require C++14

The current minimum compiler versions tested in Jenkins are already
sufficient. Leaves for a future change whether for CUDA C++11 or C++14
is used.

Addresses C++14 TODO in compat/pointers.h and stophandler.cpp.

Update developer guide

Refs #2831

Change-Id: Ib4329b96327d15c22328715172a9930092ecb64f

Require clang 3.6

This version is the lowest that supports a smooth c++14 debug experience.
The clang in XCode 6.3 is based off this branch, and that is also the
earliest that supported c++14.

Adjusted build matrices because clang 3.6.2 is still affected by AVX
codegen issues in release and debug mode. clang 3.7 is fine. Thus
moved some minor coverage to the post-submit matrix.

Updated install guide text also for some unrelated compiler-support
things.

Also removed an overlooked gcc version check

Refs #2831

Change-Id: Id780ff06147e54c7a4516cc33c9897a4a4d2d3fa

Fix post-submit build

Forgot that gcc-8 is not supported by cuda 10.0

Change-Id: Iee85fe9bdd9731c9913c827857bbaacc28c187f2

Unify regex implementation

Now that we require compiler versions that all implement std::regex,
we can always have regex support and only use one implementation.

Refs #2831

Change-Id: I0118fc1aac127a5e2fcebd55a6bbef13b7c47762

Fix LINCS bug from recent commit 211039fc

Change-Id: Ibdee49d48d609dd6a36f1941046efecb96e87d66

Bump required gcc compiler to 5.1

This prepares for the C++14 switch. Bumped CUDA version to 8.0 (which
we anyway will bump to 9.0 for C++14 support shortly). Bumped
regressiontests version requirement to 5.1 (and the cmake version to
3.9.6, which we forgot recently).

Removed references to minimum versions of gcc and clang that are now
always satisfied by our minimum requirements for those.

Refs #2831

Change-Id: Ifa062b361af08848fd92c3906fd2af04cfa1b8d6

Use native cmake C++11 support

Removed custom CMake settings for compiler flags and standard library
settings.

Updated template to use the same build approach as the library
it needs

Refs #2831

Change-Id: Id9461df8695f8a0eadaec8e844e974a32cc7485f

Remove extra semicolons causing clang warnings.

In the AtomIterator and nbnxn_sci_t classes, extra semicolons generated
compilation warnings with some clang settings.

Change-Id: Ia184993f798d4afc14513dd7afc78f37665c4c6e

Change gcov to run on bs-mic

Final change needed to decommission bs-mac.

Change-Id: Iaf0011906fae672b83af1d3631f8d698a0d9f52d

Fix bug introduced in 9c2eb03b

I introduced a bug because I inverted a check when adding the string
comparison functions. Fixed here again.

Change-Id: Iba8469e910d860a9ca643380b292cf12e0a1d53a

Merge release-2019 into master

Change-Id: I17cea87b19b5350853fdf652539a2f43e6092784

Merge release-2018 into release-2019

Change-Id: Ifb898eb777bc2986d600cdbf190203dda3f441ec

Rename gmx Variant to Any

Aligns much better with the C++17 naming given that gmx::Any has
similar functionality as std::any and is different from std::variant.

Change-Id: Id81f402c91197a62ce8ae6212b863aabd9952f6f

Multidimensional data in canonical layout.

Introduces a multidimensional array that holds its own data and makes it
accessible via the canonical right-aligned layout for indexing the data.

refs: #2282

Change-Id: I883cdb6a41d7277669e100320e230904856d1318

Fix error with 2D/3D DLB

With 2D or 3D dynamic domain decomposition with dynamic load balancing,
mdrun would exit with a fatal error when a cell size was limited.
This bug was introduced in commit 49367d45.

Fixes #2830

Change-Id: If36fcc2ddbb45c0855c78a2767b1d8562584b76f

Introduce string comparison function

Added function to perform case insensitive string
comparison on std::string as input. Used some places in preprocessing as
showcases for the new function.

Change-Id: Ie128949883c05d0e7f951687bb4d51eca1d6f9d2

Turn SystemAtomIterator into proper iterator

Enables range based for loop. Also renamed to AtomIterator.

Change-Id: I87e0ef50c4e0899a8954d584d5200bb6f5c8dd29

Move QMMM charge setting to grompp

Also made sure that the const gmx_mtop_t does not get changed during
QMMM initialization.

Change-Id: I9bec4bbdb22ea6043019e887f8dbe44e7512ced5

Add utility method to NbnxnPairlistGpu

Change-Id: Ia862c8f719649d1e409f3c433a87b438d248aead

Remove now usused GPU alloc/free functions

Change-Id: Ifbb424162dd642ecca662ac6a5cb476c24649f0f

Convert NbnxnPairlistGpu to C++

Converted all arrays in NbnxnPairlistGpu to std::vector. There is now
a small initialization overhead when merging lists over threads.
We should recover this by using default initialization.
This change is only refactoring.

Change-Id: Ia811ec1b09ffb9e35ba1a8cf2ef0e64d4006898c

Prepare for 2018.6

Change-Id: Ie71adbecb99819aae1ba87c6f886d44a97958165

Remove init_md and improve init_em

These setup functions are adding more complexity in object creation
than they save in avoiding duplication.

Made dedicated simulated annealing setup function. Made dedicated
function for asking for coupling algorithm citations.

Change-Id: Icb3250bf481d430fb76216ef2ed2aec640eaa9a0

Version 2018.5

Added release notes for commits that missed them.

Updated regressiontest hash.

Change-Id: I335988ed2b9c7a371e76dda7f7272eb30fe71a03

gmxManageLmfit.cmake: enforce usage of 7.0

LMFIT_FOUND will also be true for version lower than 7.0, so we
need to check the version explicitly in gmxManageLmfit.cmake.

Change-Id: Ia3ae12b3a74d2b567432f5ef18a77c13b19cdb85

Clean up initialize_lambdas

With a little internal cleanup, the calling logic could be made much
simpler, e.g. as lam0 was always provided. Also improved const
correctness and used const inputrec as reference.

Change-Id: I255842b4d0c3cd2c8c648d3ebedc35013992118e

Add CUDA CC 7.5 (Turing) support with nvcc

Left commented out code for clang native CUDA build flag generation as
current clang (7.0) does not support sm_75.

Fixes #2814

Change-Id: Ie59c8c887e9d81d7a65136e0445291fd718c88dc

Fix trjconv -ndec

This only works with XTC writing, but the documentation
and implementation was wrong. That mean that the terminal
feedback to the user was also wrong when writing a .gro file.

Fixes #2824
Refs #2037

Change-Id: I9f047d0b1042fa37e366ee8c99dabbb1f3458b0a

Convert gmx_update_t to C++

gmx_update_t replaced with Update class with pImpled
implementation class

Fixes an end of mdrun leak

Put Update on the stack in mdrun

Moved Update construction out of init_md

Removed unused deform parameters

Change-Id: I1fc98ac1ab7630461a75a8aee1a4af07afa58794

Convert nbnxn_atomdata_t to C++

Changed all manually managed pointer to std::vector.
Split of a Params and a SimdMasks struct.
Changed some data members to be private, more to be done.

This change is ony refactoring, no functional changes.

Note: minor, negligible performance impact of the nbnxn gridding
due to (unnecessary) initialization of std::vector during resize().

Change-Id: I9c70a1f8f272c80a7cf335fcbd867bd79c4102a2

Refactor ResidueTypes

Changed datastructures to C++.
Replaced raw pointers with std::vector and std::string.
Removed unused function in residuetypes.h.

Change-Id: Idb4a5a879545a5de26b13bb8b484cd3debd6fba2

Disabled internal clFFT when using MSVC with OpenCL

We require clFFT for OpenCL support, and MSVC 2017. But clFFT only
supports MSVC 2010, and a user has reported that that clFFT does not
compile. As we have not provided for clFFT support to be disabled at
configure time (nor taught mdrun that it might not be able to run PME
on an OpenCL GPU in this case), it is simplest to withdraw support for
this corner case until clFFT support for modern MSVC is available.

Fixes #2500

Change-Id: I736501234cfd51bc1cee5d8a71cb1fb343ddd100

Improve nvcc error reporting

When nvcc fails, tell the user about both standard error and standard
output. The former code was broken if _cuda_test_err would be
undefined, and reported by a user (see the link at Redmine #2500).

Change-Id: Id16d2ff1bd1033cd23e82687b79409ea8d841131

Add tests for gmx mindist

Freed up some memory in gmx_mindist

Changed some static variables to normal variables, as
their values were propagating between tests and messing
with the options

Change-Id: Ideb0341659ad2d8a66769e671e1fafadd6ea8d02

Change one gmx_mtop_t atom loop to C++

Changed C style struct to C++ class.
Preparation for modernizing atoms datastructure.

Removed a useless gmxassert.h

Refs #2833

Change-Id: I22cfa27bfefc8469b4100a9fef8c11da4d304657

Move non-analysis tools from gmxana to gmxpreprocess

Renamed genpr to genrestr to align with actual gmx <tool> call

refs #2727

Change-Id: I83a1dc6b39915372c4178768354d334c7e911ae2

Remove ctest section called simple

Now that the regressiontests no longer has such a category, we should
not have a ctest section for it.

Refs #1587

Change-Id: I6ea4fea10e01079bf9779b4127faa3f23a8d81d5

Remove .travis.yml Travis-CI config file.

Fixes #2836

Change-Id: Id413c51596dddb230c4b41f4a66673da21322543

Change ResidueTypes to class

Changes implementation to class with private implementation pointer.

Change-Id: Ia623a23e32ca95a00460c536e2868106b32ad7f9

Allow multiple coordinate sets in listed_forces test.

Part of #2795

Change-Id: Idb1a0ec4e8c304d2f2d865f6feac5d026b1f2393

Moved one regressiontest to core gromacs.

Added an md-vv test one.

Part of #2795

Change-Id: Icd33655abca39c47b6735f2d3a1b185e7eff2edb

Migrate test configuration off bs_mac

Change-Id: I4b1014916397c31cbeacb01ac8bad771e09277c8

Fix memory leak in solvate

Change-Id: Id74c2e4fe728b3b4b47d99c3ec8a55db44c5d8b7

Remove several unnecessary things

More modern cmake requirements mean we don't need to
include some files.

Some TODO comments cannot be addressed in the forecast manner

Simplified some code

Refs #2505, #2831

Change-Id: I3593a072da0ece9b993c7f531ae43fd9fff4afc2

Rename HostVector to PaddedHostVector

Also renamed HostStdVector to HostVector. This change is done because
we now need the unpadded type more often and this naming is more
consistent.
This change is only renaming, except for gmx_pme_pp.x which is now
without padding as it remained of type HostVector.

Change-Id: If3ba78554dd1ad7ed93d286ced343986690096c1

Reverted standard ExternalProject for FFTW download

Now that our cmake is modern enough, we can use the
simpler code again.

This partly reverts commit dc75f6f.

Change-Id: Ifc1800beba88fc342ac7b8490a51610a035d60c8

Require cmake 3.9.6

Allows to use modern OpenMP support. The change will permit further
simplifications and modernization, particularly for CUDA.

Also bump release matrices to conform to new requirements.

Fixes #2505

Change-Id: Ibe92639ac4a0bc9ac615826637aeb6e86af0c6d4

Remove raw pointers in index handling

Change-Id: I60f841e12e99bd0bd61b4dec176d24f5d2803f1a

Fix tiny leak in pleasecite.cpp

Change-Id: Iee2846d42a8b843c2e70de2b7f4e33e889fad90a

Improve portability of PME on GPU code

Refs #2500

Change-Id: Id1069b0ad60a9af18b4882ec56364b073c871ebe

Remove ctest section called kernel

Now that the regressiontests no longer has such a category, we should
not have a ctest section for it.

Refs #1587
Change-Id: I9871e32dfbde329ca4eceb718a94a7c8a418282a

Partial conversion of gmx msd to std::vector

Changed raw arrays in the primary struct to vector,
with the exception of Matrix - an STL friendly version
of this is still in the gerrit pipeline

refs #2368

Change-Id: Ic41e6a1f78d53c2d5134e5831536a714b0a38a5b

Migrate TPI testing to Verlet scheme

For now, this also disables TPI testing, since TPI does not yet
support the Verlet scheme. If that gets fixed before this change gets
incorporated, the test should not be disabled.

Refs #2391

Change-Id: I83483bd23a03e9175571f2194dae0df96960e6c7

Refactor AtomProperties into C++

Replaced raw pointers with vectors.

Change-Id: Ib1bdfcda9b618a70b5ce06beae1d3e9240e59ef8

MSD tests for the -mol option.

Had to free some memory as well to make tests pass.
Added basic code for running grompp.

Renamed spc5 files in simulationdatabase that are used
in src/programs/mdrun/tests to tip3p5 since they were
in fact using tip3p and in this manner a conflict with
the gmx_msd tests is avoided.

TODO: re-use the grompp code in moduletest.cpp
from src/programs/mdrun/tests

Part of #2815

Change-Id: I5d5d33f431f1d3089ebaef54b6388348d47ce6e2

Use label to select doxygen version

Cherry-picked from commit 67837955db4b8c8553efdb8887a589e77e934cfb.
Allows retiring support for the old mechanisms in releng earlier.

Change-Id: Ic5276e846867e1dd77250500dcb8693946258e0c

Improve use of gmxpreprocess headers

Less use of typedef struct so that we can have more use of forward
declarations of types.

Less inclusion of headers from headers

Updated stdio.h to cstdio

Localized definition of t_nbparam to the single file it needs to be
in.

Change-Id: I92d2d4e1a9a1bc8062627af45dc606903254803c

Fix small leak in constraints

Change-Id: I68370a3cec7d39846c26c46f293fd8855540252d

Add grompp check for usage of "define" field in mdp

Users can misspell the strings specified with -D in the topology. This  now
check that every -D field has a corresponding #ifdef and/or #ifndef and/or
C macro-style text replacement in the topology.

Fixed one unit test with unnecessary define field

refs #1975

Change-Id: Ie6329b234a60dde8efc34fb788e6296f241651ed

Make AtomProperties class with Impl

Moved the atomprop structure to a class with the underlying arrays
implementation detail. Changed names to be more descriptive. Changed
functions to be class methods where appropriate.

Change-Id: Iffee0635008567735798d0ad5ac560d0cb1e582a

Use enum class for grompp directives

Now the enum class can be forward declared in header files, so we
lower compilation coupling in a few places. Also moved the enum
definition to a less generic header file, to help get rid of
grompp-impl.h file completely.

Made use of new enumeration helpers. Added a test so that the
enumeration can't be extended without extending the matching name array.

Removed commented code for d_blocktype, which hasn't existed for ages.

Change-Id: If3fdc87f87f95f1a5ee61ae2f9f22218105a49a5

Fix typo in release notes

Change-Id: Ie104808c9e60c892ba9b3a089f19067e023351e2

Add helper functionality for safer enumerations

Also unit tests.

Based on the public-domain code from Guilherme R. Lampert, found on
GitHub at https://github.com/glampert/enum_helpers

Change-Id: I344184fc1852efa9d22a15800e7fb1d6c876aef0

Added low-level tests for improper dihedrals.

Also first try at implementing tests of the free
energy calculations.

Part of #2034

Change-Id: Ie8f244059fcf914d860f57e5f66dc76997904638

Add more checks for division by zero

The rotation code was still vulnerable to numerical coincidences of
atom positions and slab centers.

Refs #1587
Refs #1431

Change-Id: If7928825d74226a5b25ed3441e6b6dbdf004115a
(cherry picked from commit 5023601307ea4a905e19d83113c2ac43aaf0d71e)

Split nbnxn_atomdata_init()

Extracted the parameter initialization from nbnxn_atomdata_init()
in preparation of extracting the parameters from the struct.
This change is only code motion.

Change-Id: I0cf2dd6e54406f095b7568c8dd92b31d0bc58f74

Change grid pointers in nbnxn search to references

While modifying the makeClusterList function arguments,
also unified the diagonal exclusion handling so the logic
is in one place instead of 10.

Change-Id: Ia35d56540968843e10f1e9d43f13a8b116b7b759