Fix segfault in pull reading

Triggers asserton now later on :(

Change-Id: I08a390de653e8bbdf23288ed8a28b6dc7ad6305d

Do not validate build for external source management

If git was not found for builds not coming from a tarball,
the source validation script would generate warnings due to the missing
reference checksum file.

Refs #2128

Change-Id: I7a0d0c164e19eb47446b26a039442b57e537375b

Fix nblib flags

add a missing call to gmx_target_compile_options() in CMakeLists.txt

Fix the seeding of PRNG when it is used instead of RG

Use the timer value to seed PRNG, also switch to MT generator.

Fix NBLIB CMake error message

The recommended CMake syntax was missing the 'D' prefix.

api/nblib/tests/integrator.cpp: Minor changes

- Move integrator.integrate call out of for(atoms) loop, so it is run
once per timestep. We have only one atom, so it was not an actual error,
but was a bit illogical.

- Make starting conditions for the integrator a bit more diverse, as
suggested by Paul Bauer.

Cool quote picking can freeze when hardware random number generation is not working

The bug with hardware random number generation can cause picking of cool quotes to
freeze in an infinite loop on some Ryzen systems. This patch checks the system for
the bug and falls back to PRNGs.

Try to fix the nightly clang-tidy-9 build

It appears that some of the `#ifdef __clang_analyzer__` patches in
gtest/gmock are now messing up with clang-tidy.
Probably related to https://reviews.llvm.org/D46325?

Here, we remove some of these special handlings of clang-analyzer, and
add a couple of more gentle NOLINT's. Since apparently we already had
patches in our copy of googletest, I don't feel bad about it.

Appears to work fine locally with clang-tidy-9.

Add MTS support for pull and AWH

Also adds a test for pulling with MTS.

Remove dysfunctional QMMM interface pt5

Removing string entries in .mdp files.

Change-Id: Ic2e0c7f78c9b89b6ecef74e7e862d66fa40d423c

Remove under the hood editing of pdb files

The routines in pdbio.cpp would change atom names for hydrogens
without explicit user consent. This could lead to problems interpreting
NMR files. In addition from a software design point of view, reading
and writing data to files is not the same as interpreting it.

Fixes #3649

Change-Id: Id68c39700bfe56800e9e5dd135bc8b98ada77e8b

AWH: Remove random term from FEP tests

Test if it is the random numbers that are making tests fail on
some builds.
Fixes: #3660

Change-Id: I3e189d7770f0089ac5d74128e096461c5b55f44f

Clarify the GMX_BUILD_MDRUN_ONLY full testing instructions.

For full testing of an MDRUN_ONLY installation, the documentation
suggests installing over a non MDRUN_ONLY installation. This change
attempts to clarify the use case and normalize the important aspects
of the CMake command lines.

Fixes #3723

NBlibTest/IntegratorWorks: Initialize x's and v's

The coordinates and velocities of the test atom were left uninitialized.
This, on my machine, occasionally caused NbLibIntegratorTests to
timeout, getting stuck indefinitely inside `put_atoms_in_box` function.

Add explicit types to NB kernel type enums

So these enums could be used in template parameters

Set CUDA hardware constants for CC 7.5, 8.6

The devices from CC 7.5 and 8.6 have lower limits on # of threads/blocks
per SM compare to all other CC 5.x+ architectures.

Source: CUDA Occupancy Calculator,
https://docs.nvidia.com/cuda/cuda-occupancy-calculator/CUDA_Occupancy_Calculator.xls,
accessed 2020-10-07.

Device management: Add SYCL GpuEventSynchronizer

Activate SYCL build on CI

Add Andrey Alekseenko to the list of authors

Add GpuRegionTimer for SYCL

New release, new quotes!

Update to oneAPI beta09

Improve gmxPythonDiscovery.cmake

* Do a better job of urging CMake 3.15+ to use the requested Python
  installation when a user specifies Python3_ROOT_DIR.
* Adopt another CMake 3.15 feature: Python3_FIND_VIRTUALENV is much more
  readable than the older alternatives.
* Allow FindPython inputs to be set before entering the module (such as
  with `-D` command line arguments) by checking before setting.
* Clarify which parts of this CMake module apply to the main FindPython
  based detection and which parts exist to provide hints to other
  embedded / downstream detection.

Refs #3720

Make LeapFrogGpu less tied to CUDA

- Extract common parts of LeapFrogGpu from .cuh into .h

- Make it use DeviceBuffers instead of raw pointers. For CUDA build,
they are the same, so no changes to other parts of the code necessary.

Fix download location for regressiontests

Was still pointing to gerrit instead of the ftp server.

Change-Id: Ia49f06dd1438f6484470ea93ee93f4b26c708fb5

mdlib/tests/leapfrog: Make GPU tests more platform-agnostic

In preparation for adding SYCL implementation.

Also, clean-up includes a bit.

Fix SYCL compilation

Would fail because device_management_common.cpp needed to include
gmxsycl.h transiently and fail compilation.

Change-Id: Idd19db8c328b3a9bd07924f72968a640158665d6

Merge branch 'origin/release-2020' into merge-release-2020-into-master

Resolved Conflicts:
admin/gitlab-ci/archive.gitlab-ci.yml
admin/gitlab-ci/global.gitlab-ci.yml
admin/gitlab-ci/gromacs.gitlab-ci.yml
admin/gitlab-ci/lint.gitlab-ci.yml
admin/gitlab-ci/python-gmxapi.gitlab-ci.yml
admin/gitlab-ci/rules.gitlab-ci.yml
admin/gitlab-ci/sample_restraint-regression.gitlab-ci.yml
cmake/gmxVersionInfo.cmake
src/gromacs/fileio/checkpoint.cpp
src/gromacs/hardware/printhardware.cpp
src/gromacs/mdlib/md_support.cpp
src/gromacs/mdlib/trajectory_writing.cpp
src/gromacs/mdrun/runner.cpp
src/gromacs/modularsimulator/domdechelper.cpp
src/gromacs/modularsimulator/domdechelper.h
src/gromacs/modularsimulator/freeenergyperturbationelement.cpp
src/gromacs/modularsimulator/freeenergyperturbationelement.h
src/gromacs/modularsimulator/modularsimulator.cpp
src/gromacs/tools/trjcat.cpp
src/gromacs/topology/topology.h
src/gromacs/utility/fatalerror.cpp
src/gromacs/utility/futil.cpp
src/gromacs/utility/init.cpp
src/programs/mdrun/tests/CMakeLists.txt
tests/CMakeLists.txt

Change-Id: Icd5d9c78ff2cfb0598c3cb55b057487ca098a1f0

Remove unused canComputeOnGpu(...) function from device management

This function was used in tests, but not needed anymore

Set proper deviceVendor with SYCL

Change-Id: I7971f681b8e4348f2488b4d353ee187cfa5dba0b

Simplify GPU usage decision function signatures

Some of GPU device usage decisions are made based on the number
of availabel GPU devices, not on their indices. Hence it is
natural to pass one integer instead of the vector.

Prepare for GROMACS 2020.5

Reset DOI strings. Added new release note stubs.

Change-Id: I40615b30bc42b8d7e79bcbe6154d002412519abf

GROMACS version 2020.4

Updated regtest hash and set DOI strings.

Change-Id: I42e99173615898b963c86b0a1db3770c5f071051

Fix logic in init_ewald_coulomb_force_table

Previously, destroyParamLookupTable was called only if buffer was
nullptr (uninitialized). Which looks like a typo, and leads to nothing,
because all implementation of destroyParamLookupTable would refuse to
work on nullptr. Changed the check to free the buffer only if there is
anything to free.

Use new GPU infrastructure in MDLib tests

This make use of common device testing infrastructure in MDLib tests,
where both GPU and CPU implementations are tested. The GPU runners
will now be executed on all the detected devices, not only on the
default one. Also, this will allow to use the MDLib tests in OpenCL
and SYCL, where proper device context object is needed.

Closes #3317

Closes #2254

Related #2092

Always set DeviceVendor

Until now, only the OpenCL code would set the device Vendor information.
To prepare for later code that always needs this information, it is not
set also for the CUDA and SYCL code paths with (hopefully) reasonable
default values.

Change-Id: Ifb3180dff2c5b13aedd8e6808c172ea322d5cea8

Fix debug message location

Also more release note fixes.

Change-Id: Id107ec9102f49dda0ba6c83a591fa14ae9b72c29

Add muparser and CMake handling

Adds handling both for linking external muparser library and building
from source if it is not found.

Refs #3515

Change-Id: I09f725ea634d21e3a7d217cf99d28adb71d54473

Remove incorrect cycle suppression

Fix doxygen warnings

Failed in master again for a while.

Change-Id: I8574794c8e2f9be5681e431c109df6fe91abce45

Don't override user provided CMAKE_OSX_DEPLOYMENT_TARGET.

Remove `FORCE` from the CMake `set()` in case users want to specify
another target, such as 10.15.

Allows users to resolve potential linker warnings by setting
CMAKE_OSX_DEPLOYMENT_TARGET on the CMake command line.

Fix ForceBuffers compiler warning

When compiling in release mode (using clang-8), warning
    src/gromacs/mdtypes/forcebuffers.h:128:10: warning: private field 'useForceMtsCombined_' is not used [-Wunused-private-field]
        bool useForceMtsCombined_;
would be thrown because `useForceMtsCombined_` is only used within
`GMX_ASSERT` commands. Added a [[maybe_unused]] to keep compiler happy.

Cleaned up CUDA compilation

Some .cpp source files used CUDA run-time headers that need
special handling when e.g. clang issues warnings from antiquated
constructs in older NVIDIA runtime headers. This is now handled
centrally in a similar manner to that required for SYCL compilation.

Dependency of the higher-level taskassignment module on GPU
API-specific compilation was removed, instead deploying some new
helper functions.

Work-around for RDRAND returning -1 on Ryzen

Due to a bug, RDRAND can always return -1 instead of a random number.
This introduces a work-around to the problem by switching to PRNG in
case the RDRAND returns -1 twice in a row.

Handle gmxapi tmpi parameters better.

Use gmxconfig.json to support some additional testing support.

Configure thread allocation for gmxapi CI jobs more carefully.

Fixes #3710

Let gmxapi installation record the GROMACS library MPI configuration.

Add a `MPI` property to the Gromacs::gmxapi CMake target.

Add "gmx_mpi_type" to gmxconfig.json

Refs #2961

Remove anonymous namespace in ARM SVE header

Caused complaints from clang-tidy.

Change-Id: I8c855fa26849a283a456b1315614cdc60041bbf0

Add tests for setStringEntry

Update GoogleTest to v1.8.1

Now known to work with recent versions of MSVC

Also, require proper language support when using GoogleTest on all
platforms. Populating the INTERFACE_COMPILE_DEFINITIONS with
GTEST_LANG_CXX11 will force GoogleTest to require the compiler to
provide std components like tuple even when compiling GROMACS
source files that include GoogleTest headers.

Fixes #3682

Fix FEP lambda interpolation for reruns

FEP lambda interpolation fix is now also applied when re-running simulations.

Closes #3585

Use workload data structures for GPU halo exchange triggers

Move GPU halo exchange trigger booleans and related conditionals into
workload data structures, and remove unnecessary assertion on GPU
buffer ops being active (since it is now automatically activated when
GPU halo exchange is active).

Partly addresses #3370

arm_sve: fix decr3Hsimd()

Fix a gross typo introduced in gromacs/gromacs@aabf8460e42c1702f38163d4163b6e59f6712737

Update mdrun-performance.rst

docs: add ARM+SVE support to the release notes and SIMD support documentation

hardware: detect ARM SVE architecture at runtime

 - issue a warning if the application was built with NEON simd support
 - check the vector length at runtime is the same than at cmake time,
   and aborts otherwise

cmake: use simd support for ARM+SVE

 - detect when cmake is invoked on an ARM+SVE platform
 - ARM_SVE simd can be forced with -DGMX_SIMD=ARM_SVE
 - the SVE vector length can be forced with -DGMX_SIMD_ARM_SVE_LENGTH=<bits>
   (default is 512)

simd: add support for aarch64+sve (ARM_SVE)

support SVE vectors whose length is fixed at cmake time
e.g. no Vector Length Agnostic (VLA) support.

This is currently a fit for GCC 10 compilers
(via the -msve-vector-bits=<len> option), and will be supported
by LLVM 12 (based) compilers.

ARM_SVE support for GROMACS is contributed by the Research Organization
for Science Information and Technology (RIST).

simd: revamp the (templated) decr3Hsimd() subroutine

decr3Hsimd<stride>(m, a0, a1, a2) replaces three decrHsimd():

- decrHsimd(m, a0);
- decrHsimd(m + stride, a1);
- decrHsimd(m + 2*stride, a2);

providing a given architecture the opportunity to perform additional optimizations.

A simple wrapper is added to each architecture where
GMX_SIMD_HAVE_HSIMD_UTIL_{FLOAT,DOUBLE} is 1.

Refs !567

Remove ensureReferenceCount from OpenCL's GpuEventSynchronizer

Use updated images for Python CI jobs.

Also switches tool chains to account for rearrangement in the
CI testing matrix.

Fixes #3714

Add missing include into the tests comparison helper

CLang may complain about not knowing what std::numeric_limits are
if <limits> is not included.

Change-Id: I74118c3f0082e22f634ae11bce542a0de709260b

Break up MPI tests

Split PME from other mpi tests.
Due to time outs in CI :(

Change-Id: If9c9219ab6667ae98a9475ee03012d9aa81b28d4

Fix post merge acceptance pipeline for release-2020

The logic didn't want to pick up the pipelines for merged commits.

Change-Id: I876d7ce975611bcc5466e5e984ed40de72a456ca

Move computeSlowForces into stepWork

Also moved a flag into forcerec and fixed documentation.

Fix the FEP lambda interpolation

Setting any lambda array, initial lambda or state != 0, the
interpolated lambda values were wrongly interpolated. This
patch fixes this behaviour.

Device management: Add SYCL DeviceBuffer

Update modular simulator docs

Add nblib sample script

The sample script argon-forces-integration.cpp gives an example of nblib client code.

Regression-test-style Google tests for FEP

This set of tests check FEP simulations versus previous results
within the Google tests framework.

The systems are hand-picked to cover as many code paths as possible.
The reference results were carefully checked for correctness.

Restrict gmxapi pytest tests to `-nt 2`

Fixes #3704

The current change is a quick fix to alleviate pressure on the project's
automation resources. Hard-coded resource constraints should be removed
in a follow-up change.

Also, the new facility to the mdrun ResourceManager needs to be
considered in future work.

Squash SYCL DeviceContext and DeviceStream

Move computeSlowForces into stepWork

Also moved a flag into forcerec and fixed documentation.

Update CI on 2020 branch

Now uses similar settings as master.

Change-Id: I2df3ab916930108afaa63830b7fd92680d837584

Specify OMP_NUM_THREADS for Pyhon CI scripts.

* Explicitly propagate OMP_NUM_THREADS through mpiexec.
* Apply self-consistent CI memory parameters.
* Only use 1 OMP thread for gmxapi Python tests. We want to use two tMPI
  ranks, and no extra threads. tMPI threads are set separately.

Refs #3704

Fix warnings issued by clang with nvcc

Host-side code sometimes uses antiquated code that clang warns
about. Previous attempts to suppress some of these were broken by the
changes to GMX_GPU (and also used the wrong cache variable). New
warnings have also emerged.

Also fixed a related list of warning suppressions to be a proper
CMake list, rather than a hacky list.

Fix Doxygen formula generation

Revert "Add new GROMACS logo and use it in the manual."

This reverts commit 4120bf7734d9a235c7db720a2c882bb6c11470b6.

Legal reasons

Fix bug resetting mdatoms masses to lambda=0 state

When DD is used, the mdatoms masses were reset to their lambda=0 state
after every DD step. This is fixed by making the DomDecHelper aware of
the FEP element.

Note that the use of MDAtoms should likely be revisited to allow for a
more elegant solution, but this would likely require changes which are
less local than the proposed solution here. Further development is
therefore deferred to #3700.

Fix #3655

This fixes #3655 by addressing some readability issues in
velocityscalingtemperaturecoupling.cpp, and adding some trivial
const qualifiers in the simulator tests.

Closes #3655

Fix #3694

This fixes #3694 by moving the initialization of the `isInputCompatible`
boolean to its first use in modularsimulator.cpp.

Closes #3694

Add new GROMACS logo and use it in the manual.

Also added as a highlight in the release notes.

Change-Id: Icac8e5c0134302d4c251cc9e6f5428bca766717d

Restore destructor for GpuTest and gmx_hw_info_t

Needed to able to forward-declare DeviceInformation in headers

Fix bug resetting mdatoms masses to lambda=0 state

Following the reorganization in !384, the TopologyHolder reset the masses
in mdatoms after they were set by the FreeEnergyPerturbationElement. This
lead to having the masses equal to state A independently of the actual
lambda state.

This change fixes this bug by moving the mass setting into the setup
phase ensuring that it is set by the FEP element independently of the
build order of the elements.

When DD is used, the mdatoms masses were reset to their lambda=0 state
after every DD step. This is fixed by making the DomDecHelper aware of
the FEP element.

Note that the use of MDAtoms should likely be revisited to allow for a
more elegant solution, but this would likely require changes which are
less local than the proposed solution here. Further development is
therefore deferred to #3700.

Fix doxygen warnings

Add doxygen comments into the recent code

Don't use fah_fsync

There's no need in a custom fsync functionality for F@H core.

Signed-off-by: Dmitry Moskalchuk <dm@crystax.net>

Fail gracefully when nblib cannot be built

Remove two-stage initialization in DeviceStream

A default constructor was needed for DeviceStream as an intermediate
measure to make the refactoring easier. It now can be eliminated.

Add nblib backend: Part 2 of 2

Add post submit rules to CI

Use those for resource intensive CUDA tests

Change-Id: I9c23139656fd91a833c67dd20d76a1429e91c254

Redevelopment of GPU Force Reduction/Buffer Ops

Introduces a new purpose-build class for GPU force reduction, which
replaces the previous force buffer ops mechanism.

Refs #3370

Clarifications for ResourceAssignment interface.

Add and update some documentation. Improve error messages. Improve
file naming.

Refs #3644

Support ResourceAssignment interface for tMPI library builds.

Fixes #3644

Allow MPI-enabled clients to provide the library communicator.

Provide library helpers and template headers to allow clients to
createContext() with explitly assigned resources.

Relates to #3644

Use MpiContextManager to provide MPI communicator.

* Give MpiContextManager a MPI_Comm and make it movable so that it can
  be provided while creating the ContextImpl.
* In gmxapi::ContextImpl::launch(), use an MpiContextManager instance as
  the source for the SimulationContext communicator.

Refs #3644

Relocate MpiContextManager.

* Change the scope of the MpiContextManager instance from the Session
  to the ContextImpl.
* Tighten up some details to help maintain clarity over subsequent
  changes.

Refs #3644

Interface updates allowing client to provide MPI communicator.

gmxapi::MpiContextManager is acquired earlier in API initialization
and has a larger role in setting up the SimulationContext as a member
of gmxapi::ContextImpl. The MpiContextManager can be acquired with
appropriate default values for the various MPI-related GROMACS build
variants, or it can be initialized with user-provided resources.

gmxapi::Context creation method has been updated to accept optional
non-default resources from the client.

A template header helps MPI-enabled client code to provide resources
to createContext(). The client requires minimal awareness of whether
GROMACS was built for thread-MPI or an installed MPI library.
Thread-MPI details are isolated from any translation unit that might
include the client MPI tool chain.

Refs #3644

Remove single-dimension limitation from GPU halo exchange

Allows GPU halo exchange to be active when the number of dimensions is
greater than 1, thus simplifying the codepath logic.

Partly addresses #3370

Add nblib backend: Part 1 of 2

Change download for regressiontest away from gerrit

The 2020 branch still used the gerrit download links for getting the
regressiontests for users, leading to some reported instability.

Change-Id: I61f937b28ae1a7f6637514254f504a67315f0c37

Fix error in ensureReferenceCount

We were overwriting input value and comparing it to itself.