Minor update of boost README

Change-Id: Ib6017efd89225771cea4f56d9e18994c25b8361e

Add more selection unit tests

Add tests for syntax like
  res_com x < 5
  res_com distance from ...  < 5
as these were not covered well with earlier tests.  Subsequent changes
will refactor the code responsible for evaluating these to allow syntax
like "z of com of ...".

Change-Id: I63b60cc2958fcf919a82b809f60465b8444904d2

Fix more memory leaks in default group creation

Free temporary arrays and strings allocated during the processing.
Don't know why these were not spotted in my earlier valgrind run (all of
these fixes are from working with the interactive selection tester).

Remove one unused array that was allocated and freed, but never used.

Change-Id: Ib78b6366bb5230499a77717f36afed652a1ec7fd

Fix memory leak in default index group creation

Temporary memory should be deallocated in the scope where it is
allocated, not only within some conditional paths.

Change-Id: I102d2b82ba531c25dd26728729b46c0b99c124e4

Merge "Merge release-5-0 into master"

Merge release-5-0 into master

Conflicts:
    src/external/gmock-1.7.0/CMakeLists.txt
        - took both changes on the same line
    src/gromacs/gmxpreprocess/calc_verletbuf.c
        - took both changes on the same line
    src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_data_mgmt.cu
        - discarded temporary common.h hack from release-5-0 in favor of
          better solution in master
    src/gromacs/selection/nbsearch.cpp
        - resolved all conflicts in favor of master (were from a
          back-ported change)

Change-Id: I34190b704bcb1c020dcc2a3586a25620fd3c3ccf

Improve analysis nbsearch grid mapping

Now the analysis neighborhood search implements its own version of
put_atoms_in_triclinic_unitcell().  While computing the index of the
correct grid cell, it is relatively easy to produce also the coordinates
that lay within that cell instead of using a separate call.  This
provides two benefits:
 - It avoids rare rounding problems if put_atoms_in_triclinic_unitcell()
   would put the atom right at the edge of the box, but the mapping code
   would consider it outside the box, causing out-of-range grid cell
   index to be generated.
 - It allows to customize the grid mapping more freely (e.g., to create
   grids that are not periodic).

Backported from master with minor changes, fixes #1611.  Kept commit
message the same; the second point will be only relevant for master.

Change-Id: Ib7602fa49a1b8f7882a63843322786b3e51e8e32
(cherry-picked from b3e2e82 in master)

Even more refreshing quotes.

From a variety of source.

Change-Id: If4f9ecc77c0941d460628443491d6b2ce4c6c1a0

Avoid common.h inclusion in CUDA code

This is solved nicer in master with I943f90f, but there is little value
in backporting that compared to the effort, since more or less all
changes from there would conflict.  This may fix compilation problems
with some nvcc/boost combinations.

Change-Id: I82a26c60d366bfe5fdbcfd8a17bffdb1139ce017

Add Windows support for host-/username

Change-Id: I971ffc811bddea8c8663d3d1ce95678eddfd5860

Move truncate() wrapper to futil.h

- Isolate platform-dependent file handling code better, removing
  some platform-dependent #ifdefs and #includes from higher-level files.
- Make 'gmx trjconv -trunc' independent of the platform (should now also
  work on Windows).
- Don't leak file handles when truncating on Windows.

Change-Id: I66162978c7b29499c8fc796d15b5f2649abf59dd

Encapsulate use of nice()

- Instead of platform-specific #ifdefs in otherwise platform-agnostic
  code, encapsulate the call in sysinfo.h/.cpp.
- Make it fully CMake's responsibility to determine whether nice() is
  going to be used.  This could probably be simplified further (even to
  the point of using HAVE_NICE directly), but since I'm not sure how all
  the special cases work, left them as they were, but with TODO
  comments.
- Remove some unused platform-specific #includes.

Change-Id: I9f1172ba2c02bb042574ad5d2b9ccbf5d31a3d6f

Collect more platform-specific code to sysinfo.h

Move a few existing functions of this type to sysinfo.* from
basenetwork.* and cstringutil.*.  Mostly this is just code movement, but
there are two changes:
 * getuid() usage is now controlled by HAVE_UNISTD_H instead of
   HAVE_PWD_H, and excluded for MinGW (the latter is just a guess, but
   many other similar calls are excluded for MinGW).
 * Getting the current username uses getlogin_r() instead of getpwuid(),
   following the implementation in tngio.cpp instead of the original
   implementation in cstringutil.c.  If this is OK, then we can get rid
   of HAVE_PWD_H completely.  Alternative would be to make the code use
   getpwuid_r() if the old functionality is more desirable, but that is
   a bit more effort, and requires some testing for platform support, as
   that has not been used before in the code.

This allows removing platform-specific #ifdefs and #includes from
multiple files completely, making these aspects better encapsulated.

While checking the presence of #ifdefs, removed one useless #ifndef
GMX_FAHCORE from tngio.cpp; make_backup() already handles FAHCORE
internally.

Change-Id: I46876635fb254eb9558cce80b34ebe3078425375

Rename common.h to classhelpers.h

This reflects the remaining contents better.  Since basedefinitions.h
was created, it is a more natural home for all truly common definitions,
so the old name no longer makes sense, either.

Change-Id: Ia2aa84e0b9696541f61490312aae9c18f719076f

Move basic macros from common.h to basedefinitions.h

Move GMX_UNUSED_VALUE and GMX_IGNORE_RETURN_VALUE from common.h to
basedefinitions.h to not force a boost dependency on code that uses only
these macros.  In particular, CUDA code no longer includes common.h and
thus boost, which yet again works around broken boost/nvcc combinations.
basedefinitions.h is also a more natural place for these, as gmx_unused
is already declared there.

Fix one header that included others within an extern "C" block.

Change-Id: I943f90f068987456219ac7aad388258907018692

Remove Catamount cmake

Was superseeded in 2006. No Cray XT3 should be around anymore.
Also gets rid of GMX_NO_SYSTEM which was only set by Catamount

Change-Id: Ib3c0450995e395ccdd2935b629da7930d9da5a4a

Fix C++11 flags for MingW

Also replace all 'WIN32 AND NOT CYGWIN' with 'WIN32'. Since cmake
2.8.4 WIN32 doesn't include CYGWIN.

Change-Id: Ie93fa8a79daabcc3515e00cd1f95b76041417eb6

Create scoped_cptr to replace scoped_ptr_sfree

Compareed to the previous scoped_ptr_sfree, scoped_cptr has a get
method, a bool-conversion, and allows to specify a custom deleter.

If just a guard is required then the scoped_guard_sfree typedef
can be used which doesn't require to specify a type.

Change-Id: I81cb50c4cf34e2d5a93e9c4b0043afcbc5feb535

Used IWYU to partially clean up some includes

- Used trunk version
- Works well for C and simple C++ files
  - Does not yet work without manual reverting some changes for more complicated
     files e.g. options.cpp (see issues 105, 111, 135, and 138)
- IWYU doesn't check for conditional compiled code. I ran for
  pme.c and wallcycle.c with -DDEBUG_PME/_WCYCLE

Given that one needs to fix a few issues and have to check for #ifdefs it is
still manual work, but I think quite a bit faster and more complete than doing
it manually.

Change-Id: I7c5569693a4b84f481f0f7afd85f0f01c33295cf

Removed f_novirsum reduction in Verlet scheme

There is a reduction over MPI ranks (dd_move_f) for fr->f_novirsum
for the exclusion correction of PME, which should not contribute
to the virial. But with the Verlet scheme this is unnecessary,
since the exclusions fully are handled in the non-bonded kernels.

Change-Id: I65b3dc90cf01de7b33e955074dfa32bd1940f781

Fix order of ED/swap blocks during checkpoint reading.

For some reason the order of reading the swap state and the essential
dynamics (ED) state were mixed up in read_checkpoint(), which lead to
unreadable state files if both ED and swap functionality were used.
This fix changes the order of those blocks to be consistent with
write_checkpoint().

Change-Id: Ie234486b990861decef9e00fc5125f867001f814

Extend gmock to turn off socket listener

On Linux, you'd generally expect this feature to work, but on Cray the
linker warns that the use of getaddrinfo() would require linking a
shared library at runtime. That never happens because we don't use the
socket listener feature, but we don't want people stressing over that
at build time.

Change-Id: I9c358a2923d7563809d471f2ea1767cf2e8bbe25

Move code to what will become the ewald module

Moved PME implementation, PME load-balancing code and basic Ewald code
into new module.  PME is the major component, but they share a little
bit of infrastructure and might one day pass the same tests (or test
each other) so there's some value to being together.

Moved legacyheaders/pme.h to module, split it into pme.h and
pme-internal.h, and moved the definition of splinevec into the only
source file that used it. pme-internal.h is intended as a temporary
measure - a place to put details that are internal to the module -
while developing some internal structure with more normal
module/file.{cpp,h} layout.

Moved legacyheaders/coulomb.h to the new module and named it
ewald/ewald-util.h, since it pretty much declares functions defined in
the former ewald-util.c (now ewald/ewald-util.c). Both files will
disappear in future clean up, though.

The internal structure of this module is still messy, but some
clean-up will follow. Then C++ conversion and Doxygen.

Renamed files to use '-' rather than '_', because I like using fewer
keystrokes.

Removed a useless extern on calc_ewaldcoeff_lj() declaration.

Introduced new cyclic dependency (and doc-check suppression) on mdlib,
because the PME-PP load-balancing needs to let mdlib/nbnxn_cuda know
about the changed parameters. It also uses some functions that are
currently declared in pme-internal.h, so there's no single-step
solution, even if nxn was already a module. In the long term, a PME
load-balancing module that talks to the ewald and nxn modules through
their library interfaces makes good sense, but we can't do that right
now.

Change-Id: I6ddd5579b6e52812d8fb110b4950a207b159ea4a

Converted many integrator-loop files to C++

Moved code from mdlib/init.c to other locations, to avoid creating an
init.cpp file that was freaking out the ASAN build, perhaps via linker
filename clash with utility/init.cpp. Renamed gmxlib/mvdata.c to
mdlib/broadcaststructs.cpp since that makes sense now.

Converted min and max to std:: varieties, and provided explicit
template specifications where required. Used std::sqrt to help the
compiler do automatic template type deduction.

Used static_cast<int> to suppress warnings about comparison between
signed and unsigned integers, and conversion of double to int where
that is the intention of the code.

Converted a few variables between int, real and double to correctly
reflect the intention of the code.

Fixed use of double for number of steps completed, which should be
gmx_int64_t. Formally, this is a bug in release-5-0, but you'd have to
do 2^53 steps to notice it.

Used const real to define constants so that the std::pow overloads
on Windows can work smoothly.

Added some width specifiers on environment-variable scanf calls
to avoid problems.

Removed many unused variables.

Added inline cppcheck suppressions for writes to variables that are
only read when OpenMP is being used. A recent change introduced such
variables to work around compilers that have bugs if you call a
function inside the #pragma omp, but those variables are unused if the
compilation does not use OpenMP.

Added C++ guard to free-energy kernel header.

Change-Id: Id190e36758fa6aef68b14e5c9b78eacfb0a86949

Reorganizing analysis of correlation functions.

Moved routines computing correlation functions and
fitting to those in a special subdirectory not
dependent on gmxana. The autocorrelation now functions
as it should (previously there were issues with long
time correlations).

Replaced Levenberg-Marquardt algorithm by another implementation
from http://apps.jcns.fz-juelich.de/doku/sc/lmfit,
under a FreeBSD license. This code is in src/external/lmfit.

Added Doxygen comments to all headers.

Fixed wordcount algorithm in xvgr.c

The routines many_auto_correl and many_cross_correl
are optimized using OpenMP.

Change-Id: Ifbe003437db36e35d606cd942bb38deeef86ea64

Check config.h usage in doc-check

Make the doc-check target check that config.h is included if and only if
it is needed by the source file.  Add suppressions for locations where
this is currently not the case.

Change-Id: I6110e9887d4df3c4644f20003faa3120ea9048ea

Use analysis nbsearch in insert-molecules

Advantages:
 - This reduces the amount of code by ~90% compared to what addconf.c
   has, making it significantly easier to understand.
 - Now the tool is independent of potential changes in the
   mdrun-specific neighborhood search.
 - Memory leaks related to addconf.c are gone.
 - The neighborhood search is terminated as soon as one pair within the
   cutoff is found, potentially making it faster. This likely offsets
   any performance differences between the nbsearch implementations.
   The unit tests are ~35% faster.
 - Confusing mdrun-specific output related to the neighborhood
   searching is gone. This includes notes that "This file uses the
   deprecated 'group' cutoff_scheme" and references to Coulomb or VdW
   tables and cutoffs.

Change-Id: Iba82858b9a2b43b6e10a49cd3964b99b22996166

Merge release-4-6 into release-5-0

Change-Id: I08dc9d5e776480e7686a159cfcd981ba46c510ad

Fix misidentification of dot in path name

Commit df876d6c7b5 added support for custom default extensions
but it didn't work correctly for directory names containing dots.

Change-Id: I427f694a36496bd8a6f59e3083feb5b8269a62c4

Clean up gmx insert-molecules

- Remove unnecessary code.
- Clarify control flow and responsibilities of different functions.

The only functional changes should be that:
 - Random numbers are now used in different order because of some
   reorganization.
 - The insertions happen at a slightly different place even with the
   same random numbers (now the generated random number sets the center
   of the inserted system instead of corner location).
 - The insertion positions are equally likely everywhere in the box,
   instead of a somewhat arbitrary rejection criterion that rejected
   some positions at the edges.
 - The -allpairs option is gone.
Child change will provide a proper fix for the latter by getting rid of
the mdrun-specific neighborhood searching and all the memory leaks that
the code in addconf.c brings.

Change-Id: Ia82ebb8ea8296dd468a9a56c33a3cb737a5ec9dd

Make 'gmx insert-molecules' tests test output

The tests now actually test the output for regression, and provide an
easy way to check the output files using the reference data framework.
Convert the tests to use CommandLineTestBase for a more uniform
approach.  Add a title to the test system to avoid generating random
titles for the output.

Change-Id: I3b1e6242922bf24ab4c254e6e0a53531af84c9df

Generalize command-line unit testing machinery

Move machinery for unit testing a command-line program with input and
output files from trajectoryanalysis tests to testutils, and make it a
bit more general.

Existing code using IntegrationTestFixture could be also adapted to use
this (perhaps by making IntegrationTestFixture inherit from
CommandLineTestBase), but that is left for another change.

Change-Id: I3dd9f9667f727be30cf26a6b9d22dd6d44dfef9e

Fixed minor issue with NPT conserved energy

The value of the number of degrees of freedom in a group is a real,
but it was being truncated to an integer before promoting it back to a
real. This is wrong, whether or not the number can reasonably be
non-integral. This only affected the conserved energy quantity,
not the kinetic or total energy used for coupling and output.

Change-Id: I5fcb6428dc0e333cabd79262cc2a9cffa5fec03a

Clean up cshake() and resolve old issues

C++ conversion in Id190e36 exposed some "interesting" use of the
variable toler caused by an ancient bug that has since been resolved.
Investigation showed that variable never meant anything to do with a
tolerance!

Renamed a bunch of variables for clarity and consistency. Documented
the core function. Clarified code comments and manual sections
accordingly.

Added some unit tests while trying to understand what things were
actually going on.

Refs #1255

Change-Id: I5b5eee0b8f3f4761ce9cb681dbdb0d4526a6761d

Fixes issue with vsiten and Verlet buffers

Commit 0336ab2d only fixed part of the vsiten issue in the Verlet
buffer calculation code. Parameters were read from incorrect memory
locations, which could lead to a segmentation fault or incorrect
masses for vsiten particles. It unlikely that this affected results.
Part of #1579.

Change-Id: I76cdb94e34194d2f6d49d98a49486ce1df76d91a

Fix trjconv -split not closing files

With long trajectories, the number of file handles will run out.

Change-Id: I9f6e20ddb836250431460ff6ed918ec74f2699ee

Allow runAsMainSingleModule to be called more than once

Call finalizeForCommandLine even if an exception is thrown so that it is
OK to call runAsMainSingleModule again. This allows this (and the calling
runAsMain as e.g. used in the template) be called from some framework which
doesn't reset globals.

Change-Id: I9eff770e06feef90f99ec0445bd294816f8b6a0a

Move pair-interaction code into listed-forces module

Did C++ conversion, added Doxygen, renamed functions to reflect that
they are now local to a source file, and put them into an anonymous
namespace.

Made glatnr() local to the listed-forces module.

Converted IS_LISTED_LJ_C to static function and made it local
to bonded module.

Removed temporary cycle-warning suppression.

Change-Id: If3a3045021fe7a3f1d67d14f2294551fc41b5422

More robust handling for installed headers

- Remove unnecessary first parameter from gmx_install_headers():
  it is possible to deduce the installation destination from the
  current CMake directory.  This eliminates the possibility of typos in
  this parameter that would break the installed headers.
- Make the gmx_install_headers() function also generate a global list of
  installed headers, which is then used to generate a file with this
  list, instead of globbing this information from the
  cmake_install.cmake files.  This ensures that obsolete files in the
  build tree should not affect the outcome.

Change-Id: I4d27accaebc14438acc5d290b25258b561ca04ea

Unite code for handling listed pairs

Some implementation details are closer to the other listed
interactions than the group-kernel non-bondeds. This functionality
will also survive the death of the group kernels, so may as well be
separated now.

This is pure code motion, to prepare for transition to the
listed-forces module.

Had to add an #include guard to a not-really-related file.

Some not-quite related clean-up in nonbonded.h

Added temporary cycle suppression until this moves into the
listed-forces module

Change-Id: Ie8865f5ca1a4512d75e70e4b7f25b90f6ed019ec

Merge release-5-0 into master

Conflicts:
CMakeLists.txt
Version numbers not bumped; fixed to use the right
name for RelWithDebInfo.

cmake/gmxCFlags.cmake
Fixed to use the right name for RelWithDebInfo.

src/gromacs/listed-forces/bonded.cpp
New RB SIMD function in bonded.cpp had unused variables, now
eliminated

src/gromacs/mdlib/domdec.cpp
Bug fixes from release-5-0 incorporated. std::max now used in code
newly arrived from release-5-0.

md.cpp had no conflict, but fr->nbv->bUseGPU had to
be replaced by use_GPU(fr->nbv) to work in master branch.

Change-Id: I65326b691745111fbdaa9435be6c92fa1acf6e7d

Version bumps after new release

Numbers bumped, -dev tag replaced.

Change-Id: I9aa220cc837b126ad694786178901db336d7121d

Version 5.0.2

Removed -dev tags from versions. regressiontest repo has not changed
since 5.0.1, but somehow the hash differs from the one used then.

Change-Id: I0f632262e4dd11875479d4f6a0c932169a699eb9

Allow gmx tune_pme to skip the check for command-line health

Therefore, this patch adds the "-check" command line option, which is
TRUE by default, but can be switched to FALSE in problematic cases.
Documented its main use case in the error message that it would
circumvent.

Also corrected a few typos.

Fixes part of #1609

Change-Id: Id1cadd620438c36c123ff075c9a98ea7d1534d4d

Add Power8 VSX SIMD support

This adds the low-level SIMD implementation
for IBM VMX, which is present on both
Power7 and Power8. It passes unit tests with
both gcc-4.9 and IBM xlc on Power7 (which is
always big endian), and with gcc 4.8 and 4.9
on Power8 running linux in little-endian mode.
It is not yet enabled automatically since we
still lack nbnxn kernels for this architecture.

Extended the Doxygen suppressions for gmx_cpuid() to the whole file,
since wildcards in suppressions.txt were not working, we we don't
understand what doxygen bug is responsible, and there's not actually
any Doxygen documentation in that file.

Change-Id: I06570992cd3a98c0debf5ff25100d68d55d0f8fb

Fix incorrect LJ cut-off with GPU + PME tuning

Due to the mismatch of the macro used in generating and implementing the
twin cut-off CUDA kernels (used with PP-PME load balancing), the VdW
cut-off check was not generated and the (larger) electrostatics cut-off
was enforced instead, causing incorrect results with PME tuning.

Fixes #1603

Change-Id: I43ae19968b30843cfe407e927a5cf0bd35c62881

Avoid DLB with overloaded PME ranks

When separate PME ranks have more load than the PP ranks, DLB can
not improve improve performance. It will actually make it worse,
because the PME x/f redistribution time goes up. Now with -dlb=auto
DLB is not turned on in this situation.
Also DLB is not activated during PME tuning with GPUs and separate
PME nodes, since it then nearly always deteriorates the performance.

Change-Id: I1f5e649a9562fdca9ba538196f41a12feb0a4a24

Added GPU local wait to load balancing

The GPU local wait time was not included in the load imbalance timing.
This could lead to incorrect load imbalance reporting and dynamic
load balancing, especially with CUDA stream priorities.
Note that we can't accurately measure the GPU time, when it finishes
during dd_move_f.

Change-Id: If4bb0f867593450cc025c8593672b0569397b1d6

Avoid using function calls in OpenMP directives

The direct calls to gmx_omp_nthreads_get() that were
included in some OpenMP pragmas caused memory
corruption and later segfaults on PGI compilers. This
is likely a compiler bug, but we can work around it
by assigning the function return value to a variable
that we use in the pragma.

Such variables are unused when OpenMP is not in use, which might
offend some compiler some time, so adding a gmx_unused attribute is
useful. However, uncrustify needs to be taught about our custom
attributes, which is also done here.

Change-Id: I3b482bdc2401b40a043975ffd4a741f65efd0cfc

Domain decomposition now checks the rlist buffer

When a large pair-list buffer, which will appear with large nstlist,
atoms are allowed to displace the buffer size, i.e. a lot, in nstlist
steps. The limit this puts on the DD cell size is now checked.
Also updated cg_move_error, which now no longer prints the old atom
coordinates with the Verlet scheme, where the "old" coordinates are
actually the new ones.
Fixes #1607.

Change-Id: I784afa5ee620b51f555f4d1107f38cbbae2c55d1

Clarify GCC+Win+AVX warning

Message was accidentally not printed for Cygwin.
Message was printed even for GCC version which are OK.

Change-Id: I4560908317919bc36f33f6e430e6b7a34853ae73

SIMD acceleration for RB dihedrals

RB dihedrals now use SIMD acceleration analogous to proper dihedrals
when no energy and virial is required. This also significantly
improves load balancing (issues) for systems with proper+RB dihedrals.
Refs #1598.

Change-Id: I07000125d19db45fc35e1a0c28149c8a19443680

Merge "Merge release-4-6 into release-5-0" into release-5-0

Avoid PME tuning decreasing rcoulomb

With mdrun input with the grid much finer than fourier-spacing,
PME tuning could reduce rcoulomb below the starting value.
Fixes #1606.

Change-Id: I3ae7fe38a4240251aadb96336199b306fc7dce40

Merge release-4-6 into release-5-0

Change-Id: Ie72eccf57febab7b7ac8092ce55988b9cb2737af

Fix calc_grid avoiding PME grid factor 84

Due to an indexing issue, it was unlikely that calc_grid, and thus
grompp, would choose a PME grid of 84*2^n and instead use a factor 96.
For a cubic box, this could increase the FFT cost by a factor 1.5.
Fixes #1605.

Change-Id: I8d6a85a98267af053b66867722fc5626ef907964

Converted swap module to C++.

Change-Id: I904c142bb9ee20cf13a01219fb4066d18a802a2c

Fix incorrect assertion statement

Copy-paste bug that was totally harmless as we've always had more
electrostatics than VdW kernel types, but it did render the assertion
incorrect.

Change-Id: I996bef6342cbb9bb8ce8994f38cac61924f6af1f

Renamed bonded module as 'listed-forces'

This name is more in line with all the functionality that might end up
in this module, because they all share the same implementation
property that there's a small list of atoms participating in each
individual interaction, and we don't treat them in the non-bonded or
PME code. Examples: bonded, 1-4, various restraints

Added basic Doxygen support for this module, which makes the existing
documentation visible and the new include sorting functional. Added
basic Doxygen for many functions, but not thirty-plus actual "compute
this kind of interaction" functions (to come later).

Fixed various higher-level code and documentation to refer more
accurately to listed interactions (e.g. GMX_FORCE_LISTED, ewcsLISTED).

Also removed an unecessary extern "C" for restcbt.h, and removed
unecessary include of genborn.h for bonded.h

Change-Id: If2271eab53a952058b0ed9ff92bd7a326c1797cd

Refactor mdrun integration tests

Future work will need the ability for such a test to call mdrun more
than once and compare the results. This means that a test fixture
object needs to be able to keep track of the separate files in an
orderly way. Created SimulationRunner to manage the setup and calls to
grompp and mdrun, somewhat like an implementation
class. MdrunTestFixture now owns a single such object. Created
MdrunTestFixtureBase to be the common point for managing issues of
controlling the execution environment of mdrun, so that future work
can derive classes from it that use more than one SimulationRunner.

Change-Id: Ic2ab82b3bacb01f9bf77de67909567352fc2d306

Fix ICC warnings

- 111: statement is unreachable
- 181: printf/scanf argument type invalid

Change-Id: I28477bdd5734f34ae4deed09b9cddce922469f81

Fixes potential bug in neighborsearching.

From put_in_list we first call new_i_nblist, then add some
j particles and then close_i_nblist

In new_i_nblist the number of i particles is typically
increased by one, that is nblist->nri is increased.

However, in case that there are no j particles, the nri
is not decreased again, which can lead to reading garbage
data from e.g. nblist->jjindex. In addition there is a
left-over variable (len) that computes the number of
j particles added, but this value is not used.

Change-Id: I38601a6865f6a4d879bec55246deded40943afb7

Reorganize CPack management

- Move all CPack variable setting to a separate file to reduce clutter
  in the main CMakeLists.txt.
- Move calling CPack to the end of the build system, since this allows
  gathering information for CPack from other parts.  Also some other
  CPack features (like identifying the existing components) works better
  there.
- Instead of hard-coding the generated directories to include in the
  source package, add a helper function that can be called from the code
  that actually does the generation.  This makes it a lot easier to
  understand how this works from just reading the CMake code.
- Add some TODOs for further improvements.

Change-Id: I2ca76f0f3b3e848527f2340b4aab1d62a5de8328

Generate man pages and completions by default if possible

Make GMX_BUILD_HELP a tristate option to support three different use
cases:
 - OFF: never build anything (default for source distributions, where
   everything is already generated)
 - ON: always build everything as part of the ALL target, give an error
   if anything fails.
 - AUTO: try to build man pages and completions as part of the ALL
   target, and install the result if successful; if it fails, some
   warnings will be given, but build will still be otherwise functional.
This allows making the default AUTO for builds from a git repo, making
the shell completions and man pages work automatically also in such
cases (as long as the build host can run the compiled executables).

HTML help is generated only with GMX_BUILD_HELP=ON, since it is
currently in somewhat of a flux what will happen to it, and most people
will not notice it missing, either.

Change-Id: Id7a69b1b912381a2f1ad3678b82cbaa01cba8479

More quotes

From speakers, their slides and participants at ATPESC2014

Change-Id: Iae2b9f823a8b86995875a02c783df70d42f4727d

Merge "Merge release-5-0 into master"

Fix message about incorrect usage of dihedral type 9

The warning printed the wrong type number: 4 instead of 9. Also it
didn't clarify that 9 only combines consecutive lines.

Change-Id: Ie65a050c978f162acf9f9a2329dde286c068438c

More quotes

... which brings us above 500 ones.

Change-Id: Ie980bb8e8fc258ab46fb31791bfcc4e50417a6bb

Merge release-5-0 into master

Conflicts:
src/gromacs/CMakeLists.txt (adjacent changes)

Change-Id: I6e5b35508b3f6f6d805a2a539e49decdef28012b

Introduce a variable to identify in-source build

This makes it easier to find all conditionals that test for it (in case
someone may want to fix those), and makes the CMake code easier to read.

Change-Id: Ic7df20cd9829080005d021e101c4559143bb3cc1

Skip man/html/completion generation if not needed

Make the man/html/completion targets use a stamp file to mark when they
were done, and do no rerun them if dependencies have not changed (most
notably, do not rerun them if nothing has changed, or if only test code
has changed).

Change-Id: I510e55cb4b4c798dfce2cc7d95d66d30e3e802c4

Remove duplication in version info target creation

Now the custom target created for the git version info generation uses
gmx_add_custom_output_target(), removing comments etc. that were
duplicated in both places and clarifying the code.  The custom target
created with gmx_configure_version_file() now also integrates with the
dependency resolution mechanism used by gmx_add_custom_output_target().

Change-Id: I868264498c014041f551df8819fb2b568d85bc30

Fix RelWithDebInfo name bugs, and use full optimization.

Gromacs was previously using a different name (RelWithDebugInfo) in
a few places, which caused the build types not to match, and
flags did not propagate correctly. Second, we now add our own
optimization flags at the end of the flag variables, to make it more
likely they override the CMake default choices. Otherwise, the -O2
flag at the end of the default RelWithDebInfo flags might revert our flags.

Change-Id: I4b7e220fbb2d625416e939e71d44412601394c0f

Added a bunch of new and old quotes.

Change-Id: Ife6d142451ca150a24dc4140a1b65740d4051dae

Fix patterns for .gitattributes

In different contexts, git treats a trailing wildcard pattern
differently, and in .gitattributes it does not apply recursively.
A double star would, but at least the last time I tried, it did not work
with the version of git that runs on Jenkins.

Change-Id: Iac53b755a2931e8cd3ccdb6169346b0631715986

Minor performance improments

Mostly useful as lesson learned.

1) The double precision constant forces the compiler to convert
   the single precision variable to double, then do the multiplication
   in double and then convert back. Using the single precsion
   constant in double reduces the accuracy (the calculation is still done
   double but the constant has only single precision).
2) Using a temporary array instead of a temporary scalar causes ICC14 to
   generate an extra store.

Change-Id: Ib320ac2ae4ff80ce48277544abff468c483cc83a

Proper dependencies for Doxygen build rules

Now Doxygen build rules only get triggered if a relevant source file has
been changed.  This reduces the need for the -fast targets, and makes it
easier to consume these targets, e.g., in Jenkins without triggering
multiple builds of the XML documentation.

Add CMake helper functions to make using custom commands easier.  These
could be used elsewhere in the build system as well to isolate the
complexity into these functions, but that will be done in separate
changes.

Change-Id: I3411853da1948cd85e80df12b0c51df7d748f8d7

Fix histogram resampling output bin positions

The reported bin positions were off by half of the original bin size
from what they actually contained.  This was apparent when the RDF code
started actually using the code.

Change-Id: I651c1f1359430047acc83ca15e9c31087b22d845

Embed module dependency graph in Doxygen docs

The module dependency graph generated by the dep-graphs target is now
embedded into the Doxygen documentation as a separate page (in the lib
and full variants).  Building these flavors of documentation now
requires the depgraphs to be built first, which in turn depends on the
doxygen XML output.  Added various -fast targets that skip these
dependencies, with the cost of potentially producing some warnings about
missing stuff.

Change-Id: Id3314c598d79588c429fe57108349edf42de3b6b

Add support for cumulative histograms

Now the final, averaged histograms computed by the analysisdata
histogram modules can also be made cumulative.  This is needed to
preserve some functionality of 'gmx rdf' when moving to the C++
framework.  For now, only the unit test is using the function.

Change-Id: Iaf7175dd904f9a615b8bd887d677aa8dc1e10f0d

More precise analysisdata histogram accumulation

Accumulate histograms within a frame as 64-bit integers (if possible) or
as double-precision values to support cases like RDFs where there can be
a very large number of points contributing to the histogram.

Add a supporting class that could be used in other analysis modules as
well to make them capable of parallel processing (at least the
AnalysisDataFrameAverager could be adapted to use this approach).
Also, make the definition of "parallelization factor" the same here
and in datastorage.*, adapting a simpler definition.

Change-Id: I63deed99d3c0d3c168d11ab0d85981f1ed6fee8d

Misc. Doxygen build system improvements

- Only generate the installed header list once after CMake is run.
  It cannot change unless CMake is run again.  This wasn't particularly
  slow earlier either, but now it can be added as a dependency also in
  the -fast targets without any impact on the behavior.
- Do not update the Doxyfile-common each time CMake is run if
  GMX_COMPACT_DOXYGEN=ON.
- Partition the Markdown pages into subdirectories based on the
  documentation level where they should appear.  Exclude things from
  the documentation based on the directory, not individually.
- Use a CMake function to create the various Doxygen targets to remove
  some duplication.
- Some cleanup in the directories.cpp and misc.cpp documentation files.
- Some cleanup to use consistent casing throughout CMakeLists.txt.

Change-Id: I30de6f36841f25260700ec92284762e989f66507

Add Power/PowerPC VMX SIMD support

This adds the low-level SIMD implementation
for IBM VMX, which is present on Power 6 and
later (and PowerPC after PPC970). This will
not generate nbnxn kernels yet, so it is not
enabled by default. Unit tests pass on Power8,
where I also had to work around some vec_lvsl()
issues due to the new little-endian PowerPC
architecture. IBM has some quirks in their
implementation of fnmadd, which occasionally
returns negative zero when IEEE754 would expect
positive zero. This should not cause any problems
in normal Gromacs use, and to avoid problems in
SIMD-math I have changed some operations there to
use fmadd, with swapped signs of constants instead.
This might even save a cycle on some platforms.

Change-Id: I71a70b8807d5bfdba18da887adbcfc97ce3c8cc3

Merge branch release-4-6 into release-5-0

Conflicts:
src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_data_mgmt.cu

Change in release-4-6 was in a function already removed in
release-5-0, so omitted.

Change-Id: I58f745308357211d517ffdb58381ce5fb1a5dceb

Fix double linkage for tests

cmake automatically adds libraries required by a required library to the
exe linker flags. If the same dependent library is also added for the exe
and it is listed first for the exe, cmake links twice for static libs
(for a cyclic dependency it would be required and cmake can't know).
Under certain conditions (e.g. ICC 15 with static libraries and offload
enabled) this can cause linker errors. We don't have a cyclic dependency
and thus by listing libgromacs after testutils we avoid the potential
problematic double linking. Also fixes that TESTUTILS_LIBS contains
the transitive dependencies, because that is not necessary (they are anyhow
added automatically).

Change-Id: I0327b2dba0538a2c6652c484fd7be7ae4a6cfb5b

Add missing quotes

Change-Id: Id7568da106b707365c0b30c58a4b7b321f9181f4

Fix shared libs for Mingw

Change-Id: Ib25e6b2a34080632e1d531da3194680cc8c6825b

Merge release-5-0 into master

Change-Id: I44d8158c68dd1804b8456c096b86f52a979c0261

Remove no-inline-max-size and suppress remark

To avoid the remark that inlining isn't possible I added the flag
in d28edf2a07dcf11. This causes slow compile and should be avoided.
Instead suppress the remark.

TODO (for later): Check whether the additional inlining can improve
permance and consider enable it for release build.

Change-Id: I5866fcc5865fb44ca3dca0cf217e0cab2afbea0c

Merge release-5-0 into master

Change-Id: I862e73932dea368b5bac883eb1bf5725314efd2d

Valgrind suppression for OS X 10.9

Change-Id: Ib8d0e6c151ed68a0e80d9d724e167e2838556b2c

Fix warnings for ICC 15

Also add comment decribing all suppressed warnings

Change-Id: Ib347a2ec1e4b890b8f115c56b1a982f9123a0adf

Remove unnecessary cppcheck include-path

Change-Id: I974b3b58818df3815f75a2ba41d8682ad2c77d84

Teach git that some files are binary

This stops things like git grep on short strings finding and showing
diffs from binary files.

Change-Id: I877211accfab3e8132d4cec1f671df790d0500f8

Extend support for float/double tolerances in testing

Comparisons based only on ULP are awkward when comparing quantities
computed in single and double precision when the accuracy of the
algorithm / implementation does not vary significantly with the
precision.  For example, the total energy when using an Ewald method
will vary with precision, but an acceptable result has nothing to do
with the precision in which it is computed.

Add relativeToleranceAsFloatingPoint to permit expressing the tolerance
as a floating-point number to mean a relative tolerance, but the
implementation is still expressed in ULP.  Make the tolerance class
support different tolerances for single and double precision numbers to
allow this, as well as for other flexibility.

Add tests for the various tolerance construction functions.

Chang variables containing ULP values to be gmx_uint64_t.

Change-Id: I25f7ddf8f4f9a5f1317b1cafd0159d8dd7d62b8c

Declare __STDC_*_MACROS in gmxpre.h

These free up code that needs, e.g., GMX_INT64_MAX from hard-to-satisfy
constraints on the include order.  More details in the comments in
gmxpre.h.

Also clarify our requirements for C99 support in the install guide.

Change-Id: I371c3a79244340764b320ae36183dd8926fe0f94

Minor changes to mdrun -h descriptions

Hopefully these are easier to understand. The suggested application
for -pinoffset is covered in the new mdrun performance section
of the user guide, on release-5-0 branch.

Change-Id: I7bc6172a70c39c02f6ca6db17e26b08d2ca3b444

Run include order check in doc-check

Now the doc-check target also checks that all files conform to the
include ordering produced by the include sorter.

Add support into the include sorter for only checking the ordering
without changing anything, and partially improve things such that the
full contents of the file are no longer required for some parts of the
checking.  There seems to be no performance impact for now from storing
all the file contents in memory, so did not go through this, but the
partial changes also improve readability of the code.
Add support to gmxtree for loading the git attributes, to know which
files not to check for include ordering.

Change-Id: I919850dab2dfa742f9fb5b216cc163bc118082cc

Fix sorting and doxygen

Change-Id: I3f0124dee1b569275fe2889dedb9778bb3cc6b9d

Improve uncrustify.sh return code handling

Apparently, the exit code for the script does not work on Jenkins.
I can only guess whether this is caused by different bash (with some
differences in the support for set -o pipefail) or git versions (with
different behavior of the --exit-code flag in combination with the other
flags), or something else, but these changes seem to make it work.

Apply uncrustify with reformat_all.sh to fix any issues that have been
slipped through so far.

Change-Id: I005eed88f839014f38992826ad7b984b8ad3597e