- temporary fix to output the main group (labeled C-alpha atm.)

diff --git a/src/domaintype.cpp b/src/domaintype.cpp
index c929d59d520c292785c8b69bd8c5f492fbfd2169..81e37ae3295413ebe3fb549a3a0acfe0bb54660d 100644 (file)
--- a/src/domaintype.cpp
+++ b/src/domaintype.cpp
@@ -181,6 +181,19 @@ void domainType::print(int currentFrame) {
     }
     FILE *ndxFile {std::fopen(outPut.c_str(), "a+")}, *slFile {std::fopen(("selectionList-" + outPut.substr(0, outPut.size() - 4)).c_str(), "a+")};
     short int writeCount {0};
+    if (currentFrame == 0) {
+        std::fprintf(ndxFile, "[C-alpha]\n");
+        std::fprintf(slFile, "group %cC-alpha%c;\n", '"', '"');
+        for (size_t i {0}; i < structIndex.size(); ++i) {
+            ++writeCount;
+            if (writeCount > 20) {
+                writeCount -= 20;
+                std::fprintf(ndxFile, "\n");
+            }
+            std::fprintf(ndxFile, "%5lu ", structIndex[i] + 1);
+        }
+        std::fprintf(ndxFile,"\n\n");
+    }
     for (size_t i {0}; i < domains.size(); ++i) {
         // domain - стартовая позиция в фреймах - номер домена - минимальный размер домена -
         // константа тепловых колебаний (отклонения) - константа входимости (отклонения)