Fixes #994 confusion in atomprop.
authorDavid van der Spoel <spoel@xray.bmc.uu.se>
Thu, 27 Dec 2012 12:31:52 +0000 (13:31 +0100)
committerRoland Schulz <roland@utk.edu>
Fri, 11 Jan 2013 04:23:31 +0000 (23:23 -0500)
The atomprop code modified the contents of the atom
database files by turning everything into uppercase.
This caused confusion between elements and protein
or nucleic acid atom names.

Change-Id: Ia0ac4636471b7051bf38a714ed16e299bf3d64ab

src/gmxlib/atomprop.c

index 6c3d5a5bc045908f59091fb677a04327a33b9baf..9c2618b6e6cd6d8a4d2a77c047ad6b64411b79dc 100644 (file)
@@ -161,8 +161,6 @@ static void add_prop(aprop_t *ap,gmx_residuetype_t restype,
        ap->bAvail[i] = FALSE;
       }
     }
-    upstring(atomnm);
-    upstring(resnm);
     ap->atomnm[ap->nprop] = strdup(atomnm);
     ap->resnm[ap->nprop]  = strdup(resnm);
     j = ap->nprop;
@@ -322,9 +320,7 @@ gmx_bool gmx_atomprop_query(gmx_atomprop_t aps,
   else { 
     strncpy(atomname,atomnm,MAXQ-1);
   }
-  upstring(atomname);
   strncpy(resname,resnm,MAXQ-1);
-  upstring(resname);
   
   j = get_prop_index(&(ap->prop[eprop]),ap->restype,resname,
                     atomname,&bExact);