Update gmx msd documentation
authorBerk Hess <hess@kth.se>
Wed, 11 Nov 2020 07:42:53 +0000 (08:42 +0100)
committerBerk Hess <hess@kth.se>
Wed, 11 Nov 2020 07:42:53 +0000 (08:42 +0100)
Removed comment on weighted fitting for determining the diffusion
coefficients. This weighting had been removed at some point, but
the documentation had not been updated.

src/gromacs/gmxana/gmx_msd.cpp

index deb0ac25391c0c9e3a07147c30819bc12cc734c4..964888ada022a22b8a37af949511da6e586434f4 100644 (file)
@@ -1086,10 +1086,8 @@ int gmx_msd(int argc, char* argv[])
         "as [gmx-mdrun] usually already removes the center of mass motion.",
         "When you use this option be sure that the whole system is stored",
         "in the trajectory file.[PAR]",
-        "The diffusion coefficient is determined by linear regression of the MSD,",
-        "where, unlike for the normal output of D, the times are weighted",
-        "according to the number of reference points, i.e. short times have",
-        "a higher weight. Also when [TT]-beginfit[tt] is -1, fitting starts at 10%",
+        "The diffusion coefficient is determined by linear regression of the MSD.",
+        "When [TT]-beginfit[tt] is -1, fitting starts at 10%",
         "and when [TT]-endfit[tt] is -1, fitting goes to 90%.",
         "Using this option one also gets an accurate error estimate",
         "based on the statistics between individual molecules.",