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summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: a1330f8)
Disable awh-potential=convolved when using AWH with pull and FEP
authorMagnus Lundborg <magnus.lundborg@scilifelab.se>
Tue, 2 Mar 2021 06:04:16 +0000 (06:04 +0000)
committerMark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
Tue, 2 Mar 2021 06:04:16 +0000 (06:04 +0000)
The combination of a convolved potential along a pull dimension
with the umbrella potential that is used along the FEP lambda
dimension does not work.

Fixes: #3946.

21 files changed:
docs/release-notes/2021/2021.1.rst patch | blob | history
docs/user-guide/mdp-options.rst patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/bias.cpp patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/biasstate.cpp patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/biasstate.h patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/read_params.cpp patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/tests/bias_fep_lambda_state.cpp patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasFepLambdaStateTest_ForcesBiasPmf_2.xml patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasFepLambdaStateTest_ForcesBiasPmf_3.xml patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasFepLambdaStateTest_ForcesBiasPmf_4.xml [deleted file] patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasFepLambdaStateTest_ForcesBiasPmf_5.xml [deleted file] patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasFepLambdaStateTest_ForcesBiasPmf_6.xml [deleted file] patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasFepLambdaStateTest_ForcesBiasPmf_7.xml [deleted file] patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasTest_ForcesBiasPmf_0.xml patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasTest_ForcesBiasPmf_1.xml patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasTest_ForcesBiasPmf_2.xml patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasTest_ForcesBiasPmf_3.xml patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasTest_ForcesBiasPmf_4.xml patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasTest_ForcesBiasPmf_5.xml patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasTest_ForcesBiasPmf_6.xml patch | blob | history
src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasTest_ForcesBiasPmf_7.xml patch | blob | history

diff --git a/docs/release-notes/2021/2021.1.rst b/docs/release-notes/2021/2021.1.rst
index 6109e691599faa6853a54c2f606d692ea39fdcfb..0491f63f1578ae143b1fbb08a9e0e9d81d9e40eb 100644 (file)
--- a/docs/release-notes/2021/2021.1.rst
+++ b/docs/release-notes/2021/2021.1.rst
@@ -34,6 +34,16 @@ differences used for the Bennett acceptance ratio method.
 
 :issue:`3943`
 
+Running AWH with a convolved potential and an FEP dimension gives wrong results.
+""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
+
+The output PMF is wrong when using awh-potential = convolved with a
+pull dimension combined with an FEP dimension. The FEP dimension
+always uses an umbrella potential and the combination does not work
+properly. This has been disabled in grompp.
+
+:issue:`3946`
+
 Fixes for ``gmx`` tools
 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 
diff --git a/docs/user-guide/mdp-options.rst b/docs/user-guide/mdp-options.rst
index 60119cfb08816b9a2201c094b460d50323b3fc8f..a11ace67a42fd6023fb2c3177f39aef56d0e4042 100644 (file)
--- a/docs/user-guide/mdp-options.rst
+++ b/docs/user-guide/mdp-options.rst
@@ -1893,7 +1893,8 @@ AWH adaptive biasing
       The applied biasing potential is the convolution of the bias function and a
       set of harmonic umbrella potentials (see :mdp-value:`awh-potential=umbrella` below). This results
       in a smooth potential function and force. The resolution of the potential is set
-      by the force constant of each umbrella, see :mdp:`awh1-dim1-force-constant`.
+      by the force constant of each umbrella, see :mdp:`awh1-dim1-force-constant`. This option is not
+      compatible with using the free energy lambda state as an AWH reaction coordinate.
 
    .. mdp-value:: umbrella
 
@@ -1901,8 +1902,9 @@ AWH adaptive biasing
       using Monte-Carlo sampling.  The force constant is set with
       :mdp:`awh1-dim1-force-constant`. The umbrella location
       is sampled using Monte-Carlo every :mdp:`awh-nstsample` steps.
-      There are no advantages to using an umbrella.
-      This option is mainly for comparison and testing purposes.
+      This is option is required when using the free energy lambda state as an AWH reaction coordinate.
+      Apart from that, this option is mainly for comparison
+      and testing purposes as there are no advantages to using an umbrella.
 
 .. mdp:: awh-share-multisim
 
@@ -2098,7 +2100,7 @@ AWH adaptive biasing
       The lambda states to use are specified by :mdp:`fep-lambdas`, :mdp:`vdw-lambdas`,
       :mdp:`coul-lambdas` etc. This is not compatible with delta-lambda. It also requires
       calc-lambda-neighbors to be -1. With multiple time-stepping, AWH should
-      be in the slow level.
+      be in the slow level. This option requires :mdp-value:`awh-potential=umbrella`.
 
 .. mdp:: awh1-dim1-coord-index
 
diff --git a/src/gromacs/applied_forces/awh/bias.cpp b/src/gromacs/applied_forces/awh/bias.cpp
index 5abd53402bb187a393970121244fb053d532b1ba..7df5a236f9b3069968ca47b87458e2343b48a0d6 100644 (file)
--- a/src/gromacs/applied_forces/awh/bias.cpp
+++ b/src/gromacs/applied_forces/awh/bias.cpp
@@ -1,7 +1,7 @@
 /*
  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
  *
- * Copyright (c) 2015,2016,2017,2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
+ * Copyright (c) 2015,2016,2017,2018,2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
@@ -120,6 +120,10 @@ gmx::ArrayRef<const double> Bias::calcForceAndUpdateBias(const awh_dvec
                 "The step number is negative which is not supported by the AWH code."));
     }
 
+    GMX_RELEASE_ASSERT(!(params_.convolveForce && grid_.hasLambdaAxis()),
+                       "When using AWH to sample an FEP lambda dimension the AWH potential cannot "
+                       "be convolved.");
+
     state_.setCoordValue(grid_, coordValue);
 
     std::vector<double, AlignedAllocator<double>>& probWeightNeighbor = alignedTempWorkSpace_;
@@ -149,12 +153,6 @@ gmx::ArrayRef<const double> Bias::calcForceAndUpdateBias(const awh_dvec
 
             state_.sampleCoordAndPmf(dimParams_, grid_, probWeightNeighbor, convolvedBias);
         }
-        /* Set the umbrella grid point (for the lambda axis) to the
-         * current grid point. */
-        if (params_.convolveForce && grid_.hasLambdaAxis())
-        {
-            state_.setUmbrellaGridpointToGridpoint();
-        }
     }
 
     /* Set the bias force and get the potential contribution from this bias.
@@ -190,11 +188,10 @@ gmx::ArrayRef<const double> Bias::calcForceAndUpdateBias(const awh_dvec
          */
         if (moveUmbrella)
         {
-            const bool onlySampleUmbrellaGridpoint = false;
-            double     newPotential = state_.moveUmbrella(dimParams_, grid_, probWeightNeighbor,
-                                                      neighborLambdaDhdl, biasForce_, step, seed,
-                                                      params_.biasIndex, onlySampleUmbrellaGridpoint);
-            *potentialJump          = newPotential - potential;
+            double newPotential =
+                    state_.moveUmbrella(dimParams_, grid_, probWeightNeighbor, neighborLambdaDhdl,
+                                        biasForce_, step, seed, params_.biasIndex);
+            *potentialJump = newPotential - potential;
         }
     }
 
@@ -211,14 +208,6 @@ gmx::ArrayRef<const double> Bias::calcForceAndUpdateBias(const awh_dvec
             *potentialJump      = newPotential - potential;
         }
     }
-    /* If there is a lambda axis it is still controlled using an umbrella even if the force
-     * is convolved in the other dimensions. */
-    if (moveUmbrella && params_.convolveForce && grid_.hasLambdaAxis())
-    {
-        const bool onlySampleUmbrellaGridpoint = true;
-        state_.moveUmbrella(dimParams_, grid_, probWeightNeighbor, neighborLambdaDhdl, biasForce_,
-                            step, seed, params_.biasIndex, onlySampleUmbrellaGridpoint);
-    }
 
     /* Return the potential. */
     *awhPotential = potential;
diff --git a/src/gromacs/applied_forces/awh/biasstate.cpp b/src/gromacs/applied_forces/awh/biasstate.cpp
index 1754ac7f104b1e4af40794e7b922946b7ca6cdf2..50c646f023d9fb0144d216bc6e96e0260d129f61 100644 (file)
--- a/src/gromacs/applied_forces/awh/biasstate.cpp
+++ b/src/gromacs/applied_forces/awh/biasstate.cpp
@@ -543,18 +543,12 @@ double BiasState::moveUmbrella(const std::vector<DimParams>& dimParams,
                                gmx::ArrayRef<double>         biasForce,
                                int64_t                       step,
                                int64_t                       seed,
-                               int                           indexSeed,
-                               bool                          onlySampleUmbrellaGridpoint)
+                               int                           indexSeed)
 {
     /* Generate and set a new coordinate reference value */
     coordState_.sampleUmbrellaGridpoint(grid, coordState_.gridpointIndex(), probWeightNeighbor,
                                         step, seed, indexSeed);
 
-    if (onlySampleUmbrellaGridpoint)
-    {
-        return 0;
-    }
-
     std::vector<double> newForce(dimParams.size());
     double              newPotential = calcUmbrellaForceAndPotential(
             dimParams, grid, coordState_.umbrellaGridpoint(), neighborLambdaDhdl, newForce);
diff --git a/src/gromacs/applied_forces/awh/biasstate.h b/src/gromacs/applied_forces/awh/biasstate.h
index 622f96f12c464a194402d5409cddf3c0743f24b8..50603071e8d9b5df75795c54cd272e31ea16808b 100644 (file)
--- a/src/gromacs/applied_forces/awh/biasstate.h
+++ b/src/gromacs/applied_forces/awh/biasstate.h
@@ -1,7 +1,7 @@
 /*
  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
  *
- * Copyright (c) 2015,2016,2017,2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
+ * Copyright (c) 2015,2016,2017,2018,2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
@@ -277,8 +277,6 @@ public:
      * \param[in] step                        Step number, needed for the random number generator.
      * \param[in] seed                        Random seed.
      * \param[in] indexSeed                   Second random seed, should be the bias Index.
-     * \param[in] onlySampleUmbrellaGridpoint Only sample the umbrella gridpoint without calculating
-     * force and potential.
      * \returns the new potential value.
      */
     double moveUmbrella(const std::vector<DimParams>& dimParams,
@@ -288,8 +286,7 @@ public:
                         gmx::ArrayRef<double>         biasForce,
                         int64_t                       step,
                         int64_t                       seed,
-                        int                           indexSeed,
-                        bool                          onlySampleUmbrellaGridpoint);
+                        int                           indexSeed);
 
 private:
     /*! \brief
diff --git a/src/gromacs/applied_forces/awh/read_params.cpp b/src/gromacs/applied_forces/awh/read_params.cpp
index 92eca4c25edb42afaed635ef40af9321d4e1d1cc..8a4345959ff76b1bdf582b4147c7cb2cb13f97de 100644 (file)
--- a/src/gromacs/applied_forces/awh/read_params.cpp
+++ b/src/gromacs/applied_forces/awh/read_params.cpp
@@ -843,14 +843,26 @@ void checkAwhParams(const AwhParams* awhParams, const t_inputrec* ir, warninp_t
         }
     }
 
-    if (haveFepLambdaDim && awhParams->nstSampleCoord % ir->nstcalcenergy != 0)
+    if (haveFepLambdaDim)
     {
-        opt          = "awh-nstsample";
-        auto message = formatString(
-                "%s (%d) should be a multiple of nstcalcenergy (%d) when using AWH for sampling an "
-                "FEP lambda dimension",
-                opt.c_str(), awhParams->nstSampleCoord, ir->nstcalcenergy);
-        warning_error(wi, message);
+        if (awhParams->nstSampleCoord % ir->nstcalcenergy != 0)
+        {
+            opt          = "awh-nstsample";
+            auto message = formatString(
+                    "%s (%d) should be a multiple of nstcalcenergy (%d) when using AWH for "
+                    "sampling an FEP lambda dimension",
+                    opt.c_str(), awhParams->nstSampleCoord, ir->nstcalcenergy);
+            warning_error(wi, message);
+        }
+        if (awhParams->ePotential != eawhpotentialUMBRELLA)
+        {
+            opt          = "awh-potential";
+            auto message = formatString(
+                    "%s (%s) must be set to %s when using AWH for sampling an FEP lambda dimension",
+                    opt.c_str(), eawhpotential_names[awhParams->ePotential],
+                    eawhpotential_names[eawhpotentialUMBRELLA]);
+            warning_error(wi, message);
+        }
     }
 
     /* Do a final consistency check before returning */
diff --git a/src/gromacs/applied_forces/awh/tests/bias_fep_lambda_state.cpp b/src/gromacs/applied_forces/awh/tests/bias_fep_lambda_state.cpp
index a68095e0100cbfe68f3b6b5e22f9ff74eee0095c..1d536446bfff1558bb6f71d31bfdadb6e200167a 100644 (file)
--- a/src/gromacs/applied_forces/awh/tests/bias_fep_lambda_state.cpp
+++ b/src/gromacs/applied_forces/awh/tests/bias_fep_lambda_state.cpp
@@ -1,7 +1,7 @@
 /*
  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
  *
- * Copyright (c) 2017,2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
+ * Copyright (c) 2017,2018,2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
@@ -156,10 +156,7 @@ public:
          *   eawhgrowth:
          *     eawhgrowthLINEAR:     final, normal update phase
          *     ewahgrowthEXP_LINEAR: intial phase, updated size is constant
-         *   eawhpotential (test both, but for the FEP lambda state dimension MC will in practice be used,
-         *                  except that eawhpotentialCONVOLVED also gives a potential output):
-         *     eawhpotentialUMBRELLA:  MC on lambda state
-         *     eawhpotentialCONVOLVED: MD on a convolved potential landscape (falling back to MC on lambda state)
+         *   eawhpotential (test only eawhpotentialUMBRELLA (MC) for FEP lambda dimensions)
          *   disableUpdateSkips (should not affect the results):
          *     BiasParams::DisableUpdateSkips::yes: update the point state for every sample
          *     BiasParams::DisableUpdateSkips::no:  update the point state at an interval > 1 sample
@@ -269,7 +266,7 @@ TEST_P(BiasFepLambdaStateTest, ForcesBiasPmf)
 INSTANTIATE_TEST_CASE_P(WithParameters,
                         BiasFepLambdaStateTest,
                         ::testing::Combine(::testing::Values(eawhgrowthLINEAR, eawhgrowthEXP_LINEAR),
-                                           ::testing::Values(eawhpotentialUMBRELLA, eawhpotentialCONVOLVED),
+                                           ::testing::Values(eawhpotentialUMBRELLA),
                                            ::testing::Values(BiasParams::DisableUpdateSkips::yes,
                                                              BiasParams::DisableUpdateSkips::no)));
 
@@ -277,7 +274,7 @@ INSTANTIATE_TEST_CASE_P(WithParameters,
 TEST(BiasFepLambdaStateTest, DetectsCovering)
 {
     const AwhFepLambdaStateTestParameters params =
-            getAwhFepLambdaTestParameters(eawhgrowthEXP_LINEAR, eawhpotentialCONVOLVED);
+            getAwhFepLambdaTestParameters(eawhgrowthEXP_LINEAR, eawhpotentialUMBRELLA);
 
     const double mdTimeStep = 0.1;
 
diff --git a/src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasFepLambdaStateTest_ForcesBiasPmf_2.xml b/src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasFepLambdaStateTest_ForcesBiasPmf_2.xml
index f72657dce8b72fa5a275c3017952d445a457a1da..838d86b42b077c77863a2a0231a46e039183da17 100644 (file)
--- a/src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasFepLambdaStateTest_ForcesBiasPmf_2.xml
+++ b/src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasFepLambdaStateTest_ForcesBiasPmf_2.xml
@@ -3,1054 +3,1054 @@
 <ReferenceData>
   <Sequence Name="Properties">
     <Int Name="Length">3</Int>
-    <String>stage:           final</String>
-    <String>convolve forces: yes</String>
+    <String>stage:           initial</String>
+    <String>convolve forces: no</String>
     <String>skip updates:    no</String>
   </Sequence>
   <Sequence Name="Force">
     <Int Name="Length">501</Int>
-    <Real>11.421432392326201</Real>
-    <Real>11.421432392326201</Real>
-    <Real>11.421432392326201</Real>
-    <Real>11.421432392326201</Real>
-    <Real>11.421432392326201</Real>
-    <Real>11.421432392326203</Real>
-    <Real>11.421432392326201</Real>
-    <Real>11.421432392326201</Real>
-    <Real>11.421432392326201</Real>
-    <Real>11.421432392326201</Real>
-    <Real>11.421432392326201</Real>
-    <Real>11.420129729961538</Real>
-    <Real>11.420129729961538</Real>
-    <Real>11.420129729961536</Real>
-    <Real>11.420129729961538</Real>
-    <Real>11.420129729961538</Real>
-    <Real>11.420129729961536</Real>
-    <Real>11.420129729961538</Real>
-    <Real>11.420129729961538</Real>
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index 5771e3840f003125b8d02e7d33a3fa767e7d507e..89a668a297f8ec108a5204a92a7d152d0825fefd 100644 (file)
--- a/src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasFepLambdaStateTest_ForcesBiasPmf_3.xml
+++ b/src/gromacs/applied_forces/awh/tests/refdata/WithParameters_BiasFepLambdaStateTest_ForcesBiasPmf_3.xml
@@ -3,1054 +3,1054 @@
 <ReferenceData>
   <Sequence Name="Properties">
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Local GROMACS mirror with custom stuff