src/python/sip/trajectoryanalysis/TrajectoryAnalysis.sip

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 %Module gromacs.TrajectoryAnalysis
  37
  38 %DefaultEncoding "UTF-8"
  39
  40 %Import options/Options.sip
  41 %Import topology/Topology.sip
  42
  43 %Include definitions.sip
  44
  45 %Include analysissettings.sip
  46 %Include analysisdata.sip
  47 %Include analysismodule.sip
  48
  49 %Include modules.sip
  50
  51 %ModuleCode
  52 #include "gromacs/trajectoryanalysis/analysismodule.h"
  53 #include "gromacs/trajectoryanalysis/cmdlinerunner.h"
  54 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  55
  56 class PyFactory : public gmx::TrajectoryAnalysisCommandLineRunner::ModuleFactoryFunctor {
  57 public:
  58     PyFactory(PyObject *mod) : mod(mod) {} ;
  59     gmx::TrajectoryAnalysisModulePointer operator () () {
  60         int iserr = 0;
  61         int can = sipCanConvertToType(mod, sipType_TrajectoryAnalysisModule, 0);
  62         // TODO: throw if can't
  63         gmx::TrajectoryAnalysisModule *module = (gmx::TrajectoryAnalysisModule*) sipConvertToType(
  64             mod, sipType_TrajectoryAnalysisModule, NULL, 0, NULL, &iserr);
  65         return TrajectoryAnalysisModulePointer(module);
  66     }
  67 private:
  68     PyObject *mod;
  69 };
  70
  71 void runAsMain(PyObject *mod, PyObject *py_argv) {
  72     int argc = PyList_GET_SIZE(py_argv);
  73
  74     char **argv = new char *[argc + 1];
  75     bool to_free[argc];
  76     std::fill(to_free, to_free+argc, false);
  77
  78     // Convert the list.
  79     // TODO: Use something better than AsLatin1String to avoid unicode errors
  80     for (int a = 0; a < argc; ++a)
  81     {
  82         PyObject *arg_obj = PyList_GET_ITEM(py_argv, a);
  83         const char *arg = sipString_AsLatin1String(&arg_obj);
  84
  85         if (arg)
  86         {
  87             arg = strdup(arg);
  88             Py_DECREF(arg_obj);
  89             to_free[a] = true;
  90         }
  91         else
  92         {
  93             arg = "unknown";
  94         }
  95
  96         argv[a] = const_cast<char *>(arg);
  97     }
  98
  99     argv[argc] = NULL;
 100
 101     PyFactory factory(mod);
 102     TrajectoryAnalysisCommandLineRunner::runAsMain(argc, argv, &factory);
 103
 104     for (int i = 0; i < argc; i++)
 105         if (to_free[i])
 106             free(argv[i]);
 107     delete[] argv;
 108 }
 109
 110 %End
 111
 112 void runAsMain(SIP_PYOBJECT mod, SIP_PYLIST argv);