src/python/pipeline_test.py

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2015, by the GROMACS development team, led by
   5 # Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6 # and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7 # top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8 #
   9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 # of the License, or (at your option) any later version.
  13 #
  14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 # Lesser General Public License for more details.
  18 #
  19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 # License along with GROMACS; if not, see
  21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 #
  24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 # consider that scientific software is very special. Version
  26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 # official version at http://www.gromacs.org.
  31 #
  32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34
  35 from gromacs import TrajectoryAnalysis
  36 from runner.pipeline import GromacsPipeline
  37 from runner.pipeline import runPipeline
  38
  39 class Test(TrajectoryAnalysis.TrajectoryAnalysisModule):
  40
  41     def __init__(self):
  42         super(Test, self).__init__("test", "test")
  43
  44     def initOptions(self, options, settings):
  45         settings.setHelpText(self.description())
  46
  47     def getBatch(self):
  48         return self.modules
  49
  50     def getArgv(self, i):
  51         return self.options[i]
  52
  53     def initAnalysis(self, settings, top):
  54         pass
  55
  56     def analyzeFrame(self, frnr, frame, pbc, data):
  57         print("Analyzing frame in Test module")
  58
  59     def finishAnalysis(self, nframes):
  60         pass
  61
  62     def writeOutput(self):
  63         pass
  64
  65 modules = [
  66     ("Angle", "-group1 System -oav angles.xvg"),
  67     (Test(), ""),
  68     (TrajectoryAnalysis.SasaInfo.create(), "-surface DNA"),
  69 ]
  70
  71 pipeline = runPipeline(name="Pipeline", modules=modules, keep_datasets=True)
  72 dataset = pipeline.modules[0].datasetFromIndex(1)
  73 for i in range(dataset.frameCount()):
  74     print('frame =', i, ', columnCount =', dataset.columnCount(), ', y =', dataset.getDataFrame(i).y(0))