src/python/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3 #
   4 # Copyright (c) 2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   5 # Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6 # and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7 # top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8 #
   9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12 # of the License, or (at your option) any later version.
  13 #
  14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17 # Lesser General Public License for more details.
  18 #
  19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 # License along with GROMACS; if not, see
  21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23 #
  24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25 # consider that scientific software is very special. Version
  26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
  28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30 # official version at http://www.gromacs.org.
  31 #
  32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34
  35 find_package(PythonLibrary REQUIRED)
  36 find_package(NumPy REQUIRED)
  37 find_package(SIP REQUIRED)
  38
  39 include(SIPMacros)
  40 include(PythonMacros)
  41
  42 include_directories(
  43     ${PYTHON_INCLUDE_PATH}
  44     ${SIP_INCLUDE_DIR}
  45     ${GROMACS_INCLUDE_DIRS}
  46     ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/python/include
  47     ${NUMPY_INCLUDE_DIRS}
  48 )
  49
  50 add_definitions(-DNPY_NO_DEPRECATED_API=NPY_1_7_API_VERSION)
  51
  52 set(SIP_INCLUDES ${CMAKE_BINARY_DIR} sip)
  53 set(SIP_EXTRA_OPTIONS ${SIP_EXTRA_OPTIONS} -e -o)
  54
  55 file(GLOB common_files_sip sip/*.sip)
  56
  57 file(GLOB options_files_sip sip/options/*.sip)
  58 set(SIP_EXTRA_FILES_DEPEND ${options_files_sip} ${common_files_sip})
  59 add_sip_python_module(gromacs.Options sip/options/Options.sip libgromacs)
  60
  61 file(GLOB topology_files_sip sip/topology/*.sip)
  62 set(SIP_EXTRA_FILES_DEPEND ${topology_files_sip} ${common_files_sip})
  63 add_sip_python_module(gromacs.Topology
  64     sip/topology/Topology.sip libgromacs)
  65
  66 # This is needed for NumPy, which does not like code in many files
  67 set(SIP_CONCAT_PARTS 1)
  68
  69 file(GLOB selection_files_sip sip/selection/*.sip)
  70 set(SIP_EXTRA_FILES_DEPEND ${selection_files_sip} ${common_files_sip})
  71 add_sip_python_module(gromacs.Selection
  72     sip/selection/Selection.sip libgromacs)
  73
  74 file(GLOB trajectoryanalysis_files_sip sip/trajectoryanalysis/*.sip)
  75 set(SIP_EXTRA_FILES_DEPEND ${trajectoryanalysis_files_sip} ${common_files_sip})
  76 add_sip_python_module(gromacs.TrajectoryAnalysis
  77     sip/trajectoryanalysis/TrajectoryAnalysis.sip libgromacs)
  78
  79 python_install(__init__.py ${PYTHON_SITE_PACKAGES_INSTALL_DIR}/gromacs)
  80
  81 install(DIRECTORY runner DESTINATION ${PYTHON_SITE_PACKAGES_INSTALL_DIR}/gromacs)
  82 python_install(runner/__init__.py ${PYTHON_SITE_PACKAGES_INSTALL_DIR}/gromacs)
  83 python_install(runner/pipeline.py ${PYTHON_SITE_PACKAGES_INSTALL_DIR}/gromacs)