src/pygromacs/include/vec.h

   1 #ifndef VEC_H
   2 #define VEC_H
   3
   4 #include <cstdlib>
   5 #include <stdexcept>
   6 #include <gromacs/math/vectypes.h>
   7
   8 template<typename T> class RealVector {
   9 public:
  10     T x, y, z;
  11     RealVector(T v[3]) : x(v[0]), y(v[1]), z(v[2]) {};
  12     T operator[] (size_t i) {
  13         switch (i) {
  14         case 0:
  15             return x;
  16         case 1:
  17             return y;
  18         case 2:
  19             return z;
  20         default:
  21             throw std::out_of_range("Inexistent component requested");
  22         };
  23     };
  24 };
  25
  26 template<typename T, typename Adaptor, typename Inner> class Array {
  27 private:
  28     Inner *data;
  29     size_t length;
  30 public:
  31     Array(Inner *data, size_t length) : data(data), length(length) {};
  32     Adaptor operator[] (size_t i) {
  33         if (i >= length)
  34             throw std::out_of_range("Array index out of range");
  35
  36         return Adaptor(data[i]);
  37     };
  38     size_t len() { return length; };
  39 };
  40
  41 class Matrix {
  42 private:
  43     real data[3][3];
  44 public:
  45     Matrix(real data[3][3]) {
  46         std::copy((real*) data, ((real*) data) + 9, (real*) this->data);
  47     };
  48     real get(size_t i, size_t j) {
  49         if (i > 2 || j > 2)
  50             throw std::out_of_range("Matrix index out of range");
  51         return data[i][j];
  52     }
  53     RealVector<real> get(size_t i) {
  54         if (i > 2)
  55             throw std::out_of_range("Matrix index out of range");
  56         return RealVector<real>(data[i]);
  57     }
  58 };
  59
  60 typedef RealVector<real> py_rvec;
  61 typedef Array<real, py_rvec, rvec> rvecs;
  62 #endif