src/programs/mdrun/tests/trajectory_writing.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief
  38  * Tests for the .mdp nst*out functionality
  39  *
  40  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
  41  * \ingroup module_mdrun
  42  */
  43 #include "gmxpre.h"
  44
  45 #include <gtest/gtest.h>
  46 #include "moduletest.h"
  47 #include "gromacs/options/filenameoption.h"
  48 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  49
  50 #include "config.h"
  51
  52 namespace
  53 {
  54
  55 // TODO configure these tests so they test all formats for mdrun trajectory writing
  56 #ifdef GMX_USE_TNG
  57
  58 //! Test fixture for mdrun trajectory writing
  59 class TrajectoryWritingTest :
  60     public gmx::test::MdrunTestFixture,
  61     public ::testing::WithParamInterface<const char *>
  62 {
  63     public:
  64         //! The file name of the MDP file
  65         std::string theMdpFile;
  66
  67         //! Execute the trajectory writing test
  68         void runTest()
  69         {
  70             useStringAsMdpFile(theMdpFile);
  71             useTopGroAndNdxFromDatabase("spc-and-methanol");
  72             EXPECT_EQ(0, callGrompp());
  73
  74             fullPrecisionTrajectoryFileName    = fileManager_.getTemporaryFilePath("spc-and-methanol.tng");
  75             reducedPrecisionTrajectoryFileName = fileManager_.getTemporaryFilePath("spc-and-methanol-reduced.tng");
  76             ASSERT_EQ(0, callMdrun());
  77             // TODO When there is a way to sense something like the
  78             // output of gmx check, compare the result with that from
  79             // writing .trr and .xtc and assert the behaviour is
  80             // correct. Note that TNG will always write the box, even
  81             // when constant - this will be a source of
  82             // trajectory-file differences.
  83         }
  84 };
  85
  86 //! Helper typedef for naming test cases like sentences
  87 typedef TrajectoryWritingTest Trajectories;
  88
  89 /* This test ensures mdrun can write various quantities at various
  90    frequencies */
  91 TEST_P(Trajectories, ThatDifferInNstxout)
  92 {
  93     theMdpFile = gmx::formatString("integrator = md\n"
  94                                    "nsteps = 6\n"
  95                                    "nstxout = %s\n"
  96                                    "nstvout = 2\n"
  97                                    "nstfout = 4\n"
  98                                    "nstxout-compressed = 5\n"
  99                                    "tcoupl = v-rescale\n"
 100                                    "tc-grps = System\n"
 101                                    "tau-t = 1\n"
 102                                    "ref-t = 298\n"
 103                                    "compressed-x-grps = Sol\n",
 104                                    GetParam());
 105     runTest();
 106 }
 107
 108 //! Helper typedef for naming test cases like sentences
 109 typedef TrajectoryWritingTest NptTrajectories;
 110
 111 /* This test ensures mdrun can write trajectories in TNG format from NPT ensembles. */
 112 TEST_P(NptTrajectories, WithDifferentPcoupl)
 113 {
 114     theMdpFile = gmx::formatString("integrator = md\n"
 115                                    "nsteps = 2\n"
 116                                    "nstxout = 2\n"
 117                                    "nstvout = 1\n"
 118                                    "pcoupl = %s\n"
 119                                    "tau-p = 1\n"
 120                                    "ref-p = 1\n"
 121                                    "compressibility = 4.5e-5\n"
 122                                    "tcoupl = v-rescale\n"
 123                                    "tc-grps = System\n"
 124                                    "tau-t = 1\n"
 125                                    "ref-t = 298\n",
 126                                    GetParam());
 127     runTest();
 128 }
 129
 130 #ifdef __INTEL_COMPILER
 131 #pragma warning( disable : 177 )
 132 #endif
 133
 134 // TODO Consider spamming more of the parameter space when we don't
 135 // have to write .mdp and .tpr files to do it.
 136 INSTANTIATE_TEST_CASE_P(CanWrite,
 137                         Trajectories,
 138                             ::testing::Values("1", "2", "3"));
 139
 140 INSTANTIATE_TEST_CASE_P(CanWrite,
 141                         NptTrajectories,
 142                             ::testing::Values("no", "Berendsen", "Parrinello-Rahman"));
 143
 144 #endif
 145
 146 } // namespace